genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73477588--73477745	68	2.3	70	80	7	171	20	27	15	35	1.94
73488258--73488371	42	2.6	44	79	10	128	29	23	17	28	1.97
73504155--73504248	28	3.4	28	93	0	161	22	14	35	27	1.94
73504155--73504263	28	3.9	28	91	0	155	23	15	33	26	1.95
73504155--73504261	56	1.9	56	92	0	178	22	15	34	27	1.95
73504196--73504286	28	3.2	28	82	1	74	28	14	32	24	1.94
73504587--73505050	27	17.3	27	83	4	503	38	20	10	30	1.87
73505014--73505096	27	3.1	27	91	0	121	36	15	19	28	1.93
73529410--73529462	27	2.0	27	88	7	81	50	7	0	41	1.30
73531259--73531291	13	2.5	13	90	9	50	72	6	3	18	1.18
73531674--73531714	21	2.0	21	85	0	55	56	4	7	31	1.48
73538319--73538351	13	2.5	13	90	9	50	72	6	3	18	1.18
73538733--73538773	21	2.0	21	85	0	55	56	4	7	31	1.48
73539358--73539433	21	3.7	21	87	7	120	36	11	10	40	1.76
73539371--73539434	19	3.3	19	93	4	101	37	14	9	39	1.78
73539637--73539722	44	2.0	44	83	4	111	29	25	17	27	1.97
73539719--73540116	132	3.0	132	92	1	656	24	25	19	29	1.98
73541349--73541382	6	5.7	6	86	13	52	0	17	0	82	0.67
73543152--73543219	34	2.0	33	91	2	109	30	8	30	27	1.87
73547170--73547202	13	2.5	13	90	9	50	72	6	3	18	1.18
73547263--73548002	21	35.3	21	99	0	1457	37	14	9	38	1.78
73550170--73550217	14	3.5	14	85	2	71	16	0	4	79	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73551122--73551191	25	2.8	25	86	0	95	25	24	18	31	1.98
73551237--73551319	13	6.4	13	77	5	69	45	2	19	32	1.63
73558173--73558207	14	2.5	15	86	13	56	28	0	11	60	1.32
73566829--73566873	20	2.2	20	84	4	54	51	6	4	37	1.49
73567106--73567157	24	2.2	24	96	0	95	15	15	44	25	1.85
73575132--73575179	15	3.2	15	75	0	51	45	10	14	29	1.78
73576335--73576587	96	2.6	96	77	7	264	37	19	20	22	1.95
73576335--73576587	32	7.9	32	81	5	233	37	19	20	22	1.95
73576759--73576831	24	3.1	23	84	5	92	47	26	6	19	1.74
73576860--73577260	27	14.9	27	83	4	447	24	18	20	37	1.94
73586594--73586639	21	2.2	21	84	0	56	26	10	28	34	1.90
73588116--73588245	35	3.7	33	78	12	127	26	22	26	24	2.00
73589679--73589721	21	2.1	21	83	8	54	30	4	23	41	1.74
73596346--73596385	20	2.0	20	85	9	55	37	12	5	45	1.64
73597578--73597684	44	2.4	44	73	3	108	30	14	20	33	1.93
73598592--73598877	50	5.7	50	83	1	333	28	22	27	20	1.99
73616772--73616957	50	3.7	50	85	1	239	26	22	29	22	1.99
73616778--73616957	99	1.8	99	86	0	261	27	21	30	21	1.98
73626341--73626650	155	2.0	155	100	0	620	34	14	14	36	1.87
73633739--73633792	20	2.7	20	77	8	56	64	0	3	31	1.11
73637244--73637275	16	2.1	16	94	5	57	50	6	18	25	1.70
73640504--73640723	120	1.8	120	85	0	305	25	18	24	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73645359--73645426	16	4.2	16	78	10	68	44	4	20	30	1.71
73645359--73645419	32	1.9	32	86	0	86	44	3	22	29	1.69
73645408--73645505	49	2.0	49	86	8	135	35	5	24	34	1.78
73649048--73649077	14	2.1	14	93	0	51	83	0	16	0	0.65
73649353--73649419	35	1.9	35	82	11	84	55	1	7	35	1.37
73674471--73674655	79	2.3	81	83	7	218	25	27	22	24	2.00
73674452--73674655	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	25	2.00
73679880--73679923	21	2.0	22	91	4	72	40	0	20	38	1.53
73687126--73687154	15	1.9	15	100	0	58	82	3	0	13	0.79
73687127--73687177	26	2.0	25	85	11	68	82	3	1	11	0.89
73691526--73691579	18	3.1	18	81	2	56	51	3	3	40	1.37
73691661--73691776	58	2.0	58	98	0	223	34	26	21	17	1.95
73695727--73695766	20	2.0	20	95	0	71	32	10	12	45	1.75
73700024--73700341	27	11.9	27	80	6	297	41	17	16	24	1.89
73700715--73700774	28	2.2	27	84	3	75	23	23	25	28	2.00
73701592--73701680	45	2.0	45	90	0	142	24	26	12	35	1.91
73709724--73709776	26	2.1	24	86	6	70	77	1	1	18	0.96
73709700--73709777	14	5.5	14	68	17	54	75	2	1	20	0.99
