genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.128.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42707487--42707553	35	1.9	35	93	0	116	34	1	13	50	1.51
42707875--42708118	49	4.9	49	77	5	231	25	18	25	29	1.98
42707877--42708106	101	2.3	98	82	3	264	26	18	25	30	1.98
42719501--42719578	30	2.5	31	80	16	90	61	7	7	23	1.49
42721951--42723031	210	5.2	205	87	4	1203	28	22	18	30	1.97
42723006--42723058	27	2.0	27	88	0	79	43	16	16	22	1.88
42722796--42723268	237	2.0	237	94	0	838	31	21	17	28	1.96
42723033--42724012	210	4.8	210	86	5	1412	29	21	18	30	1.97
42722599--42723463	447	1.9	447	91	0	1410	30	21	18	30	1.97
42723052--42724012	410	2.3	410	98	0	1859	28	21	18	30	1.97
42735474--42735551	30	2.5	31	80	16	90	61	7	7	23	1.49
42738185--42738431	42	5.9	42	80	3	264	29	26	15	28	1.96
42738185--42738431	84	2.9	84	85	3	309	29	26	15	28	1.96
42748683--42748867	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
42748684--42748867	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
42748736--42748900	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
42757026--42757067	16	2.7	15	85	7	57	47	2	0	50	1.14
42757023--42757073	23	2.1	24	85	10	68	49	3	0	47	1.20
42757249--42757282	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
42767497--42767540	18	2.4	18	92	0	70	27	13	25	34	1.93
42776428--42776498	35	2.0	35	97	0	133	35	11	15	38	1.83
42782196--42782401	42	4.9	42	82	4	236	28	24	15	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42786248--42786445	43	4.6	43	79	9	174	32	24	15	27	1.95
42789977--42790036	29	2.0	28	84	9	75	26	6	0	66	1.16
42795656--42795733	36	2.2	36	81	9	88	25	8	0	65	1.22
42810367--42810418	21	2.5	21	87	0	77	17	34	32	15	1.91
42816177--42816636	40	11.5	40	96	1	818	24	20	27	27	1.99
42824534--42824821	40	7.3	40	85	4	388	23	21	28	26	1.99
42824534--42824805	119	2.3	120	88	2	388	23	21	29	25	1.99
42824547--42824770	79	2.8	79	98	0	430	24	21	28	25	1.99
42829262--42829394	48	2.8	48	90	0	203	30	27	17	24	1.97
42833560--42833714	43	3.6	43	82	1	132	30	23	16	30	1.96
42843234--42843321	44	2.0	44	97	0	167	39	18	25	17	1.91
42845314--42845373	30	2.0	30	87	6	86	33	13	25	28	1.93
42847190--42847991	85	9.4	85	100	0	1604	30	22	17	29	1.97
42847917--42848041	48	2.6	48	87	1	171	33	23	13	29	1.93
42851725--42851795	31	2.3	31	97	0	133	46	18	7	28	1.75
42856361--42856543	79	2.3	81	84	7	232	25	28	22	23	1.99
42856340--42856543	40	5.1	40	81	8	238	25	28	22	24	1.99
42865082--42865411	46	7.1	46	69	17	234	29	26	19	24	1.99
42865133--42865394	47	5.6	47	75	15	283	29	26	19	24	1.99
42865087--42865411	93	3.5	93	98	0	614	28	27	19	24	1.99
42866095--42866154	30	2.0	30	86	0	84	31	25	6	36	1.82
42870368--42870427	27	2.3	26	88	2	84	35	18	23	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42871140--42871182	17	2.4	18	85	11	54	79	0	13	6	0.93
42871140--42871198	17	3.3	18	79	11	50	74	1	15	8	1.13
42872880--42872995	40	2.9	40	85	2	162	24	19	25	30	1.98
42873075--42873176	40	2.6	40	87	10	156	24	22	27	25	2.00
42872792--42873176	205	1.9	204	91	3	632	27	15	26	31	1.96
42874841--42875039	27	7.4	27	88	0	263	24	19	19	36	1.95
42879887--42880006	27	4.4	27	81	0	141	37	20	18	24	1.94
42879887--42880006	54	2.2	55	83	5	156	37	20	18	24	1.94
42880657--42880708	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
42881627--42881729	48	2.1	48	83	3	127	31	25	16	27	1.97
42894423--42894566	78	1.8	78	90	0	234	26	24	25	24	2.00
42911143--42911203	30	2.0	30	90	0	95	37	8	24	29	1.84
42918536--42918604	36	1.9	36	93	0	120	30	11	17	40	1.85
42925844--42925971	64	2.0	64	95	0	229	23	25	21	28	1.99
42925949--42926056	56	1.9	56	96	0	198	23	21	19	36	1.95
42937446--42937649	100	2.0	100	98	0	390	26	28	18	25	1.98
