genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62663300--62663325	12	2.2	12	100	0	52	15	34	34	15	1.89
62674188--62674227	20	1.9	20	85	10	53	67	10	10	12	1.42
62687191--62687248	21	2.8	21	89	7	84	36	12	3	48	1.57
62687200--62687248	20	2.5	20	93	6	82	38	8	4	48	1.52
62690264--62690329	29	2.3	29	91	0	105	30	21	18	30	1.97
62693878--62694010	49	2.7	49	82	2	169	21	30	22	26	1.99
62694028--62694190	46	3.6	44	78	10	152	24	28	19	27	1.98
62704868--62704980	55	2.1	55	84	0	145	18	30	24	26	1.98
62709650--62709678	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
62719693--62719812	42	2.8	44	82	7	138	27	30	20	21	1.98
62720286--62720348	29	2.2	29	91	5	103	25	23	6	44	1.77
62722023--62722219	54	3.6	54	81	0	187	32	21	8	37	1.83
62722034--62722190	27	5.8	27	89	0	215	29	22	8	39	1.83
62722169--62722374	27	7.7	27	76	9	143	40	19	8	30	1.82
62722021--62722219	81	2.5	81	84	0	272	33	21	8	36	1.83
62722169--62722332	54	3.1	54	79	7	190	41	20	7	29	1.81
62722021--62722308	81	3.6	81	81	2	231	35	21	8	34	1.84
62722183--62722332	80	1.9	80	85	2	212	43	19	8	29	1.79
62722183--62722362	54	3.4	53	82	4	182	41	19	8	30	1.82
62722421--62722472	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
62722513--62722585	27	2.7	27	83	12	96	34	21	20	23	1.97
62723397--62723467	24	2.9	25	83	6	92	26	26	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62723614--62723706	42	2.2	42	88	0	132	30	15	21	33	1.94
62723730--62723844	31	3.7	31	87	5	162	29	16	24	29	1.96
62729443--62729558	43	2.7	43	80	11	139	31	26	17	24	1.97
62737476--62737501	7	3.7	7	100	0	52	30	0	0	69	0.89
62745593--62745870	56	5.0	56	88	2	366	33	26	14	26	1.94
62745780--62745958	92	1.9	92	88	4	272	30	25	13	29	1.94
62754147--62754214	30	2.3	30	92	5	111	23	41	23	11	1.87
62760299--62760470	45	4.0	45	78	13	166	31	27	16	24	1.96
62760294--62760458	84	1.9	84	85	4	224	32	27	16	24	1.96
62766761--62766827	20	3.3	20	91	4	109	35	11	19	32	1.88
62766772--62766827	11	5.5	11	75	16	66	35	12	19	32	1.89
62766877--62766949	26	2.8	26	95	0	128	26	26	21	26	2.00
62785015--62785159	40	3.6	40	84	4	184	25	24	26	24	2.00
62787588--62787658	22	3.3	21	71	23	58	16	16	21	45	1.86
62787583--62787804	43	5.2	43	84	5	272	15	16	23	44	1.86
62787583--62787808	85	2.6	85	87	1	326	15	16	23	45	1.85
62805586--62805622	13	2.8	13	91	0	56	32	43	10	13	1.79
62809175--62809241	30	2.2	30	94	0	116	17	31	31	19	1.95
62810460--62810513	24	2.3	23	84	9	65	31	22	27	18	1.97
62810481--62810560	23	3.3	23	71	23	67	35	16	28	20	1.94
62816502--62816584	43	1.9	43	87	0	121	22	16	28	31	1.96
62819584--62819628	23	2.0	23	82	8	56	64	8	4	22	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62819818--62819857	21	1.9	21	84	0	53	55	20	0	25	1.44
62821756--62821963	46	4.4	47	83	4	206	29	19	27	23	1.98
62821756--62821963	94	2.2	92	85	6	267	29	19	27	23	1.98
62821977--62822106	49	2.7	49	80	4	138	29	18	28	23	1.98
62824590--62824675	43	2.0	43	95	0	154	39	2	6	51	1.42
62830032--62830165	61	2.2	61	81	11	170	46	3	5	44	1.46
62832020--62832245	43	5.3	43	86	0	290	22	17	31	28	1.97
62832323--62832418	31	3.1	31	90	1	149	52	21	9	16	1.72
62837843--62837964	50	2.4	51	86	2	165	36	12	22	28	1.91
62837947--62838092	31	4.7	31	89	1	222	27	16	28	27	1.97
62838113--62838221	47	2.3	47	87	1	146	30	11	26	32	1.91
62838131--62838236	47	2.2	47	84	1	131	27	12	31	29	1.93
62841204--62841397	9	21.7	9	86	3	248	32	0	22	44	1.57
62841654--62841720	29	2.3	28	87	7	98	55	0	0	44	0.99
62841667--62841719	20	2.7	19	76	5	52	54	0	0	45	0.99
62843913--62843951	14	2.8	13	84	7	51	41	0	33	25	1.56
62844102--62844663	262	2.1	261	84	4	722	33	20	16	29	1.95
