genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1000879--1000911	15	2.2	15	89	10	50	72	9	3	15	1.21
1004025--1004085	30	2.0	30	87	0	86	31	22	8	37	1.84
1006627--1006662	19	1.9	19	88	5	56	44	0	11	44	1.39
1007081--1007271	49	3.8	50	82	3	206	27	19	25	27	1.99
1007082--1007271	99	1.9	101	85	2	267	26	20	25	27	1.99
1017715--1017989	40	6.8	41	81	5	283	29	32	18	19	1.96
1017715--1017989	81	3.4	80	81	4	277	29	32	18	19	1.96
1017715--1017989	41	6.8	40	82	5	295	29	32	18	19	1.96
1018035--1018085	27	1.9	27	92	4	86	15	19	17	47	1.83
1018136--1018170	12	2.9	12	100	0	70	34	25	22	17	1.96
1040882--1041059	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
1040903--1041058	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
1043891--1043977	45	1.9	45	97	0	165	28	9	18	43	1.80
1055340--1055563	48	4.5	49	84	3	261	29	26	16	27	1.97
1055333--1055571	101	2.4	98	84	2	300	28	26	17	26	1.98
1080835--1080900	24	2.6	24	79	18	64	71	3	6	19	1.21
1090512--1090646	43	3.1	43	83	2	128	34	23	16	25	1.95
1102083--1102180	46	2.1	46	96	0	178	42	6	17	33	1.74
1102200--1102244	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
1105283--1105331	20	2.4	21	80	16	59	57	12	4	26	1.53
1105505--1105536	5	6.4	5	100	0	64	81	0	18	0	0.70
1105888--1105912	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1106563--1106604	21	2.0	22	95	4	77	19	19	19	42	1.89
1113567--1113675	40	2.7	41	72	5	114	27	25	23	22	2.00
1128479--1128539	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
1130719--1130790	31	2.3	31	95	0	126	20	26	38	13	1.90
1131941--1131977	14	2.6	14	86	0	56	24	10	5	59	1.52
1136609--1136793	40	4.6	40	78	9	198	24	24	27	23	2.00
1136611--1136793	80	2.3	81	82	4	219	24	24	27	23	2.00
1145458--1145537	40	2.0	40	87	0	115	37	11	18	32	1.87
1152619--1152649	9	3.4	9	90	0	53	25	25	38	9	1.86
1152614--1152649	18	2.0	18	94	0	63	27	22	36	13	1.92
1152735--1152814	28	2.8	29	86	3	110	23	16	31	28	1.96
1161343--1161431	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
1161343--1161422	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
1161354--1161431	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
1175255--1175309	28	2.0	27	88	0	74	36	23	10	27	1.88
1177165--1177195	15	2.1	15	93	0	53	54	9	0	35	1.33
1177404--1177480	38	2.0	38	92	0	127	28	25	15	29	1.96
1177416--1177604	80	2.3	84	89	7	289	29	23	16	30	1.96
1177533--1177662	48	2.7	47	83	4	172	30	23	16	30	1.96
1179339--1179399	27	2.3	27	80	5	70	40	18	14	26	1.89
1187241--1187291	25	2.0	25	100	0	102	27	19	3	49	1.66
1191846--1191894	25	2.0	25	91	0	80	63	14	4	18	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1193225--1193321	26	3.8	26	75	11	83	34	19	9	37	1.84
1195210--1195250	20	2.0	20	95	0	73	29	26	4	39	1.77
1196872--1196930	19	3.0	19	82	5	64	30	0	1	67	1.00
1196871--1196928	11	5.6	10	76	12	55	27	0	1	70	0.97
1196939--1196992	28	2.0	27	82	10	65	38	0	7	53	1.29
1196945--1197008	19	3.3	20	87	8	89	37	0	4	57	1.19
1198444--1198487	19	2.3	19	85	11	63	54	0	0	45	0.99
1200525--1200614	44	2.0	44	85	4	119	50	4	8	36	1.54
1200582--1200615	18	1.9	18	88	5	52	55	5	2	35	1.39
1201681--1201718	11	3.7	10	83	16	51	28	28	10	31	1.90
1212771--1212994	40	5.6	40	88	3	308	27	27	21	23	1.99
1212771--1212995	81	2.8	80	88	4	328	27	27	21	23	1.99
1216924--1217002	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
1217165--1218113	47	20.1	47	99	0	1817	27	28	10	33	1.90
1224562--1224804	41	6.0	41	85	3	278	18	21	23	37	1.95
1226240--1226417	52	3.5	51	87	6	247	27	16	29	26	1.97
1250558--1250714	73	2.1	73	79	3	170	21	26	24	26	1.99
