genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25761959--25762006	15	3.0	15	81	9	51	41	2	0	56	1.11
25762139--25762244	44	2.5	41	79	18	135	35	31	3	29	1.75
25762156--25762246	46	2.0	46	93	4	159	38	30	4	26	1.76
25762226--25762262	16	2.3	16	100	0	74	21	35	5	37	1.77
25769351--25771208	929	2.0	929	98	0	3601	37	21	15	25	1.93
25773897--25773966	22	3.1	22	79	4	86	42	11	22	22	1.85
25776828--25776867	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
25776851--25776890	20	2.0	20	90	0	62	25	10	15	50	1.74
25776836--25776902	34	1.9	35	87	3	100	29	8	14	46	1.76
25782139--25782163	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
25784449--25784644	51	3.9	50	80	6	225	30	28	17	23	1.97
25784453--25784635	101	1.8	102	90	3	298	30	26	18	24	1.98
25784447--25784669	101	2.2	102	80	4	254	29	28	17	25	1.97
25793177--25793369	96	2.0	96	92	2	325	30	7	27	34	1.85
25793823--25794374	101	5.5	101	99	0	1095	51	11	7	28	1.65
25795445--25795503	27	2.2	27	81	6	75	37	11	25	25	1.90
25800749--25801135	195	2.0	193	84	5	512	41	16	9	33	1.79
25801643--25801715	38	2.0	34	84	10	92	53	1	0	45	1.09
25802745--25802783	18	2.2	18	90	4	62	25	0	0	74	0.82
25813755--25813843	37	2.5	36	91	7	139	33	28	10	28	1.89
25814031--25814204	41	4.2	41	84	2	156	23	29	18	28	1.98
25818907--25819036	65	2.0	65	96	0	242	33	12	8	46	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25825943--25825981	20	1.9	21	84	5	53	33	15	48	2	1.58
25829142--25829178	7	5.4	7	93	3	58	24	0	10	64	1.25
25834021--25834070	20	2.5	19	81	15	57	40	6	4	50	1.46
25843887--25844063	50	3.4	50	83	7	203	22	28	20	28	1.98
25856395--25856428	15	2.2	16	94	5	61	0	0	20	79	0.73
25857175--25857209	2	17.5	2	100	0	70	0	51	0	48	1.00
25862861--25863030	81	2.1	81	96	0	313	42	15	21	21	1.89
25863145--25863199	24	2.3	24	100	0	110	45	7	25	21	1.77
25873066--25873113	25	1.9	25	87	8	71	22	20	16	39	1.92
25879131--25879327	99	2.0	99	97	0	376	34	27	11	25	1.91
25880627--25880750	42	3.0	41	84	2	140	20	22	37	20	1.95
25887665--25887706	21	2.0	21	90	4	68	30	2	0	66	1.04
25894675--25894717	22	2.0	22	100	0	86	62	13	9	13	1.53
25897891--25897941	14	3.6	14	74	12	50	78	1	13	5	1.02
25901157--25901339	93	2.0	93	95	0	330	47	12	15	24	1.80
25901414--25901450	17	2.2	16	90	4	56	48	8	21	21	1.76
25907415--25907490	4	19.0	4	71	20	52	72	2	22	2	1.10
25917477--25917518	16	2.8	15	80	19	52	50	2	4	42	1.36
25934163--25934273	54	2.1	54	94	0	195	46	2	9	40	1.51
25944796--25944893	22	4.5	22	76	18	80	16	17	21	44	1.86
25944835--25944908	22	3.6	19	81	15	69	14	16	22	45	1.84
25945383--25945442	28	2.1	28	87	6	86	41	15	20	23	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25948077--25948105	12	2.3	13	94	5	51	44	0	0	55	0.99
25956440--25956533	30	3.1	30	93	1	152	25	25	6	42	1.78
25956450--25956527	15	5.2	15	70	11	70	25	23	7	43	1.80
25961114--25961221	15	7.2	15	69	12	87	25	23	7	43	1.79
25961104--25961227	30	4.1	30	95	1	212	25	25	6	42	1.78
25963842--25963886	17	2.6	18	77	22	51	57	0	6	35	1.25
25965350--25965544	98	2.0	98	94	0	345	36	25	10	27	1.88
25966737--25966764	9	3.1	9	100	0	56	75	0	0	25	0.81
25967035--25967166	19	6.8	19	91	3	219	36	15	10	37	1.82
25967028--25967165	59	2.4	59	91	4	221	36	14	10	38	1.80
25967339--25967819	44	10.9	43	72	16	367	26	22	20	30	1.98
25967332--25967814	133	3.6	133	98	0	912	25	22	20	30	1.98
25967972--25968381	132	3.1	132	97	0	766	23	26	20	29	1.99
25967974--25968282	44	7.0	44	63	15	145	24	26	20	28	1.99
25969590--25969617	10	2.8	10	100	0	56	0	0	10	89	0.49
25970798--25970891	19	4.8	19	90	5	152	34	15	11	38	1.84
