genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23311791--23311842	22	2.5	20	85	11	77	23	0	1	75	0.91
23311875--23311916	16	2.6	17	85	7	61	30	0	0	69	0.89
23311878--23311924	15	3.1	15	87	3	58	27	2	0	70	0.99
23311891--23311958	14	4.6	14	73	20	50	17	5	1	75	1.08
23311896--23311959	15	4.4	14	82	7	56	15	6	1	76	1.06
23314251--23315044	401	2.0	401	95	0	1444	34	12	16	36	1.86
23323884--23324121	28	8.5	28	96	0	388	32	28	13	26	1.94
23330614--23330907	147	2.0	147	98	0	570	27	20	17	34	1.95
23335735--23335773	21	1.9	20	85	15	53	30	5	2	61	1.31
23341522--23341660	44	3.2	43	75	10	106	32	23	15	28	1.95
23344669--23344790	43	2.9	42	85	2	172	30	15	24	29	1.96
23353265--23353298	13	2.6	13	90	0	50	44	11	0	44	1.40
23355965--23356097	40	3.3	39	80	11	146	29	25	15	30	1.95
23363767--23363995	48	4.8	48	90	0	314	34	6	28	31	1.82
23367447--23367540	40	2.3	40	87	7	120	29	26	15	27	1.96
23367468--23367552	40	2.1	40	82	4	100	32	24	16	25	1.96
23372208--23372263	5	10.6	5	84	11	60	1	17	1	78	0.92
23372208--23372263	11	5.3	10	81	14	60	1	17	1	78	0.92
23372231--23372258	14	2.0	14	100	0	56	0	21	0	78	0.75
23372206--23372263	19	3.1	19	80	12	66	1	18	1	77	0.94
23379446--23379539	44	2.1	44	86	2	125	29	28	20	21	1.98
23379519--23379630	45	2.5	45	76	5	120	34	24	13	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23381633--23381672	20	2.1	19	86	13	55	37	25	15	22	1.93
23388193--23388223	8	3.8	8	95	4	53	45	0	3	51	1.17
23391117--23391288	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
23391119--23391341	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
23391117--23391341	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
23391273--23391350	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
23393705--23393773	25	2.8	25	90	0	102	28	20	24	26	1.99
23410977--23411043	33	2.0	33	97	0	125	25	19	25	29	1.98
23427038--23427207	82	2.0	84	94	3	299	56	9	15	18	1.65
23430920--23431006	43	2.3	36	83	16	97	37	13	16	32	1.88
23433924--23434392	40	11.7	40	97	0	857	30	20	27	22	1.98
23442985--23443087	40	2.6	40	92	0	161	30	21	28	20	1.98
23442765--23443238	255	1.9	255	99	0	930	28	16	26	28	1.97
23450849--23450996	76	1.9	76	97	0	278	34	10	24	30	1.89
23451536--23451723	40	4.7	40	92	0	313	30	20	27	21	1.98
23460095--23460323	40	5.7	40	90	0	350	31	20	27	21	1.98
23460096--23460323	80	2.8	80	97	0	420	30	20	27	21	1.98
23462414--23463449	50	20.7	50	97	0	1912	28	22	17	31	1.97
23467355--23467548	50	3.9	50	77	2	210	28	27	18	25	1.98
23467363--23467546	101	1.8	101	89	4	291	29	26	17	25	1.98
23470551--23470602	20	2.5	20	81	12	61	28	9	5	55	1.55
23477974--23478011	20	1.9	20	84	10	51	47	10	10	31	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23480828--23480876	20	2.5	20	86	0	71	55	6	20	18	1.64
23485200--23485246	24	2.0	24	83	8	60	19	23	19	38	1.93
23489332--23489368	18	2.1	18	94	0	65	32	21	18	27	1.97
23491754--23491932	50	3.6	50	80	3	175	23	27	20	28	1.99
23491805--23491966	50	3.2	50	85	0	189	22	30	20	25	1.99
23497722--23497791	25	2.8	25	93	0	122	30	18	24	27	1.98
23508628--23508706	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
23508825--23509027	47	4.3	47	86	0	271	27	30	9	33	1.88
23511692--23511886	40	4.9	40	84	2	196	25	27	23	24	2.00
23511705--23511886	80	2.3	81	81	5	219	24	27	23	24	2.00
23512197--23512275	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
23512257--23512359	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
23516224--23516326	43	2.4	42	76	13	104	27	20	24	28	1.99
23526311--23526372	26	2.3	28	86	8	85	41	24	17	16	1.89
23526363--23526529	20	8.8	20	71	10	134	37	25	22	14	1.92
23526397--23526499	52	2.0	52	84	3	136	40	22	20	16	1.91
