Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  235  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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T
Entropy
(0-2)
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1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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Entropy
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1.08
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0
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2.0
163
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22
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27
22
21
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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Entropy
(0-2)
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1.26
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1.95
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15
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6
0
62
1.20
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78666841--78666867
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0
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46
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20
8
1.78
78671200--78671252
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3.3
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24
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1.88
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0
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19
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24
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28
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129
29
12
26
31
1.93
78704406--78704435
15
1.9
16
93
6
53
36
16
0
46
1.47
78707421--78707521
41
2.4
42
80
12
118
30
25
18
24
1.98
78723576--78723655
43
1.9
41
82
5
97
33
27
13
25
1.93
78727991--78728127
60
2.3
60
85
8
172
27
25
19
27
1.99
78728120--78728165
20
2.3
20
82
14
60
28
28
17
26
1.98
78728132--78728175
19
2.2
20
84
4
54
34
25
18
22
1.96
78733336--78733563
48
4.9
48
74
7
207
27
24
22
25
2.00
78738997--78739031
18
1.9
18
88
0
52
8
40
2
48
1.49
78739005--78739043
18
2.2
18
90
0
60
7
38
0
53
1.30
78751440--78751607
40
4.2
40
83
4
106
25
27
23
23
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78751463--78751607
40
3.6
40
85
4
193
23
26
24
25
2.00
78759791--78759968
46
3.8
46
75
10
130
32
18
27
21
1.97
78761993--78762246
47
5.4
47
78
11
224
22
30
19
27
1.98
78762043--78762214
93
1.8
94
83
12
228
22
30
20
26
1.98
78761994--78762266
140
1.9
140
83
6
356
24
29
18
27
1.98
78762352--78762446
48
2.0
46
85
4
127
23
32
17
26
1.97
78762354--78762486
47
2.8
46
79
8
126
23
30
19
26
1.98
78765124--78765387
47
5.6
46
78
13
211
22
29
19
28
1.98
78765120--78765390
94
2.9
94
79
11
308
22
29
19
27
1.98
78765122--78765387
140
1.9
140
85
5
367
22
30
19
27
1.98
78765562--78765770
46
4.5
45
78
8
190
22
29
19
28
1.98
78765562--78765773
94
2.3
93
84
10
256
22
29
19
28
1.98
78772207--78772314
14
7.7
14
73
12
78
34
16
12
37
1.86
78772207--78772320
42
2.7
42
78
5
131
34
17
11
36
1.86
78775463--78775546
42
2.0
42
100
0
168
42
16
14
26
1.86
78776204--78776259
27
2.1
27
89
0
85
53
3
12
30
1.55
78781733--78781812
40
2.0
40
95
0
142
33
16
10
40
1.82
78792501--78792555
8
7.2
8
91
8
89
50
36
0
12
1.41
78792500--78792565
7
9.0
7
86
6
87
48
37
0
13
1.43
78792500--78792565
15
4.5
14
88
5
87
48
37
0
13
1.43
78795855--78795973
55
2.2
55
81
6
134
26
25
27
21
1.99
78803920--78803958
20
1.9
21
89
5
62
46
25
0
28
1.53
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78810884--78810986
6
17.0
6
81
6
82
77
0
6
14
1.02
78812676--78812785
40
2.8
40
91
2
168
26
30
20
22
1.99
78820395--78820612
40
5.5
40
88
3
289
26
27
22
23
2.00
78823364--78823427
23
2.8
23
90
0
92
35
7
31
25
1.84
78823931--78824048
55
2.1
55
82
0
137
16
26
29
27
1.97
78831965--78832006
17
2.4
18
84
8
59
71
4
2
21
1.16
78845071--78845095
13
1.9
13
100
0
50
48
8
8
36
1.62
78849136--78849161
13
2.0
13
100
0
52
15
15
23
46
1.83
78849806--78849936
54
2.4
54
98
0
253
31
24
18
25
1.97
78857614--78857761
67
2.2
68
84
8
187
33
16
27
21
1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284