genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18942895--18942984	27	3.2	27	78	7	92	32	23	24	20	1.98
18943090--18943937	28	30.3	28	97	1	1585	32	7	25	35	1.84
18944188--18944218	8	3.9	8	91	0	53	3	22	25	48	1.66
18951736--18951834	28	3.5	28	78	13	96	31	10	12	46	1.74
18952313--18952352	21	1.9	21	84	0	53	22	15	17	45	1.85
18953927--18953964	20	1.9	20	88	0	58	42	15	7	34	1.76
18959147--18959231	29	3.0	27	76	8	80	27	27	14	31	1.94
18963050--18963079	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
18972167--18972205	16	2.4	16	91	0	60	53	30	2	12	1.52
18973581--18973632	25	2.1	25	85	3	70	23	19	25	32	1.97
18973682--18973722	21	2.0	21	95	0	73	31	21	12	34	1.91
18975579--18975616	19	2.0	20	89	5	60	44	15	2	36	1.61
18981763--18981820	21	2.7	22	84	10	77	31	22	12	34	1.91
18981857--18981907	26	1.9	27	88	4	77	25	11	23	39	1.89
18983689--18983726	19	2.0	20	89	5	60	44	15	2	36	1.61
18984711--18984812	29	3.6	29	83	1	125	27	16	29	26	1.97
18984711--18984821	57	1.9	58	85	1	152	28	16	28	26	1.97
18993050--18993097	24	2.0	24	84	8	62	43	20	2	33	1.64
19010839--19010924	30	2.9	29	78	11	86	29	18	23	29	1.98
19015034--19015083	21	2.4	22	80	10	59	8	14	34	44	1.74
19018513--19018684	47	3.7	47	88	3	222	33	9	30	26	1.88
19018807--19018959	37	4.1	37	93	0	252	22	18	32	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19021756--19022021	47	5.7	48	77	12	227	27	18	30	23	1.98
19024738--19024805	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
19024627--19024954	174	1.9	174	96	0	602	30	24	14	29	1.95
19024907--19024985	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
19032696--19032957	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
19049148--19050266	49	23.2	49	97	1	2013	32	8	29	29	1.87
19050385--19050463	38	2.1	37	86	6	106	25	17	30	26	1.97
19052969--19053057	43	2.1	43	95	0	160	23	30	28	17	1.97
19072631--19072660	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
19076166--19076272	27	3.9	27	83	9	128	37	21	24	16	1.94
19076165--19076272	54	2.0	54	85	3	146	37	21	24	16	1.93
19077691--19077761	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
19084026--19084137	27	4.2	26	83	7	134	39	22	23	15	1.91
19084026--19084137	54	2.1	54	89	3	172	39	22	23	15	1.91
19093948--19093994	24	2.0	24	86	0	67	23	40	2	34	1.67
19097935--19097985	25	2.0	25	100	0	102	60	11	15	11	1.58
19098993--19099133	65	2.2	65	87	7	214	34	23	22	19	1.97
19102292--19102475	40	4.6	40	82	10	225	26	28	21	23	1.99
19102294--19102476	79	2.3	81	85	7	241	26	28	21	23	1.99
19109597--19109740	39	3.7	40	81	11	156	24	27	22	25	2.00
19111470--19111519	18	2.8	18	93	0	82	46	16	18	20	1.85
19113338--19113385	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19113414--19113470	9	5.8	10	76	15	57	38	8	19	33	1.82
19113413--19113487	20	3.8	20	91	6	111	38	9	18	33	1.83
19113432--19113487	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
19113537--19113633	26	3.8	25	83	5	122	24	24	24	25	2.00
19121464--19121541	20	4.0	21	88	6	85	39	8	20	30	1.83
19121486--19121524	11	3.7	11	80	13	55	35	10	20	33	1.86
19121591--19121749	26	6.3	26	84	9	208	27	20	23	28	1.99
19121591--19121736	48	2.9	52	85	11	205	26	21	23	29	1.99
19121591--19121749	74	2.1	73	88	9	232	27	20	23	28	1.99
19121959--19122022	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
19133593--19133729	41	3.2	43	75	10	118	28	26	17	27	1.98
19135798--19135836	21	1.9	21	94	5	71	20	30	38	10	1.86
19136976--19137284	47	6.6	45	72	19	199	24	29	18	26	1.98
19137019--19137147	50	2.6	50	82	10	158	24	31	20	24	1.98
19137017--19137284	93	2.8	95	77	15	277	24	29	19	26	1.98
