genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.118.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39038499--39038573	29	2.6	29	86	0	114	28	26	9	36	1.87
39042697--39042739	21	2.1	21	82	4	52	30	2	23	44	1.66
39043246--39043350	52	2.1	50	92	3	174	36	11	23	28	1.90
39045244--39045273	15	1.9	16	93	6	53	56	0	0	43	0.99
39048115--39048273	43	3.7	43	77	8	146	31	23	18	25	1.98
39055345--39055497	43	3.6	43	71	15	129	32	23	18	25	1.97
39055775--39055814	14	2.4	18	80	19	52	40	17	0	42	1.49
39056594--39056618	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
39062460--39063694	47	26.3	47	88	0	1831	27	32	9	30	1.88
39062460--39063696	94	13.2	94	96	0	2213	27	32	9	30	1.88
39063450--39063575	25	5.3	25	64	18	88	29	30	7	33	1.84
39066189--39066274	42	2.0	43	88	2	129	44	23	9	23	1.82
39079038--39079102	20	3.2	20	70	8	67	41	29	9	20	1.83
39079036--39079121	42	2.0	43	93	2	147	43	24	10	22	1.84
39079036--39079098	22	3.0	21	70	6	65	44	26	9	19	1.81
39083713--39083789	29	2.7	28	84	6	93	18	45	20	15	1.85
39095840--39096051	105	2.0	105	97	0	397	22	31	19	26	1.98
39098968--39099134	84	2.0	84	97	0	316	27	25	17	29	1.98
39103789--39103870	34	2.4	34	91	2	130	31	18	18	31	1.95
39111566--39111615	25	2.0	25	92	0	82	16	16	28	40	1.89
39122307--39122338	12	2.8	12	90	9	50	78	0	15	6	0.95
39124144--39124332	40	4.7	40	91	2	297	25	21	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39124144--39124332	82	2.3	80	91	1	297	25	21	29	23	1.99
39132451--39132510	29	2.1	29	81	3	68	45	1	25	28	1.63
39132937--39133009	29	2.5	29	93	0	119	30	12	26	31	1.92
39140689--39140722	13	2.6	13	95	0	59	2	14	44	38	1.61
39141319--39141343	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
39146204--39146272	27	2.4	29	79	15	81	18	5	36	39	1.75
39152221--39152248	5	5.6	5	100	0	56	39	0	0	60	0.97
39157990--39158113	62	2.0	62	98	0	239	25	11	27	36	1.90
39158564--39158691	64	2.0	64	96	0	238	35	15	17	31	1.91
39159993--39160020	5	5.6	5	100	0	56	39	0	0	60	0.97
39163685--39164738	43	24.5	43	97	0	1921	32	31	25	11	1.91
39176002--39176170	85	2.0	85	98	0	329	31	9	28	30	1.89
39177141--39177368	40	5.7	40	96	0	402	31	20	26	21	1.98
39183405--39183549	42	3.4	42	81	9	159	33	26	16	23	1.96
39183385--39183549	86	1.9	85	81	8	201	32	28	16	22	1.95
39190033--39190065	2	16.5	2	93	0	57	45	0	54	0	0.99
39201133--39201286	55	2.8	54	79	5	168	26	16	27	28	1.97
39201134--39201289	82	1.9	81	84	3	206	26	16	28	28	1.97
39201134--39201293	27	5.9	27	79	7	146	26	16	27	30	1.97
39217238--39217278	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
39221221--39221363	7	19.9	7	66	16	51	37	41	1	19	1.60
39221274--39221357	37	2.3	36	82	6	98	38	45	2	14	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39221320--39221361	14	2.9	14	85	3	57	33	47	0	19	1.49
39221564--39221590	7	3.9	7	100	0	54	44	29	0	25	1.54
39221633--39221671	16	2.6	15	88	8	53	41	33	0	25	1.56
39226640--39226697	28	2.1	28	100	0	116	41	13	10	34	1.79
39227190--39227417	47	4.9	49	76	9	192	22	29	18	28	1.98
39227287--39227459	46	3.7	46	79	4	168	23	30	19	27	1.98
39232208--39232260	13	4.1	13	72	18	56	30	11	20	37	1.88
39232142--39232221	26	3.1	26	92	0	142	32	7	25	35	1.84
39232182--39232260	39	2.0	39	95	0	140	31	10	21	36	1.87
39233860--39233964	27	3.9	27	86	9	135	19	24	21	34	1.96
39235422--39235478	27	2.1	27	100	0	114	33	3	15	47	1.63
39244109--39244149	20	2.0	20	95	0	73	34	19	26	19	1.96
39249474--39249557	42	2.0	43	90	2	134	33	26	17	22	1.96
39254375--39254507	50	2.7	49	82	4	160	30	28	16	24	1.96
39254934--39255032	50	2.0	50	95	0	180	36	28	0	35	1.58
39256491--39256942	224	2.0	224	100	0	904	38	21	13	26	1.90
39256957--39257014	30	1.9	30	86	10	82	60	13	17	8	1.58
