genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  53  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18674199--18674261	33	1.9	33	83	0	81	26	22	25	25	2.00
18676990--18677104	29	4.0	28	85	8	135	28	13	28	29	1.94
18682477--18682629	27	5.7	27	78	3	139	40	24	7	28	1.81
18682469--18682629	54	3.0	53	80	2	153	39	24	7	28	1.82
18682477--18682645	81	2.1	81	80	6	182	42	22	7	28	1.80
18682623--18682871	27	9.2	27	83	4	270	31	21	5	40	1.76
18682623--18682871	81	3.1	81	86	2	322	31	21	5	40	1.76
18683200--18683258	27	2.2	26	84	3	73	25	23	15	35	1.94
18683377--18683455	31	2.5	31	89	0	122	18	18	13	48	1.81
18683377--18683455	6	12.8	6	74	15	72	18	18	13	48	1.81
18683377--18683455	19	4.3	18	71	17	72	18	18	13	48	1.81
18686419--18686470	23	2.3	23	93	0	86	19	17	17	46	1.85
18689107--18689182	29	2.6	29	93	0	125	19	25	23	31	1.98
18689237--18689328	42	2.2	42	88	0	130	35	20	13	30	1.91
18689461--18689596	26	5.3	26	84	3	172	29	22	19	28	1.98
18689467--18689596	52	2.6	51	91	4	203	30	20	20	29	1.98
18689646--18689712	20	3.3	20	89	4	100	31	17	10	40	1.84
18690420--18690483	27	2.4	27	81	5	76	21	23	18	35	1.95
18690515--18690724	27	7.7	27	77	4	134	31	9	20	39	1.84
18690542--18690671	56	2.4	54	80	5	136	31	6	19	42	1.77
18690602--18690757	81	1.9	81	82	2	197	29	10	19	39	1.86
18690626--18690757	27	4.9	26	74	8	104	30	11	20	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18690756--18690847	27	3.4	27	89	0	130	41	7	22	28	1.81
18690744--18691011	54	4.9	54	72	8	168	37	8	20	33	1.83
18690736--18691083	54	6.4	55	70	9	162	35	8	20	35	1.83
18690772--18691120	27	12.8	27	75	10	165	35	8	20	36	1.82
18690772--18691142	163	2.3	164	92	2	622	35	8	20	35	1.83
18691331--18691374	17	2.6	17	88	0	70	15	31	31	20	1.94
18693561--18693690	64	2.0	64	96	0	242	41	6	25	26	1.80
18699505--18699681	46	3.9	44	72	11	149	23	18	27	30	1.98
18699502--18699673	93	1.8	93	84	0	236	22	19	28	29	1.98
18706804--18706985	49	3.7	48	81	8	222	27	25	20	26	1.99
18706791--18706983	100	1.9	100	91	0	314	27	24	20	27	1.99
18707633--18707692	30	2.0	30	83	6	77	30	26	6	36	1.82
18709731--18709769	15	2.5	15	91	4	60	56	15	12	15	1.68
18712513--18712757	49	4.9	49	82	3	310	28	25	17	27	1.98
18714824--18714908	38	2.2	38	93	0	143	50	14	25	9	1.72
18723646--18723683	15	2.3	18	82	17	55	5	23	0	71	1.07
18723647--18723683	17	2.3	17	90	9	60	5	24	0	70	1.08
18726799--18726907	27	4.0	27	81	8	114	17	23	21	37	1.94
18726799--18726907	54	2.0	54	83	3	139	17	23	21	37	1.94
18728912--18729656	372	2.0	372	99	0	1474	31	20	16	31	1.95
18733916--18734030	55	2.1	56	82	8	137	34	20	26	18	1.96
18733941--18734030	27	3.2	27	79	7	101	32	22	25	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18734136--18734227	28	3.3	27	92	3	139	29	8	28	33	1.87
18742049--18742140	28	3.3	28	95	3	159	30	7	28	33	1.85
18742391--18742421	8	3.9	8	91	0	53	3	22	25	48	1.66
18749943--18750041	28	3.5	28	78	13	96	31	10	12	46	1.74
18750520--18750559	21	1.9	21	84	0	53	22	15	17	45	1.85
18752150--18752187	20	1.9	20	88	0	58	42	15	7	34	1.76
18757368--18757452	28	3.0	27	78	8	80	27	27	14	31	1.94
18757389--18757452	29	2.3	29	81	5	78	28	26	14	31	1.95
18761281--18761310	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
18770566--18770604	16	2.4	16	95	0	69	51	30	5	12	1.62
18771979--18772030	25	2.1	25	85	3	70	23	19	25	32	1.97
18772080--18772120	21	2.0	21	95	0	73	31	21	12	34	1.91
18773976--18774013	19	2.0	20	89	5	60	44	15	2	36	1.61
18780158--18780215	21	2.7	22	84	10	77	31	22	12	34	1.91
18780252--18780302	26	1.9	27	88	4	77	25	11	23	39	1.89
18782084--18782121	19	2.0	20	89	5	60	44	15	2	36	1.61
