genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4186041--4186215	90	1.9	93	82	9	225	24	30	18	26	1.98
4188670--4188750	42	1.9	42	84	2	108	30	18	27	23	1.98
4188616--4188808	43	4.5	42	73	6	138	29	18	24	27	1.98
4193228--4193266	14	2.9	13	85	7	60	35	0	0	64	0.94
4196320--4196353	18	1.9	18	88	5	52	52	0	23	23	1.47
4206093--4206289	54	3.6	54	84	5	281	31	18	21	28	1.97
4207407--4207445	19	2.0	19	85	5	51	71	2	0	25	0.98
4207626--4207748	12	10.5	12	69	19	82	62	1	4	31	1.23
4207621--4207730	7	14.4	7	69	19	51	61	1	3	32	1.24
4207628--4207745	38	3.2	38	74	21	92	62	1	4	31	1.24
4207635--4207729	16	6.3	15	72	27	69	61	2	4	32	1.27
4207698--4207747	17	2.8	17	80	14	57	68	0	4	28	1.08
4207688--4207748	33	1.9	31	83	6	77	63	0	4	31	1.15
4207719--4207775	17	3.6	17	71	20	52	63	3	3	29	1.28
4209564--4210303	119	6.2	119	92	0	1187	32	19	15	32	1.92
4211510--4211547	6	6.3	6	96	0	67	50	13	0	36	1.42
4212031--4212208	27	6.6	27	82	3	196	26	14	28	30	1.95
4212032--4212187	82	1.9	81	86	3	224	26	14	28	30	1.95
4212028--4212208	82	2.2	81	82	2	220	27	14	27	30	1.95
4220126--4220324	50	4.1	50	94	2	325	36	13	24	26	1.92
4222421--4222474	27	2.0	27	96	0	99	40	16	25	16	1.89
4227293--4227547	41	6.3	41	80	2	264	34	16	27	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4231165--4231215	25	2.1	23	82	7	57	56	3	11	27	1.52
4231378--4231410	11	3.0	11	83	16	50	63	12	15	9	1.51
4236682--4236718	20	1.9	20	88	5	58	54	10	5	29	1.57
4238807--4238980	47	3.7	46	81	6	183	24	28	18	28	1.98
4247324--4247434	47	2.4	46	82	8	136	36	22	15	26	1.94
4248338--4248942	329	1.8	329	98	0	1183	36	19	7	37	1.79
4254949--4255051	47	2.2	47	80	3	127	38	21	14	25	1.91
4261549--4261590	17	2.5	17	85	11	52	35	9	0	54	1.33
4270895--4271035	43	3.2	44	63	15	117	29	17	17	36	1.92
4270875--4271077	90	2.3	90	98	1	390	28	15	16	40	1.88
4281385--4281424	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
4282523--4282580	12	4.8	12	91	4	89	15	3	8	72	1.23
4290234--4290309	35	2.2	35	85	2	100	44	13	9	32	1.75
4293446--4293550	51	2.1	51	90	0	165	26	12	18	42	1.85
4294136--4294178	23	1.9	23	90	4	70	34	4	9	51	1.55
4300513--4300566	24	2.2	25	78	15	60	11	22	3	62	1.43
4302819--4302846	14	2.0	14	100	0	56	14	7	7	71	1.29
4304658--4304709	25	2.1	26	82	13	65	46	23	0	30	1.53
4310886--4311009	28	4.4	28	84	2	151	32	20	22	25	1.98
4311334--4311543	27	7.8	27	84	3	244	17	16	19	47	1.83
4311320--4311552	81	2.9	81	85	1	299	18	15	19	45	1.85
4318484--4318614	28	4.7	28	85	2	104	30	23	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4318926--4318977	26	2.0	26	84	3	68	26	17	15	40	1.89
4318940--4319159	54	4.1	54	78	12	224	18	17	17	46	1.84
4318941--4319159	81	2.7	81	80	8	225	18	17	17	46	1.84
4318937--4319159	27	8.3	27	78	9	201	18	17	17	46	1.85
4334846--4334901	30	1.9	28	82	13	69	60	10	14	14	1.58
4336861--4336913	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
4346155--4346485	62	5.3	61	80	4	333	25	25	26	22	2.00
4346159--4346479	124	2.6	122	82	6	378	26	25	26	22	2.00
4346152--4346488	186	1.8	186	83	3	455	25	25	26	23	2.00
4349903--4350063	64	2.5	65	77	4	157	34	26	6	32	1.81
4354085--4354114	15	2.0	15	100	0	60	73	6	6	13	1.24
4366571--4366678	6	17.7	6	69	10	67	72	3	17	6	1.21
4366639--4366676	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
4366682--4366713	12	2.7	12	95	0	55	59	0	21	18	1.38
4384072--4384115	20	2.2	19	84	8	52	34	11	31	22	1.90
4387459--4389560	529	4.0	529	99	0	4087	35	14	21	28	1.93
4391292--4391437	27	5.4	27	74	6	125	45	16	15	23	1.85