19146886--19147053	48	3.6	45	78	12	153	24	29	16	29	1.97
19147055--19147200	46	3.2	46	71	13	138	20	29	17	32	1.96
19152094--19152420	47	7.0	47	90	0	483	30	11	30	26	1.92
19152121--19152196	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
19152583--19152691	37	2.9	37	88	0	155	23	19	31	25	1.98
19165402--19165514	42	2.7	42	79	2	111	30	17	23	28	1.97
19165452--19165533	42	2.0	42	80	4	94	31	15	24	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19170743--19170788	24	2.0	24	86	4	67	41	23	17	17	1.90
19170842--19170988	65	2.3	65	84	4	190	34	23	20	21	1.96
19175532--19175574	17	2.5	17	96	0	77	41	27	11	18	1.85
19177603--19177639	18	2.0	19	89	5	58	35	16	0	48	1.46
19177805--19177921	41	2.8	42	77	8	123	31	29	16	23	1.96
19177809--19177962	42	3.7	41	72	14	109	31	28	16	23	1.96
19184559--19184682	44	2.8	43	84	6	142	33	30	14	21	1.93
19188563--19188667	49	2.1	49	84	3	131	22	16	21	39	1.92
19193386--19193429	13	3.3	13	77	3	52	50	13	6	29	1.68
19193554--19193660	50	2.2	49	79	5	117	40	19	12	28	1.87
19200499--19200564	30	2.2	31	81	8	82	24	18	27	30	1.98
19203595--19203682	44	2.0	45	90	2	142	51	15	9	23	1.72
19203596--19203695	44	2.3	42	81	10	114	54	16	9	21	1.69
19205621--19205667	23	2.0	23	84	12	60	63	2	0	34	1.06
19205655--19205699	20	2.3	19	80	3	54	53	8	0	37	1.32
19206105--19206224	28	4.2	29	69	19	74	60	2	2	35	1.24
19206143--19206231	19	4.6	19	75	9	83	62	3	1	32	1.19
19206448--19206481	17	2.0	17	88	0	50	29	5	0	64	1.17
19206859--19206919	30	2.1	30	88	11	92	50	0	0	49	1.00
19208876--19208918	15	2.9	15	75	3	52	27	0	0	72	0.85
19209071--19209106	16	2.2	16	95	0	63	55	2	0	41	1.14
19210634--19210671	15	2.5	16	83	12	53	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19210737--19210782	23	2.0	23	95	0	83	47	15	13	23	1.80
19211613--19211647	17	2.0	18	88	5	54	25	0	2	71	1.00
19211591--19211651	25	2.4	25	81	5	70	31	1	3	63	1.20
19216842--19216866	8	3.1	8	100	0	50	28	36	0	36	1.58
19217029--19217108	40	2.0	40	95	0	142	45	22	5	27	1.73
19225731--19225770	18	2.2	18	91	8	64	65	7	0	27	1.20
19226177--19226231	21	2.7	21	77	2	58	25	0	5	69	1.10
19226278--19226319	14	3.0	14	79	10	50	35	0	4	59	1.19
19226333--19226412	39	2.1	39	85	4	108	38	5	11	45	1.62
19230943--19231164	117	1.9	117	84	5	297	31	8	18	40	1.81
19235769--19235819	22	2.3	22	77	16	52	41	0	21	37	1.54
19234989--19237342	591	4.0	591	96	0	4296	27	15	23	33	1.95
19243470--19243656	6	30.3	6	69	17	107	47	13	18	20	1.82
19243479--19243609	37	3.5	37	80	7	133	48	12	18	19	1.80
19243491--19243655	62	2.7	62	89	0	240	47	13	18	20	1.82
19243552--19243625	37	2.0	37	86	0	103	47	16	17	18	1.83
19243491--19243656	25	6.7	25	75	9	105	46	13	18	21	1.82
19243497--19243628	19	6.7	19	73	16	90	46	13	18	20	1.83
19257102--19257131	10	2.8	11	95	5	53	43	6	20	30	1.77
19257244--19257294	21	2.4	22	86	3	68	17	11	29	41	1.85
19257425--19257463	19	2.0	19	85	5	51	35	10	10	43	1.73
19258165--19258292	63	2.0	63	85	5	170	28	14	27	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19260534--19260851	67	4.8	65	79	7	318	38	16	22	22	1.93
19260534--19260851	134	2.4	132	82	6	374	38	16	22	22	1.93
19262158--19262214	30	2.0	28	86	6	78	19	29	31	19	1.96
19275739--19275790	15	3.2	15	73	19	50	44	1	0	53	1.11
19275752--19275803	19	2.6	20	81	6	52	46	1	0	51	1.12
19275740--19275809	21	3.3	21	70	11	54	44	1	0	54	1.09
19275831--19275866	19	1.9	19	88	5	56	61	0	2	36	1.11
19275869--19275912	22	2.0	22	90	0	70	45	0	0	54	0.99
19275967--19275995	9	3.2	9	100	0	58	48	0	0	51	1.00
19276147--19276203	22	2.6	22	94	5	98	19	12	17	50	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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