genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58895655--58895830	46	3.8	46	76	12	189	21	21	28	28	1.98
58895652--58895823	93	1.8	93	93	0	299	21	21	29	27	1.99
58899051--58899085	17	2.1	17	89	5	54	42	0	0	57	0.99
58900158--58900203	19	2.4	19	79	17	51	30	0	15	54	1.41
58907653--58907690	12	3.1	12	92	3	58	52	0	21	26	1.47
58908064--58908098	18	1.9	18	94	0	61	31	14	11	42	1.81
58910958--58910997	21	1.9	22	85	10	57	17	15	30	37	1.90
58910964--58911006	22	2.0	21	82	13	52	20	11	27	39	1.88
58912370--58912573	101	2.0	101	97	0	381	30	13	22	33	1.92
58920983--58921518	152	3.6	149	77	9	536	42	5	9	42	1.60
58933036--58933100	32	2.0	32	100	0	130	38	9	15	36	1.79
58942847--58943028	40	4.6	40	94	2	305	23	23	26	27	2.00
58944499--58944537	13	3.0	13	100	0	78	15	38	30	15	1.88
58948070--58948122	24	2.2	24	100	0	106	37	7	28	26	1.83
58948070--58948131	24	2.6	24	92	0	79	41	6	24	27	1.79
58948864--58948897	16	2.1	16	100	0	68	14	41	5	38	1.70
58948940--58949017	39	2.0	39	89	0	120	28	15	23	33	1.95
58952692--58952718	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
58954363--58954530	46	3.6	46	76	9	178	24	27	20	27	1.99
58954869--58954931	30	2.1	30	87	0	90	23	23	15	36	1.94
58971757--58971973	40	5.5	40	84	6	255	23	23	28	24	1.99
58971757--58971973	79	2.7	80	80	10	250	23	23	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58971757--58971973	119	1.8	119	83	7	289	23	23	28	24	1.99
58979213--58979309	40	2.5	40	84	5	126	23	23	29	22	1.99
58991156--58991339	67	2.8	64	76	8	185	29	17	30	22	1.97
58994029--58994083	20	2.8	19	83	13	67	56	1	0	41	1.10
58994046--58994083	10	3.9	10	89	3	60	52	0	0	47	1.00
58994050--58994100	11	4.7	11	80	9	61	54	1	1	41	1.22
58997817--58997903	45	1.9	45	92	0	147	22	14	27	34	1.94
59002277--59002313	18	2.0	19	85	15	51	37	10	13	37	1.80
59009292--59009467	46	3.8	46	76	12	180	29	28	21	21	1.98
59015632--59015703	4	18.8	4	76	13	71	76	2	18	2	1.03
59015623--59015704	26	3.1	26	87	5	94	75	6	15	2	1.10
59015630--59015734	11	10.0	10	72	22	74	77	2	16	3	1.04
59015632--59015734	26	3.5	30	74	19	101	76	2	16	3	1.05
59015630--59015710	15	5.3	15	79	7	83	79	2	16	2	0.96
59015992--59016633	93	6.9	93	100	0	1284	30	30	19	20	1.97
59016011--59016649	46	13.8	45	67	16	351	29	30	19	20	1.97
59022808--59022879	4	18.8	4	76	13	71	76	2	18	2	1.03
59022799--59022880	26	3.1	26	87	5	94	75	6	15	2	1.10
59022806--59022910	11	10.0	10	72	22	74	77	2	16	3	1.04
59022808--59022910	26	3.5	30	74	19	101	76	2	16	3	1.05
59022806--59022886	15	5.3	15	79	7	83	79	2	16	2	0.96
59026667--59026804	47	2.9	47	91	0	213	34	11	27	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59026711--59026788	25	3.2	24	66	23	65	33	10	26	29	1.89
59030867--59030917	19	2.6	19	84	9	68	43	11	11	33	1.78
59030892--59030934	21	2.2	19	83	8	50	44	11	6	37	1.68
59031385--59031421	15	2.5	15	90	0	56	18	24	5	51	1.67
59036166--59036225	30	2.0	30	100	0	120	30	13	23	33	1.93
59046022--59046047	12	2.2	12	100	0	52	30	15	0	53	1.42
59055392--59055546	50	3.1	49	79	9	152	27	23	19	30	1.98
59055390--59055544	25	6.1	26	75	15	137	27	22	19	30	1.98
59057683--59057773	28	3.3	28	80	7	114	21	21	23	32	1.98
59060428--59060544	27	4.4	27	72	4	85	24	16	20	38	1.92
59060524--59060582	27	2.2	27	84	6	75	30	6	18	44	1.76
59060538--59060599	27	2.3	27	94	0	106	25	4	25	43	1.74
59070385--59070436	25	2.1	25	85	7	70	21	28	30	19	1.97
59073275--59073315	20	2.0	21	86	13	59	48	14	2	34	1.57
59077466--59077699	47	5.0	47	94	0	369	28	32	9	29	1.88
59080999--59081089	28	3.2	27	77	11	94	31	30	16	20	1.95
59081296--59082296	40	25.0	40	95	0	1705	25	29	21	22	1.99
59082446--59082522	38	2.1	37	95	2	136	33	24	2	38	1.69
59083527--59083664	40	3.5	40	82	0	159	31	13	20	35	1.90
