genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22330022--22330069	21	2.3	21	75	10	55	35	18	0	45	1.50
22331684--22331744	27	2.3	27	88	0	86	26	27	21	24	1.99
22335403--22335517	47	2.4	49	78	8	139	32	8	31	27	1.87
22335636--22335714	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
22340316--22340349	17	2.0	17	88	0	50	26	0	14	58	1.36
22352347--22352388	22	1.9	22	90	9	68	9	21	28	40	1.84
22359020--22359050	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
22360484--22360651	87	1.9	87	98	0	327	27	10	23	38	1.87
22373085--22373160	37	2.1	37	89	0	116	14	30	15	39	1.88
22377436--22377466	14	2.2	14	94	0	53	48	3	0	48	1.17
22381443--22381587	66	2.2	64	80	6	166	22	24	27	24	2.00
22384118--22384194	29	2.7	28	88	6	109	18	22	27	32	1.97
22384442--22384596	54	2.9	54	83	0	193	38	7	23	30	1.83
22384442--22384571	27	4.8	27	90	0	188	40	7	23	29	1.82
22386980--22387099	25	4.8	25	80	8	145	26	23	23	26	2.00
22386980--22387099	50	2.4	51	88	4	181	26	23	23	26	2.00
22387304--22387466	27	6.0	27	88	1	229	25	20	19	34	1.96
22387312--22387469	81	2.0	81	90	0	253	25	20	18	34	1.96
22387459--22387635	27	6.6	27	81	5	117	29	9	19	41	1.82
22387403--22387661	54	4.8	54	78	5	213	28	10	20	40	1.86
22387456--22387660	81	2.6	81	81	5	220	29	9	20	40	1.84
22387485--22387667	27	6.8	27	82	5	174	29	9	20	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22387669--22387918	27	9.3	27	90	1	376	38	9	24	27	1.86
22392115--22392157	21	2.0	21	100	0	86	23	18	39	18	1.92
22395394--22395476	42	2.0	42	100	0	166	26	7	24	42	1.80
22395788--22395913	43	3.0	41	77	12	128	30	15	25	28	1.95
22410807--22410961	42	3.7	42	81	6	170	30	23	16	29	1.96
22413696--22413738	22	2.0	22	95	0	77	30	9	16	44	1.79
22428433--22428564	43	3.1	42	78	9	144	21	18	28	31	1.96
22428446--22428566	41	2.9	40	78	11	129	21	18	28	31	1.97
22432642--22432704	31	2.0	31	90	0	99	25	23	14	36	1.93
22432926--22433766	25	33.8	25	95	0	1499	26	23	21	28	1.99
22433817--22433883	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
22433817--22433872	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
22441466--22441528	31	2.0	31	93	0	108	23	23	15	36	1.94
22441713--22441818	25	4.2	25	86	8	126	25	23	19	31	1.98
22441713--22441818	50	2.1	51	86	10	146	25	23	19	31	1.98
22441870--22441908	20	2.0	20	94	0	69	30	20	10	38	1.86
22450668--22450851	40	4.7	40	82	8	200	25	23	26	25	2.00
22450668--22450851	79	2.3	80	82	8	216	25	23	26	25	2.00
22450720--22450874	79	2.0	79	82	7	190	26	21	27	25	1.99
22456302--22456334	16	2.1	16	100	0	66	30	30	12	27	1.92
22467483--22467507	13	1.9	13	100	0	50	0	40	28	32	1.57
22468464--22468624	46	3.5	45	78	9	137	24	28	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22468554--22468680	46	2.7	45	81	7	139	25	29	17	27	1.97
22486008--22486058	26	2.0	26	100	0	102	27	7	27	37	1.84
22492581--22492615	17	2.1	17	94	0	61	34	2	22	40	1.69
22496366--22496407	22	2.1	19	86	13	57	45	2	0	52	1.13
22496552--22496634	40	2.1	40	100	0	166	39	4	7	48	1.52
22499269--22499313	5	8.6	5	83	9	54	82	2	15	0	0.77
22499267--22499302	11	3.3	11	88	0	54	83	0	16	0	0.65
22499269--22499313	16	2.8	16	93	0	72	82	2	15	0	0.77
22499267--22499313	11	4.4	11	79	15	53	80	2	17	0	0.80
22500009--22500053	10	4.3	10	84	15	56	28	2	0	68	1.01
22508349--22508480	56	2.4	56	87	2	176	29	15	21	32	1.95
22510105--22510321	40	5.5	40	86	4	246	25	28	23	22	2.00
22512650--22512826	96	1.8	96	100	0	354	29	24	21	24	1.99
22518341--22518533	40	4.8	41	85	5	234	26	29	22	20	1.99
22518341--22518532	81	2.4	79	85	6	235	27	29	22	20	1.99
22520587--22520646	29	2.1	29	100	0	120	23	10	15	51	1.72
22527867--22527996	54	2.4	54	79	7	122	30	23	9	36	1.86
