genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67825288--67825561	46	6.0	46	89	0	388	40	14	21	22	1.90
67834494--67834644	53	2.8	53	88	4	205	25	15	27	30	1.96
67843813--67843843	15	2.1	15	93	0	53	38	32	6	22	1.80
67844000--67844300	93	3.2	94	77	8	267	31	18	18	31	1.95
67859388--67859810	212	2.0	212	98	0	819	35	16	17	31	1.92
67865350--67865379	14	2.1	14	93	0	51	20	16	6	56	1.62
67865716--67865966	132	1.9	132	85	3	344	27	18	20	34	1.96
67868200--67868268	35	2.0	34	97	0	120	40	24	11	21	1.86
67869139--67869171	16	2.1	16	88	11	50	57	33	3	6	1.38
67869713--67869754	18	2.3	18	91	0	66	40	0	0	59	0.97
67872040--67872069	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
67878744--67878774	13	2.5	13	94	5	55	19	16	6	58	1.59
67879667--67879716	23	2.1	24	92	3	84	32	20	0	48	1.50
67881363--67881416	23	2.3	23	80	0	63	18	12	24	44	1.85
67885903--67885995	46	2.0	46	95	0	168	40	20	12	25	1.88
67887630--67887714	42	2.0	42	100	0	170	42	18	0	38	1.51
67890399--67890458	30	2.0	30	90	0	93	58	13	1	26	1.45
67890793--67890853	19	3.2	19	69	4	50	63	0	0	36	0.94
67900944--67900975	15	2.1	15	94	0	55	37	0	0	62	0.95
67902069--67902367	148	2.0	148	99	0	589	39	10	27	22	1.87
67905895--67905941	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
67906373--67906453	41	2.0	41	97	0	153	40	12	29	17	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67912868--67912913	22	2.1	21	96	4	83	17	41	10	28	1.83
67916604--67916652	19	2.5	19	87	9	64	63	0	2	34	1.06
67917025--67917066	20	2.1	20	90	0	66	38	4	4	52	1.44
67917450--67917476	7	3.9	7	100	0	54	44	29	0	25	1.54
67929494--67929531	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
67932016--67932411	46	8.6	46	89	0	515	20	23	14	41	1.89
67932016--67932410	138	2.9	138	88	1	578	20	24	14	41	1.89
67934273--67934320	20	2.4	21	86	6	64	54	6	0	39	1.26
67939650--67939731	26	3.2	26	94	0	146	30	4	26	37	1.77
67945040--67945369	128	2.6	125	84	5	401	26	16	20	36	1.94
67959796--67959850	28	2.0	28	96	0	101	25	27	10	36	1.89
67960694--67960811	46	2.5	47	86	1	148	27	19	17	34	1.95
67961897--67961966	35	2.0	34	94	2	122	21	17	17	42	1.87
67972688--67972735	25	1.9	25	95	0	87	35	25	10	29	1.89
67973405--67973723	127	2.5	127	91	0	512	36	19	16	27	1.93
67975567--67975766	45	4.5	45	86	1	276	23	29	15	31	1.95
67975567--67975749	89	2.0	90	90	1	287	24	30	15	30	1.95
67975796--67975996	78	2.6	78	84	1	269	23	25	18	31	1.98
67976026--67976294	78	3.2	89	79	12	239	27	23	19	29	1.98
67976029--67976190	89	1.8	87	85	5	227	27	23	18	30	1.98
67975880--67976514	298	2.1	298	94	0	1099	26	23	18	31	1.97
67986850--67987209	46	7.8	46	88	1	470	21	23	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67990845--67991111	46	5.8	46	91	1	358	21	24	13	40	1.90
67995216--67995248	17	1.9	17	88	11	50	69	3	0	27	1.03
67995539--67995629	19	4.9	19	89	8	143	36	16	9	37	1.82
67995551--67995621	35	2.0	36	94	2	126	38	14	9	38	1.79
67995553--67995608	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
67997728--67997815	42	2.1	42	100	0	176	27	29	21	21	1.99
68000237--68000421	3	62.7	3	72	14	118	28	7	0	63	1.21
68000261--68000440	27	6.5	26	67	22	68	27	6	0	65	1.17
68000388--68000441	19	2.9	18	82	17	67	24	1	0	74	0.92
68007088--68007330	132	1.8	132	80	3	292	26	23	26	23	2.00
68007402--68007518	44	2.7	44	75	7	112	26	21	24	27	1.99
68007549--68007902	133	2.7	131	82	6	430	27	20	26	25	1.99
68007845--68007946	44	2.3	44	81	3	107	22	24	27	25	2.00
68007576--68007961	133	2.9	132	81	4	332	26	21	27	24	1.99
68007713--68008274	177	3.2	175	82	6	575	25	20	28	24	1.99
68007044--68008280	619	2.0	620	88	1	1836	27	20	27	24	1.99
