genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25269516--25269557	19	2.3	19	88	8	61	38	11	14	35	1.83
25269668--25269707	21	2.0	20	85	5	53	12	2	15	70	1.28
25270582--25270624	19	2.3	19	100	0	86	65	0	0	34	0.93
25270590--25270645	11	5.5	11	77	14	57	66	1	0	32	1.03
25273486--25273601	14	8.1	14	68	20	55	56	2	0	40	1.19
25275650--25275702	19	2.5	22	74	22	60	56	1	1	39	1.21
25282531--25282563	17	1.9	17	93	0	57	18	18	15	48	1.81
25283187--25283219	17	1.9	17	100	0	66	12	18	24	45	1.83
25284126--25284163	15	2.4	17	82	13	53	76	7	0	15	1.01
25284405--25284553	38	3.6	38	73	19	145	65	0	5	29	1.15
25284430--25284564	28	4.7	28	71	11	112	66	0	5	28	1.13
25285372--25285823	44	10.3	44	83	2	550	29	26	14	29	1.95
25302186--25302250	25	2.9	21	75	16	76	29	1	15	53	1.51
25303273--25303325	26	2.0	26	92	0	88	60	1	1	35	1.19
25303436--25303480	19	2.3	19	84	3	63	55	15	4	24	1.59
25306175--25307365	601	2.0	601	98	0	2301	25	16	19	38	1.92
25318739--25319180	47	9.4	47	94	0	742	33	8	28	29	1.87
25319299--25319377	37	2.1	37	83	4	97	27	18	27	25	1.98
25323473--25323512	20	1.9	22	85	10	57	40	12	7	40	1.71
25341057--25341090	11	3.4	10	88	12	52	41	0	11	47	1.40
25351097--25351123	13	2.1	13	100	0	54	40	14	7	37	1.74
25352262--25352307	23	2.0	23	95	0	83	32	28	0	39	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25353613--25353718	40	2.7	40	79	8	117	24	27	23	24	2.00
25354961--25355018	25	2.5	24	81	13	68	8	18	1	70	1.21
25359046--25359112	33	2.0	33	91	5	109	40	11	13	34	1.81
25371812--25371920	27	4.1	26	73	10	85	36	19	21	22	1.95
25372052--25372213	27	6.0	27	88	0	243	24	22	20	32	1.98
25372767--25372798	15	2.1	15	94	0	55	46	40	0	12	1.42
25385129--25385571	231	1.9	231	81	7	542	26	31	6	35	1.81
25386081--25386117	7	5.3	7	100	0	74	72	0	0	27	0.84
25386150--25386185	18	1.9	19	88	5	56	38	8	47	5	1.57
25387535--25387567	16	2.0	17	94	5	59	18	33	0	48	1.48
25387648--25387674	14	1.9	14	100	0	54	44	7	3	44	1.49
25389288--25389339	24	2.2	24	86	6	70	42	13	9	34	1.77
25398064--25398353	40	7.3	40	95	0	465	24	20	28	26	1.99
25398011--25398353	80	4.3	80	90	1	467	24	20	27	26	1.99
25398011--25398353	120	2.9	119	88	3	474	24	20	27	26	1.99
25406112--25406361	40	6.3	40	94	0	394	24	20	28	26	1.99
25406059--25406361	80	3.8	80	89	2	396	24	20	27	26	1.99
25406059--25406361	120	2.5	119	87	2	410	24	20	27	26	1.99
25413934--25413977	23	1.9	23	86	9	63	13	20	0	65	1.26
25418011--25418191	45	4.2	44	80	13	198	27	27	18	27	1.98
25418033--25418191	45	3.6	45	85	5	220	28	27	18	25	1.98
25420537--25420643	49	2.3	47	82	7	130	46	8	17	27	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25423536--25423569	16	2.1	16	88	0	50	76	0	0	23	0.79
25430161--25430211	25	2.0	26	92	3	86	35	21	3	39	1.72
25432693--25432744	24	2.2	24	96	0	95	32	9	13	44	1.76
25435122--25435176	17	3.1	18	86	7	67	38	0	0	61	0.96
25435097--25435176	9	8.8	9	78	13	65	40	1	0	58	1.06
25435145--25435176	10	3.3	10	91	8	57	37	0	0	62	0.95
25435137--25435176	19	2.1	19	95	0	71	37	0	0	62	0.95
25438414--25438769	27	13.3	26	84	6	365	41	20	16	21	1.90
25438437--25438742	81	3.8	81	87	4	417	42	19	16	20	1.90
25438975--25439051	26	3.0	26	82	3	93	16	22	25	35	1.95
25439157--25439279	28	4.4	28	78	5	133	22	20	22	34	1.97
25442576--25442843	40	6.7	40	95	0	473	30	20	26	21	1.98
25449700--25449730	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
25449850--25449883	16	2.1	16	94	0	59	44	11	2	41	1.56
25449998--25450069	24	3.1	23	78	7	74	36	6	2	54	1.42
25454309--25454348	14	2.9	14	82	14	55	82	0	17	0	0.67
25454315--25454348	16	2.1	17	88	5	52	82	0	17	0	0.67
