genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5770382--5770465	5	15.6	5	71	20	55	16	4	3	75	1.12
5770382--5770445	17	3.7	17	76	16	60	14	4	4	76	1.11
5770415--5770455	17	2.4	17	87	0	55	17	7	2	73	1.17
5778230--5778254	9	2.8	9	100	0	50	24	20	32	24	1.98
5780807--5780867	30	2.1	29	93	3	104	24	16	21	37	1.93
5787006--5787251	132	1.9	132	90	3	397	33	16	19	30	1.94
5791653--5791703	10	5.0	10	79	9	50	3	19	17	58	1.54
5793552--5793599	17	2.8	17	87	3	60	77	0	4	18	0.93
5793562--5793599	6	6.5	6	93	6	60	81	0	2	15	0.80
5798737--5798791	22	2.5	21	77	11	58	63	1	5	29	1.27
5813517--5813631	29	4.0	28	81	2	122	27	16	28	26	1.97
5813530--5813640	57	1.9	58	85	1	152	27	17	29	26	1.97
5819575--5819612	16	2.3	16	86	13	51	50	26	5	18	1.68
5821112--5821226	29	4.0	28	81	8	133	26	15	30	26	1.96
5827328--5827499	93	1.8	93	89	0	272	27	28	20	22	1.99
5827320--5827495	46	3.8	46	78	10	178	28	27	20	22	1.99
5827373--5827514	46	3.1	46	72	12	121	28	28	19	23	1.98
5832682--5832815	40	3.4	40	90	3	209	25	30	21	22	1.99
5835263--5835350	46	1.9	46	95	0	158	27	28	22	21	1.99
5841127--5841304	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
5841128--5841283	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
5841124--5841304	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5844537--5844561	13	1.9	13	100	0	50	16	40	32	12	1.84
5852140--5852353	93	2.3	94	82	8	251	22	28	21	28	1.99
5852183--5852350	46	3.6	46	80	7	180	23	27	20	29	1.99
5858075--5858326	46	5.5	44	73	14	163	27	19	28	24	1.98
5858075--5858289	94	2.3	93	81	9	253	27	19	28	23	1.98
5863239--5863332	34	2.8	34	76	15	97	27	24	22	25	2.00
5863582--5863711	65	2.0	65	96	0	242	42	17	14	25	1.87
5868014--5868058	21	2.1	21	83	0	54	44	31	6	17	1.75
5878140--5878639	213	2.3	213	83	2	628	44	10	14	31	1.78
5882305--5882345	18	2.3	19	79	12	50	43	9	0	46	1.36
5882896--5882931	8	4.5	8	92	0	63	66	0	0	33	0.92
5885950--5886171	105	2.1	105	88	3	322	30	17	14	37	1.90
5886335--5886681	106	3.3	106	80	1	295	31	14	14	39	1.87
5890493--5890551	30	2.0	30	86	0	82	25	8	8	57	1.56
5890841--5890891	25	2.1	23	85	7	66	43	0	0	56	0.99
5890841--5890879	12	3.1	13	81	7	53	38	0	0	61	0.96
5890897--5890961	30	2.3	28	82	10	80	35	1	3	60	1.22
5890977--5891016	21	2.0	20	90	5	62	27	0	0	72	0.85
5890977--5891021	19	2.3	20	85	11	58	26	2	0	71	0.98
5891255--5891360	31	3.5	31	65	10	83	43	14	20	21	1.87
5891247--5891359	60	1.9	60	85	3	156	46	12	19	21	1.82
5894644--5894709	6	10.8	6	76	15	64	46	15	18	19	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5894869--5894970	27	3.8	26	87	5	105	36	21	24	17	1.95
5895129--5895194	22	3.0	22	78	8	71	36	22	21	19	1.95
5895620--5895860	27	9.0	27	88	2	353	24	21	20	33	1.97
5895621--5895860	53	4.5	54	87	4	335	24	22	20	33	1.97
5895620--5895860	80	3.0	79	89	3	349	24	21	20	33	1.97
5895879--5896029	27	5.6	27	81	1	151	29	6	20	43	1.77
5895879--5896029	81	1.9	81	86	5	216	29	6	20	43	1.77
5895879--5896046	27	6.2	27	77	5	142	29	6	20	43	1.77
5895879--5896056	81	2.2	81	83	6	209	29	6	19	43	1.77
5896050--5896191	27	5.3	27	88	0	203	40	7	21	30	1.81
5896049--5896191	54	2.6	54	91	0	232	40	7	20	30	1.81
5896206--5896290	27	3.2	26	81	6	98	29	8	22	40	1.83
5909537--5909747	38	5.5	38	82	7	205	23	22	24	30	1.99
5909521--5909748	76	2.9	75	83	6	251	23	21	24	30	1.99
5914733--5914808	24	3.2	24	71	17	77	36	1	9	52	1.42
5914734--5914831	47	2.1	48	98	1	189	37	2	11	48	1.50
5917683--5917743	30	2.0	30	96	0	113	26	16	8	49	1.73
5924206--5924292	21	4.2	21	73	2	77	18	24	18	39	1.92
5924206--5924285	41	2.0	41	89	0	124	17	25	18	38	1.92