18783106--18783182	29	2.7	29	91	0	118	25	18	28	27	1.98
18783106--18783207	29	3.6	28	84	6	107	28	16	28	26	1.97
18783106--18783216	57	1.9	58	83	1	143	29	16	27	26	1.97
18791518--18791565	24	2.0	24	84	8	62	43	20	2	33	1.64
18810847--18810932	30	2.9	29	78	11	86	29	18	23	29	1.98
18815042--18815091	21	2.4	22	80	10	59	8	14	34	44	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18818519--18818743	47	4.7	47	89	3	299	32	9	30	27	1.88
18818519--18818743	96	2.4	94	87	3	317	32	9	30	27	1.88
18818862--18818940	37	2.1	37	95	0	140	24	18	32	24	1.97
18818914--18819136	114	2.0	114	100	0	446	32	12	22	33	1.91
18821858--18822123	47	5.7	48	75	13	193	27	17	31	24	1.97
18821861--18822071	46	4.5	47	76	12	170	27	18	31	22	1.97
18834290--18834316	11	2.5	11	100	0	54	22	0	25	51	1.48
18834944--18835032	43	2.1	43	95	0	160	23	30	28	17	1.97
18842330--18842457	65	2.0	65	96	0	238	46	17	12	24	1.82
18842499--18842555	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
18842802--18842843	12	3.4	13	81	18	54	28	0	0	71	0.86
18844756--18845741	51	19.5	51	97	1	1799	27	26	13	33	1.93
18849108--18849151	19	2.4	18	85	7	54	40	6	2	50	1.42
18851460--18851587	65	2.0	65	95	0	229	44	16	14	25	1.85
18851813--18851875	20	3.0	22	73	17	78	26	23	12	36	1.91
18860001--18860107	27	3.9	27	83	9	128	38	21	24	15	1.92
18861525--18861595	24	3.0	24	91	0	115	25	36	1	36	1.65
18864676--18864787	27	4.2	26	83	7	134	39	22	23	15	1.91
18864676--18864787	54	2.1	54	89	3	172	39	22	23	15	1.91
18876678--18876727	17	2.9	17	82	5	66	22	18	20	40	1.92
18878630--18878680	25	2.0	25	100	0	102	60	11	15	11	1.58
18879688--18879828	65	2.2	65	88	7	223	34	23	21	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18882371--18882534	40	4.1	40	82	6	208	25	27	21	25	2.00
18882371--18882534	79	2.1	80	85	5	217	25	27	21	25	2.00
18883263--18883709	224	2.0	224	99	0	876	31	25	10	33	1.89
18890043--18890206	40	4.1	40	82	6	199	24	27	22	25	2.00
18890043--18890206	79	2.1	80	83	5	208	24	27	22	25	2.00
18892101--18892150	18	2.8	18	93	0	82	46	16	18	20	1.85
18893968--18894015	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
18894044--18894100	9	5.8	10	76	15	57	38	8	19	33	1.82
18894043--18894117	20	3.8	20	91	6	111	38	9	18	33	1.83
18894062--18894117	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
18894167--18894263	26	3.8	26	86	2	135	24	23	24	26	2.00
18902097--18902174	20	4.0	21	88	6	85	39	8	20	30	1.83
18902119--18902157	11	3.7	11	80	13	55	35	10	20	33	1.86
18902224--18902382	26	6.3	26	82	9	199	27	20	23	28	1.99
18902224--18902369	48	2.9	52	84	11	196	26	21	23	28	1.99
18902224--18902382	74	2.1	73	89	9	241	27	20	23	28	1.99
18914225--18914346	41	2.9	40	78	11	120	30	27	15	27	1.96
18914214--18914348	43	3.2	41	79	8	139	29	27	17	25	1.97
18916416--18916454	21	1.9	21	94	5	71	20	30	38	10	1.86
18917634--18917853	99	2.3	92	84	9	268	24	30	19	25	1.98
18917585--18917856	46	5.7	49	78	12	248	23	30	19	25	1.98
18927439--18927606	48	3.6	45	76	12	144	24	29	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18927608--18927753	46	3.2	46	73	13	147	20	29	18	31	1.96
18929941--18929980	20	2.0	20	100	0	80	30	10	20	40	1.85
18929992--18930736	372	2.0	372	98	0	1454	31	20	16	31	1.95
18934994--18935108	55	2.1	56	80	8	128	34	21	24	19	1.96
18935019--18935108	27	3.2	27	78	7	92	32	23	24	20	1.98
18935214--18935277	28	2.3	28	91	5	103	29	7	29	32	1.86
18935529--18935558	16	1.9	15	93	6	51	6	20	20	53	1.67
18942391--18942421	13	2.3	14	94	5	55	74	0	3	22	0.96
18942395--18942431	19	1.9	19	88	0	56	72	5	2	18	1.15
18942870--18942984	55	2.1	56	80	8	128	34	21	24	19	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284