genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  69  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24003788--24003965	50	3.6	48	84	6	221	29	25	18	26	1.98
24003772--24003972	101	2.0	99	88	3	296	29	25	18	26	1.98
24004778--24004838	30	2.0	30	83	0	77	27	22	8	40	1.82
24007392--24007445	24	2.2	24	93	0	90	42	24	16	16	1.88
24008161--24008285	62	2.1	59	82	7	144	38	4	10	47	1.57
24010073--24010218	52	2.8	53	81	12	151	27	17	25	30	1.97
24010125--24010269	53	3.0	47	84	9	159	25	15	27	31	1.96
24015865--24015907	21	2.0	21	100	0	86	44	13	9	32	1.76
24017548--24017682	53	2.6	52	80	10	134	29	16	24	29	1.96
24021370--24021765	127	3.2	124	84	4	483	29	17	14	38	1.90
24028729--24028758	15	2.0	15	93	0	51	10	0	40	50	1.36
24028824--24028957	34	3.9	33	78	6	124	41	0	13	44	1.43
24029042--24029570	125	4.2	125	86	3	722	37	15	17	28	1.91
24029517--24029610	46	2.1	45	90	4	145	24	27	18	28	1.97
24032329--24032458	62	2.2	60	83	9	158	52	5	3	39	1.40
24032796--24032832	18	2.1	18	89	0	56	43	8	24	24	1.81
24033473--24033522	24	2.1	24	100	0	100	38	8	0	54	1.30
24042296--24042339	21	2.1	21	95	0	79	27	2	18	52	1.57
24044541--24044590	26	2.0	25	88	4	73	54	4	2	40	1.31
24044745--24044798	16	3.4	16	81	0	72	29	29	3	37	1.75
24059019--24059085	6	11.3	6	79	9	75	14	2	2	79	0.98
24059019--24059083	19	3.7	18	82	8	71	15	3	3	78	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24062985--24063100	43	2.7	42	83	1	142	25	18	26	30	1.98
24066951--24066989	15	2.6	15	91	0	60	15	17	15	51	1.77
24066951--24066994	15	2.9	14	86	6	52	13	20	13	52	1.74
24066951--24067009	30	2.0	30	83	6	75	13	20	13	52	1.74
24074893--24074975	43	1.9	43	95	0	148	20	19	31	28	1.97
24076770--24076804	18	1.9	18	94	0	61	22	28	34	14	1.93
24087988--24088129	27	5.2	27	75	3	97	26	16	26	30	1.96
24097825--24097910	36	2.4	36	96	3	158	27	11	18	41	1.85
24100622--24100679	16	3.4	17	76	9	55	39	3	5	51	1.41
24100817--24100849	15	2.2	15	89	10	50	42	42	3	12	1.57
24101396--24101737	41	8.4	41	87	2	402	22	22	21	32	1.98
24101830--24101873	17	2.5	18	82	14	56	75	4	4	15	1.14
24101837--24101873	17	2.2	17	90	9	58	78	5	5	10	1.08
24106191--24106236	24	2.0	23	83	12	58	71	0	2	26	0.97
24108658--24108938	62	4.5	61	80	6	262	21	28	24	25	1.99
24108662--24108938	124	2.2	124	81	7	303	22	27	24	25	1.99
24114877--24114987	27	4.1	26	88	5	141	36	21	25	17	1.95
24114877--24114987	54	2.1	54	87	3	161	36	21	25	17	1.95
24117159--24117440	62	4.5	61	76	5	226	21	27	24	26	1.99
24122372--24122437	24	2.7	23	81	6	69	16	25	19	37	1.93
24122376--24122449	24	3.1	24	75	14	64	18	24	20	36	1.95
24127169--24127204	17	2.2	17	90	5	56	19	22	11	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24130540--24130605	34	1.9	34	84	0	87	37	28	12	21	1.89
24134901--24134950	20	2.4	21	80	6	57	30	2	2	66	1.14
24134901--24134958	14	4.1	14	80	6	64	27	1	1	68	1.08
24138679--24138768	3	31.7	3	71	16	50	27	1	3	67	1.13
24144438--24144626	85	2.2	85	99	0	371	28	3	10	57	1.48
24146173--24146229	11	4.9	11	76	19	53	8	0	12	78	0.95
24146184--24146235	18	2.8	19	78	13	56	9	0	15	75	1.05
24150282--24150322	20	2.0	22	85	9	59	9	4	7	78	1.10
24151848--24151912	25	2.6	25	100	0	130	27	4	27	40	1.76
24152171--24152227	30	1.9	30	82	3	71	29	33	19	17	1.95
24160378--24160468	19	4.9	19	89	8	152	36	10	16	36	1.84
24160399--24160454	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
24160378--24160475	35	2.7	37	86	12	141	36	10	17	35	1.84
24160378--24160491	19	5.8	22	85	10	87	35	9	16	37	1.82