39256965--39257033	15	4.7	15	80	8	70	56	20	15	7	1.63
39256965--39257033	30	2.3	30	80	7	79	56	20	15	7	1.63
39262765--39262810	22	2.1	21	84	4	56	30	8	36	23	1.85
39265999--39266036	5	7.8	5	94	5	69	18	0	0	81	0.69
39265999--39266035	14	2.6	14	95	4	65	18	0	0	81	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39266000--39266036	19	1.9	19	100	0	74	18	0	0	81	0.70
39269146--39269323	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
39269167--39269322	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
39269803--39269829	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
39273062--39273257	50	3.9	49	85	2	248	29	27	17	25	1.98
39283781--39283958	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
39283802--39283957	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
39286944--39287034	46	2.0	46	86	0	128	27	28	20	23	1.99
39297868--39298128	40	6.6	40	90	1	366	23	26	22	27	2.00
39306031--39306291	40	6.6	40	91	1	393	21	27	23	26	1.99
39313948--39313990	14	3.0	14	83	6	50	39	2	6	51	1.42
39315584--39315641	20	2.9	19	75	10	53	43	17	27	12	1.84
39320349--39320373	13	1.9	13	100	0	50	56	12	0	32	1.36
39320354--39320386	17	1.9	17	93	0	57	54	9	0	36	1.32
39323294--39323350	6	9.5	6	90	0	87	78	1	3	15	0.96
39323284--39323349	12	5.6	11	82	10	69	75	1	4	18	1.04
39328740--39328764	13	1.9	13	100	0	50	56	12	0	32	1.36
39332414--39332628	46	4.6	47	76	9	163	29	21	26	22	1.99
39332648--39332773	49	2.6	49	82	3	146	28	24	27	19	1.98
39335275--39335344	21	3.2	21	64	18	52	38	25	12	22	1.90
39339077--39339126	24	2.1	24	96	0	91	28	16	22	34	1.95
39342784--39342808	12	2.1	12	100	0	50	28	24	8	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39345851--39345920	29	2.3	29	80	9	79	31	22	0	45	1.53
39352359--39352567	38	5.0	38	72	20	157	28	16	25	29	1.97
39352389--39352527	48	2.9	48	86	1	199	30	16	23	30	1.96
39354125--39354405	49	5.6	50	76	10	162	24	17	26	32	1.97
39354283--39354362	26	3.2	26	63	28	64	26	18	27	27	1.98
39354182--39354419	49	4.8	48	76	12	196	26	18	26	28	1.98
39354183--39354456	149	1.8	150	82	5	349	26	18	26	28	1.98
39354628--39354657	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
39356152--39356250	18	5.5	18	91	2	155	20	28	35	16	1.94
39356673--39357351	337	2.0	336	85	3	918	32	21	14	30	1.94
39362612--39362712	52	1.9	52	97	0	193	34	16	28	19	1.94
39366830--39366873	22	2.0	22	95	0	79	45	6	9	38	1.63
39368976--39369141	33	5.3	33	73	11	105	30	20	13	36	1.91
39370104--39370223	63	1.9	63	94	0	213	45	15	14	25	1.83
39372684--39373512	80	10.4	80	95	2	1452	27	25	21	25	1.99
39380530--39380684	40	3.9	40	82	5	190	26	27	20	25	1.99
39380626--39380743	59	2.0	59	94	0	209	31	25	20	22	1.98
39380685--39380806	40	3.0	41	87	4	194	29	27	21	22	1.99
39380591--39380783	99	1.9	99	86	4	273	31	26	19	22	1.98
39380556--39380810	139	1.8	139	98	0	492	28	27	20	23	1.99
39386547--39386682	33	4.4	33	72	14	108	32	19	11	36	1.88
39388093--39388358	103	2.6	104	90	3	419	19	20	29	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39395585--39395850	103	2.6	104	92	0	435	19	20	29	29	1.97
39397658--39397698	21	2.0	21	85	4	57	29	19	0	51	1.47
39397663--39397704	21	2.0	21	81	9	50	30	19	0	50	1.48
39399005--39399054	10	5.0	10	79	13	50	66	2	10	22	1.32
39408316--39408378	27	2.3	27	91	2	99	34	30	9	25	1.88
39408316--39408413	28	3.5	28	87	2	126	32	28	12	26	1.92
39411515--39411545	16	1.9	16	93	0	53	58	6	32	3	1.40
39414025--39414121	20	4.8	20	86	7	135	16	29	31	21	1.95
39414025--39414122	40	2.5	40	93	0	169	17	29	31	21	1.96
39415016--39415112	40	2.5	39	81	8	119	29	29	24	15	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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