genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17106174--17106345	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
17106167--17106342	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
17112077--17112142	28	2.4	28	92	0	105	28	7	27	36	1.84
17112388--17112419	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
17122529--17122569	17	2.3	17	87	8	55	24	7	2	65	1.30
17134197--17134299	22	4.6	21	77	10	89	35	19	23	21	1.96
17134197--17134333	67	2.0	68	81	8	163	35	18	24	21	1.95
17146389--17146483	42	2.3	42	83	0	109	30	23	15	30	1.95
17150257--17150361	43	2.4	43	100	0	210	26	30	20	22	1.98
17158160--17158241	43	1.9	43	94	0	146	29	30	19	20	1.97
17162704--17162749	24	1.9	24	90	0	74	41	28	2	28	1.68
17163684--17163848	42	3.9	42	77	6	172	29	23	14	32	1.94
17163986--17164029	22	2.0	22	100	0	88	50	13	4	31	1.62
17166305--17166411	54	2.0	54	90	0	169	34	22	17	25	1.96
17169340--17169369	15	2.0	15	100	0	60	53	13	13	20	1.72
17172224--17172323	38	2.6	38	87	3	148	27	11	30	32	1.91
17172307--17172427	47	2.6	47	86	1	170	32	16	19	31	1.94
17172296--17172427	48	2.8	47	83	3	176	31	15	21	32	1.94
17172392--17172466	38	2.0	38	89	0	114	29	17	28	25	1.97
17174596--17174682	27	3.3	26	88	7	131	17	24	22	35	1.95
17174599--17174703	52	2.0	54	81	7	126	19	25	21	33	1.97
17175103--17175753	326	2.0	325	100	0	1293	31	15	19	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17176081--17176120	21	2.0	20	85	9	55	57	2	10	30	1.45
17176224--17176262	19	2.1	19	90	0	60	28	15	35	20	1.93
17188219--17188429	27	7.8	27	87	0	296	29	22	7	40	1.81
17188219--17188429	81	2.6	81	90	0	332	29	22	7	40	1.81
17188417--17188526	27	4.1	27	93	0	157	40	21	6	30	1.78
17188219--17188457	81	3.0	81	86	2	327	30	22	7	39	1.81
17188810--17188856	24	2.0	24	83	8	60	29	19	23	27	1.98
17189837--17189865	14	2.0	15	93	6	51	31	0	20	48	1.50
17190616--17190648	15	2.2	15	100	0	66	21	18	12	48	1.80
17191002--17191168	42	4.0	43	78	12	193	22	18	27	31	1.97
17197875--17198052	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
17197876--17198031	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
17197872--17198052	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
17205938--17206115	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
17205939--17206094	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
17205935--17206115	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
17209713--17209763	26	2.0	26	92	7	86	35	21	13	29	1.92
17222404--17222554	76	2.0	76	97	0	284	19	31	15	34	1.92
17226680--17227000	161	2.0	160	97	0	597	33	20	14	31	1.92
17230892--17231116	40	5.6	40	83	5	258	25	24	27	23	2.00
17230892--17231152	80	3.3	80	83	3	312	25	24	26	23	2.00
17230892--17231152	120	2.2	120	83	6	325	25	24	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17234121--17234347	27	8.4	27	91	1	348	27	23	9	39	1.86
17234379--17234692	27	11.6	28	90	3	416	37	21	10	29	1.87
17234674--17234744	27	2.6	26	76	8	79	38	23	7	30	1.82
17234730--17234978	27	9.3	27	84	0	320	34	20	20	24	1.96
17235407--17235469	22	2.8	23	76	7	67	22	23	23	30	1.99
17235628--17235729	27	3.8	27	85	5	116	18	22	21	37	1.94
17235628--17235729	54	1.9	53	83	2	132	18	22	21	37	1.94
17235894--17236015	6	19.8	6	74	17	99	18	17	16	48	1.82
17235865--17236006	31	4.5	31	92	0	212	19	16	14	50	1.79
17237134--17237169	15	2.4	15	95	0	63	16	8	38	36	1.79
17237643--17237711	34	2.0	34	94	0	120	26	15	10	47	1.77
17237714--17238054	27	12.6	27	82	1	378	39	19	9	31	1.84
17238007--17238105	27	3.7	27	71	5	83	38	21	9	31	1.84
17238090--17238457	27	13.3	27	80	6	378	34	18	21	25	1.96
17238166--17238240	38	2.0	37	89	0	105	36	14	22	25	1.92
17238139--17238267	65	2.0	64	100	0	249	35	17	21	24	1.94
