Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  80  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
26874181--26874246
28
2.3
30
84
5
82
34
15
7
42
1.75
26874634--26874663
14
2.1
14
93
0
51
50
0
0
50
1.00
26874960--26875092
23
5.8
23
72
15
96
25
0
5
68
1.15
26874961--26875103
48
3.1
48
74
12
147
25
2
5
67
1.24
26880908--26880945
20
1.9
20
88
0
58
57
2
7
31
1.41
26882141--26882183
22
2.0
22
90
0
68
55
4
9
30
1.52
26882875--26882905
13
2.3
14
94
5
55
51
12
0
35
1.40
26888971--26889016
23
2.0
24
82
4
58
32
26
2
39
1.68
26889162--26889187
3
8.7
3
100
0
52
65
0
0
34
0.93
26889791--26889824
17
2.1
17
88
5
52
2
11
5
79
1.02
26889850--26889896
24
2.0
24
84
8
62
53
4
0
42
1.20
26904495--26904662
72
2.3
72
86
4
223
15
23
19
41
1.89
26904520--26904637
24
4.9
24
73
1
101
17
21
19
41
1.90
26904530--26904686
72
2.2
72
86
2
226
17
22
19
40
1.92
26907072--26907096
13
1.9
13
100
0
50
8
0
24
68
1.16
26908508--26908729
114
1.9
114
97
0
417
41
3
14
40
1.63
26909216--26909319
41
2.5
41
93
0
172
26
19
29
24
1.98
26911182--26911214
16
2.1
16
88
5
50
63
12
0
24
1.28
26912465--26912523
17
3.4
17
71
15
57
33
1
1
62
1.15
26912465--26912535
36
2.0
36
89
5
110
33
2
2
60
1.26
26929577--26929618
22
2.0
22
90
4
68
42
14
4
38
1.66
26935011--26935102
37
2.5
37
87
0
121
21
23
17
36
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
26935330--26935436
26
4.1
26
77
6
117
34
16
19
28
1.94
26935334--26935435
52
1.9
53
88
2
152
33
17
18
30
1.94
26946682--26947091
184
2.3
175
87
5
558
35
10
14
40
1.79
26949479--26949637
26
6.4
26
69
14
111
20
20
20
38
1.94
26949592--26949647
26
2.2
26
93
6
96
12
19
25
42
1.86
26950566--26950709
74
1.9
74
87
0
207
31
19
19
29
1.96
26950900--26950936
9
4.1
9
92
0
65
45
13
10
29
1.77
26960871--26961205
30
11.2
30
73
11
190
17
24
32
26
1.97
26960834--26961145
90
3.5
89
74
8
247
17
24
31
26
1.97
26963571--26963743
90
2.0
86
90
8
273
41
8
8
42
1.65
26970529--26970627
48
2.1
48
94
0
171
52
3
15
29
1.57
26970539--26970615
25
3.2
25
68
20
72
51
1
15
31
1.51
26970553--26970626
25
3.0
24
69
21
64
51
2
16
29
1.58
26976935--26977013
31
2.6
30
78
13
81
43
11
11
34
1.77
26981342--26981517
74
2.4
75
81
4
189
34
14
13
38
1.85
26984700--26984745
16
2.6
17
80
19
51
45
0
32
21
1.52
26986659--26986720
30
2.2
29
85
8
83
61
4
6
27
1.41
26986700--26986729
5
5.8
5
92
7
51
80
0
3
16
0.85
26987708--26987764
22
2.6
22
81
13
64
19
29
0
50
1.47
26994128--26994187
24
2.5
24
80
2
75
40
10
3
46
1.54
26996993--26997046
21
2.7
21
85
5
67
37
18
11
33
1.86
26997420--26997760
44
7.8
44
84
3
382
30
24
14
30
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
26997420--26997760
177
1.9
175
89
2
522
30
24
14
30
1.95
26997464--26997760
133
2.2
133
84
3
368
30
24
14
30
1.95
26997419--26997839
44
9.5
44
77
5
341
29
23
16
29
1.96
26997762--26998312
88
6.3
88
89
1
784
26
26
23
24
2.00
26999677--26999701
9
2.8
9
100
0
50
0
8
0
92
0.40
27004676--27004726
19
2.5
21
81
12
70
39
13
11
35
1.82
27005748--27005859
57
1.9
57
85
3
152
40
17
23
18
1.91
27005790--27006192
212
1.9
211
91
2
657
36
15
19
28
1.93
27005790--27006192
107
3.8
105
89
3
587
36
15
19
28
1.93
27010003--27010041
3
13.3
3
89
5
62
69
2
0
28
1.02
27020610--27020638
11
2.6
11
100
0
58
58
6
13
20
1.58
27021250--27021280
15
2.0
16
93
6
55
64
12
22
0
1.27
27021584--27021608
12
2.1
12
100
0
50
68
0
32
0
0.90
27022832--27022933
51
2.0
52
90
1
161
62
11
8
16
1.53
27023096--27023128
17
1.9
18
88
11
52
45
0
12
42
1.41
27024341--27024391
9
5.4
9
86
9
75
