genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.158.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  158  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52967532--52967661	40	3.3	40	82	7	158	24	20	28	26	1.99
52973906--52973949	21	2.1	21	100	0	88	45	18	13	22	1.84
52974965--52975003	21	1.9	20	94	5	69	46	23	0	30	1.53
52975100--52975138	21	1.9	19	90	10	60	71	12	2	12	1.24
52977566--52977684	42	2.8	42	78	2	114	24	16	27	31	1.97
52977615--52977781	90	1.9	90	80	2	201	27	20	26	25	1.99
52985374--52985407	14	2.4	14	95	0	59	38	20	23	17	1.93
52988218--52988248	15	2.1	15	94	5	55	22	6	29	41	1.78
52993700--52993781	42	2.0	42	85	0	110	28	19	24	28	1.99
53000348--53000587	96	2.5	94	82	7	265	32	19	12	35	1.89
53000703--53000747	19	2.3	20	84	3	56	57	4	6	31	1.44
53000973--53001128	10	16.4	10	69	18	66	31	5	1	61	1.29
53000973--53001124	9	16.1	9	71	15	85	30	5	1	62	1.28
53001042--53001124	19	4.4	19	80	10	84	32	3	2	61	1.26
53001254--53001297	7	6.3	7	81	0	52	45	27	0	27	1.54
53001258--53001297	21	1.9	21	94	0	71	42	27	0	30	1.56
53002610--53002675	21	3.2	21	81	8	73	40	31	1	25	1.65
53002629--53002682	21	2.5	21	84	3	72	44	35	0	20	1.52
53004366--53004419	25	2.2	25	89	0	81	62	0	0	37	0.95
53004385--53004428	19	2.4	19	92	3	72	65	0	0	34	0.93
53005615--53005783	45	3.8	45	82	3	182	39	16	18	24	1.91
53005728--53005799	21	3.3	21	66	17	56	41	16	19	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53005705--53005799	45	2.1	45	94	0	163	42	14	20	23	1.89
53005850--53005924	34	2.2	34	78	4	80	45	17	10	26	1.81
53012586--53012696	42	2.6	42	77	2	116	28	15	24	31	1.95
53015315--53015432	49	2.4	49	85	2	148	28	20	28	22	1.98
53030296--53030389	24	4.0	24	87	8	131	28	22	20	28	1.98
53030439--53030505	20	3.3	20	89	0	107	32	20	13	32	1.92
53031647--53031686	12	3.2	12	82	3	53	50	0	42	7	1.30
53032528--53032566	2	19.5	2	89	0	60	48	2	2	46	1.29
53036457--53036631	47	3.6	47	86	3	233	32	8	30	28	1.87
53036750--53036828	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
53043523--53043581	27	2.2	27	84	0	73	37	6	16	38	1.76
53054575--53054624	26	1.9	26	84	8	66	34	4	2	60	1.27
53061515--53061600	27	3.2	27	86	1	120	23	18	15	43	1.88
53061595--53061801	27	7.7	27	90	1	317	38	15	13	31	1.87
53074710--53074903	54	3.6	55	79	2	196	17	14	32	35	1.90
53074716--53074903	27	7.0	28	74	4	129	17	14	33	34	1.90
53078786--53078853	34	2.0	34	100	0	136	47	14	17	20	1.83
53079713--53079864	49	3.1	49	81	3	205	27	17	25	29	1.98
53082851--53082904	15	3.7	15	75	20	51	7	12	18	61	1.54
53085367--53085554	49	3.8	49	80	5	234	28	18	25	28	1.98
53085362--53085549	100	1.9	100	93	0	322	27	19	25	28	1.99
53088557--53088592	8	4.4	8	89	6	54	77	0	2	19	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53088557--53088592	17	2.2	17	90	5	56	77	0	2	19	0.88
53094750--53094831	41	2.0	41	90	0	128	35	14	17	32	1.90
53099117--53099323	53	3.9	54	78	3	220	37	18	24	20	1.94
53102901--53103075	46	3.8	45	77	13	194	21	20	29	29	1.98
53102898--53103068	93	1.8	93	92	0	288	21	20	29	28	1.98
53111446--53111496	21	2.4	21	83	3	66	9	19	47	23	1.79
53112538--53112610	37	2.0	37	100	0	146	23	8	32	35	1.84
53116987--53117030	22	2.0	22	82	8	54	50	9	20	20	1.75
53116941--53117184	81	3.0	81	93	3	429	42	13	14	29	1.85
53117068--53117111	22	2.0	22	100	0	88	50	9	27	13	1.72
53117319--53117360	22	1.9	22	100	0	84	52	4	28	14	1.62
53117070--53117572	249	2.0	249	99	0	997	42	16	18	23	1.89
53119813--53120024	85	2.5	85	100	0	424	38	8	26	26	1.86
53127564--53127916	47	7.4	47	93	1	553	32	8	30	28	1.87
53139338--53139419	30	2.7	30	92	0	128	31	8	28	31	1.87
53139758--53139973	46	4.7	46	78	12	196	28	19	29	22	1.98
53151800--53151839	21	2.0	21	90	5	64	12	40	27	20	1.88
