genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29779428--29779546	58	2.0	59	96	1	222	57	18	10	13	1.65
29784107--29784178	29	2.5	28	79	20	78	56	0	40	2	1.13
29784468--29784519	20	2.6	19	84	6	59	13	38	26	21	1.90
29785569--29785668	46	2.1	48	88	9	150	38	26	13	23	1.91
29785719--29785780	31	1.9	33	84	12	85	45	16	1	37	1.57
29786193--29786221	15	1.9	15	100	0	58	34	24	0	41	1.55
29789587--29789630	16	2.7	16	85	3	52	68	4	0	27	1.09
29789808--29789865	30	1.9	30	82	0	71	44	3	17	34	1.65
29790589--29790733	29	5.0	29	78	5	168	22	15	11	51	1.75
29790583--29790733	57	2.6	58	84	4	200	21	17	11	49	1.77
29791171--29791430	135	1.9	135	86	1	369	22	20	19	37	1.95
29791232--29791520	135	2.1	135	80	4	314	23	20	19	36	1.95
29791232--29791529	136	2.2	135	80	4	314	23	20	20	35	1.96
29791826--29791911	37	2.3	37	79	0	100	31	5	20	41	1.76
29793017--29793060	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
29804642--29804671	15	2.0	15	100	0	60	60	13	0	26	1.34
29810714--29810773	19	3.3	18	93	4	86	36	8	16	38	1.79
29810764--29810804	5	8.2	5	100	0	82	39	0	21	39	1.54
29814377--29814431	26	2.1	26	93	0	92	36	23	9	30	1.86
29815095--29815132	13	3.0	13	88	11	53	2	21	0	76	0.91
29819233--29819290	25	2.4	25	88	2	91	36	13	25	24	1.92
29820042--29820109	24	2.9	23	75	12	59	44	1	2	51	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29819997--29820165	63	2.7	62	86	8	204	42	1	2	53	1.24
29820274--29820361	46	2.0	44	84	8	115	35	23	7	32	1.84
29820343--29820397	16	3.4	16	92	0	92	29	29	7	34	1.84
29822853--29822887	18	1.9	18	88	0	52	28	2	11	57	1.48
29823767--29823795	14	2.0	15	93	6	51	20	6	6	65	1.40
29825758--29825855	27	3.5	28	90	5	137	26	13	27	32	1.93
29825758--29825869	28	4.0	27	83	6	116	28	12	25	33	1.92
29860436--29860473	13	2.9	13	96	0	67	7	39	36	15	1.77
29862248--29862300	20	2.6	21	76	8	56	11	35	22	30	1.89
29867893--29867936	22	1.9	24	90	9	74	22	20	0	56	1.42
29870395--29870443	13	3.7	13	78	5	53	71	0	6	22	1.08
29874854--29874887	11	3.2	11	95	4	61	61	17	0	20	1.34
29876979--29877051	14	5.2	14	77	0	74	24	15	8	52	1.70
29878945--29878985	20	2.0	20	100	0	82	19	24	9	46	1.80
29879496--29879520	13	1.9	13	100	0	50	0	28	0	72	0.86
29885904--29885936	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
29894342--29894378	17	2.2	17	90	0	56	21	18	16	43	1.88
29897861--29897906	17	2.7	18	73	13	51	39	17	0	43	1.49
29898208--29898232	13	1.9	13	100	0	50	0	28	0	72	0.86
29898854--29898917	6	10.8	6	98	1	121	14	17	17	51	1.76
29906023--29906200	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
29906024--29906179	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29906020--29906200	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
29909049--29909086	19	2.0	20	85	10	53	34	18	13	34	1.89
29909103--29909136	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
29909939--29910012	29	2.5	29	86	4	94	51	14	12	21	1.75
29911672--29911711	21	2.0	21	85	5	55	42	2	2	52	1.28
29913701--29913743	23	1.9	23	90	4	70	62	6	6	23	1.45
29914134--29914305	22	7.5	22	74	14	134	61	2	6	29	1.37
29914134--29914303	73	2.5	68	83	11	220	61	2	7	28	1.37
29914193--29914358	26	6.7	25	76	17	125	60	3	7	28	1.42
29914165--29914322	73	2.2	73	94	1	273	59	3	8	28	1.43
29915960--29916205	45	5.5	45	75	9	180	26	19	19	34	1.96
29921569--29921611	21	2.0	22	82	13	54	37	30	11	20	1.89
29923895--29923945	5	9.8	5	76	16	50	13	0	3	82	0.81
29923889--29923940	12	4.6	11	83	11	61	13	0	3	82	0.80
29923894--29923946	27	2.0	27	88	7	81	13	0	3	83	0.79
29927861--29927925	33	2.0	33	93	0	112	36	12	33	16	1.87
29933276--29933427	43	3.6	42	84	5	191	33	28	15	21	1.95
