genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11682819--11683200	126	3.0	126	91	1	586	34	18	20	26	1.95
11691064--11691411	181	1.9	179	88	1	509	42	16	18	22	1.89
11708668--11708782	55	2.1	55	81	3	133	20	26	33	19	1.96
11716714--11717136	146	2.9	146	79	4	404	31	11	30	27	1.91
11716714--11717243	149	3.6	148	77	3	395	31	11	29	27	1.92
11719108--11719230	33	3.9	31	74	12	79	32	13	23	30	1.92
11719124--11719211	33	2.7	33	77	10	101	31	10	26	31	1.89
11722996--11723203	46	4.5	46	72	12	149	26	17	31	24	1.97
11723134--11723247	48	2.5	46	83	8	135	26	18	30	24	1.98
11729154--11729337	94	2.0	94	81	2	217	33	16	26	23	1.95
11731217--11731265	26	1.9	26	83	4	64	20	14	18	46	1.83
11733128--11733175	26	1.9	24	83	8	60	45	6	20	27	1.75
11737090--11737147	23	2.5	23	83	10	82	27	15	32	24	1.95
11737090--11737162	23	3.2	23	73	11	69	27	16	31	24	1.96
11746597--11746627	12	2.6	12	89	0	53	25	38	25	9	1.86
11748183--11748260	39	2.0	40	92	2	131	24	19	10	46	1.81
11756583--11756804	40	5.6	40	95	1	385	22	23	27	26	2.00
11760819--11761258	217	2.0	217	95	0	790	28	23	12	36	1.91
11765069--11765331	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
11773021--11773283	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
11778327--11778451	47	2.7	47	79	14	150	25	28	16	28	1.97
11788530--11788593	33	1.9	33	100	0	128	40	18	12	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11789148--11789320	46	3.8	45	76	13	165	29	27	20	23	1.99
11789154--11789325	93	1.8	93	88	2	265	28	28	20	22	1.99
11789551--11790415	51	17.0	51	100	0	1730	41	15	5	37	1.72
11795408--11796272	51	17.0	51	100	0	1730	41	15	5	37	1.72
11804387--11804422	19	1.9	18	88	5	54	19	36	25	19	1.95
11805489--11805544	19	2.8	19	78	17	60	25	3	0	71	1.02
11805486--11805535	21	2.4	20	74	9	55	22	4	0	74	0.99
11806838--11806909	36	2.0	36	100	0	144	38	19	8	33	1.82
11807047--11807095	22	2.2	22	85	0	71	24	30	34	10	1.89
11812677--11812854	40	4.5	39	85	4	198	26	20	27	25	1.99
11812683--11812854	80	2.2	79	85	3	229	25	21	27	25	1.99
11812710--11812887	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
11820593--11820802	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
11820540--11820802	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
11820541--11820837	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
11832530--11832626	23	4.3	23	72	15	76	39	15	21	23	1.92
11849126--11849317	6	31.8	6	74	18	168	50	13	15	20	1.78
11849126--11849317	30	6.4	30	92	5	300	50	13	15	20	1.78
11849497--11849561	22	3.0	21	73	13	60	35	23	21	20	1.96
11850014--11850228	27	8.0	27	96	0	367	23	20	20	34	1.96
11849987--11850228	54	4.5	54	91	1	362	23	21	20	34	1.96
11859297--11859338	22	2.1	19	86	13	57	45	2	0	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11860862--11861633	387	2.0	387	96	0	1427	37	19	20	22	1.95
11863947--11864009	24	2.6	25	78	14	60	9	36	1	52	1.44
11865025--11865060	16	2.2	16	100	0	72	50	5	0	44	1.25
11868502--11868664	44	3.7	44	80	2	168	31	27	15	25	1.96
11868502--11868664	88	1.9	87	81	3	202	31	27	15	25	1.96
11871740--11871979	50	4.8	50	79	3	266	30	26	17	25	1.97
11871801--11871982	101	1.8	101	88	0	283	31	25	16	25	1.96
11872331--11872377	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
11876407--11876591	40	4.7	40	81	5	178	27	28	20	24	1.99
11876374--11876591	40	5.5	39	77	7	165	25	27	20	25	1.99
11881570--11881980	207	2.0	207	94	0	723	24	30	19	26	1.98
11884481--11884652	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
11884483--11884705	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
11884481--11884705	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
11884637--11884714	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
11888131--11888169	18	2.2	18	86	13	55	28	0	2	69	1.02
