genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66983636--66983667	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
66983863--66984150	143	2.0	144	90	3	456	36	15	8	39	1.78
66987922--66988047	50	2.5	50	94	0	216	34	15	23	26	1.95
66987922--66988064	50	3.0	46	85	9	148	34	14	23	26	1.94
66988044--66988131	46	1.9	46	88	0	131	28	22	20	28	1.99
66997199--66997405	94	2.3	94	80	9	248	26	14	24	34	1.94
67005418--67005457	17	2.4	17	95	0	71	45	22	15	17	1.85
67006880--67006996	40	3.0	39	78	12	112	35	10	14	40	1.80
67008520--67008564	23	2.0	22	83	8	56	60	0	2	37	1.09
67008973--67009067	19	4.7	20	72	20	81	42	1	3	53	1.23
67010355--67010411	16	3.6	16	78	4	62	43	5	21	29	1.74
67010588--67010710	58	2.1	58	87	3	176	53	3	0	43	1.17
67013182--67013229	25	1.9	25	82	0	60	52	0	4	43	1.20
67014629--67014711	21	3.9	21	80	3	76	38	26	20	14	1.91
67014627--67014701	21	3.5	22	81	9	91	40	26	20	13	1.89
67016150--67016185	15	2.3	17	81	18	51	0	30	0	69	0.89
67030122--67030292	93	1.8	93	93	0	297	28	29	21	21	1.98
67030114--67030289	46	3.8	46	80	10	205	28	28	21	21	1.98
67038136--67038184	17	2.9	17	84	0	62	65	2	0	32	1.04
67038329--67038462	3	44.3	3	72	14	64	66	2	3	27	1.20
67038822--67038898	30	2.6	30	95	0	145	16	2	50	29	1.59
67038822--67038897	13	4.9	17	71	22	78	15	2	51	30	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67058571--67058607	19	1.9	19	94	0	65	35	18	10	35	1.86
67059852--67059879	13	2.2	13	100	0	56	35	28	7	28	1.84
67064680--67064705	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
67064987--67065097	23	4.8	22	76	14	75	30	2	5	61	1.32
67064992--67065061	26	2.9	24	77	14	65	31	4	5	58	1.41
67065338--67065392	30	2.0	28	82	13	69	56	3	0	40	1.17
67069961--67070021	25	2.4	26	89	8	90	39	27	16	16	1.90
67075822--67076234	39	10.7	39	76	6	328	31	15	19	33	1.93
67075822--67076232	77	5.3	77	80	3	418	31	16	18	33	1.93
67075817--67076232	154	2.7	153	82	3	462	31	15	18	34	1.93
67080026--67080605	286	2.0	286	98	0	1115	37	8	21	31	1.84
67081666--67081722	27	2.1	27	83	0	69	29	36	21	12	1.90
67090810--67090845	17	2.1	17	89	5	54	13	38	30	16	1.88
67094624--67095030	46	8.8	46	85	4	516	28	22	9	39	1.86
67094624--67095030	92	4.4	92	89	2	568	28	22	9	39	1.86
67095011--67095051	20	2.0	20	100	0	82	39	24	4	31	1.76
67094965--67095096	66	2.0	66	95	0	237	29	25	9	35	1.87
67095031--67095149	46	2.6	46	91	0	193	27	25	10	36	1.88
67094919--67095142	112	2.0	112	91	0	367	29	24	9	36	1.88
67096344--67096383	20	2.0	20	95	0	71	45	22	5	27	1.73
67096725--67096752	11	2.5	11	100	0	56	75	0	0	25	0.81
67099030--67099076	15	3.0	15	77	20	51	34	21	0	44	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67099435--67100026	46	12.9	46	87	0	752	28	23	10	37	1.88
67100774--67101148	46	8.2	46	89	0	534	26	24	10	37	1.89
67108922--67109001	42	1.9	42	89	0	124	25	23	27	23	2.00
67108921--67109011	42	2.2	42	83	0	119	24	25	27	23	2.00
67130545--67130595	24	2.2	23	86	10	68	21	27	25	25	1.99
67130586--67130662	23	3.4	23	78	5	86	31	22	25	20	1.98
67130561--67130662	46	2.3	45	81	6	109	30	22	25	21	1.99
67130582--67130685	44	2.3	46	74	14	108	35	19	25	19	1.95
67132807--67132842	18	2.0	18	100	0	72	11	44	33	11	1.75
67138632--67138974	37	9.1	38	80	6	137	29	15	16	37	1.90
67138688--67139071	75	5.1	74	80	2	419	27	15	18	38	1.91
67138688--67139071	112	3.4	112	89	0	561	27	15	18	38	1.91
67138670--67139078	37	11.0	38	79	7	367	28	15	17	38	1.91
67141007--67141137	47	2.8	45	75	11	131	29	29	19	20	1.97
67143530--67143594	15	4.4	15	81	9	80	61	12	13	12	1.57
