genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73035635--73036007	40	9.3	40	98	0	710	20	19	31	27	1.97
73036251--73036294	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
73038215--73038448	47	5.0	47	88	1	326	35	11	29	24	1.90
73043790--73043861	33	2.2	33	87	0	108	23	20	26	29	1.99
73050507--73050607	37	2.7	37	89	0	148	27	29	19	22	1.98
73050820--73051107	47	6.1	47	90	0	441	27	29	11	31	1.91
73050820--73051108	141	2.0	141	95	0	515	27	29	11	31	1.91
73055667--73055807	55	2.6	55	78	2	149	28	30	26	14	1.95
73068433--73068482	10	4.8	10	88	9	64	58	6	0	36	1.23
73068433--73068488	22	2.6	22	86	5	71	55	7	0	37	1.27
73072904--73072945	6	7.0	6	84	10	50	61	16	21	0	1.34
73077508--73077874	186	2.0	186	96	0	680	27	13	18	40	1.88
73078149--73078413	133	2.0	133	98	0	512	27	12	21	39	1.89
73078415--73078463	20	2.4	21	76	10	57	34	0	6	59	1.22
73079438--73079680	122	2.0	122	98	0	468	26	14	16	41	1.88
73080247--73080395	43	3.5	44	79	7	155	26	17	27	28	1.98
73080293--73080403	42	2.6	42	77	9	109	26	18	27	28	1.98
73080247--73080403	85	1.8	84	82	8	201	25	17	28	28	1.98
73080949--73080981	15	2.1	16	88	5	50	15	3	24	57	1.52
73091224--73091252	13	2.2	13	100	0	58	37	6	6	48	1.57
73092407--73092461	25	2.2	26	83	9	69	52	10	3	32	1.54
73103958--73104181	122	1.9	120	85	1	313	42	9	19	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73104230--73104339	56	2.0	56	94	1	195	54	5	23	16	1.63
73129820--73129844	12	2.1	12	100	0	50	52	40	0	8	1.31
73129813--73129850	16	2.4	16	86	0	58	50	34	0	15	1.45
73132042--73132192	27	5.6	27	86	0	203	35	18	19	25	1.95
73132927--73132986	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
73144011--73144065	28	1.9	29	88	3	85	45	1	21	30	1.62
73144011--73144072	29	2.2	28	85	2	79	46	1	20	30	1.60
73157778--73157895	43	2.8	42	73	6	121	24	15	25	34	1.94
73163118--73163225	55	2.0	55	100	0	216	36	14	5	43	1.69
73163378--73163522	40	3.7	40	86	2	186	27	27	19	25	1.99
73164777--73164817	21	2.0	21	85	9	57	39	26	0	34	1.57
73164788--73164827	21	1.9	21	84	0	53	40	25	0	35	1.56
73165244--73165354	55	2.0	55	98	0	213	32	22	9	36	1.85
73171148--73171340	40	4.8	40	90	1	291	25	29	21	23	1.99
73177127--73177230	52	2.0	52	98	0	199	38	12	15	33	1.85
73178256--73178486	48	4.9	48	72	14	187	26	22	23	27	1.99
73184366--73184489	26	4.8	26	91	1	196	26	23	23	26	2.00
73184539--73184585	11	4.5	11	84	10	71	31	19	12	36	1.89
73184539--73184602	11	6.4	10	79	13	62	34	18	10	35	1.86
73188903--73188953	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
73189548--73189601	27	2.0	27	89	3	83	37	20	20	22	1.95
73189602--73189877	27	10.4	27	80	5	294	26	19	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73189693--73189838	76	1.9	76	92	0	247	25	20	17	36	1.94
73189667--73189879	103	2.1	104	91	3	351	26	19	17	36	1.94
73196599--73196740	67	2.1	69	86	5	198	33	21	26	18	1.96
73197375--73197437	27	2.3	27	86	5	83	23	23	17	34	1.96
73197396--73197478	41	2.0	41	88	0	121	22	22	16	37	1.94
73197438--73197638	27	7.5	27	89	1	251	25	20	16	37	1.93
73205217--73205249	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
73205776--73206102	87	3.7	87	97	1	593	24	28	20	26	1.99
73205776--73206102	43	7.5	42	77	10	327	24	28	20	26	1.99
73206925--73207066	47	3.0	46	92	1	230	45	14	12	28	1.81
73209421--73209577	43	3.7	43	94	0	278	31	33	24	10	1.90
73209577--73209691	38	3.0	38	85	2	131	26	24	24	24	2.00
73223185--73223212	14	2.0	14	100	0	56	28	7	7	57	1.52
73228575--73228613	20	1.9	20	84	5	51	56	5	7	30	1.49
73230604--73230697	37	2.5	37	89	3	136	29	18	26	25	1.98
73232358--73232508	27	5.6	26	80	4	115	26	16	28	28	1.97
73232358--73232483	54	2.3	54	82	8	148	26	16	28	28	1.97
