genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74906958--74907028	27	2.6	27	81	0	88	42	23	7	26	1.80
74907067--74907423	27	13.3	27	85	0	428	36	19	19	24	1.95
74907815--74908007	6	31.3	6	72	16	128	18	18	15	48	1.81
74907843--74907913	19	3.8	18	80	10	81	16	19	16	46	1.84
74907818--74907882	25	2.6	25	90	0	94	15	20	18	46	1.84
74907837--74907919	37	2.2	37	84	0	112	18	19	16	45	1.85
74907816--74908007	62	3.1	61	85	2	251	17	18	15	48	1.81
74907880--74907941	25	2.5	25	89	0	88	20	20	12	45	1.84
74907846--74907938	19	4.6	19	72	21	73	18	20	15	46	1.84
74907899--74907993	37	2.6	37	82	0	118	17	17	14	49	1.80
74912338--74912397	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
74912515--74912634	6	19.5	6	74	17	104	18	17	16	47	1.83
74912519--74912583	19	3.8	19	67	26	63	18	18	16	46	1.85
74912519--74912614	25	3.6	25	77	22	90	17	19	16	45	1.85
74912515--74912650	31	4.4	31	86	2	186	18	16	16	48	1.81
74914087--74914177	35	2.6	35	76	0	110	37	16	17	28	1.92
74921440--74921483	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
74929003--74929049	19	2.5	20	86	6	62	46	6	19	27	1.74
74930888--74931058	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
74930880--74931055	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
74933447--74933535	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
74933447--74933529	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74933458--74933535	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
74936458--74936629	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	21	1.99
74936450--74936625	46	3.8	46	80	10	223	28	28	21	21	1.98
74949234--74949310	33	2.3	33	82	4	84	25	23	19	31	1.98
74955432--74955680	115	2.2	113	78	5	241	33	21	16	28	1.95
74956716--74956762	5	9.8	5	93	6	80	63	14	0	21	1.30
74956716--74956762	19	2.4	19	96	3	85	63	14	0	21	1.30
74958078--74958185	26	4.2	26	96	0	198	30	6	25	37	1.81
74959604--74959677	27	2.8	26	86	10	89	16	24	22	36	1.94
74960628--74960698	35	2.1	34	83	2	88	42	1	4	52	1.29
74960688--74960730	20	2.1	20	82	4	59	44	0	6	48	1.29
74961893--74961998	52	2.0	52	100	0	212	33	1	20	44	1.63
74962354--74962398	21	2.1	21	83	4	54	44	2	2	51	1.26
74974981--74975064	41	2.1	40	95	2	150	39	11	19	29	1.87
74975231--74975260	7	4.3	7	95	0	51	0	16	0	83	0.65
74976135--74976182	18	2.6	18	78	15	53	27	4	0	68	1.07
74981012--74981096	35	2.5	34	84	5	100	22	18	20	38	1.93
74981021--74981190	34	4.9	34	73	9	130	21	17	22	38	1.93
74981081--74981209	69	1.9	69	81	3	161	24	17	22	34	1.96
74986943--74986989	24	2.0	23	87	8	67	36	0	2	61	1.08
74991849--74991910	23	2.7	23	94	2	106	48	3	3	45	1.34
74997271--74997322	24	2.2	24	92	0	86	50	9	3	36	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74997413--74997471	29	2.0	29	90	0	91	32	28	10	28	1.90
75000978--75001531	301	1.8	301	92	0	939	33	21	12	32	1.91
75007150--75007268	22	5.3	22	71	8	87	23	25	18	32	1.97
75014917--75014997	23	3.5	23	76	5	92	23	19	19	37	1.95
75014917--75015011	47	2.1	45	82	7	111	23	20	21	35	1.96
75019179--75019267	45	2.0	45	86	0	124	25	23	15	34	1.95
75019202--75019292	45	2.0	44	85	6	121	23	23	18	35	1.96
75020154--75020186	16	2.1	16	88	5	50	60	3	0	36	1.12
75020722--75020900	95	1.9	95	81	2	216	34	22	18	24	1.96
75036666--75036847	88	2.1	88	85	4	242	37	19	9	32	1.85
75037082--75037145	19	3.4	18	79	18	69	64	1	7	26	1.30
75037371--75037464	8	10.6	8	79	7	53	29	2	1	67	1.10
75037313--75037423	20	5.6	19	72	6	62	28	4	3	63	1.31
75037319--75037402	30	2.8	31	75	8	93	26	3	4	65	1.29
75037330--75037455	29	4.4	29	75	14	86	30	2	1	65	1.15
75037389--75037474	28	3.1	27	76	12	77	33	1	0	65	1.01
