Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  84  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27997088--27997121
16
2.1
17
88
5
52
29
0
17
52
1.45
27997167--27997208
19
2.2
19
83
8
50
52
0
4
42
1.22
28001119--28001616
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4.4
114
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3
590
28
25
21
25
1.99
28003385--28003495
42
2.6
44
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12
115
30
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16
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1.96
28003425--28003512
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2.1
42
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0
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28
31
15
23
1.96
28006271--28006312
21
2.0
22
85
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59
59
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1.51
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0
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0.40
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3
100
0
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0
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20
26
1.94
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5.6
27
92
3
232
30
28
13
27
1.94
28048279--28048455
55
3.2
55
89
0
246
31
29
12
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1.93
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2.4
205
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2
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18
20
29
1.97
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1.9
45
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0
127
32
16
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25
1.96
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2.3
29
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2
125
27
0
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50
1.50
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88
2.2
90
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343
23
8
7
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1.51
28077163--28077353
3
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3
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28
5
5
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1.39
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20
2.8
20
88
0
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30
1
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1.22
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17.0
3
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34
5
0
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2.4
19
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19
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13.2
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64
15
209
30
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22
25
1.99
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5.7
132
89
1
1113
30
22
22
24
1.99
28083952--28084818
396
2.2
396
83
2
945
30
21
22
25
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28084014--28084803
264
3.0
261
83
4
919
31
21
22
25
1.98
28084599--28084943
177
1.9
177
89
3
534
31
21
21
25
1.98
28084677--28085001
44
7.3
44
70
6
156
30
20
23
25
1.99
28085953--28086031
29
2.7
30
76
18
78
25
7
0
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1.17
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43
2.7
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10
129
27
8
0
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1.22
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23
2.8
20
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12
66
30
8
0
61
1.25
28085953--28086027
15
5.1
14
76
15
64
25
6
0
68
1.14
28086162--28086368
3
68.7
3
75
12
158
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1
61
1.27
28086513--28086542
4
7.5
4
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0
51
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0
0
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20
17
38
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1.93
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2.0
29
90
10
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49
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1.65
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17
2.3
17
90
0
60
30
23
0
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23
2.1
24
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73
34
20
0
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1.52
28100641--28100674
13
2.5
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9
52
17
11
14
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1.68
28102837--28102878
14
3.2
13
87
9
59
2
19
0
78
0.86
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41
2.9
40
71
9
106
22
19
26
31
1.97
28115378--28115410
17
1.9
17
93
0
57
21
12
9
57
1.62
28118129--28118225
47
2.1
47
98
0
185
43
12
17
26
1.85
28118970--28119166
41
4.8
41
92
3
283
29
24
19
26
1.98
28118928--28119166
41
5.8
40
86
7
268
28
24
19
27
1.98
28121924--28121981
28
2.1
27
96
3
107
51
8
8
31
1.63
28128557--28128600
22
2.0
22
82
8
54
34
2
4
59
1.30
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28129557--28129632
37
2.1
37
85
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42
23
7
26
1.81
28132316--28132341
13
2.0
13
100
0
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46
15
7
30
1.74
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19
2.6
19
87
0
73
30
34
26
10
1.89
28134404--28134528
59
2.1
59
83
2
153
44
13
3
39
1.60
28137475--28137503
14
2.0
15
93
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51
31
0
0
68
0.89
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21
1.9
21
94
0
71
52
0
12
35
1.39
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47
2.1
47
94
0
171
38
9
15
37
1.79