68007980--68008297	89	3.6	87	69	13	220	26	20	28	25	1.99
68009051--68009079	7	4.3	7	95	4	51	0	10	0	89	0.48
68009816--68009932	3	38.7	3	73	11	96	31	7	0	59	1.31
68009846--68009943	12	8.4	12	77	13	71	30	8	2	59	1.38
68009817--68009915	51	1.9	51	88	8	148	32	8	1	58	1.34
68009950--68009992	12	3.6	11	84	9	50	18	6	2	72	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68009959--68009997	12	3.2	12	82	13	53	17	5	5	71	1.23
68022867--68022929	33	1.9	32	93	0	99	30	17	38	12	1.87
68025244--68025288	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
68028749--68028827	39	2.0	39	97	0	149	26	27	21	24	1.99
68037120--68037161	11	3.8	11	84	6	50	78	4	2	14	1.01
68037120--68037161	17	2.5	17	92	7	68	78	4	2	14	1.01
68037120--68037161	23	1.9	21	85	9	57	78	4	2	14	1.01
68038486--68038656	27	6.3	27	88	0	225	28	24	8	39	1.84
68038486--68038652	81	2.1	81	91	0	271	28	25	7	38	1.83
68038648--68038811	27	6.1	26	72	12	93	40	20	10	28	1.85
68038686--68038812	54	2.3	55	81	2	141	44	19	7	28	1.79
68038767--68038874	27	3.9	28	77	7	96	41	15	9	33	1.79
68039801--68039870	25	2.8	24	89	4	95	27	24	24	24	2.00
68039801--68039897	25	4.0	23	84	8	77	28	22	23	24	1.99
68042512--68043407	81	11.1	81	98	0	1711	30	24	6	38	1.80
68043403--68043545	27	5.3	26	71	13	85	38	21	11	28	1.88
68043401--68043542	54	2.6	54	77	9	139	38	21	11	28	1.88
68043443--68043580	27	5.1	27	75	7	120	42	20	7	29	1.79
68043443--68043567	54	2.3	55	86	2	164	43	21	7	28	1.79
68043522--68043629	27	3.9	28	77	11	98	42	15	8	33	1.77
68045879--68045940	24	2.7	22	73	9	70	16	19	22	41	1.89
68045866--68045981	46	2.6	45	78	5	108	21	16	19	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68046104--68046156	21	2.7	19	82	8	63	26	18	22	32	1.97
68049387--68049433	16	3.0	15	79	17	51	68	0	4	27	1.08
68050665--68050703	10	3.9	10	80	12	53	69	2	7	20	1.26
68051383--68051485	15	6.5	15	68	21	59	45	0	2	50	1.23
68051829--68051879	6	8.3	6	79	18	52	49	0	0	50	1.00
68051930--68051972	17	2.4	18	85	14	54	27	2	0	69	1.00
68052441--68052475	15	2.2	16	95	5	63	74	0	0	25	0.82
68056130--68056170	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
68064299--68064360	31	2.0	31	100	0	124	41	6	12	38	1.69
68072487--68072537	27	2.0	27	88	11	81	0	56	15	27	1.39
68085815--68085845	6	5.2	6	100	0	62	16	0	51	32	1.44
68093328--68093488	26	6.2	26	90	0	259	33	6	22	36	1.81
68093328--68093488	52	3.1	52	94	0	286	33	6	22	36	1.81
68098218--68098311	47	2.0	47	95	0	170	35	12	29	22	1.91
68099726--68099886	26	6.2	26	87	5	227	32	7	23	36	1.83
68099726--68099886	52	3.1	52	91	2	252	32	7	23	36	1.83
68106572--68106881	155	2.0	154	96	1	568	31	15	22	30	1.95
68107060--68107143	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
68109515--68109622	26	4.2	26	93	0	180	33	7	22	37	1.82
68112177--68112206	14	2.1	14	100	0	60	33	6	0	60	1.23
68112201--68112346	64	2.4	57	78	11	143	34	5	6	52	1.51
68112187--68112270	23	3.3	23	71	17	53	34	8	4	52	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68113151--68113192	18	2.5	17	84	7	50	11	35	47	4	1.61
68113680--68113831	3	50.0	3	82	8	175	34	0	3	61	1.17
68113703--68113850	22	6.7	22	96	1	262	35	1	4	58	1.25
68114059--68114091	3	11.0	3	87	12	50	33	0	0	66	0.92
68114059--68114107	21	2.3	21	86	6	64	30	0	4	65	1.11
68114286--68114338	20	2.6	21	87	3	72	32	0	5	62	1.19
68126288--68126431	70	2.0	72	88	5	213	27	17	22	32	1.96
68126462--68126602	72	2.0	72	87	2	203	22	17	22	36	1.94
68126427--68127150	160	4.4	160	87	7	931	25	16	19	38	1.93
68126622--68126756	72	1.9	72	84	3	182	25	17	21	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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