59085727--59085783	28	2.0	28	100	0	114	29	21	21	28	1.98
59086557--59086604	24	2.0	25	95	4	89	39	20	10	29	1.86
59086744--59086809	33	2.0	33	93	0	114	40	10	18	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59087017--59087055	17	2.3	17	86	0	51	17	35	2	43	1.63
59089336--59089419	24	3.5	24	73	15	91	34	23	5	35	1.80
59089323--59089395	25	3.0	25	73	17	80	35	23	5	35	1.78
59089323--59089421	49	2.0	49	100	0	198	34	24	7	34	1.82
59089476--59089600	64	2.0	64	95	3	225	35	12	7	44	1.70
59091474--59091656	59	3.1	59	99	0	357	39	9	13	36	1.78
59103430--59103459	11	2.7	11	100	0	60	33	30	10	26	1.89
59103494--59103533	19	2.0	20	85	4	55	32	25	5	37	1.77
59103571--59103749	51	3.5	51	84	3	182	28	27	17	26	1.98
59103665--59103797	51	2.6	51	84	1	151	29	27	19	23	1.98
59111564--59111589	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
59113896--59114073	27	6.6	26	82	6	178	26	15	28	29	1.96
59113897--59114052	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
59113893--59114073	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
59113978--59114084	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
59121591--59121768	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
59121592--59121747	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
59121588--59121768	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
59124237--59124299	6	10.7	6	79	3	74	14	3	4	77	1.05
59128620--59128655	19	1.9	19	88	5	56	8	8	13	69	1.36
59141582--59141682	51	2.0	51	90	3	159	41	20	29	7	1.81
59142453--59142845	45	8.8	45	69	9	189	27	18	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59142451--59142795	133	2.6	133	88	1	532	26	18	25	29	1.98
59142708--59142882	89	2.0	88	80	8	194	28	17	27	26	1.98
59143219--59143248	12	2.5	12	100	0	60	50	36	0	13	1.42
59143601--59143636	19	1.9	18	88	5	54	8	8	13	69	1.36
59144799--59144858	30	2.0	31	83	3	77	40	3	1	55	1.27
59145128--59145526	198	2.0	198	100	0	798	31	9	7	51	1.62
59151829--59151882	4	14.2	4	80	18	62	50	0	0	50	1.00
59159506--59159530	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
59160218--59160260	23	1.9	23	85	4	61	60	9	11	18	1.57
59165044--59165106	31	2.0	31	100	0	126	42	25	15	15	1.87
59166676--59166823	42	3.4	43	76	11	126	25	18	24	31	1.98
59176475--59176523	24	2.0	24	100	0	98	42	16	8	32	1.77
59178052--59178220	83	2.0	83	94	0	293	40	23	20	15	1.90
59179515--59179566	25	2.1	25	100	0	104	26	15	11	46	1.80
59185667--59185724	28	2.1	28	93	0	98	29	17	5	48	1.68
59186454--59186637	40	4.6	40	85	8	232	25	26	23	25	2.00
59195693--59196222	284	1.9	284	93	0	907	36	17	13	32	1.89
59204467--59204511	23	2.0	23	91	8	74	15	4	53	26	1.61
59210002--59210048	20	2.3	20	96	0	85	21	10	48	19	1.78
59218200--59218377	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
59218201--59218356	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
59218197--59218377	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59226387--59226564	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
59226388--59226543	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
59226384--59226564	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
59229851--59229895	23	1.9	24	86	13	67	55	0	20	24	1.43
59230331--59230378	25	1.9	25	82	0	60	39	0	27	33	1.57
59234644--59234689	22	2.1	22	88	8	67	39	6	0	54	1.26
59238400--59238424	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
59238402--59238469	29	2.3	31	80	14	81	60	4	0	35	1.17
59239028--59239065	18	2.1	18	90	0	58	39	47	2	10	1.52
59239083--59239125	20	2.1	21	86	4	61	69	2	2	25	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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