22527894--22528014	27	4.5	27	84	2	154	27	22	9	40	1.85
22528002--22528247	27	9.1	27	74	10	166	40	21	8	28	1.83
22527928--22528051	54	2.3	54	82	0	149	33	16	9	39	1.82
22528002--22528304	81	3.7	80	74	6	220	40	20	8	30	1.83
22528016--22528222	80	2.6	81	81	3	222	41	21	9	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22528043--22528247	54	3.8	52	80	7	205	41	22	9	26	1.84
22528226--22528311	27	3.1	27	76	17	86	39	15	9	36	1.79
22528365--22528455	27	3.4	27	87	1	121	34	20	25	19	1.97
22529274--22529356	25	3.4	25	96	1	150	20	26	22	30	1.98
22529274--22529369	25	3.9	24	93	4	131	23	23	22	29	1.99
22529574--22529745	31	5.5	31	89	0	263	28	16	24	30	1.97
22532026--22532494	27	17.3	27	75	9	168	38	21	7	32	1.82
22532164--22532494	54	6.1	54	73	10	226	41	20	7	30	1.81
22532043--22532321	81	3.5	80	75	8	185	36	22	7	32	1.82
22532178--22532385	80	2.6	81	83	5	208	41	21	8	28	1.81
22532513--22532601	27	3.3	27	82	6	101	37	22	20	20	1.95
22532535--22532618	27	3.1	27	85	10	109	33	22	23	20	1.97
22533116--22533610	248	2.0	248	97	0	927	31	10	22	35	1.88
22533674--22533764	25	3.7	25	91	1	139	25	28	23	23	1.99
22533699--22533780	24	3.4	23	85	8	92	29	23	20	26	1.99
22533674--22533778	49	2.1	50	84	5	133	29	24	21	23	1.99
22533949--22534058	31	3.5	31	88	0	166	31	18	23	26	1.97
22535710--22535752	21	2.0	21	90	0	68	37	9	27	25	1.87
22535920--22536056	56	2.4	56	92	0	220	27	14	24	34	1.94
22548665--22548800	43	3.2	42	78	9	141	25	16	25	33	1.96
22559068--22559226	43	3.7	41	72	10	124	28	19	22	29	1.98
22560746--22561331	47	12.5	47	95	1	1000	29	28	8	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22560821--22560943	22	5.3	22	67	18	88	29	27	9	33	1.89
22564081--22565152	40	26.8	40	94	1	1844	26	28	20	23	1.99
22566527--22566939	47	8.7	47	95	1	727	29	30	7	32	1.86
22567235--22567348	43	2.7	43	82	5	133	25	18	24	31	1.97
22567239--22567361	43	2.9	42	75	11	124	24	17	25	32	1.97
22572769--22572801	6	5.5	6	96	0	57	81	0	3	15	0.80
22576723--22576787	27	2.4	27	97	0	121	26	7	30	35	1.84
22578259--22578331	31	2.3	32	92	4	121	35	5	12	46	1.65
22583434--22583514	40	2.0	40	85	0	108	37	16	14	32	1.89
22588983--22589051	27	2.6	27	85	0	84	44	20	14	20	1.86
22589001--22589062	27	2.3	27	91	0	97	41	19	9	29	1.83
22589566--22589637	36	2.0	36	97	0	135	30	29	19	20	1.97
22589837--22589894	30	1.9	31	82	3	73	48	5	31	15	1.67
22591620--22591655	18	2.0	18	100	0	72	38	5	16	38	1.72
22592930--22593088	45	3.6	44	85	6	214	22	22	28	26	1.99
22598511--22598569	28	2.1	27	84	9	75	32	15	16	35	1.90
22603933--22604099	43	3.9	42	74	7	133	34	25	13	26	1.93
22605160--22605184	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
22624303--22624528	86	2.6	86	76	6	226	36	25	14	23	1.93
22624312--22624516	43	4.8	42	78	9	191	35	26	14	24	1.93
22628123--22628277	42	3.7	41	78	3	141	30	16	25	27	1.96
22630553--22630944	194	2.0	194	94	0	685	31	25	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22637223--22637470	48	5.2	48	87	0	343	27	25	17	29	1.98
22642632--22642691	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
22642874--22643006	66	2.0	66	97	0	248	40	21	4	33	1.74
22649416--22649548	46	2.9	46	89	0	203	28	27	20	23	1.99
22649786--22649854	34	2.0	34	97	0	129	43	15	2	37	1.62
22652387--22652426	17	2.4	17	91	0	62	45	12	7	35	1.70
22656267--22656297	15	2.1	15	100	0	62	38	12	6	41	1.69
22661188--22661227	19	2.1	19	85	0	53	35	12	5	47	1.63
22665206--22665308	40	2.5	41	80	7	122	33	26	17	22	1.96
22665712--22665777	29	2.3	29	81	5	71	30	25	1	42	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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