genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12681261--12681301	22	1.9	21	85	5	55	14	43	24	17	1.86
12681705--12681736	11	2.9	11	95	0	55	62	9	3	25	1.40
12683241--12683296	20	3.1	19	80	12	64	58	7	5	28	1.46
12687745--12687772	7	4.0	7	100	0	56	57	28	0	14	1.38
12691721--12691749	12	2.4	12	100	0	58	24	41	27	6	1.80
12696075--12696121	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
12696555--12696901	50	6.8	50	81	6	320	25	18	25	30	1.98
12696619--12696736	58	2.0	58	95	0	209	25	22	22	30	1.99
12697447--12697802	179	2.0	180	88	2	538	36	9	20	32	1.85
12702568--12702900	47	7.1	47	97	0	603	31	8	30	28	1.87
12705305--12705429	48	2.6	48	78	6	155	30	16	22	30	1.96
12705397--12705469	38	1.9	38	91	0	119	27	12	28	31	1.93
12711924--12712021	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
12711952--12712034	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
12711924--12712035	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
12722770--12722952	79	2.3	80	82	7	212	25	26	23	24	2.00
12722749--12722952	40	5.1	40	80	9	222	25	26	23	24	2.00
12723718--12723896	85	2.1	85	97	0	340	26	26	8	39	1.84
12724560--12724829	67	4.0	67	98	0	513	40	20	8	30	1.83
12726311--12726419	37	2.9	37	93	0	173	27	31	17	23	1.97
12726561--12726689	48	2.7	48	91	0	195	27	27	8	36	1.86
12726669--12726708	19	2.1	19	90	0	62	22	30	15	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12726621--12726756	67	2.0	67	92	0	227	28	27	9	34	1.88
12726688--12726804	48	2.4	48	94	0	198	29	28	7	34	1.85
12726573--12726986	115	3.6	115	94	0	713	29	27	8	34	1.86
12726736--12726868	67	2.0	67	95	0	239	28	27	9	35	1.87
12726784--12726823	19	2.1	19	95	0	71	20	32	15	32	1.93
12726803--12726919	48	2.4	48	94	0	216	29	25	7	36	1.84
12726851--12727167	67	4.7	67	98	0	589	30	29	8	32	1.87
12726899--12726938	19	2.1	19	95	0	71	20	32	15	32	1.93
12726966--12727005	19	2.1	19	95	0	71	20	32	15	32	1.93
12727033--12727072	19	2.1	19	95	0	71	20	32	15	32	1.93
12726621--12727120	182	2.7	182	80	8	690	29	28	8	33	1.87
12727100--12727139	19	2.1	19	95	0	71	20	32	15	32	1.93
12730256--12731142	40	22.0	40	90	1	1387	27	28	21	22	1.99
12731248--12731335	45	2.0	45	93	0	149	37	27	9	26	1.86
12735408--12736047	324	2.0	320	86	3	908	35	22	13	28	1.93
12740479--12740635	43	3.6	44	81	9	198	24	17	25	32	1.97
12746999--12747176	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
12747020--12747175	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
12754435--12754683	121	2.1	121	91	1	401	25	29	24	20	1.99
12757943--12758024	42	2.0	42	95	0	146	35	7	21	35	1.82
12766442--12766502	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
12777569--12777753	40	4.7	40	78	6	189	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12783708--12783766	29	2.0	31	80	12	70	38	20	3	37	1.69
12784188--12784226	21	1.9	20	84	5	51	51	23	2	23	1.61
12792234--12792311	41	1.9	41	83	0	102	33	20	16	29	1.95
12806859--12806906	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
12806953--12807809	20	42.8	20	94	0	1525	34	12	20	32	1.90
12806953--12807809	40	21.4	40	99	0	1696	34	12	20	32	1.90
12807860--12807953	26	3.7	26	86	1	136	24	24	24	26	2.00
12811227--12811399	46	3.7	46	73	14	167	23	20	26	30	1.99
12811224--12811394	93	1.8	93	93	2	299	23	21	26	28	1.99
12818240--12819056	20	40.8	20	94	0	1454	34	12	20	32	1.90
12818240--12819056	40	20.4	40	99	0	1616	34	12	20	32	1.90
12819106--12819203	26	3.8	26	90	1	153	26	23	22	27	1.99
12819106--12819216	26	4.4	25	84	5	125	27	21	22	27	1.99
12820425--12820474	20	2.5	20	100	0	100	46	4	10	40	1.56
12820436--12820474	12	3.6	12	74	25	50	46	5	7	41	1.55
