genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25608090--25608181	27	3.4	26	81	14	98	25	27	29	18	1.98
25608308--25608346	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
25608419--25608465	3	15.7	3	100	0	94	0	0	31	68	0.90
25608468--25608512	19	2.2	21	88	7	67	44	2	8	44	1.47
25611207--25611274	33	2.1	33	88	5	102	38	10	11	39	1.76
25614234--25614304	30	2.4	31	75	15	80	0	29	0	70	0.88
25614299--25614425	4	31.0	4	71	20	77	0	31	0	68	0.90
25614265--25614413	79	1.9	77	90	8	239	0	31	0	68	0.90
25614265--25614413	40	3.8	40	82	15	172	0	31	0	68	0.90
25614245--25614426	18	10.1	18	68	22	89	0	32	0	67	0.91
25614555--25614612	29	2.0	28	93	3	98	56	0	5	37	1.21
25614559--25614624	28	2.3	29	89	5	100	53	1	7	37	1.39
25618044--25618101	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
25619738--25619773	17	2.1	17	89	0	54	61	0	36	2	1.11
25620378--25620423	23	2.0	24	91	4	76	26	23	4	45	1.71
25621643--25621691	25	1.9	25	83	4	62	44	14	12	28	1.81
25621662--25621988	76	4.2	77	90	3	444	49	25	6	18	1.71
25621662--25621988	153	2.1	157	86	5	450	49	25	6	18	1.71
25623988--25624171	41	4.5	41	91	5	300	28	19	20	32	1.96
25623988--25624215	123	1.9	120	81	12	275	28	20	20	31	1.97
25623988--25624202	82	2.6	82	87	2	254	27	20	20	32	1.97
25624716--25625706	493	2.0	494	99	0	1957	27	12	13	45	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25628523--25628590	24	2.8	24	100	0	136	52	17	7	22	1.69
25628667--25628752	28	3.2	27	77	11	77	58	17	3	20	1.54
25628722--25628758	16	2.2	17	95	4	67	59	24	0	16	1.37
25629158--25629198	21	2.0	21	90	0	64	29	29	19	21	1.98
25634554--25634605	3	17.0	3	88	4	77	63	1	3	30	1.23
25640924--25641138	113	1.9	111	86	1	304	40	15	14	29	1.86
25641548--25641577	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
25642493--25642532	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
25644982--25645008	9	3.0	9	100	0	54	11	0	0	88	0.50
25647342--25647423	43	1.9	43	84	0	110	21	21	28	28	1.99
25647428--25647701	43	6.3	43	72	6	214	31	29	16	22	1.96
25647407--25647681	86	3.2	86	83	2	327	27	29	16	26	1.97
25647567--25647726	86	1.9	86	83	0	212	28	28	16	26	1.97
25647874--25647955	21	3.9	21	80	0	83	6	40	18	35	1.75
25647947--25648112	66	2.5	66	84	3	201	13	28	18	40	1.88
25650539--25650796	9	30.2	9	70	18	110	37	1	14	46	1.54
25650544--25650663	16	7.9	16	67	19	87	35	1	16	45	1.58
25650558--25650694	25	5.6	25	75	6	127	37	2	15	45	1.58
25650696--25650787	25	3.4	25	78	16	112	41	0	10	47	1.38
25650647--25650762	34	3.5	34	85	3	139	38	0	13	46	1.50
25650727--25650772	22	2.1	22	95	0	83	41	0	10	47	1.38
25650693--25650802	56	2.0	56	100	0	220	40	0	10	48	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25650866--25650906	13	2.8	15	85	14	59	34	0	19	46	1.50
25650865--25650943	16	5.0	16	76	13	74	34	1	16	48	1.55
25652949--25653192	122	2.0	122	99	0	479	30	28	12	28	1.93
25653652--25653688	10	3.7	10	92	0	65	43	13	0	43	1.44
25654410--25654448	14	2.7	15	88	8	62	38	0	5	56	1.22
25654410--25654455	14	3.2	15	84	9	51	43	0	6	50	1.28
25654781--25654826	23	2.0	23	95	0	83	32	30	10	26	1.90
25655453--25655520	15	4.9	14	71	16	52	41	36	0	22	1.54
25655456--25655493	15	2.5	15	86	0	58	36	44	0	18	1.50
25656047--25656284	81	2.9	82	83	3	300	37	23	22	16	1.94
25656045--25656327	82	3.5	81	82	4	320	37	22	23	16	1.94
25656010--25656327	41	7.8	41	75	9	226	36	22	24	16	1.94
25661452--25661513	26	2.4	26	97	0	115	41	1	0	56	1.09
25661557--25661615	27	2.2	27	90	0	100	25	23	33	16	1.96
25661897--25661939	19	2.3	18	85	14	61	37	2	16	44	1.60
25662859--25662897	17	2.2	18	95	4	71	33	0	48	17	1.48