23529302--23529356	23	2.3	23	82	11	67	23	20	20	36	1.95
23531761--23531839	31	2.5	31	93	0	140	26	24	18	30	1.98
23531863--23531954	42	2.2	42	90	0	139	35	21	14	28	1.92
23532099--23532196	26	3.8	26	91	1	162	25	22	24	27	2.00
23532999--23533082	27	3.1	27	86	3	107	22	25	20	32	1.98
23533232--23533466	81	2.9	80	89	3	346	28	8	21	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23533129--23533466	27	12.5	27	77	4	268	30	9	19	40	1.83
23533148--23533560	27	15.3	27	78	6	219	32	8	20	37	1.83
23533432--23533587	53	2.9	54	85	1	197	39	7	21	30	1.82
23533432--23533580	27	5.6	27	84	1	174	40	8	19	31	1.80
23544617--23544700	25	3.4	24	80	9	89	26	21	22	29	1.99
23544630--23544699	25	2.8	25	88	0	104	25	21	25	27	1.99
23544746--23544794	11	4.7	11	80	14	59	36	18	10	34	1.85
23555202--23555256	21	2.6	21	97	0	101	29	0	20	50	1.48
23555245--23555370	14	8.9	14	70	11	60	23	2	38	35	1.68
23555319--23555367	22	2.2	22	85	7	64	28	2	30	38	1.68
23556950--23557057	26	4.2	26	92	0	180	32	7	23	37	1.82
23562994--23563103	26	4.2	26	97	0	193	33	6	24	35	1.81
23564588--23564640	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
23566418--23566475	13	4.5	13	80	0	62	37	25	10	25	1.88
23567551--23567593	22	2.0	20	82	8	50	2	30	2	65	1.18
23570817--23571001	41	4.6	40	80	8	164	31	28	15	23	1.95
23570822--23570980	81	1.9	82	83	5	205	31	28	16	23	1.96
23576616--23576678	15	4.2	15	78	8	74	60	12	12	14	1.60
23580786--23580857	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
23580897--23581297	201	2.0	201	99	0	784	33	16	11	37	1.85
23585812--23585933	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
23585784--23585998	47	4.6	47	90	2	317	26	30	9	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23587870--23587989	56	2.1	56	96	0	222	22	22	9	45	1.80
23590333--23590634	57	5.3	57	91	0	451	30	34	16	18	1.93
23590389--23590604	29	7.6	29	72	3	168	30	35	16	17	1.92
23592447--23592673	114	2.0	114	98	0	436	30	24	13	32	1.93
23597776--23597896	47	2.6	47	93	0	197	26	30	7	35	1.84
23599768--23599887	56	2.1	56	96	0	222	22	22	9	45	1.80
23602231--23602532	57	5.3	57	91	0	451	30	34	16	18	1.93
23602287--23602502	29	7.6	29	72	3	168	30	35	16	17	1.92
23621352--23621438	45	1.9	45	92	0	147	35	26	12	25	1.92
23627752--23627789	20	2.0	20	89	5	60	42	5	13	39	1.66
23628143--23628197	22	2.5	22	90	0	83	27	18	16	38	1.92
23629583--23629655	26	2.8	25	83	6	92	35	19	5	39	1.75
23629797--23629830	12	2.8	12	100	0	68	14	23	0	61	1.33
23650617--23650784	81	2.1	81	89	0	255	44	3	12	39	1.60
23651403--23651706	91	3.3	89	77	10	285	32	6	19	41	1.76
23651403--23651748	182	1.9	183	82	3	437	32	6	19	42	1.76
23652685--23652709	13	1.9	13	100	0	50	88	8	0	4	0.64
23677116--23677228	40	2.8	40	86	0	154	25	30	21	22	1.98
23677132--23677349	40	5.5	39	77	11	178	24	28	22	23	1.99
23677655--23677733	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
23677929--23678009	40	2.0	40	95	0	144	41	25	6	25	1.78
23685826--23685902	26	2.9	26	77	11	84	33	18	9	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23689695--23689739	24	2.0	23	83	12	58	48	13	17	20	1.80
23695934--23696054	60	2.0	60	93	0	206	24	19	13	42	1.87
23708397--23708439	20	2.2	20	95	0	77	23	11	0	65	1.25
23709337--23709388	21	2.5	21	81	12	70	28	5	0	65	1.16
23709312--23709380	30	2.3	29	80	9	77	30	10	0	59	1.30
23710259--23710335	31	2.5	31	80	2	84	48	15	3	32	1.64
23711318--23711363	21	2.2	20	84	3	56	52	0	0	47	1.00
23711881--23712108	76	3.0	76	98	0	438	32	14	23	28	1.94
23717545--23717594	19	2.5	20	78	12	59	32	6	12	50	1.64
23719265--23719298	14	2.3	15	85	15	52	41	0	20	38	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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