genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71686702--71686748	24	2.0	24	91	0	76	38	12	19	29	1.89
71687261--71687314	25	2.2	25	96	0	99	37	20	18	24	1.94
71689773--71689812	15	2.6	16	84	4	55	2	20	0	77	0.88
71689791--71689836	24	1.9	24	86	8	67	2	28	0	69	1.00
71696428--71696703	138	2.0	138	86	1	383	20	21	16	41	1.90
71697142--71697186	22	2.0	22	100	0	90	33	17	13	35	1.89
71704492--71704540	22	2.2	23	82	10	57	44	2	6	46	1.39
71706091--71706145	20	2.8	19	81	8	65	60	0	5	34	1.20
71706256--71706356	3	33.7	3	71	15	57	66	3	3	25	1.27
71706270--71706309	13	3.3	12	86	10	55	62	0	7	30	1.23
71706328--71706369	22	1.9	22	90	0	66	73	0	0	26	0.83
71707631--71707933	45	6.7	45	73	13	147	27	22	15	33	1.95
71707922--71708160	132	1.8	132	83	1	318	25	21	21	31	1.98
71712789--71712831	20	2.2	20	95	0	77	44	9	16	30	1.79
71716367--71716413	19	2.5	20	86	6	62	40	12	23	23	1.89
71724025--71724052	10	2.8	10	100	0	56	32	0	46	21	1.52
71724447--71724507	30	2.0	30	96	0	113	26	11	36	26	1.90
71730944--71731001	28	2.1	28	100	0	116	31	3	24	41	1.71
71731293--71731326	18	1.9	18	88	5	52	17	5	2	73	1.16
71737209--71737275	27	2.5	26	83	7	82	65	1	2	29	1.16
71737214--71737287	37	2.0	38	81	7	89	60	2	2	33	1.25
71737283--71737330	21	2.1	24	85	11	66	54	6	0	39	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71743410--71743451	19	2.2	20	91	4	68	33	19	0	47	1.49
71746320--71746360	21	2.0	21	85	0	55	41	2	4	51	1.36
71747228--71747352	46	2.7	46	96	0	223	27	28	23	20	1.99
71748887--71748941	28	2.0	28	85	0	74	43	0	1	54	1.10
71748937--71749071	3	45.3	3	77	8	125	30	7	0	61	1.28
71749295--71749359	27	2.4	27	82	12	73	27	7	3	61	1.38
71749263--71749359	26	3.7	27	76	12	94	28	8	3	59	1.41
71754435--71754485	26	2.0	27	88	7	79	39	1	3	54	1.30
71754462--71754503	17	2.4	18	92	7	70	40	0	2	57	1.12
71755662--71755719	26	2.3	26	85	8	75	56	5	3	34	1.38
71759453--71759573	39	3.1	39	83	2	118	44	21	20	13	1.85
71759491--71759555	21	3.2	21	74	12	64	47	23	18	10	1.79
71762086--71762169	40	2.1	40	84	4	107	32	15	25	27	1.95
71762145--71762435	153	1.9	155	85	4	401	31	21	21	25	1.98
71763052--71763104	21	2.5	21	81	6	63	49	18	1	30	1.59
71763213--71763277	21	3.0	21	84	4	76	50	24	0	24	1.49
71763628--71763668	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
71763757--71763932	72	2.4	74	80	10	202	34	19	14	31	1.92
71769739--71769815	40	1.9	39	100	0	145	38	5	15	38	1.70
71770270--71770324	21	2.7	21	88	2	85	27	20	50	1	1.58
71770552--71770612	31	2.0	31	93	0	104	16	8	19	55	1.65
71773059--71773182	39	3.2	39	84	0	176	40	20	24	14	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71773062--71773125	21	3.2	21	71	13	53	45	17	21	15	1.85
71775573--71775613	20	2.0	21	85	4	57	41	14	2	41	1.59
71783630--71783686	24	2.3	25	90	3	89	40	14	28	17	1.88
71788598--71788633	13	2.8	13	91	0	54	30	44	22	2	1.67
71792018--71792228	46	4.5	46	75	8	158	28	16	30	24	1.97
71792162--71792280	47	2.5	47	81	9	127	31	17	25	26	1.97
71800506--71800693	49	3.8	49	81	2	232	25	18	26	29	1.98
71800492--71800688	100	2.0	101	91	2	324	24	18	27	29	1.98
71803695--71803750	15	3.7	15	77	15	62	14	12	8	64	1.50
71815171--71815239	25	2.8	25	88	0	102	34	18	31	14	1.91
71821103--71821212	43	2.6	42	82	5	123	25	15	25	33	1.95
71822322--71822362	22	1.9	22	85	5	57	12	9	7	70	1.33
71822833--71822887	4	13.8	4	92	0	92	27	0	25	47	1.52
71827420--71827467	23	2.1	23	84	0	60	29	35	2	33	1.69
71831490--71832477	40	24.7	40	99	0	1940	32	20	27	20	1.97
71834580--71834790	79	2.7	79	87	0	305	42	11	10	34	1.77
71834768--71834804	19	1.9	19	100	0	74	32	8	16	43	1.77
71836326--71836357	16	2.1	15	94	5	55	50	28	18	3	1.62