73232385--73232534	55	2.8	54	81	6	160	27	15	30	27	1.96
73232358--73232513	82	1.9	81	81	3	188	26	16	28	28	1.96
73232385--73232534	27	5.5	27	81	3	113	27	15	30	27	1.96
73242606--73242898	42	6.7	42	74	12	184	27	16	25	29	1.97
73242630--73242769	48	2.9	48	87	2	192	31	17	22	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73245938--73246013	40	1.9	40	86	0	107	23	17	28	30	1.97
73246022--73246098	28	2.8	28	75	0	82	31	9	28	31	1.88
73247688--73247730	18	2.3	19	84	15	63	20	11	23	44	1.84
73249529--73249610	27	3.1	26	89	5	119	18	25	20	35	1.95
73250566--73250643	38	2.1	38	90	0	120	34	19	16	29	1.94
73267944--73267980	18	2.0	19	89	5	58	45	5	8	40	1.56
73269509--73269601	39	2.3	40	90	1	143	22	17	25	34	1.96
73270167--73270394	42	5.4	42	77	3	197	25	15	25	34	1.95
73270237--73270380	43	3.4	43	80	4	139	26	17	25	31	1.97
73272872--73272971	28	3.6	28	74	5	85	25	30	16	29	1.96
73272985--73273069	40	2.2	39	84	2	107	29	27	16	27	1.97
73279318--73279379	29	2.2	28	94	2	106	24	20	12	41	1.87
73281414--73281515	51	2.0	51	92	0	168	29	20	14	35	1.93
73287448--73287607	43	3.8	41	73	13	144	25	19	26	28	1.99
73296776--73296826	6	8.2	6	81	14	59	15	5	0	78	0.93
73311226--73311270	22	2.0	22	100	0	90	46	17	4	31	1.68
73317279--73317319	19	2.1	20	86	4	57	56	2	9	31	1.45
73319482--73319720	42	5.6	42	75	10	191	31	25	14	28	1.95
73319482--73319740	85	3.1	85	80	3	301	31	25	15	28	1.96
73319751--73319879	48	2.7	48	85	6	163	26	24	18	31	1.98
73326225--73326293	33	2.1	33	97	0	129	39	11	20	28	1.87
73327880--73327952	37	2.0	37	91	0	119	20	13	31	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73338116--73338170	16	3.4	16	78	9	67	56	9	0	34	1.31
73342850--73343430	289	2.0	290	89	1	880	34	14	12	37	1.85
73343816--73343909	40	2.4	40	83	1	118	32	19	17	30	1.94
73347428--73347508	30	2.7	30	88	3	119	18	35	2	43	1.64
73351506--73351537	11	2.9	11	100	0	64	28	18	28	25	1.98
73351602--73351791	51	3.7	51	91	2	303	30	13	24	31	1.94
73363213--73363379	46	3.6	45	77	13	187	28	28	21	22	1.99
73363214--73363383	92	1.8	93	92	1	288	28	28	21	21	1.99
73370518--73370555	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
73370780--73370952	46	3.7	46	75	10	172	31	26	20	21	1.98
73370785--73370955	93	1.8	93	88	0	261	30	26	21	21	1.98
73385427--73385451	11	2.3	11	100	0	50	28	0	16	56	1.41
73387250--73387290	14	3.0	14	86	10	50	51	14	7	26	1.69
73421555--73421612	28	2.1	28	81	12	66	65	1	8	24	1.30
73434439--73434526	44	2.0	44	95	0	158	36	20	18	25	1.95
73434749--73435136	89	4.4	89	97	1	699	31	21	18	29	1.97
73434839--73435381	178	3.1	176	81	5	499	30	20	19	29	1.97
73435061--73435465	178	2.3	178	88	2	582	31	18	21	28	1.97
73435448--73435613	44	3.8	44	75	9	151	34	21	19	25	1.96
73435471--73435805	88	3.8	88	84	3	440	34	19	23	22	1.97
73438604--73438650	19	2.5	19	86	3	60	27	17	36	19	1.93
73438721--73438806	30	3.0	29	83	5	102	27	15	31	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73438734--73438857	29	4.3	29	77	10	101	28	14	32	25	1.95
73446444--73446534	46	2.0	46	84	0	119	26	31	7	34	1.85
73446514--73447607	47	23.3	47	96	0	1949	26	29	10	32	1.91
73458808--73458909	40	2.6	40	83	10	138	24	23	28	23	2.00
73458861--73459094	116	2.0	116	100	0	468	29	20	22	27	1.99
73462623--73462729	43	2.5	43	84	3	135	33	26	14	25	1.95
73462649--73462765	43	2.6	44	81	10	130	35	26	15	23	1.94
73468428--73468471	20	2.2	20	83	4	52	4	25	15	54	1.60
73469464--73469503	21	1.9	21	85	10	55	37	22	10	30	1.87
73477590--73477719	71	1.9	70	84	7	176	20	30	16	33	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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