1263664--1263938	48	5.8	48	75	11	210	26	14	23	34	1.94
1263702--1263904	102	2.0	101	83	3	259	27	14	22	36	1.92
1263811--1263938	44	2.9	44	79	4	141	25	16	25	32	1.96
1265395--1266396	46	21.7	46	93	3	1714	22	19	27	30	1.98
1266177--1266345	47	3.6	47	79	10	211	25	20	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1270984--1271080	49	2.0	49	97	0	185	37	17	15	29	1.91
1271445--1271519	38	2.0	38	97	0	141	44	10	22	22	1.84
1271831--1272187	46	7.7	46	90	5	578	21	20	28	29	1.98
1274303--1274343	20	2.0	20	100	0	82	24	0	24	51	1.49
1276336--1276746	39	10.5	39	93	0	671	28	29	23	19	1.98
1280156--1280217	31	2.0	31	96	0	115	33	25	3	37	1.72
1289554--1289602	21	2.4	20	75	3	53	73	6	2	18	1.14
1292334--1292374	17	2.4	17	95	0	73	26	17	24	31	1.97
1299140--1299223	41	2.0	42	95	2	152	32	17	1	48	1.55
1310703--1310788	43	2.0	44	90	2	138	50	2	20	26	1.61
1312134--1312171	20	2.0	20	89	5	60	28	10	5	55	1.56
1314625--1314652	12	2.3	12	100	0	56	64	0	0	35	0.94
1315061--1315108	21	2.3	21	81	0	60	37	4	6	52	1.46
1321531--1321656	49	2.6	49	79	3	146	21	28	21	28	1.99
1321719--1321821	46	2.2	45	78	10	111	21	28	19	31	1.97
1323075--1323125	27	2.0	26	85	14	70	66	0	17	15	1.25
1327399--1327427	4	7.2	4	100	0	58	0	24	0	75	0.80
1333514--1333543	11	2.6	11	94	5	51	10	6	3	80	1.01
1334463--1334502	22	1.9	22	85	10	57	27	10	2	60	1.42
1342547--1342657	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
1343421--1343445	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
1343470--1343500	14	2.2	14	94	0	53	22	16	0	61	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1345532--1345571	22	1.9	22	85	10	57	27	10	2	60	1.42
1348204--1348276	24	3.3	21	78	21	78	21	23	16	38	1.93
1348218--1348276	5	12.0	5	78	21	63	22	20	18	38	1.93
1348224--1348286	19	3.3	19	95	0	108	22	20	17	39	1.92
1350274--1350544	47	5.8	47	80	7	266	29	18	28	23	1.98
1364057--1364107	24	2.1	24	100	0	102	56	3	19	19	1.57
1366555--1366606	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
1366587--1366681	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
1367004--1367164	47	3.6	46	69	18	140	48	3	3	45	1.34
1371931--1372193	46	5.6	45	74	11	183	28	16	28	25	1.97
1375418--1376641	293	4.2	292	88	0	1748	41	14	18	25	1.88
1375418--1376647	586	2.1	585	90	0	1933	41	14	18	26	1.88
1377940--1378000	24	2.7	22	75	9	68	26	19	13	40	1.88
1377957--1378004	24	2.0	25	87	4	71	29	18	14	37	1.91
1383732--1383956	47	4.8	46	77	10	206	24	28	18	28	1.98
1383732--1383957	94	2.4	93	85	5	285	24	28	18	28	1.98
1388758--1388975	47	4.6	46	74	10	165	25	27	17	28	1.98
1388759--1388982	94	2.4	93	84	3	270	25	28	17	29	1.97
1393378--1393504	23	5.4	23	80	13	134	27	23	18	30	1.97
1393370--1393524	46	3.3	46	80	15	165	27	24	19	28	1.98
1393389--1393505	24	4.9	24	77	14	109	27	24	17	30	1.97
1398467--1398511	23	2.0	23	86	8	65	17	0	33	48	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1404518--1404587	31	2.4	30	83	9	83	37	10	11	41	1.75
1405818--1405869	20	2.5	20	84	12	61	38	11	0	50	1.39
1406021--1406054	18	1.9	18	88	5	52	23	0	0	76	0.79
1408376--1408403	14	2.0	14	100	0	56	42	14	21	21	1.88
1408926--1408981	28	2.0	27	93	3	94	17	12	21	46	1.81
1421937--1421986	18	2.8	17	78	9	55	72	4	6	18	1.22
1428474--1428543	36	2.0	35	88	8	106	40	0	2	57	1.14
1428474--1428533	11	5.2	11	75	15	50	40	0	3	56	1.16
1435041--1435146	42	2.5	42	80	3	115	31	16	22	30	1.95
1442871--1442912	20	2.1	19	86	8	57	71	4	0	23	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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