73709700--73709777	35	2.2	36	81	6	97	75	2	1	20	0.99
73711294--73711352	28	2.1	29	93	3	102	37	6	8	47	1.61
73712071--73712127	22	2.6	22	88	0	78	31	47	3	17	1.65
73718340--73718478	50	2.8	50	83	0	170	28	23	28	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73718856--73718889	14	2.3	15	90	5	52	11	17	5	64	1.45
73724628--73724711	28	3.0	28	92	1	132	38	13	25	23	1.91
73727829--73727900	29	2.5	28	82	11	92	27	13	29	29	1.95
73727859--73728159	161	1.9	160	97	0	575	31	14	23	29	1.95
73742191--73742272	29	2.8	30	89	7	116	40	9	26	23	1.85
73746001--73746179	50	3.5	50	80	7	171	27	21	27	23	1.99
73746442--73746480	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
73746966--73747346	181	2.1	181	96	0	701	33	7	16	42	1.77
73747028--73747397	181	2.0	181	85	1	501	34	8	15	40	1.79
73753815--73753931	50	2.3	50	79	0	144	26	23	28	21	1.99
73754229--73754287	29	2.0	29	100	0	118	44	6	27	22	1.78
73768459--73768687	50	4.6	50	81	3	257	28	22	27	21	1.99
73775012--73775142	40	3.3	40	86	3	149	26	28	19	25	1.99
73775040--73775143	39	2.6	40	90	1	156	25	27	20	25	1.99
73780829--73780992	40	4.1	40	80	10	176	24	27	23	25	2.00
73781761--73782405	323	2.0	323	99	0	1272	37	26	11	24	1.90
73786898--73786978	42	2.0	41	83	11	103	22	18	25	33	1.97
73790984--73791040	30	1.9	30	100	0	114	26	17	17	38	1.92
73797207--73797235	13	2.2	13	100	0	58	6	48	34	10	1.64
73798754--73798779	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
73800334--73800393	32	1.9	32	86	3	86	61	6	11	20	1.52
73807529--73807655	55	2.3	55	76	8	132	26	28	27	17	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73817805--73817889	17	5.1	16	74	16	75	48	12	14	24	1.79
73817794--73817889	33	3.0	33	89	3	124	45	12	14	27	1.81
73817805--73817905	16	6.2	16	77	5	87	46	13	14	24	1.82
73821156--73821202	22	2.1	22	92	0	76	36	23	2	38	1.67
73824600--73824670	36	2.0	36	91	0	115	39	26	11	22	1.88
73826774--73826815	22	1.9	22	85	0	57	38	26	2	33	1.69
73830106--73830145	16	2.4	18	80	16	50	50	17	25	7	1.72
73830826--73830902	34	2.3	34	88	0	109	35	24	19	20	1.96
73832367--73832411	22	2.0	22	86	0	63	15	2	8	73	1.18
73847712--73847777	34	1.9	34	81	6	80	27	27	24	21	1.99
73851565--73851645	42	1.9	42	97	0	153	33	16	4	45	1.68
73859296--73859476	40	4.6	41	82	7	223	26	22	24	27	2.00
73859704--73859745	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
73875989--73876013	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
73876831--73876881	24	2.1	24	100	0	102	43	7	7	41	1.63
73877554--73877667	57	2.0	57	98	0	219	33	7	16	42	1.75
73884872--73884930	25	2.4	25	79	0	64	22	22	23	32	1.98
73885131--73885179	22	2.2	22	82	7	55	46	2	16	34	1.58
73889599--73889641	18	2.4	17	81	11	50	65	2	2	30	1.18
73893195--73893242	10	4.8	10	87	10	62	22	8	2	66	1.29
73895368--73895420	25	2.2	24	86	10	72	35	11	22	30	1.89
73898477--73898585	45	2.3	46	87	4	148	28	28	10	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73901139--73901179	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
73902249--73902400	77	2.0	77	97	0	286	45	22	1	30	1.61
73903132--73903293	43	3.8	44	71	14	117	31	24	18	25	1.97
73910849--73910955	44	2.4	44	84	0	142	29	24	17	28	1.97
73914357--73914409	26	2.0	26	100	0	106	54	11	11	22	1.67
73924666--73924775	55	2.0	55	98	0	211	35	23	20	20	1.96
73925264--73925312	17	2.9	17	87	6	73	22	4	0	73	1.00
73930382--73930417	18	2.0	18	94	0	63	52	5	5	36	1.48
73931819--73931854	17	2.1	17	94	0	63	11	25	27	36	1.90
73932170--73932222	20	2.7	20	85	11	65	58	7	0	33	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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