genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.102.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33449278--33449375	31	3.2	31	85	2	135	26	20	26	26	1.99
33449475--33449580	49	2.2	48	89	3	158	28	13	27	31	1.94
33449537--33449650	42	2.7	43	86	4	160	29	14	27	28	1.96
33453479--33453645	39	4.3	39	92	0	271	30	19	27	22	1.98
33453479--33453671	78	2.5	78	87	2	219	30	20	27	21	1.98
33457544--33457663	48	2.5	48	98	0	231	43	0	18	38	1.50
33464290--33464417	39	3.3	39	88	0	193	32	21	25	21	1.98
33464289--33464443	78	2.0	76	81	5	177	30	21	26	20	1.98
33468337--33468365	15	2.0	15	93	6	51	34	6	10	48	1.64
33468482--33468602	50	2.4	51	87	2	172	36	14	23	25	1.93
33468586--33468734	31	4.8	31	91	0	235	27	20	26	25	1.99
33468834--33468985	42	3.6	42	89	2	182	28	13	28	28	1.95
33468846--33469002	84	1.9	83	84	5	208	29	14	28	28	1.95
33472992--33473038	23	2.1	22	88	11	69	21	0	2	76	0.89
33472982--33473041	6	8.7	7	81	15	56	26	0	1	71	0.95
33473150--33473183	16	2.1	16	88	5	50	41	0	0	58	0.98
33477411--33477472	29	2.1	30	90	3	99	64	12	1	20	1.36
33484512--33484550	18	2.2	18	86	9	53	10	35	20	33	1.86
33492033--33492071	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
33494234--33494272	20	2.0	20	89	0	60	35	0	17	46	1.49
33495965--33496088	40	3.0	41	79	9	117	32	27	12	27	1.93
33495995--33496108	40	2.8	42	78	11	114	32	27	14	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33498452--33498556	46	2.3	46	96	0	192	20	25	29	24	1.99
33504949--33505009	31	2.0	31	96	0	113	50	19	14	14	1.77
33507038--33507078	21	2.0	20	90	4	64	29	0	21	48	1.50
33509446--33509506	23	2.7	24	82	9	67	75	1	6	16	1.09
33509594--33509670	5	15.6	5	81	17	90	77	1	0	20	0.83
33509583--33509665	22	3.9	21	87	12	116	75	0	1	22	0.87
33509594--33509670	32	2.2	36	78	19	76	77	1	0	20	0.83
33513958--33514027	35	2.0	35	100	0	140	54	14	17	14	1.72
33515897--33516415	131	4.0	131	93	1	895	26	28	13	32	1.94
33523645--33523705	29	2.1	30	81	9	72	32	22	4	39	1.76
33539632--33539671	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
33554386--33554421	10	3.6	10	92	0	63	33	16	8	41	1.78
33554384--33554421	20	1.9	20	100	0	76	34	15	10	39	1.82
33560938--33561016	31	2.5	30	78	17	88	22	8	7	60	1.52
33563775--33563818	12	3.8	12	81	3	54	75	0	0	25	0.81
33579917--33580126	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
33579864--33580126	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
33579865--33580161	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
33587853--33588116	40	6.6	40	93	1	388	23	20	28	26	1.99
33587814--33588116	80	3.8	80	88	3	389	23	20	28	27	1.99
33587814--33588116	120	2.5	119	86	4	396	23	20	28	27	1.99
33590263--33590575	46	6.6	47	74	13	211	22	28	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33590263--33590575	94	3.3	94	76	10	286	22	28	20	28	1.98
33593059--33593172	42	2.7	43	82	5	144	31	25	14	28	1.95
33600521--33600558	7	5.6	7	87	6	60	57	2	26	13	1.49
33600526--33600550	13	1.9	13	100	0	50	56	4	24	16	1.57
33617683--33617772	44	2.0	44	93	0	153	27	23	15	33	1.95
33617683--33617796	44	2.6	44	84	2	140	26	25	14	34	1.94
33619505--33619544	20	2.0	20	100	0	80	20	5	30	45	1.72
33621073--33621129	29	2.0	29	100	0	114	40	14	10	35	1.80
33629644--33629678	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
33634008--33634198	3	63.7	3	100	0	382	32	0	0	67	0.91
33634188--33634382	72	2.7	72	96	0	354	27	6	22	44	1.76
33635436--33635504	22	3.2	21	64	15	52	50	7	8	33	1.61
33635417--33635526	42	2.6	42	84	5	159	48	11	11	28	1.75
33637950--33637979	14	2.1	14	93	0	51	6	23	33	36	1.81
33644732--33644808	36	2.1	37	90	2	120	54	3	9	32	1.50
33646903--33647417	125	4.1	125	83	4	619	30	17	15	36	1.91