67146526--67146696	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	20	1.98
67146518--67146693	46	3.8	46	80	12	216	28	29	21	20	1.98
67147678--67147714	9	4.1	9	100	0	74	54	24	10	10	1.67
67154277--67154316	21	1.9	21	94	0	71	25	10	17	47	1.78
67163357--67163410	22	2.4	22	87	3	72	51	0	0	48	1.00
67164547--67164601	8	6.0	9	80	14	60	67	0	1	30	1.01
67164547--67164636	9	9.0	10	72	19	55	62	1	2	34	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67164559--67164621	20	3.2	19	78	10	65	61	1	3	33	1.21
67166175--67166233	21	2.9	21	75	12	59	38	0	5	55	1.22
67166185--67166243	21	2.9	21	80	12	68	40	0	3	55	1.16
67167979--67168107	23	5.5	23	73	13	75	16	24	24	34	1.95
67168426--67168607	46	4.0	46	88	2	233	40	14	22	22	1.90
67169774--67169803	8	3.6	8	95	4	51	70	0	0	30	0.88
67169789--67169849	21	3.0	20	72	15	52	55	4	0	39	1.21
67172318--67172372	21	2.5	22	82	8	69	32	0	1	65	1.03
67177012--67177054	14	2.8	16	79	17	54	60	0	6	32	1.23
67177071--67177216	7	21.0	7	66	21	58	58	0	4	36	1.22
67177101--67177228	23	6.3	20	68	22	54	61	0	3	34	1.17
67177112--67177225	11	10.0	12	73	17	84	63	0	2	33	1.15
67177161--67177215	3	18.0	3	78	17	60	65	0	1	32	1.03
67178243--67178289	26	2.0	26	84	16	66	8	12	14	63	1.50
67184894--67184946	18	2.8	18	82	5	52	52	1	0	45	1.11
67186642--67186694	26	2.0	27	85	10	74	35	0	0	64	0.94
67191644--67191839	48	4.1	48	95	0	338	31	29	20	17	1.96
67194235--67194272	19	2.0	19	89	0	58	31	0	2	65	1.06
67194335--67194369	13	2.8	13	86	4	54	28	2	0	68	1.04
67194336--67194390	7	8.6	7	75	18	57	32	1	0	65	1.03
67194349--67194390	19	2.2	19	95	0	75	33	2	0	64	1.07
67194336--67194388	12	4.8	12	73	17	60	32	1	0	66	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67194332--67194424	33	2.9	34	78	13	81	30	7	0	62	1.23
67194574--67194628	19	2.9	18	76	10	65	40	1	5	52	1.35
67194574--67194636	20	3.3	19	77	16	67	36	3	6	53	1.42
67194756--67194805	20	2.5	20	83	6	57	18	2	8	72	1.19
67194830--67194864	18	1.9	18	88	0	52	17	0	8	74	1.06
67194837--67194954	43	2.7	43	78	18	129	29	2	10	57	1.45
67201314--67201352	18	2.4	16	87	12	53	56	2	33	7	1.41
67206238--67206928	90	7.7	90	93	0	1123	30	15	27	26	1.96
67208447--67208484	19	2.0	19	94	0	67	34	0	0	65	0.93
67208525--67208599	32	2.3	32	84	6	89	28	4	2	65	1.24
67208547--67208581	13	2.8	13	86	4	54	28	2	0	68	1.04
67208548--67208602	7	8.6	7	75	18	57	32	1	0	65	1.03
67208561--67208602	19	2.2	19	95	0	75	33	2	0	64	1.07
67208548--67208600	12	4.8	12	73	17	60	32	1	0	66	1.03
67208544--67208636	33	2.9	34	78	13	81	30	7	0	62	1.23
67208787--67208841	19	2.9	18	76	10	65	40	1	5	52	1.35
67208787--67208849	20	3.3	19	77	16	67	36	3	6	53	1.42
67208969--67209017	19	2.5	19	83	12	55	18	2	8	71	1.21
67209042--67209076	18	1.9	18	94	0	61	20	0	5	74	1.02
67209050--67209153	43	2.5	41	80	13	115	31	2	8	56	1.44
67211142--67211660	132	3.9	134	80	5	457	33	17	20	28	1.95
67213750--67213774	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67214861--67214951	20	4.6	19	75	11	67	34	23	31	10	1.89
67216613--67216660	23	2.1	23	81	14	55	56	14	0	29	1.39
67217055--67217105	13	3.9	13	80	10	68	29	5	27	37	1.80
67221487--67221576	45	2.0	45	97	0	171	27	28	21	22	1.99
67230510--67230552	22	2.0	22	81	9	52	60	9	6	23	1.51
67231239--67231278	9	4.2	10	76	23	50	27	2	0	70	1.01
67238171--67238214	18	2.4	18	88	0	61	13	13	20	52	1.74
67244416--67244443	13	2.2	13	100	0	56	35	7	25	32	1.83
67245836--67245889	20	2.7	20	82	0	54	55	3	7	33	1.45
67246763--67246813	22	2.2	25	82	10	63	62	1	0	35	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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