5932227--5932404	27	6.6	27	82	3	178	29	28	15	26	1.96
5932253--5932403	82	1.9	81	88	4	232	28	27	16	27	1.97
5935828--5936378	276	2.0	276	92	0	922	30	23	18	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5946671--5946903	40	5.8	40	87	4	276	27	21	25	25	1.99
5953628--5953704	21	3.7	21	71	0	73	16	23	20	38	1.92
5953641--5953721	42	1.9	42	87	0	117	17	25	19	37	1.94
5953689--5953729	21	2.0	21	90	0	64	12	17	21	48	1.79
5959439--5959467	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
5959490--5959520	5	6.4	5	92	7	55	41	0	0	58	0.98
5960785--5960841	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
5961213--5961295	21	3.8	23	75	9	66	16	24	21	37	1.94
5965271--5965486	46	4.7	44	76	10	159	27	17	29	25	1.97
5965262--5965486	93	2.4	91	83	6	276	27	17	29	24	1.98
5965266--5965515	48	5.4	46	75	14	212	28	17	30	24	1.97
5965422--5965532	48	2.3	48	87	1	150	29	18	31	19	1.96
5971460--5971652	46	4.2	45	79	7	185	28	18	30	23	1.97
5971486--5971652	90	1.8	91	83	7	223	27	17	29	24	1.98
5971460--5971716	48	5.5	46	76	12	193	28	17	29	23	1.97
5971941--5972234	147	2.0	147	97	0	552	29	10	22	37	1.87
5972464--5972585	63	1.9	63	88	3	183	40	18	11	30	1.85
5974675--5974774	50	2.0	50	100	0	200	40	14	12	34	1.82
5975673--5975832	26	6.2	26	91	0	266	32	7	24	35	1.83
5975673--5975832	52	3.1	52	97	0	293	32	7	24	35	1.83
5977619--5977905	137	2.1	137	96	0	520	24	19	24	31	1.98
5980928--5981020	44	2.1	43	94	2	159	26	19	2	51	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5996053--5996421	54	6.8	54	83	2	402	24	23	14	37	1.92
5996080--5996385	162	1.9	162	86	2	445	23	23	14	38	1.91
6011899--6011963	34	1.9	34	93	0	112	24	26	26	23	2.00
6011899--6011984	34	2.5	34	85	7	104	25	25	27	20	1.99
6016838--6017162	27	12.2	26	85	5	287	39	20	10	29	1.86
6016850--6017163	81	3.9	81	82	6	318	40	20	10	28	1.86
6017585--6017656	32	2.2	32	87	0	108	22	20	23	33	1.97
6022966--6023004	6	6.5	6	96	0	69	84	0	12	2	0.72
6025245--6025352	42	2.5	43	78	11	123	30	23	17	28	1.97
6039746--6039870	32	3.9	32	90	2	180	25	24	10	39	1.87
6039746--6039870	64	1.9	65	90	4	200	25	24	10	39	1.87
6039920--6040050	28	4.7	28	82	5	140	24	31	17	26	1.97
6039916--6040049	55	2.4	55	90	3	198	24	30	17	26	1.97
6053557--6053623	29	2.3	30	92	5	111	29	25	20	23	1.99
6061111--6061288	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
6061112--6061267	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
6061108--6061288	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
6061553--6061690	69	2.0	69	91	0	222	34	8	27	28	1.87
6068668--6068845	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
6068669--6068824	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
6068665--6068845	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
6074375--6074436	28	2.2	28	88	0	88	19	38	17	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6075410--6075573	47	3.5	45	80	10	161	26	28	14	30	1.95
6075497--6075670	94	1.9	92	82	13	223	23	26	20	29	1.99
6079200--6079294	42	2.2	42	79	1	109	34	22	16	26	1.95
6079208--6079290	42	2.0	43	85	2	114	34	24	16	24	1.95
6079708--6080021	164	1.9	164	97	0	592	34	19	5	40	1.75
6080529--6080564	16	2.2	16	95	0	63	33	8	5	52	1.55
6081315--6081591	50	5.7	50	77	6	212	24	27	18	29	1.98
6081365--6081553	100	1.9	100	86	2	272	24	27	18	29	1.98
6086061--6086110	20	2.5	19	83	6	64	46	12	16	26	1.81
6092528--6092772	94	2.6	94	87	0	337	34	11	28	25	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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