genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82891728--82891855	49	2.7	45	75	13	107	32	4	7	56	1.47
82891839--82891870	14	2.3	14	94	0	55	25	12	6	56	1.59
82893584--82893694	48	2.3	48	89	1	170	28	27	18	24	1.98
82893684--82893731	25	1.9	25	95	0	87	27	25	16	31	1.97
82895212--82895244	13	2.4	14	90	5	50	69	3	0	27	1.03
82895240--82895341	30	3.4	31	83	5	122	29	22	3	44	1.71
82895729--82895774	3	15.0	3	82	13	58	63	0	36	0	0.95
82895732--82895760	10	2.9	10	100	0	58	62	0	37	0	0.96
82895729--82895774	13	3.7	13	81	18	62	63	0	36	0	0.95
82895729--82895778	24	2.1	24	88	3	75	64	0	36	0	0.94
82907760--82907793	16	2.1	17	88	5	52	17	11	5	64	1.45
82907699--82907957	91	2.9	88	81	10	300	26	18	18	37	1.93
82910056--82910099	23	2.0	22	86	8	63	54	15	4	25	1.60
82910095--82910257	17	9.4	17	78	9	159	30	12	10	47	1.74
82910095--82910257	35	4.7	34	79	8	168	30	12	10	47	1.74
82910218--82910345	39	3.4	38	70	18	106	35	10	12	42	1.77
82911250--82911349	40	2.4	40	78	8	94	40	18	10	32	1.83
82913935--82913974	7	5.9	7	82	5	55	40	30	17	12	1.86
82919124--82919427	125	2.4	125	97	0	574	31	8	21	38	1.84
82922775--82922811	12	3.1	12	84	0	56	16	13	21	48	1.80
82929732--82929772	20	2.0	20	85	0	55	24	4	4	65	1.32
82929951--82930004	26	2.0	29	85	10	78	59	5	11	24	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82930552--82930610	25	2.4	25	80	8	68	44	0	0	55	0.99
82935190--82935239	19	2.6	19	90	0	82	46	8	2	44	1.44
82935692--82935859	86	2.0	86	91	2	275	34	11	17	35	1.87
82940866--82940952	44	2.0	44	88	0	129	33	27	16	22	1.95
82941179--82941210	16	2.0	16	93	0	55	46	18	0	34	1.49
82943926--82944004	28	2.7	28	83	13	81	53	5	2	39	1.37
82943992--82944046	19	2.8	19	78	10	58	54	3	1	40	1.28
82946118--82947044	39	23.8	39	90	0	1458	10	25	25	38	1.87
82946119--82947041	78	11.8	78	99	0	1828	10	25	25	38	1.87
82950435--82950502	29	2.3	30	80	10	77	30	11	14	42	1.82
82951035--82951194	87	1.8	87	82	7	209	42	14	11	31	1.81
82957146--82957179	9	3.8	9	88	0	50	41	17	11	29	1.85
82957143--82957206	18	3.6	18	80	0	74	45	20	9	25	1.80
82958779--82958823	22	2.0	22	100	0	90	26	0	8	64	1.23
82960186--82961117	78	11.9	78	97	0	1738	31	19	14	34	1.93
82961082--82961219	40	3.5	40	84	0	186	36	21	12	30	1.90
82967481--82967541	24	2.5	24	86	5	79	34	27	16	21	1.95
82969699--82969928	78	2.9	78	94	0	397	31	21	14	32	1.93
82969893--82970030	40	3.5	40	84	0	186	36	21	12	30	1.90
82977159--82977335	27	6.5	27	83	3	194	27	14	28	30	1.95
82977161--82977316	82	1.9	81	86	3	224	26	14	28	29	1.95
82977157--82977335	82	2.2	81	80	3	216	27	13	27	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82984184--82984361	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
82984185--82984340	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
82984181--82984361	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
82991091--82991205	31	3.7	31	95	1	196	26	25	18	30	1.98
82991229--82991320	42	2.2	42	84	0	121	34	18	14	32	1.91
82991466--82991613	25	5.8	26	91	0	221	27	24	24	24	2.00
82991466--82991613	52	2.9	50	92	6	235	27	24	24	24	2.00
82991663--82991729	20	3.3	20	89	4	100	31	17	10	40	1.84
82991764--82991838	25	3.0	25	84	0	96	30	18	20	30	1.96
82992460--82992521	27	2.3	27	80	0	70	25	24	16	33	1.95
82992554--82992705	27	5.7	26	76	6	115	29	6	21	42	1.78
82992805--82992933	55	2.3	55	79	9	138	32	10	17	39	1.83
82992737--82993019	27	10.4	27	77	8	144	36	9	22	32	1.86
82996659--82996702	22	2.0	22	81	0	52	13	31	34	20	1.92
83000829--83000855	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
83001343--83001520	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