33647485--33647593	34	3.2	33	82	8	139	42	14	1	41	1.56
33648067--33648099	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
33660111--33660187	33	2.3	32	80	10	84	24	24	18	32	1.97
33660872--33660903	13	2.5	13	100	0	64	50	12	6	31	1.65
33670578--33670602	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
33675301--33675330	12	2.5	12	94	0	51	43	10	3	43	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33683663--33683880	96	2.3	96	80	6	246	25	29	19	25	1.99
33706608--33706668	9	6.3	9	71	14	50	60	3	3	32	1.29
33712378--33712410	15	2.3	14	94	5	57	45	0	0	54	0.99
33724366--33724414	25	2.0	25	83	0	62	34	16	26	22	1.95
33727451--33727475	12	2.1	12	100	0	50	16	8	0	76	1.02
33734083--33734846	44	16.9	44	70	10	396	32	15	21	30	1.94
33734081--33734692	89	6.8	89	73	10	402	32	16	20	29	1.95
33734261--33734446	96	1.9	96	81	4	223	34	15	19	30	1.92
33734355--33734771	183	2.3	182	83	1	494	33	16	19	30	1.94
33734549--33734692	45	3.3	43	71	12	121	34	19	20	26	1.96
33734425--33734771	182	1.9	183	84	1	473	34	16	19	29	1.94
33736495--33736519	12	2.1	12	100	0	50	16	8	0	76	1.02
33745696--33745755	30	2.0	30	100	0	120	50	20	10	20	1.76
33749590--33749614	12	2.1	12	100	0	50	16	8	0	76	1.02
33756222--33756985	44	16.9	44	70	10	396	32	15	21	30	1.94
33756220--33756831	89	6.8	89	73	10	402	32	16	20	29	1.95
33756400--33756585	96	1.9	96	81	4	223	34	15	19	30	1.92
33756494--33756910	183	2.3	182	83	1	494	33	16	19	30	1.94
33756688--33756831	45	3.3	43	71	12	121	34	19	20	26	1.96
33756564--33756910	182	1.9	183	84	1	473	34	16	19	29	1.94
33758649--33758673	12	2.1	12	100	0	50	16	8	0	76	1.02
33762955--33762993	20	2.1	18	85	9	51	69	2	0	28	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33763477--33763547	29	2.4	30	85	4	99	42	15	9	32	1.80
33766443--33766480	20	1.9	20	94	0	67	15	0	63	21	1.31
33766446--33766475	15	2.0	15	93	0	51	16	0	63	20	1.31
33770272--33770383	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
33770272--33770383	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
33771801--33771871	25	2.9	25	89	2	108	25	40	1	32	1.64
33778069--33778156	27	3.2	27	83	4	88	34	26	22	17	1.96
33779574--33779620	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
33781242--33781293	21	2.5	21	93	3	70	71	3	13	11	1.28
33802130--33802240	40	2.8	40	91	2	170	34	17	10	37	1.84
33803124--33803193	29	2.5	27	79	6	77	1	24	4	70	1.14
33804619--33804734	31	3.7	31	81	0	142	25	17	29	28	1.97
33804712--33804794	29	2.9	29	88	0	121	32	14	26	26	1.95
33804797--33804971	33	5.3	33	86	0	206	33	7	22	36	1.82
33808343--33808377	11	3.1	11	91	4	52	14	11	0	74	1.08
33808465--33808602	56	2.4	56	84	4	179	29	6	2	60	1.36
33810661--33810693	9	3.6	9	92	8	57	30	0	0	69	0.88
33810662--33810693	10	3.3	10	91	8	57	28	0	0	71	0.86
33817667--33817718	22	2.4	22	90	0	77	32	17	17	32	1.93
33829201--33829277	13	5.9	13	85	0	100	29	7	27	35	1.85
33829201--33829277	39	2.0	39	89	0	118	29	7	27	35	1.85
33836925--33836973	21	2.3	22	85	3	64	30	6	0	63	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33837577--33837650	37	1.9	39	81	10	91	39	0	1	59	1.06
33837589--33837644	17	3.0	19	73	21	55	39	0	1	58	1.08
33837913--33837995	25	3.6	25	71	18	97	44	9	8	37	1.68
33837910--33837996	44	2.0	44	97	0	165	43	9	8	39	1.66
33847681--33847832	77	2.0	77	92	0	250	40	11	18	28	1.86
33850619--33850682	17	3.6	17	78	19	60	76	9	0	14	1.01
33850619--33850682	6	10.5	6	78	8	58	76	9	0	14	1.01
33850643--33850682	19	2.1	19	90	0	62	80	5	0	15	0.88
33861248--33861467	47	4.7	47	74	8	178	23	29	20	26	1.99
33861150--33861467	94	3.4	95	78	5	281	23	29	19	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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