75037330--75037476	10	15.4	10	73	13	82	31	2	1	65	1.12
75037351--75037474	19	6.6	19	68	19	82	32	2	0	64	1.12
75039399--75039474	26	2.9	26	98	0	143	31	5	26	36	1.79
75049172--75049196	9	2.8	9	100	0	50	64	0	12	24	1.27
75052638--75052668	7	4.6	7	96	4	55	0	22	0	77	0.77
75058161--75058191	6	5.0	6	96	4	53	32	0	3	64	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75058153--75058191	18	2.1	19	85	4	53	35	0	2	61	1.10
75064929--75064969	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
75072604--75073203	290	2.1	290	97	0	1123	40	19	10	29	1.85
75077209--75077276	28	2.4	28	85	0	100	33	11	19	35	1.88
75078534--75078587	6	9.0	6	79	20	60	50	0	1	48	1.11
75078535--75078599	25	2.5	26	73	12	62	53	1	1	43	1.19
75081162--75081197	16	2.2	16	90	0	54	69	0	8	22	1.15
75090580--75090614	9	3.9	9	96	0	61	51	11	2	34	1.53
75096581--75096620	19	2.1	19	85	0	53	47	15	17	20	1.83
75099934--75100210	87	3.2	85	81	3	284	39	13	24	22	1.90
75099899--75100216	29	10.9	29	78	2	185	39	14	23	22	1.90
75101384--75101582	52	4.0	49	79	11	158	30	28	16	24	1.97
75101440--75101593	52	2.9	51	85	4	182	31	26	16	25	1.97
75108847--75109013	52	3.2	52	79	7	151	30	26	15	27	1.96
75108911--75109012	52	2.0	52	88	3	152	28	25	18	27	1.98
75112535--75112620	22	3.9	22	79	0	100	16	24	20	38	1.93
75120501--75120596	42	2.3	42	88	0	147	21	31	28	18	1.97
75120501--75120613	42	2.7	42	82	8	140	19	30	28	22	1.98
75126416--75126467	24	2.2	24	89	0	77	53	7	3	34	1.48
75127321--75127374	20	2.6	21	85	8	67	70	1	3	24	1.13
75127320--75127386	10	6.6	10	71	20	50	70	1	4	23	1.14
75131831--75131868	19	2.0	19	94	0	67	39	0	18	42	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75132461--75132511	23	2.2	23	82	0	57	43	17	13	25	1.86
75136437--75136777	181	1.9	185	81	8	419	31	16	14	37	1.89
75150653--75150771	40	3.0	40	86	0	175	15	21	27	35	1.94
75150653--75150815	80	2.0	80	83	0	200	17	19	26	36	1.94
75152648--75154532	940	2.0	940	100	0	3770	42	11	13	32	1.79
75154529--75154597	34	2.0	34	100	0	138	33	17	20	28	1.95
75154910--75154948	20	2.0	20	94	0	69	30	10	12	46	1.75
75155897--75155960	29	2.1	31	83	11	80	34	1	3	60	1.22
75155938--75155962	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
75163948--75164097	43	3.5	43	87	3	221	28	18	28	26	1.98
75163949--75164132	86	2.1	86	82	4	219	27	20	25	26	1.99
75164913--75165246	69	4.9	68	78	8	363	37	24	6	31	1.81
75164906--75165284	206	1.8	206	95	1	697	38	24	6	31	1.81
75164911--75165274	23	15.9	23	78	7	323	37	24	6	31	1.80
75176038--75176084	24	2.0	24	95	0	85	21	14	29	34	1.93
75178576--75178613	8	5.3	7	84	12	51	28	0	2	68	1.03
75178573--75178616	16	2.9	15	86	6	54	29	0	2	68	1.02
75179721--75179768	16	3.1	16	82	11	64	12	0	37	50	1.41
75179691--75179814	53	2.3	55	81	2	144	16	1	33	48	1.56
75179825--75180112	41	7.1	41	82	2	303	20	21	22	35	1.96
75182932--75182965	17	1.9	17	88	5	50	64	5	2	26	1.30
75186527--75186552	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75194622--75194695	29	2.4	29	82	6	85	51	12	2	33	1.53
75197578--75197610	18	1.9	18	88	11	52	66	9	6	18	1.40
75199105--75199154	20	2.5	19	78	12	55	38	4	16	42	1.66
75199238--75199275	5	7.6	5	100	0	76	39	0	0	60	0.97
75199438--75199475	19	2.1	18	95	5	67	73	0	15	10	1.09
75199438--75199474	11	3.8	10	80	20	51	75	0	13	10	1.04
75199444--75199483	19	2.1	19	90	0	62	72	2	15	10	1.21
75200204--75200295	44	2.1	44	84	8	116	20	21	22	34	1.96
75200477--75200558	18	4.6	18	75	0	74	36	14	14	34	1.87
75200476--75200570	18	5.3	18	70	7	59	34	13	14	36	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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