11889764--11889801	19	2.0	19	85	10	51	21	21	36	21	1.95
11890247--11890298	27	1.9	27	88	7	79	19	26	21	32	1.97
11895461--11895848	193	2.0	193	100	0	776	25	10	30	32	1.90
11900032--11900060	14	2.1	14	100	0	58	17	13	20	48	1.81
11900433--11900692	47	5.6	46	74	10	163	30	18	27	23	1.98
11907944--11908829	48	18.6	46	70	9	573	30	16	29	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11907944--11908156	47	4.6	45	74	12	166	28	17	29	24	1.98
11907995--11908878	96	9.3	96	95	2	1586	30	17	29	22	1.97
11911147--11911226	30	2.7	30	84	0	115	21	25	11	42	1.85
11911147--11911337	60	3.2	59	76	8	163	23	25	13	37	1.91
11911175--11911312	30	4.6	30	83	1	152	23	26	13	37	1.91
11911147--11911359	30	7.1	30	79	7	102	22	26	14	37	1.92
11911416--11911572	40	4.0	40	77	4	138	29	16	24	29	1.96
11911428--11911561	39	3.4	39	80	5	133	27	17	23	31	1.97
11911428--11911561	41	3.3	40	82	3	144	27	17	23	31	1.97
11911582--11911767	92	2.0	92	82	0	228	28	22	20	29	1.98
11911729--11911842	40	2.8	40	79	10	115	26	24	20	28	1.99
11911754--11911869	40	2.8	40	84	3	142	24	20	22	32	1.98
11912652--11912696	7	6.3	7	84	5	63	17	0	37	44	1.49
11912820--11912901	21	3.9	21	75	12	78	10	1	43	43	1.47
11912821--11912902	28	2.9	28	82	5	94	12	1	42	43	1.49
11912774--11912902	7	18.3	7	75	8	68	13	0	40	45	1.48
11917522--11918489	241	4.0	241	96	0	1758	34	17	14	33	1.90
11917522--11918489	481	2.0	482	96	0	1794	34	17	14	33	1.90
11918670--11918773	9	11.2	9	77	6	100	46	21	0	31	1.58
11918687--11918764	39	2.0	39	94	0	138	44	21	1	32	1.60
11918683--11918795	57	2.0	57	84	3	147	44	23	1	30	1.64
11924345--11924384	21	1.9	21	94	0	71	22	22	55	0	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11924449--11924642	97	2.0	97	100	0	388	34	12	7	46	1.69
11924765--11924970	43	4.8	43	86	4	265	26	20	22	30	1.98
11924765--11924971	87	2.4	86	86	6	285	26	20	23	30	1.98
11924765--11925013	87	2.9	86	82	6	245	27	20	22	29	1.99
11924765--11925013	130	1.9	129	83	4	322	27	20	22	29	1.99
11927146--11927328	40	4.6	39	82	4	188	26	27	21	25	1.99
11927260--11927337	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
11935052--11935158	39	2.7	39	89	1	151	27	26	20	26	1.99
11935050--11935180	40	3.3	40	85	2	174	26	27	20	25	1.99
11952153--11952199	24	1.9	25	91	4	78	34	25	14	25	1.94
11952238--11952294	9	5.9	9	73	15	51	36	7	21	35	1.80
11952236--11952298	20	3.2	20	95	0	117	38	11	19	31	1.86
11952352--11952494	23	6.0	24	85	10	195	29	20	22	27	1.98
11952352--11952473	47	2.6	49	93	3	205	30	19	21	28	1.98
11952687--11952750	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
11952923--11953062	72	1.9	72	98	0	271	22	15	20	40	1.90
11960431--11960487	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
11960429--11960491	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
11961994--11962292	40	7.5	40	89	3	408	25	28	22	23	1.99
11964169--11964232	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
11972498--11972574	32	2.4	32	95	0	136	42	16	12	27	1.85
11972705--11972745	20	2.0	20	95	0	73	51	12	9	26	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11976616--11976783	40	4.2	40	82	8	139	26	27	21	24	1.99
11976653--11976783	40	3.3	40	88	2	192	27	27	21	23	1.99
11976651--11976836	80	2.3	78	81	11	200	27	26	21	24	1.99
11989122--11989271	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
11989094--11989271	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
11989095--11989250	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
11995500--11995643	76	1.9	76	92	0	243	32	7	20	39	1.81
11995881--11995969	47	1.9	46	91	8	146	49	8	26	14	1.73
11997252--11997401	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
11997224--11997401	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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