42941303--42941353	25	2.0	26	92	7	88	35	19	19	25	1.95
42941309--42941360	24	2.2	24	89	6	79	34	17	17	30	1.93
42941316--42941375	25	2.4	25	83	5	68	33	16	25	25	1.96
42941433--42941479	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
42948723--42948806	26	3.4	25	79	8	91	28	23	21	26	1.99
42948862--42948903	5	8.6	5	80	15	52	38	19	4	38	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42948862--42948903	9	4.3	10	80	14	52	38	19	4	38	1.73
42948867--42948905	20	2.0	20	90	10	62	35	17	7	38	1.79
42951222--42951345	27	4.6	27	86	4	151	41	21	7	29	1.80
42951222--42951363	54	2.6	54	83	4	162	41	21	7	29	1.80
42951222--42951363	27	5.3	27	82	3	133	41	21	7	29	1.80
42951384--42951523	27	5.2	27	83	3	165	33	16	21	28	1.95
42951913--42951977	22	3.0	22	82	8	87	20	24	23	32	1.98
42952177--42952243	27	2.5	26	85	4	89	22	22	17	37	1.94
42953893--42953979	34	2.6	34	81	3	86	25	26	21	26	2.00
42972717--42972830	48	2.4	49	83	2	133	21	14	30	32	1.94
42975808--42975887	25	3.2	25	87	0	106	33	20	17	28	1.95
42978909--42978940	16	2.0	16	100	0	64	18	6	25	50	1.70
42979947--42980015	34	2.0	34	97	0	129	24	11	17	46	1.81
42985904--42985985	25	3.3	25	82	0	92	32	18	19	29	1.95
42985899--42985998	50	2.0	50	80	0	110	36	17	17	30	1.92
42991413--42991489	29	2.6	29	81	2	91	24	14	31	29	1.94
42991442--42991769	174	1.9	174	96	0	611	29	14	25	31	1.94
42995150--42995224	23	3.3	23	73	14	75	36	17	22	24	1.95
42997503--42998248	100	7.5	100	99	0	1474	26	19	25	29	1.98
43002710--43002769	27	2.2	27	96	0	111	31	8	16	43	1.78
43003018--43003215	50	4.0	50	83	1	236	26	18	26	28	1.98
43009834--43009874	20	2.0	20	86	9	57	41	19	2	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43011217--43011321	45	2.3	47	83	11	137	40	13	20	26	1.89
43013027--43013074	20	2.4	21	82	10	64	68	6	2	22	1.23
43016772--43016890	8	16.5	8	73	19	102	22	2	1	73	1.05
43016796--43016904	13	7.9	13	83	12	121	22	1	2	72	1.07
43016817--43016904	13	6.5	13	88	7	122	22	0	2	75	0.92
43017435--43017485	15	3.5	15	72	5	50	47	27	1	23	1.63
43017739--43018024	41	7.0	41	88	1	349	18	24	22	34	1.96
43023744--43023925	92	2.0	92	92	0	301	35	10	20	32	1.88
43024101--43024205	47	2.2	47	94	0	192	32	8	29	29	1.87
43023836--43024568	375	2.0	374	96	0	1367	33	10	21	34	1.88
43024475--43024619	47	3.1	47	86	2	202	31	10	31	26	1.90
43024738--43024816	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
43027459--43027492	18	1.9	17	88	5	50	41	23	5	29	1.78
43058548--43058719	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
43058572--43058755	67	2.9	63	78	8	201	28	16	30	23	1.97
43062055--43062257	101	2.0	101	97	0	381	34	12	14	38	1.83
43066512--43066674	82	2.0	82	98	0	317	44	7	14	33	1.72
43067131--43067197	34	2.0	34	96	0	125	35	2	22	38	1.70
43070495--43070593	50	2.0	50	95	0	180	25	13	35	26	1.92
43076255--43076314	27	2.3	27	85	2	77	20	23	20	36	1.95
43080346--43080378	9	3.8	9	92	8	59	24	0	0	75	0.80
43086721--43087175	40	11.4	40	92	1	716	27	19	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43121405--43121446	17	2.5	17	92	0	66	33	9	21	35	1.86
43131998--43132030	16	2.1	16	100	0	66	30	24	15	30	1.95
43133580--43133652	20	3.8	20	71	18	57	53	4	1	41	1.28
43135435--43135470	17	2.1	17	94	0	63	16	30	19	33	1.94
43144044--43144264	40	5.6	40	82	9	258	24	21	26	27	2.00
43144044--43144264	80	2.8	80	86	4	288	24	21	26	27	2.00
43144492--43144533	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
43148488--43149436	474	2.0	474	96	0	1763	25	24	15	34	1.95
43150470--43150509	21	1.9	21	85	10	55	60	5	15	20	1.53
43152398--43152545	40	3.7	40	83	2	183	23	20	24	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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