25454966--25455026	27	2.3	26	75	13	61	49	1	3	45	1.28
25458923--25458948	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
25461173--25461355	69	2.7	69	82	2	208	35	22	19	22	1.96
25461368--25461589	58	3.8	59	80	4	229	27	22	14	35	1.93
25465428--25465456	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25465581--25465614	16	2.1	16	94	0	59	44	11	2	41	1.56
25465729--25465800	24	3.1	23	78	7	74	36	6	2	54	1.42
25470040--25470079	14	2.9	14	82	14	55	82	0	17	0	0.67
25470046--25470079	16	2.1	17	88	5	52	82	0	17	0	0.67
25470697--25470757	27	2.3	26	75	13	61	49	1	3	45	1.28
25474654--25474679	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
25476904--25477086	69	2.7	69	82	2	208	35	22	19	22	1.96
25477099--25477320	58	3.8	59	80	4	229	27	22	14	35	1.93
25481441--25481586	37	3.9	37	95	0	238	26	30	18	23	1.98
25481798--25482139	47	7.1	47	87	5	432	26	29	12	31	1.92
25481925--25482117	51	3.8	52	84	7	245	27	29	12	30	1.93
25481803--25482117	151	2.2	147	88	5	471	26	29	12	31	1.93
25487373--25487459	43	2.0	43	97	0	165	43	8	33	14	1.75
25489504--25489537	17	2.0	17	94	0	59	23	14	8	52	1.69
25490062--25490393	73	4.5	73	98	0	619	29	6	23	40	1.78
25492693--25492739	21	2.2	21	77	7	51	68	4	0	27	1.08
25498987--25499017	15	2.1	15	93	0	53	54	6	0	38	1.26
25499126--25499179	23	2.3	23	75	12	56	46	0	1	51	1.11
25499347--25499376	7	4.3	7	100	0	60	13	13	0	73	1.10
25499843--25499876	13	2.6	13	85	0	50	38	5	5	50	1.51
25503688--25503795	25	4.4	25	76	19	111	32	20	24	23	1.98
25506359--25506391	16	2.1	16	100	0	66	45	6	18	30	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25514599--25514662	27	2.4	26	82	5	83	35	12	9	42	1.75
25514806--25514830	12	2.1	12	100	0	50	16	24	0	60	1.36
25517187--25517235	25	1.9	26	87	4	73	38	10	6	44	1.63
25518575--25518606	13	2.4	14	89	10	57	59	25	0	15	1.36
25520616--25520653	20	1.9	20	94	0	67	13	36	21	28	1.91
25521841--25521961	41	3.0	41	83	2	154	33	14	29	23	1.93
25521880--25521946	20	3.3	20	64	4	53	35	13	31	19	1.90
25524438--25524479	9	4.6	9	86	13	59	54	21	2	21	1.56
25524447--25524480	14	2.4	15	90	9	54	55	20	2	20	1.56
25528379--25528455	37	2.1	37	79	16	88	54	3	0	41	1.19
25530005--25530036	15	2.1	15	94	0	55	65	6	15	12	1.44
25530424--25530584	29	5.6	29	67	16	93	19	14	29	36	1.92
25530487--25530606	58	2.1	58	81	6	136	19	16	27	36	1.93
25533862--25533903	21	2.0	21	81	9	50	45	7	4	42	1.52
25535315--25535492	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
25535315--25535492	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
25542517--25542562	20	2.5	19	83	13	60	63	6	8	21	1.46
25547092--25547152	30	2.0	30	84	12	81	34	3	1	60	1.23
25556629--25556665	6	6.0	6	87	6	56	78	2	2	16	0.98
25560930--25560971	21	2.0	21	95	0	75	21	14	16	47	1.82
25563070--25563120	21	2.4	21	86	0	75	27	7	33	31	1.85
25576907--25576944	16	2.3	17	86	9	60	60	0	2	36	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25576939--25577021	31	2.7	31	80	12	91	37	4	2	55	1.34
25588046--25588078	16	2.1	16	88	5	50	45	3	0	51	1.16
25588385--25588411	10	2.7	10	100	0	54	22	33	11	33	1.89
25594147--25594243	25	3.9	24	75	18	92	19	23	24	31	1.98
25594140--25594249	50	2.2	48	84	10	134	20	22	24	32	1.97
25595400--25595429	12	2.5	12	94	0	51	23	43	26	6	1.78
25598298--25598342	6	7.2	6	80	9	54	73	0	0	26	0.84
25598294--25598353	20	3.0	20	85	4	77	70	1	1	26	1.07
25607953--25608021	27	2.5	28	90	6	106	39	10	1	49	1.46
25608089--25608165	27	2.9	27	92	0	118	25	28	28	16	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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