25970791--25970891	40	2.7	38	88	8	152	34	15	10	38	1.83
25972050--25972276	126	1.8	123	83	5	276	35	0	36	28	1.61
25974807--25975154	40	8.7	40	99	0	687	21	27	20	30	1.98
25982363--25982395	16	2.1	16	94	0	57	45	3	0	51	1.16
25982369--25982401	9	3.9	9	84	15	52	51	0	0	48	1.00
25982372--25982419	22	2.3	20	82	10	60	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25982947--25983022	33	2.3	33	95	0	134	48	19	5	26	1.70
25983705--25983817	40	2.8	40	80	8	131	31	16	24	26	1.96
25983887--25984091	41	4.8	41	84	10	275	18	21	33	27	1.96
25983887--25984091	91	2.4	87	87	7	285	18	21	33	27	1.96
25983986--25984082	50	1.9	50	91	4	160	20	19	32	26	1.97
25984211--25984344	66	2.0	66	95	0	241	44	5	8	41	1.59
25984358--25984505	78	1.9	74	89	5	224	20	5	29	44	1.73
25984484--25984532	15	3.4	15	78	18	59	20	0	32	46	1.51
25984514--25984561	21	2.3	21	77	0	60	20	0	35	43	1.52
25984580--25984618	20	1.9	20	89	5	60	23	0	25	51	1.49
25988072--25988114	21	2.0	21	100	0	86	27	13	34	23	1.93
25988986--25989052	35	1.9	35	81	6	82	38	2	2	55	1.31
25989170--25989423	42	6.0	42	88	1	312	22	18	32	26	1.97
25989516--25989865	124	2.8	124	96	0	628	29	17	21	32	1.96
25992750--25992776	10	2.7	10	100	0	54	51	0	7	40	1.30
25992798--25992832	18	1.9	18	94	0	61	51	2	8	37	1.47
25992687--25992832	65	2.2	64	85	8	188	47	6	8	37	1.60
25992695--25993008	121	2.6	121	96	0	574	46	5	10	37	1.62
25992871--25992897	10	2.7	10	100	0	54	51	0	7	40	1.30
25992919--25992953	18	1.9	18	100	0	70	51	2	11	34	1.53
25992926--25993062	55	2.5	55	97	0	256	43	6	13	36	1.70
25993069--25993110	18	2.3	18	91	0	66	33	0	19	47	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25993088--25993169	29	2.8	29	90	0	137	28	1	25	45	1.61
25993057--25993444	76	5.1	76	85	3	521	26	0	26	46	1.58
25993124--25993368	47	5.0	47	85	10	337	25	0	27	46	1.56
25993146--25993232	18	5.2	18	74	23	100	27	0	24	48	1.51
25993164--25993321	29	5.8	29	73	23	139	24	0	29	46	1.53
25993298--25993339	18	2.3	18	100	0	84	26	0	26	47	1.52
25993211--25993321	29	3.8	29	96	0	195	22	0	31	45	1.52
25993345--25993462	47	2.5	47	87	0	182	27	0	26	45	1.59
25993374--25993469	18	5.7	18	72	16	80	27	0	25	47	1.52
25993164--25993444	105	2.7	103	88	4	350	24	0	28	46	1.55
25993465--25993533	25	2.7	25	81	2	84	39	10	2	47	1.52
25993937--25993971	18	1.9	18	88	0	52	31	8	34	25	1.86
25995815--25995876	31	2.1	30	90	6	99	64	0	3	32	1.09
25995873--25995985	51	2.2	51	95	0	199	41	0	29	29	1.56
25995957--25996007	22	2.3	22	96	0	93	39	0	31	29	1.57
25997317--25997346	15	2.1	14	93	6	51	23	0	33	43	1.54
25997356--25997392	14	2.5	15	95	4	67	18	0	45	35	1.50
25997341--25997446	50	2.1	50	82	3	124	22	0	33	43	1.60
25997490--25997538	22	2.3	21	79	10	55	20	0	42	36	1.52
25997328--25997538	7	29.7	7	68	11	54	22	0	35	42	1.57
25997557--25997654	21	4.6	21	74	12	67	24	0	39	35	1.56
25997507--25997725	120	1.8	122	84	8	304	25	0	32	40	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25997731--25997778	15	3.3	15	85	5	71	16	0	39	43	1.48
25997731--25997778	7	6.6	7	83	7	60	16	0	39	43	1.48
25998081--25998321	124	1.9	125	88	4	362	32	15	15	36	1.89
26001063--26001265	43	4.8	43	78	3	196	29	17	24	29	1.97
26001090--26001266	42	4.2	42	79	2	176	27	16	23	32	1.96
26001099--26001266	85	2.0	85	86	2	239	27	17	23	31	1.97
26001295--26001335	21	2.0	21	85	0	55	43	29	14	12	1.82
26017927--26018129	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
26017861--26018129	98	2.7	98	92	0	448	34	14	22	28	1.93
26018093--26018238	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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