62844872--62844946	26	2.9	27	92	4	118	46	4	6	42	1.48
62845096--62845120	7	3.6	7	100	0	50	44	44	0	12	1.41
62845136--62845221	7	11.9	7	68	7	55	47	26	1	24	1.59
62845140--62845192	15	3.6	15	84	2	63	43	32	1	22	1.64
62850810--62850919	26	4.2	26	93	4	193	36	27	6	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62850810--62850919	54	2.1	52	94	3	193	36	27	6	30	1.82
62876909--62877085	68	2.6	67	82	1	210	34	14	24	25	1.94
62883242--62883267	13	2.0	13	100	0	52	23	15	23	38	1.92
62892448--62892759	80	3.9	80	96	0	552	25	20	27	26	1.99
62892447--62892778	40	8.3	40	77	1	344	25	19	28	26	1.99
62894896--62895080	40	4.6	40	78	7	196	25	24	27	23	2.00
62894898--62895080	80	2.3	81	83	6	221	25	24	27	22	2.00
62897035--62897072	11	3.6	11	79	13	53	36	13	18	31	1.89
62897129--62897191	26	2.4	26	89	0	90	20	28	22	28	1.98
62898598--62898742	40	3.7	40	81	10	172	24	27	23	24	2.00
62907478--62907561	31	2.7	31	92	1	134	32	17	26	23	1.97
62911335--62911495	40	4.0	40	82	3	198	23	22	27	26	1.99
62911335--62911485	80	1.9	80	87	2	223	23	23	28	24	2.00
62919604--62919767	40	4.1	40	83	4	179	23	22	28	25	1.99
62919604--62919767	80	2.0	80	87	2	231	23	22	28	25	1.99
62924957--62925140	68	2.7	68	81	3	208	34	16	23	25	1.95
62929371--62929408	19	2.1	19	90	5	60	36	0	7	55	1.29
62933533--62933567	14	2.5	14	90	0	52	40	2	8	48	1.49
62941762--62942062	51	5.9	51	90	2	453	29	24	13	31	1.94
62942086--62942203	52	2.3	52	90	0	191	27	21	14	37	1.92
62942086--62942197	24	4.3	27	82	13	137	25	21	15	37	1.92
62960179--62960341	27	6.0	27	77	5	150	34	16	23	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62960181--62960338	81	2.0	81	83	2	201	34	17	23	25	1.96
62969995--62970051	25	2.3	24	82	11	71	31	3	0	64	1.10
62972238--62972374	43	3.2	43	74	7	125	36	24	13	25	1.92
62973219--62973534	27	11.7	27	78	7	185	40	20	9	30	1.84
62973219--62973531	54	5.8	53	75	9	233	40	20	9	29	1.83
62973226--62973534	81	3.8	79	76	8	230	40	20	9	29	1.84
62974219--62974286	33	2.1	33	94	0	118	26	19	33	20	1.96
62974516--62974846	27	12.3	27	78	10	216	42	19	7	29	1.78
62974543--62974877	54	6.2	54	77	12	267	41	19	8	30	1.81
62974516--62974875	81	4.5	78	78	10	257	41	19	7	30	1.80
62975118--62975195	41	1.9	41	86	0	111	21	23	28	26	1.99
62983506--62983614	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
62983819--62984004	47	4.1	47	87	7	237	26	30	11	31	1.91
62988667--62988732	34	1.9	34	100	0	132	37	13	15	33	1.86
62990155--62990650	39	12.6	39	93	3	779	23	27	22	26	2.00
62993930--62993995	32	2.1	32	100	0	132	37	13	15	33	1.86
63000498--63000541	21	2.1	21	91	0	70	18	13	29	38	1.89
63001019--63001055	17	2.2	17	90	4	58	10	24	0	64	1.25
63003406--63003478	3	24.0	3	76	13	69	31	4	1	63	1.22
63007367--63007399	16	2.0	17	88	5	50	51	0	0	48	1.00
63010320--63010358	17	2.4	16	83	8	51	61	12	12	12	1.57
63011769--63011823	25	2.2	24	81	9	58	40	10	3	45	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63036424--63036478	3	18.3	3	100	0	110	34	0	0	65	0.93
63036616--63036654	17	2.3	17	86	0	51	25	15	0	58	1.37
63041264--63041302	19	2.0	20	85	5	53	48	0	0	51	1.00
63045159--63045227	35	2.0	34	94	0	111	33	26	20	18	1.95
63048589--63048946	194	1.8	194	88	0	545	34	15	16	32	1.91
63057351--63057375	12	2.1	12	100	0	50	8	44	0	48	1.32
63066165--63066214	26	1.9	26	87	0	73	52	0	14	34	1.42
63069349--63069375	14	1.9	14	100	0	54	37	0	3	59	1.15
63070790--63071637	193	4.4	192	84	4	1126	32	15	17	33	1.92
63070639--63071536	374	2.4	370	90	1	1382	32	15	18	33	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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