17238884--17238948	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
17239106--17239180	27	2.8	27	89	2	107	18	24	21	36	1.95
17239346--17239458	6	18.3	6	74	15	97	18	18	15	47	1.82
17239317--17239458	31	4.5	31	91	0	203	20	16	13	49	1.79
17239334--17239483	62	2.4	62	85	3	196	20	17	14	48	1.81
17240090--17240211	6	19.8	6	73	17	99	18	18	15	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17240062--17240202	31	4.5	31	91	0	201	19	17	13	49	1.79
17240078--17240227	62	2.4	62	86	3	196	20	17	14	48	1.82
17239318--17240804	744	2.0	743	99	0	2931	27	14	17	39	1.89
17249782--17249842	30	2.0	30	87	0	86	40	6	22	29	1.79
17256340--17256415	34	2.2	34	83	0	98	30	22	21	26	1.99
17260041--17260223	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
17260042--17260225	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
17260094--17260258	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
17265036--17265073	20	1.9	20	100	0	76	18	10	36	34	1.85
17265633--17265688	9	6.3	9	76	16	55	14	10	0	75	1.06
17267418--17267443	6	4.3	6	100	0	52	30	0	0	69	0.89
17270430--17270939	255	2.0	255	100	0	1020	27	16	18	37	1.92
17281226--17281259	17	2.0	17	94	0	59	29	0	2	67	1.05
17281407--17281448	13	3.4	12	83	12	50	35	0	7	57	1.26
17281438--17281569	23	5.6	23	69	21	87	32	9	5	52	1.57
17281422--17281574	70	2.2	69	82	8	175	32	8	5	53	1.53
17281769--17281798	3	10.0	3	92	0	51	33	3	0	63	1.11
17281865--17281910	15	3.1	15	90	6	67	36	0	8	54	1.32
17286114--17286229	30	3.9	30	74	17	98	44	0	1	52	1.17
17286174--17286232	10	6.0	10	76	2	57	47	0	1	50	1.11
17288040--17288099	30	2.0	30	90	0	93	35	8	25	31	1.85
17288528--17288700	46	3.7	46	77	13	201	22	20	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17288522--17288692	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
17298355--17298451	40	2.4	41	84	6	128	26	16	28	27	1.97
17302323--17302396	27	2.7	27	95	0	121	37	14	16	31	1.89
17323719--17323862	39	3.7	39	88	1	200	25	22	27	25	2.00
17323719--17323882	78	2.1	78	83	5	199	24	22	27	25	2.00
17330407--17330533	60	2.1	60	91	2	202	54	12	8	24	1.66
17339428--17339599	93	1.8	93	93	0	299	28	29	21	20	1.98
17339421--17339596	46	3.8	46	78	12	198	29	28	21	20	1.98
17339472--17339615	46	3.1	44	76	15	141	29	28	20	22	1.98
17343798--17343838	20	2.0	20	100	0	82	36	19	19	24	1.95
17348919--17348959	16	2.6	16	88	0	55	70	4	0	24	1.06
17360901--17361022	47	2.6	47	94	0	217	35	13	25	25	1.93
17361001--17361209	53	3.9	53	84	4	240	35	17	24	22	1.95
17361009--17361197	55	3.5	53	84	3	227	35	19	24	21	1.96
17361004--17361220	54	4.0	54	83	2	238	37	17	24	21	1.94
17369244--17369325	41	2.0	41	92	0	137	12	28	29	30	1.93
17378483--17378514	15	2.1	15	100	0	64	21	46	12	18	1.82
17381258--17381340	41	2.0	41	100	0	166	26	16	7	49	1.72
17382500--17382571	30	2.4	30	77	13	76	51	5	11	31	1.60
17382501--17382571	31	2.3	31	79	11	76	52	5	11	30	1.60
17383516--17383566	25	2.1	24	82	10	59	21	5	19	52	1.66
17400115--17400150	19	1.9	19	88	5	56	19	11	8	61	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17400367--17400477	40	2.8	40	85	0	150	20	23	30	25	1.99
17400640--17400695	25	2.2	25	87	6	87	32	12	28	26	1.93
17402508--17402772	132	2.0	132	96	0	494	35	10	13	39	1.81
17405169--17405202	17	2.0	17	100	0	68	23	11	0	64	1.26
17405869--17405940	34	2.1	34	100	0	144	38	11	11	38	1.76
17427609--17427646	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
17432915--17432984	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
17432915--17433012	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
17433459--17433484	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
17440049--17440433	48	8.0	48	94	0	653	36	7	25	30	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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