29937644--29937686	14	2.8	15	86	13	61	25	0	2	72	0.97
29937652--29937685	7	4.7	7	96	3	59	26	0	0	73	0.83
29938648--29938673	7	3.7	7	100	0	52	57	26	0	15	1.38
29938733--29938764	14	2.3	14	94	0	55	46	28	0	25	1.53
29939023--29939140	40	3.0	40	83	3	150	27	22	19	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29939834--29939995	83	1.9	84	88	3	247	22	14	33	29	1.94
29943697--29943739	23	1.9	23	90	4	70	62	6	6	23	1.45
29944027--29944088	27	2.3	27	80	0	70	58	4	8	29	1.48
29944038--29944089	27	1.9	27	88	0	77	55	3	9	30	1.50
29944130--29944295	22	7.1	22	73	16	113	61	4	6	28	1.38
29944185--29944282	26	3.8	26	81	11	98	62	5	5	27	1.38
29947821--29947993	46	3.7	46	75	13	192	29	28	19	22	1.98
29947829--29947999	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	22	1.98
29954406--29954526	42	2.9	42	79	4	129	26	21	25	26	1.99
29955723--29955796	37	2.0	37	89	0	112	36	21	18	22	1.95
29956022--29956050	12	2.5	12	94	5	51	75	3	6	13	1.13
29956597--29956658	21	3.0	20	77	11	61	16	4	3	75	1.10
29956648--29956693	22	2.1	21	84	4	56	2	8	8	80	0.99
29956596--29956725	17	7.7	17	70	11	63	11	6	5	76	1.13
29956696--29956722	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
29958648--29958908	41	6.4	41	87	3	375	34	22	23	19	1.97
29958648--29958908	81	3.2	82	87	1	391	34	22	23	19	1.97
29958648--29958908	122	2.1	122	90	1	407	34	22	23	19	1.97
29959066--29959105	14	2.9	14	88	0	53	30	0	22	47	1.52
29959839--29959870	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
29959842--29959909	24	2.8	24	76	10	75	57	0	4	38	1.19
29961459--29961501	18	2.4	17	84	7	59	23	6	27	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29963288--29963539	133	1.9	133	98	0	486	19	9	18	51	1.74
29965853--29965891	18	2.3	17	86	8	53	51	23	0	25	1.49
29969611--29969661	25	1.9	28	84	11	72	33	1	21	43	1.64
29971327--29971370	21	2.1	21	100	0	88	22	20	56	0	1.42
29971672--29972083	43	9.6	43	84	5	372	25	20	23	30	1.98
29971672--29972068	85	4.7	85	82	4	345	25	19	24	30	1.98
29976506--29976560	6	9.2	6	100	0	110	67	0	16	16	1.24
29988890--29988948	26	2.2	28	85	11	88	18	10	18	52	1.73
29989625--29989659	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
29989824--29989914	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
29989895--29989963	16	4.2	16	88	3	111	36	36	1	26	1.66
29989895--29989963	33	2.1	32	91	2	111	36	36	1	26	1.66
29999237--29999268	14	2.3	14	100	0	64	6	56	0	37	1.25
29999334--29999360	6	4.5	6	100	0	54	0	14	0	85	0.61
30006712--30006985	46	6.0	46	89	0	361	39	13	24	21	1.90
30007271--30007303	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
30008266--30008323	26	2.2	26	93	0	98	44	13	3	37	1.61
30015374--30015398	13	1.9	13	100	0	50	28	48	16	8	1.74
30015835--30016007	68	2.5	68	100	0	346	19	24	7	48	1.74
30021551--30021611	19	3.3	19	93	6	108	37	16	8	37	1.78
30021970--30022126	43	3.6	42	74	12	140	24	16	26	32	1.96
30024821--30024851	14	2.2	14	94	0	53	9	25	32	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30024892--30024936	22	2.0	22	83	8	56	57	0	4	37	1.19
30030541--30030597	27	2.1	27	80	6	62	70	1	8	19	1.23
30034474--30034522	18	2.8	18	81	3	55	51	2	20	26	1.59
30035612--30035675	30	2.1	30	82	5	76	20	20	29	29	1.97
30036690--30036714	13	1.9	13	100	0	50	40	8	12	40	1.72
30040575--30040620	21	2.2	21	88	0	65	41	4	2	52	1.33
30044246--30044276	15	2.1	15	93	0	53	51	0	6	41	1.27
30045179--30045217	4	9.8	4	100	0	78	25	23	0	51	1.49
30045569--30045641	19	3.8	19	80	8	69	49	0	26	24	1.51
30055532--30055596	21	3.2	21	68	12	64	12	24	21	41	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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