25667937--25668075	28	5.1	28	67	23	75	0	31	0	68	0.90
25667991--25668136	4	37.0	4	75	19	87	0	31	0	68	0.90
25667938--25668145	78	2.7	79	86	9	277	0	32	0	67	0.91
25668180--25668231	27	1.9	27	92	0	86	13	30	25	30	1.94
25668295--25668354	26	2.3	27	88	2	95	46	0	8	45	1.33
25671747--25672066	161	2.0	160	90	0	496	40	8	22	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25687476--25687501	13	2.0	13	100	0	52	23	0	0	76	0.78
25688107--25688225	57	2.1	55	93	4	204	36	21	7	35	1.82
25692402--25692439	16	2.4	16	90	0	58	31	0	34	34	1.58
25692418--25692515	44	2.2	44	85	5	126	35	5	24	34	1.78
25692673--25692707	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
25692560--25692876	157	2.0	157	97	0	598	44	3	5	47	1.41
25692810--25692851	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
25692819--25692860	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
25692929--25692980	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
25692813--25693075	120	2.2	120	100	0	526	49	5	2	42	1.39
25698606--25698748	72	2.0	72	97	0	268	28	6	45	19	1.75
25698634--25698755	38	3.3	37	69	17	119	28	5	44	21	1.75
25701239--25701397	59	2.8	57	78	10	146	31	20	20	27	1.97
25705509--25705637	43	3.0	43	79	4	134	32	27	17	23	1.96
25712283--25712332	26	1.9	26	100	0	100	38	24	30	8	1.84
25715144--25715201	29	2.0	29	86	3	80	48	15	6	29	1.71
25715402--25715456	21	2.6	21	91	0	92	21	9	40	29	1.84
25719171--25721082	819	2.3	819	98	0	3716	27	12	16	43	1.84
25723822--25723884	21	3.1	20	77	8	65	53	14	26	4	1.60
25725753--25726106	42	8.4	42	88	4	466	31	21	22	25	1.98
25725774--25726105	85	3.9	85	88	5	349	31	21	22	25	1.98
25726093--25726210	44	2.7	44	95	0	209	23	22	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25731800--25731938	9	15.9	9	76	16	107	29	2	20	47	1.62
25731800--25731903	25	4.1	25	80	4	127	28	2	22	46	1.66
25731800--25731938	25	5.3	26	75	12	117	29	2	20	47	1.62
25731871--25731907	16	2.3	16	90	0	56	24	8	16	51	1.71
25731888--25731938	19	2.7	19	88	11	86	31	0	17	50	1.46
25731923--25732084	12	13.8	12	70	13	88	29	1	18	51	1.54
25732220--25732257	19	2.0	19	94	0	67	55	0	0	44	0.99
25732275--25732355	9	9.0	9	67	15	51	38	1	18	41	1.58
25732312--25732360	18	2.9	17	85	8	64	42	2	18	36	1.62
25732368--25732459	34	2.7	34	89	3	132	61	3	4	30	1.31
25733113--25733197	37	2.3	37	93	0	152	51	17	17	12	1.76
25734944--25734992	7	6.9	7	79	4	53	42	32	0	24	1.55
25734943--25734992	14	3.5	14	79	15	66	42	34	0	24	1.55
25735484--25735646	88	1.9	88	93	0	281	32	20	18	28	1.96
25737944--25738075	41	3.2	41	84	1	167	23	21	25	29	1.99
25737966--25738078	40	2.8	39	81	6	127	23	21	27	28	1.99
25738491--25738520	14	2.1	15	93	6	53	30	0	33	36	1.58
25738669--25738711	6	7.0	6	80	15	52	16	4	48	30	1.66
25739187--25739220	16	2.1	16	88	5	50	70	2	2	23	1.15
25741996--25742273	41	6.8	41	80	0	250	23	21	25	29	1.99
25742702--25742731	14	2.1	15	93	6	53	30	0	33	36	1.58
25742880--25742922	6	7.0	6	80	15	52	16	4	48	30	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25743398--25743431	16	2.1	16	88	5	50	70	2	2	23	1.15
25747309--25747405	43	2.3	43	85	0	140	18	18	35	27	1.95
25748320--25748572	120	2.1	117	87	8	363	27	15	15	41	1.88
25756120--25756144	13	1.9	13	100	0	50	20	40	8	32	1.81
25757922--25758048	29	4.1	29	72	20	123	53	9	7	29	1.61
25760292--25760395	49	2.1	49	87	0	145	30	8	9	50	1.65
25761752--25761903	28	5.6	28	69	10	88	42	0	3	53	1.22
25761840--25762035	57	3.4	54	70	17	144	41	1	3	54	1.23
25761752--25761967	109	2.0	106	85	12	291	42	0	4	52	1.27
25761959--25761992	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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