12827159--12827196	20	1.9	20	88	0	58	26	7	21	44	1.79
12831725--12831765	17	2.3	19	87	8	59	34	0	7	58	1.26
12834647--12834703	26	2.2	26	100	0	114	29	19	22	28	1.98
12837031--12837061	16	1.9	16	93	0	53	54	0	6	38	1.26
12837403--12837462	30	2.0	29	84	9	77	46	3	20	30	1.66
12839952--12839992	17	2.3	19	87	8	59	34	0	7	58	1.26
12847918--12848138	104	2.1	104	93	1	372	17	19	31	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12848057--12848279	71	3.1	71	94	0	383	23	16	30	30	1.96
12868329--12868368	18	2.3	17	91	4	62	47	2	0	50	1.14
12868533--12868573	21	1.9	22	85	5	57	26	9	7	56	1.58
12869999--12870031	16	2.0	17	88	5	50	48	0	9	42	1.35
12870227--12870288	30	2.1	30	81	6	72	40	1	12	45	1.52
12873073--12873258	90	2.1	90	87	0	264	40	12	14	32	1.83
12893709--12893885	72	2.5	71	83	4	207	28	15	21	34	1.94
12893903--12894242	77	4.5	76	84	7	417	33	14	19	32	1.92
12894462--12894799	73	4.6	73	95	2	563	31	18	17	32	1.94
12896586--12896612	11	2.5	11	100	0	54	29	7	7	55	1.55
12902013--12902188	51	3.5	51	81	3	158	27	28	17	26	1.97
12902107--12902291	50	3.6	52	82	3	178	31	26	16	25	1.96
12905142--12905182	20	2.0	20	100	0	82	58	0	9	31	1.31
12910090--12910210	27	4.5	27	86	1	154	33	26	11	28	1.91
12912399--12912471	37	2.0	37	91	0	119	50	15	10	23	1.75
12922403--12922452	24	2.0	26	85	14	70	52	12	6	30	1.62
12925399--12925443	22	2.0	22	100	0	90	48	4	24	22	1.68
12940323--12940397	6	12.7	6	72	13	66	78	1	5	14	0.99
12940342--12940399	5	11.2	5	76	20	57	77	0	5	17	0.94
12940308--12940399	31	2.8	32	83	9	116	76	1	6	16	1.05
12950709--12950780	34	2.1	34	84	0	90	29	20	22	27	1.99
12952211--12952396	42	4.5	41	82	4	187	24	15	25	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12955168--12955224	30	1.9	29	92	3	96	28	24	15	31	1.96
12964017--12964174	44	3.7	44	73	12	123	27	17	24	30	1.97
12964022--12964174	43	3.6	42	76	6	112	28	17	24	30	1.97
12964004--12964174	43	4.0	43	66	16	111	27	16	24	31	1.96
12976164--12976306	39	3.7	38	70	5	115	33	4	8	53	1.53
12976163--12976315	78	2.0	78	96	0	279	32	5	8	53	1.53
12976930--12976969	22	1.9	20	85	10	53	32	5	27	35	1.79
12996521--12996560	20	2.0	20	100	0	80	30	15	25	30	1.95
13002598--13002657	30	2.0	30	83	0	75	40	10	23	26	1.86
13005259--13005378	42	2.9	42	73	0	123	31	25	12	30	1.92
13023658--13023839	46	4.0	46	90	1	267	25	32	8	33	1.87
13023813--13024238	47	9.1	47	94	0	692	25	30	11	32	1.92
13024256--13024784	265	2.0	265	99	0	1049	36	19	5	38	1.75
13028315--13028471	28	5.5	28	75	6	127	29	28	19	22	1.98
13028342--13028443	29	3.6	29	80	7	118	29	31	16	22	1.96
13028315--13028475	57	2.8	57	89	0	223	29	29	18	22	1.97
13028503--13028717	40	5.4	40	93	0	349	27	25	20	26	1.99
13028853--13028908	18	3.2	18	67	23	55	35	19	5	39	1.75
13028840--13028908	35	2.0	35	100	0	138	39	20	5	34	1.76
13030233--13030415	46	4.0	46	91	0	267	26	31	7	34	1.84
13030389--13030532	47	3.1	46	79	7	155	28	29	6	34	1.83
13030455--13030533	25	3.3	25	71	16	76	31	27	5	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13034923--13034983	30	2.0	30	83	0	77	39	3	24	32	1.72
13038250--13038334	44	1.9	44	90	0	134	35	25	15	23	1.94
13047053--13047084	16	2.0	16	100	0	64	43	12	31	12	1.80
13047760--13047961	27	7.5	27	85	1	208	28	14	17	39	1.89
13047761--13047977	81	2.7	81	83	4	267	28	15	18	38	1.91
13059424--13059513	47	1.9	47	83	0	117	27	24	22	25	2.00
13059729--13059872	27	5.3	27	85	3	103	18	18	20	43	1.88
13059700--13059885	54	3.5	53	82	2	147	18	17	21	42	1.89
13059754--13059887	54	2.5	54	91	0	205	16	15	23	44	1.85
13059754--13059886	27	4.9	27	87	0	185	16	15	23	44	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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