39
27
9
23
1.86
27024341--27024389
20
2.5
20
90
6
75
40
28
10
20
1.85
27028535--27028586
25
2.1
25
92
7
88
25
26
9
38
1.86
27030451--27030478
14
2.0
14
100
0
56
57
0
0
42
0.99
27030437--27030469
10
3.3
10
95
0
57
51
0
0
48
1.00
27030500--27030584
32
2.6
33
77
5
93
44
18
10
25
1.82
27030565--27030630
35
1.9
34
84
6
89
48
12
7
31
1.68
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27033734--27033892
39
4.1
39
82
0
183
35
31
16
16
1.92
27033749--27033892
78
1.8
78
88
2
218
34
29
17
18
1.93
27044920--27044948
14
2.0
15
93
6
51
34
0
13
51
1.42
27049200--27049279
29
2.8
29
80
0
106
42
6
18
32
1.75
27049191--27049278
29
3.0
28
78
8
95
38
6
20
34
1.79
27051683--27051722
16
2.5
16
95
0
71
22
12
20
45
1.84
27052692--27052928
59
4.0
59
92
3
388
51
8
4
35
1.53
27053305--27053348
18
2.4
18
92
0
70
43
11
22
22
1.85
27057279--27057341
3
21.0
3
85
0
54
31
7
3
57
1.43
27061482--27061508
6
4.5
6
100
0
54
48
0
0
51
1.00
27075582--27075608
14
1.9
14
100
0
54
88
0
0
11
0.50
27075725--27075768
4
12.0
4
81
13
51
72
0
27
0
0.85
27075725--27075804
22
3.5
22
77
9
72
70
0
27
2
1.01
27075724--27075768
18
2.5
19
85
7
67
71
0
28
0
0.87
27075740--27075796
14
4.0
14
75
16
55
73
0
24
1
0.92
27075724--27075775
18
2.9
17
77
11
59
69
0
28
1
0.99
27076204--27076870
284
2.3
285
94
1
1167
50
7
11
30
1.66
27082022--27082047
9
2.9
9
100
0
52
57
0
0
42
0.98
27082059--27082105
19
2.7
18
84
12
62
61
12
0
25
1.31
27082359--27082396
10
3.7
10
89
3
58
0
28
0
71
0.87
27082467--27082531
27
2.4
27
94
0
112
16
33
33
15
1.91
27082996--27083034
20
2.0
20
84
0
51
64
0
5
30
1.15
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27083032--27083058
7
3.9
7
100
0
54
44
0
0
55
0.99
27084030--27084069
21
2.0
20
85
5
53
55
0
0
45
0.99
27084004--27084073
28
2.5
27
84
11
79
51
0
2
45
1.16
27087828--27087879
19
2.8
18
72
16
52
32
3
0
63
1.12
27087978--27088007
15
2.1
15
93
6
53
10
0
6
83
0.81
27088242--27088278
9
4.1
9
89
0
56
45
10
10
32
1.74
27095506--27095705
102
2.0
102
90
0
319
32
27
19
21
1.97
27095610--27095746
42
3.5
40
71
17
117
33
27
17
21
1.96
27095608--27095780
75
2.3
75
89
0
265
34
26
19
20
1.96
27095474--27095811
177
1.9
177
90
1
543
32
26
18
21
1.97
27095652--27095779
33
3.6
33
71
17
112
35
25
20
18
1.95
27104110--27104426
127
2.5
127
85
4
415
39
15
9
36
1.79
27104110--27104466
127
2.8
127
83
6
370
38
15
9
36
1.80
27111924--27112072
63
2.4
63
82
4
169
24
28
22
24
1.99
27112617--27112667
23
2.3
23
83
6
70
70
3
21
3
1.20
27116565--27116644
28
2.9
28
90
0
115
62
6
11
20
1.49
27120180--27120219
16
2.4
16
91
8
62
47
20
0
32
1.50
27122170--27122224
3
18.3
3
88
0
74
58
0
7
34
1.26
27131370--27131620
98
2.6
98
96
0
457
35
25
11
27
1.91
27131903--27131935
15
2.2
15
94
0
57
63
12
0
24
1.28
27132388--27132415
3
9.3
3
100
0
56
67
0
0
32
0.91
27133022--27133052
12
2.5
12
94
5
53
90
0
0
9
0.46
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27134079--27134129
19
2.7
19
81
6
59
56
1
0
41
1.10
27134116--27134192
30
2.5
30
85
6
93
46
3
3
45
1.39
27134136--27134202
29
2.3
30
81
2
82
47
4
2
44
1.38
27134769--27134822
24
2.2
25
83
9
67
40
5
1
51
1.36
27137381--27137473
46
2.0
46
87
0
132
31
19
21
27
1.97
27142950--27142983
15
2.1
17
89
10
54
35
5
0
58
1.22
27150788--27150833
20
2.3
20
88
0
65
54
0
19
26
1.44
27150798--27150836
20
2.0
20
100
0
78
48
0
20
30
1.50
27154809--27154897
28
3.1
28
79
4
106
56
3
14
25
1.54
27158352--27158590
50
4.8
50
80
3
225
27
22
29
21
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284