71836759--71836869	27	4.2	26	88	5	150	16	23	23	36	1.94
71836759--71836869	54	2.1	53	89	1	168	16	23	23	36	1.94
71840086--71840159	18	4.1	18	84	6	105	39	17	18	24	1.92
71840470--71840600	27	4.8	27	79	9	113	23	17	17	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71840470--71840587	55	2.2	54	81	7	132	22	17	16	42	1.89
71840486--71840600	27	4.2	27	79	10	117	23	17	19	40	1.91
71843454--71843527	37	2.0	37	94	0	130	48	16	10	24	1.77
71845125--71845155	14	2.2	14	94	0	53	48	6	3	41	1.45
71845139--71845181	18	2.2	20	84	8	54	32	9	6	51	1.61
71846802--71846862	28	2.2	28	96	0	113	45	22	24	6	1.76
71853397--71853447	24	2.1	24	88	0	75	33	3	7	54	1.47
71855984--71856041	30	1.9	30	96	0	107	29	0	29	41	1.56
71859187--71859232	24	2.0	24	86	4	67	39	26	21	13	1.90
71862481--71862536	21	2.7	22	84	13	66	55	5	8	30	1.53
71865205--71865238	17	2.1	16	89	10	52	55	5	2	35	1.39
71865656--71865693	20	2.0	19	85	10	51	28	13	23	34	1.92
71877610--71877653	14	3.0	14	80	6	52	50	0	6	43	1.29
71882121--71882248	45	2.9	44	91	2	195	23	21	28	26	1.99
71886058--71886082	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
71887308--71887351	23	1.9	23	85	0	61	50	27	6	15	1.70
71888058--71888219	86	1.9	85	84	6	220	32	24	17	26	1.97
71888050--71888219	43	4.0	42	79	3	160	32	24	17	25	1.96
71890608--71890640	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
71891713--71891785	27	2.7	27	84	0	74	31	16	13	38	1.88
71891740--71892104	27	13.6	27	84	2	403	30	10	20	38	1.86
71892404--71892484	28	2.9	28	84	1	108	22	33	16	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71897441--71897625	43	4.3	43	82	5	214	32	23	14	29	1.94
71897192--71897496	168	1.8	168	86	2	443	34	24	13	27	1.93
71897192--71897494	56	5.4	56	86	3	396	34	24	12	28	1.92
71897468--71897625	86	1.8	86	87	2	237	30	23	16	29	1.96
71899462--71899519	27	2.1	27	87	0	80	32	15	18	32	1.93
71900121--71900162	18	2.3	19	88	8	61	21	0	14	64	1.29
71903053--71903117	22	3.0	22	80	8	78	30	23	26	20	1.98
71903260--71903381	41	3.0	41	91	0	181	28	29	20	21	1.98
71903632--71903683	27	1.9	27	84	0	68	36	15	15	32	1.89
71903641--71904015	27	13.9	27	75	7	208	29	9	19	41	1.83
71903641--71903936	54	5.5	54	78	7	244	30	9	19	40	1.83
71903627--71904015	81	4.8	81	77	4	320	29	9	19	41	1.83
71903646--71904015	54	6.9	52	78	6	231	29	9	20	41	1.83
71903916--71904041	54	2.3	53	80	8	139	26	11	21	39	1.88
71909199--71909462	40	6.6	40	87	5	372	27	26	21	23	1.99
71911451--71911483	13	2.5	13	100	0	66	0	21	39	39	1.53
71913870--71913907	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
71921903--71921940	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
71924252--71924330	32	2.5	32	91	4	124	26	29	21	22	1.99
71924783--71924846	19	3.4	19	86	2	94	25	37	21	15	1.93
71927245--71927273	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
71928547--71928893	43	8.1	43	86	2	430	27	15	28	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71937950--71937982	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
71944595--71944641	9	5.4	9	92	7	80	89	0	0	10	0.49
71944590--71944641	1	52.0	1	76	0	50	88	0	0	11	0.52
71944595--71944641	17	2.8	17	100	0	94	89	0	0	10	0.49
71944595--71944641	8	5.6	8	90	9	76	89	0	0	10	0.49
71953136--71953224	45	2.0	45	97	0	169	26	22	4	46	1.71
71957647--71957716	34	2.1	34	97	0	131	34	22	4	38	1.74
71965587--71965671	27	3.2	27	67	9	84	40	17	9	32	1.82
71965572--71965676	53	2.0	53	96	0	192	36	17	9	37	1.82
71967838--71968061	46	4.8	46	81	2	232	20	20	29	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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