83001344--83001499	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
83001340--83001520	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
83010676--83010937	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
83015029--83015091	26	2.4	26	83	0	81	34	11	11	42	1.76
83017668--83017803	48	2.8	48	78	2	121	32	15	21	30	1.94
83022685--83022859	48	3.8	48	71	10	146	30	22	18	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83030091--83030137	21	2.3	21	88	3	69	63	2	4	29	1.25
83030081--83030171	38	2.3	39	83	9	114	57	1	5	36	1.29
83031127--83031311	91	2.0	91	85	0	244	33	16	21	28	1.95
83031819--83031886	34	2.0	33	88	2	100	23	22	35	19	1.96
83031826--83031903	33	2.3	34	88	2	113	23	17	38	20	1.93
83038068--83038166	20	4.9	19	79	9	90	41	5	1	52	1.30
83038062--83038140	19	3.9	19	78	8	77	43	7	0	49	1.31
83038068--83038167	10	9.9	10	71	17	73	42	5	1	52	1.30
83038111--83038183	10	7.0	11	74	21	68	45	2	1	50	1.24
83038232--83038263	16	2.0	16	93	0	55	46	0	0	53	1.00
83039591--83039740	42	3.6	42	76	3	115	30	16	23	30	1.96
83043541--83043621	42	1.9	42	82	5	101	22	34	25	17	1.95
83043825--83043870	23	2.0	23	91	4	76	47	23	4	23	1.69
83059688--83059722	16	2.2	16	94	0	61	48	28	8	14	1.73
83062290--83062399	42	2.6	43	78	7	109	29	24	16	30	1.96
83062332--83062472	70	2.0	70	100	0	282	28	25	16	29	1.97
83062402--83062554	42	3.6	42	88	1	216	31	25	13	30	1.93
83074246--83074301	21	2.6	21	73	18	53	25	8	1	64	1.32
83077634--83077666	17	1.9	17	93	0	57	21	12	12	54	1.69
83084340--83084394	18	3.1	18	78	19	62	41	0	1	56	1.10
83084348--83084395	21	2.3	21	81	0	51	45	0	0	54	0.99
83086647--83086689	21	2.0	21	86	8	61	60	2	0	37	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83086649--83086695	22	2.2	21	84	3	58	61	2	0	36	1.08
83087109--83087190	27	3.1	27	74	13	89	42	3	12	41	1.60
83100807--83100922	61	1.9	58	86	5	160	50	2	3	43	1.32
83102111--83102269	78	2.0	78	97	0	300	35	21	13	30	1.91
83104623--83104767	40	3.6	40	83	4	175	24	25	24	26	2.00
83112863--83112920	29	2.0	29	93	0	98	34	20	3	41	1.69
83114997--83115076	18	4.4	18	85	3	99	28	7	27	36	1.84
83114997--83115062	9	7.3	9	71	0	51	28	6	28	36	1.81
83114983--83115076	36	2.7	35	80	8	102	29	7	25	37	1.83
83121807--83121927	49	2.4	49	82	6	147	22	24	23	29	1.99
83121952--83122166	46	4.6	46	80	8	220	24	28	19	28	1.98
83121952--83122166	48	4.6	47	81	6	186	24	28	19	28	1.98
83121952--83122166	94	2.3	94	82	1	261	24	28	19	28	1.98
83124937--83124984	19	2.6	18	80	9	51	60	4	10	25	1.47
83126933--83126995	33	1.9	33	93	0	108	36	11	22	30	1.89
83126966--83127104	66	2.1	66	80	5	147	37	12	20	29	1.89
83127011--83127105	33	2.9	32	83	7	120	32	13	22	31	1.93
83130408--83130455	23	2.1	23	96	0	87	18	18	20	41	1.90
83137646--83137685	19	2.1	19	95	0	71	25	15	32	27	1.95
83159695--83159958	27	9.8	27	75	8	234	39	21	9	29	1.85
83159694--83159958	81	3.3	80	81	6	302	39	21	9	29	1.85
83159695--83159986	54	5.5	53	82	3	309	39	20	9	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83170011--83170068	26	2.3	25	77	11	64	24	18	13	43	1.87
83179334--83179459	63	2.0	63	96	0	234	47	16	32	3	1.63
83184616--83184653	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
83185379--83185438	30	2.0	30	90	0	93	30	25	5	40	1.77
83189958--83190031	36	2.1	36	97	0	139	28	17	22	31	1.97
83201308--83201338	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
83201305--83201344	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
83201533--83201721	53	3.6	53	82	5	181	21	23	18	36	1.95
83201530--83201784	55	4.8	53	79	9	204	20	24	17	37	1.94
83208882--83208912	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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