4391292--4391421	54	2.4	53	82	3	170	43	17	15	23	1.87
4391909--4391996	28	3.1	28	91	3	133	21	26	23	28	1.99
4398235--4398420	88	2.1	88	96	1	345	23	17	23	34	1.96
4410829--4411049	40	5.5	40	89	5	315	23	22	27	27	1.99
4410829--4411088	120	2.2	120	82	8	316	23	21	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4420285--4420351	34	2.0	34	93	0	116	43	8	16	31	1.79
4421439--4421464	6	4.3	6	100	0	52	80	19	0	0	0.71
4431811--4431880	26	2.9	24	72	16	65	38	25	15	20	1.92
4439249--4439293	22	2.0	22	100	0	90	13	20	17	48	1.80
4448235--4448327	20	4.7	20	78	1	98	24	16	32	26	1.96
4448235--4448332	40	2.5	40	81	1	108	26	15	31	26	1.96
4449996--4450034	15	2.6	15	83	0	51	2	35	0	61	1.10
4450037--4450076	18	2.2	18	86	0	53	10	27	0	62	1.27
4450070--4450127	18	3.2	18	90	0	89	10	18	3	67	1.35
4450026--4450106	30	2.7	29	77	7	90	12	24	1	61	1.38
4454071--4454109	19	2.1	19	95	0	69	48	12	10	28	1.74
4460311--4460400	35	2.6	35	96	0	162	43	12	10	34	1.76
4460281--4460473	89	2.2	90	92	1	318	41	14	10	33	1.81
4460381--4460419	19	2.1	19	90	0	60	48	10	10	30	1.70
4460346--4460454	54	2.0	54	94	0	191	44	12	10	33	1.76
4460400--4460473	35	2.1	35	97	0	139	40	16	10	32	1.83
4466289--4466322	13	2.6	13	95	0	59	0	8	2	88	0.62
4468443--4468591	75	2.0	73	96	2	271	27	18	23	30	1.97
4469160--4469227	35	1.9	35	87	0	100	44	5	22	27	1.76
4469160--4469230	16	4.2	16	77	13	63	45	5	21	28	1.74
4469519--4469561	22	2.0	22	90	0	68	67	0	0	32	0.91
4472833--4472898	20	3.3	20	75	8	80	33	16	33	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4472801--4472958	41	3.9	41	90	1	237	33	16	29	20	1.94
4478703--4478755	26	2.0	27	85	10	74	43	1	1	52	1.23
4479565--4479607	22	1.9	23	86	13	63	46	4	4	44	1.45
4479663--4480010	173	2.0	167	84	6	441	43	9	2	44	1.49
4480179--4480325	76	1.9	75	93	1	249	38	18	17	25	1.92
4487122--4487171	13	4.1	12	76	20	50	30	2	0	68	1.01
4489643--4489852	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
4489590--4489852	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
4489643--4489887	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
4497538--4497720	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
4497574--4497755	79	2.3	80	79	3	190	26	20	27	25	1.99
4503783--4503821	8	5.0	8	93	3	62	71	0	2	25	0.98
4507625--4507671	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
4508797--4508881	18	4.6	18	66	13	55	51	2	28	17	1.58
4508857--4508962	48	2.2	47	85	9	135	59	1	24	14	1.45
4510633--4510679	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
4512837--4512939	30	3.4	30	72	7	84	36	10	27	25	1.89
4512952--4513061	29	3.6	31	75	9	102	40	11	25	21	1.87
4517637--4517676	21	1.9	21	84	0	53	40	25	12	22	1.89
4523228--4523459	27	8.6	27	83	4	272	24	13	20	41	1.89
4523228--4523459	54	4.3	54	87	2	315	24	13	20	41	1.89
4523228--4523460	107	2.2	107	86	5	328	24	13	20	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4527579--4527679	27	3.7	27	70	7	80	36	19	16	26	1.93
4527711--4527783	24	3.0	24	93	0	119	24	6	23	45	1.77
4527713--4527821	24	4.5	24	85	0	110	23	6	22	47	1.74
4527891--4527943	27	2.0	27	85	14	74	22	30	18	28	1.98
4527988--4528137	32	4.7	32	89	2	205	21	21	20	36	1.95
4528129--4528197	22	3.1	21	78	12	68	21	17	15	44	1.86
4529247--4529364	35	3.4	35	89	0	164	38	16	16	27	1.90
4529272--4529376	35	3.0	34	80	4	120	44	14	15	25	1.84
4529247--4529383	70	2.0	70	80	2	159	42	16	14	27	1.86
4531256--4531481	27	8.4	27	86	1	233	17	15	22	44	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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