53153039--53153096	30	1.9	30	86	6	82	18	29	32	18	1.96
53153653--53153692	20	2.0	21	90	5	64	2	22	2	72	1.09
53156556--53156645	12	7.6	11	71	22	51	20	5	1	73	1.10
53156556--53156589	16	2.1	16	88	0	50	20	2	0	76	0.92
53156554--53156614	24	2.6	24	84	5	72	18	6	1	73	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53156556--53156625	6	12.0	6	72	11	56	18	5	1	74	1.09
53173172--53173243	35	2.1	35	94	0	126	37	26	20	15	1.92
53173813--53173845	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
53175413--53175458	20	2.3	20	84	0	56	17	19	4	58	1.55
53175533--53175579	23	2.0	23	83	0	58	23	31	8	36	1.85
53177454--53177511	30	2.0	29	86	6	73	36	15	24	22	1.93
53179326--53179470	70	2.1	71	97	1	274	33	15	17	33	1.92
53181046--53181089	21	2.1	21	95	0	79	20	18	4	56	1.58
53200896--53201001	54	2.0	53	81	5	124	16	21	34	27	1.94
53208919--53209096	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
53208940--53209095	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
53216982--53217159	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
53217003--53217158	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
53220124--53220152	11	2.6	11	100	0	58	44	0	44	10	1.38
53220438--53220701	47	5.6	47	76	12	197	23	29	18	28	1.98
53224616--53224773	67	2.3	68	81	1	183	35	16	16	31	1.91
53228465--53228726	134	1.9	135	87	3	384	38	16	14	30	1.89
53239700--53239726	14	1.9	14	100	0	54	40	7	0	51	1.30
53243658--53243733	38	2.0	38	94	0	134	40	11	27	19	1.87
53247870--53249301	220	6.5	220	92	0	2364	34	17	19	28	1.95
53248526--53248689	89	1.9	89	84	2	224	32	16	18	32	1.94
53247882--53249301	440	3.2	440	97	0	2660	34	17	19	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53248746--53248909	89	1.9	89	83	5	217	32	18	18	29	1.95
53251991--53252072	43	1.9	43	87	5	121	21	18	29	30	1.97
53255422--53255489	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
53255311--53255638	174	1.9	174	96	0	602	31	24	14	29	1.94
53255591--53255669	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
53265452--53265513	17	3.7	18	77	16	62	72	1	8	17	1.17
53281232--53281284	26	2.1	24	83	13	63	49	0	3	47	1.19
53281622--53281813	48	4.0	48	100	0	384	29	18	22	29	1.98
53283103--53283151	10	4.8	10	78	11	55	34	2	2	61	1.19
53284215--53284563	85	4.1	85	99	0	680	38	8	26	26	1.84
53285813--53285934	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
53285816--53285962	47	3.1	47	93	1	215	34	9	30	25	1.88
53296630--53296682	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
53297529--53297672	72	2.0	72	100	0	288	29	27	11	31	1.91
53298180--53298244	32	2.0	32	96	0	121	36	24	6	32	1.80
53300481--53300514	16	2.1	16	88	0	50	26	20	8	44	1.81
53306246--53306310	32	2.0	32	96	0	121	38	24	7	29	1.83
53309190--53309236	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
53309207--53309285	19	4.2	19	90	9	126	35	16	10	37	1.82
53309207--53309279	36	2.0	38	94	5	132	35	15	10	38	1.82
53309208--53309295	36	2.4	35	85	14	117	35	15	10	38	1.82
53312948--53313276	27	12.2	26	79	5	205	20	16	21	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53312946--53313276	54	6.2	53	82	2	322	20	16	21	41	1.90
53312978--53313270	134	2.2	135	84	2	383	19	17	21	41	1.90
53313004--53313276	81	3.4	81	86	2	343	17	16	22	42	1.89
53316640--53316757	27	4.4	27	82	1	121	25	16	17	40	1.90
53316698--53316941	27	9.1	27	79	2	222	18	15	22	43	1.87
53316698--53316941	81	3.0	81	79	5	251	18	15	22	43	1.87
53320593--53320656	30	2.1	30	88	0	92	18	20	35	25	1.95
53322792--53322931	27	5.2	26	89	4	163	36	22	23	17	1.95
53324549--53324629	26	3.2	26	86	10	123	37	25	4	32	1.78
53328623--53328763	27	5.3	27	88	5	180	34	23	24	17	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284