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2.9
32
95
0
159
27
4
17
50
1.64
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175
2.0
176
97
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12
23
39
1.90
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29
2.1
29
93
6
104
33
8
21
36
1.84
28145027--28145092
13
5.1
13
77
14
73
33
6
21
39
1.78
28156337--28156370
18
1.9
18
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5
61
26
11
5
55
1.58
28160142--28160407
48
5.7
48
82
8
250
30
25
14
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1.95
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90
0
280
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26
19
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1.99
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50
3.5
50
92
0
280
26
23
15
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1.94
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27
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27
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16
65
22
4
4
67
1.30
28166442--28166506
32
2.0
32
93
0
112
32
6
21
40
1.78
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12
3.6
12
90
0
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11
25
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1.80
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0
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12
6
0
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0.87
28177860--28177911
19
2.7
19
81
0
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26
5
15
51
1.65
28177899--28177950
15
3.4
16
71
7
54
30
1
11
55
1.46
28177927--28177989
22
2.9
22
69
2
56
25
3
12
58
1.49
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28179790--28179846
29
2.0
29
83
13
73
47
3
7
42
1.47
28185040--28185068
15
1.9
15
100
0
58
72
6
6
13
1.26
28185040--28185073
13
2.4
14
90
9
52
70
8
8
11
1.34
28185157--28186178
72
14.1
72
90
2
1485
32
19
17
30
1.95
28201184--28201229
3
15.0
3
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13
58
0
36
0
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0.95
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10
2.9
10
100
0
58
0
37
0
62
0.96
28201184--28201229
13
3.7
13
81
18
62
0
36
0
63
0.95
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10
5.2
10
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59
0
30
0
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0.88
28201289--28201331
19
2.3
19
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11
63
0
30
0
69
0.88
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21
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1.69
28201595--28201696
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30
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2
125
44
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21
30
1.70
28201694--28201729
16
2.2
17
90
5
56
19
0
2
77
0.88
28201694--28201729
17
2.1
17
89
0
54
19
0
2
77
0.88
28206049--28206104
26
2.2
26
96
0
103
37
25
7
30
1.82
28208267--28208337
37
1.9
36
91
2
115
39
9
11
39
1.74
28209721--28209773
25
2.1
25
85
0
70
32
18
24
24
1.97
28220984--28221069
17
5.6
17
64
25
57
30
48
0
20
1.50
28220973--28221069
29
3.3
29
94
1
158
30
48
0
20
1.50
28221431--28221613
3
60.7
3
71
12
108
31
2
2
63
1.22
28221431--28221511
28
2.9
29
76
10
87
30
3
2
62
1.25
28221432--28221613
25
7.3
25
70
17
101
31
2
2
63
1.23
28221832--28221870
21
2.0
21
85
10
55
38
2
0
58
1.12
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28228208--28228252
20
2.2
20
88
0
63
31
20
20
28
1.97
28228215--28228253
20
2.0
20
94
0
69
28
23
17
30
1.97
28228235--28228586
85
4.2
84
90
5
530
29
22
27
21
1.99
28228643--28228682
21
1.9
21
94
0
71
30
12
22
35
1.91
28229041--28229241
46
4.4
47
67
15
138
34
19
20
25
1.96
28229064--28229376
135
2.3
135
85
6
404
33
23
18
24
1.97
28229334--28229422
46
1.9
46
93
0
151
34
17
19
28
1.95
28229380--28229689
133
2.3
136
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4
416
30
20
22
27
1.98
28229380--28229725
133
2.6
133
79
6
317
30
20
22
26
1.98
28229987--28230043
17
3.6
17
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22
61
29
50
0
19
1.47
28230402--28230566
3
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3
70
9
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30
2
2
64
1.19
28230511--28230566
14
3.9
14
79
11
60
25
0
0
75
0.81
28230488--28230566
23
3.4
23
78
5
70
30
1
1
67
1.07
28231167--28231400
126
1.9
126
90
3
373
29
17
14
38
1.90
28243459--28243508
5
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5
76
23
50
38
2
0
60
1.09
28243464--28243506
8
5.4
8
88
0
68
37
2
0
60
1.10
28243458--28243514
24
2.5
24
86
13
77
38
3
0
57
1.16
28244119--28244149
15
2.1
15
100
0
62
54
19
6
19
1.65
28249015--28249048
17
1.9
17
88
5
50
35
0
0
64
0.94
28249322--28249374
17
3.2
17
78
2
63
32
7
1
58
1.37
28254233--28254271
14
2.9
14
92
3
62
38
5
0
56
1.22
28254305--28254337
16
2.0
17
88
5
50
30
9
0
60
1.27
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28255936--28255972
17
2.2
17
100
0
74
35
16
10
37
1.83
28256393--28256520
35
3.7
35
78
4
125
33
22
11
32
1.90
28257603--28257635
11
2.9
12
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13
52
33
0
0
66
0.92
28257850--28257898
22
2.2
22
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0
62
61
10
10
18
1.55
28257858--28257897
11
3.6
11
79
0
53
57
10
12
20
1.63
28258398--28258435
8
4.6
8
93
3
58
42
31
0
26
1.56
28260428--28260511
17
4.9
17
74
17
68
60
0
3
35
1.14
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15
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0
0
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0.99
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2.0
31
85
8
85
57
0
1
40
1.08
28265902--28265941
13
3.4
11
86
10
53
70
2
2
25
1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
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          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284