24161223--24161284	31	2.0	31	100	0	124	35	16	12	35	1.87
24167314--24167358	11	3.9	12	81	16	51	84	0	15	0	0.62
24167314--24167359	18	2.6	18	86	13	60	84	0	15	0	0.62
24167317--24167366	19	2.5	21	78	21	63	78	0	20	2	0.86
24168329--24168496	44	3.8	44	93	0	273	28	15	29	26	1.96
24168461--24168932	87	5.4	87	90	1	739	27	15	25	32	1.95
24169004--24169235	88	2.6	87	80	8	236	29	18	25	26	1.98
24169109--24169338	45	5.1	45	76	11	218	30	16	27	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24170391--24170452	31	2.0	31	100	0	124	35	16	12	35	1.87
24171216--24171510	144	2.0	147	80	7	332	52	15	1	30	1.50
24171443--24171490	23	2.2	23	81	7	55	50	25	0	25	1.50
24172347--24172379	17	2.0	16	94	5	57	18	0	18	63	1.31
24172348--24172381	8	4.1	8	88	3	50	17	0	20	61	1.34
24172789--24172888	44	2.3	43	79	8	114	27	21	24	28	1.99
24172776--24172905	43	3.0	42	75	12	138	25	18	25	30	1.98
24178920--24179083	43	3.8	43	83	4	172	29	23	16	29	1.96
24179632--24179672	21	2.0	20	85	4	55	46	19	0	34	1.50
24191749--24191777	7	4.1	7	100	0	58	44	0	0	55	0.99
24197726--24197768	22	2.0	22	100	0	86	27	11	18	41	1.85
24200058--24200217	41	3.9	41	78	12	186	21	22	28	26	1.99
24210134--24210443	48	6.5	48	78	5	295	27	24	19	29	1.98
24210069--24210431	96	3.8	96	77	6	323	26	24	19	28	1.99
24210164--24210448	96	3.0	95	80	4	329	27	24	18	29	1.98
24210073--24210431	144	2.5	144	81	5	403	27	25	19	28	1.98
24212157--24212206	16	3.2	16	78	21	70	22	26	4	48	1.68
24212147--24212206	30	2.0	30	100	0	120	23	30	3	43	1.70
24212147--24212192	14	3.1	14	77	22	58	23	32	2	41	1.67
24215472--24215502	16	1.9	16	100	0	62	6	35	0	58	1.24
24218868--24219009	61	2.3	61	100	0	284	40	8	14	37	1.76
24224586--24224680	42	2.3	42	100	0	190	18	24	32	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24232749--24232867	48	2.6	45	82	7	141	28	18	29	23	1.98
24240318--24240584	48	5.7	47	74	12	194	29	17	28	24	1.97
24251324--24251378	6	9.2	6	91	0	92	1	16	0	81	0.77
24257566--24257621	24	2.3	24	90	0	94	30	10	28	30	1.91
24261874--24261929	26	2.2	26	96	0	103	37	25	7	30	1.82
24264056--24264095	20	2.1	18	86	9	53	67	2	27	2	1.16
24265980--24266026	24	2.0	24	82	0	58	48	2	0	48	1.13
24267925--24267993	25	2.6	27	88	9	97	39	5	7	47	1.55
24267951--24268078	39	3.2	39	80	9	136	34	4	10	50	1.59
24267948--24268084	42	3.3	42	80	11	169	33	4	10	51	1.57
24267977--24268009	16	2.1	16	100	0	66	24	0	12	63	1.28
24269541--24269710	86	2.0	86	100	0	340	41	15	11	31	1.84
24273718--24273757	21	2.0	20	85	14	55	32	30	5	32	1.79
24277959--24278130	38	4.5	38	89	1	236	34	27	19	18	1.95
24277959--24278144	76	2.4	78	88	5	279	33	27	19	19	1.96
24283029--24283168	26	5.1	25	73	21	120	36	2	12	48	1.54
24283045--24283146	30	3.5	30	76	15	124	36	2	11	49	1.55
24283066--24283154	18	4.8	18	75	15	92	38	2	11	48	1.51
24283029--24283168	56	2.5	56	95	0	253	36	2	12	48	1.54
24285851--24285962	51	2.2	50	82	7	129	28	5	5	60	1.41
24285901--24286194	145	2.0	146	88	6	438	27	5	7	58	1.48
24286252--24286284	17	1.9	17	93	0	57	15	9	3	72	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24286249--24286329	16	4.9	17	69	4	51	19	6	3	70	1.24
24286827--24286879	3	17.7	3	77	14	56	0	32	0	67	0.91
24286834--24286880	8	5.8	8	76	14	51	0	31	0	68	0.90
24286834--24286879	17	2.8	17	96	3	85	0	32	0	67	0.91
24286819--24286878	29	2.0	30	84	9	79	0	35	0	65	0.93
24287052--24287081	16	1.9	15	93	6	51	30	6	3	60	1.39
24289675--24289715	20	2.1	20	90	4	66	68	0	24	7	1.15
24291799--24291866	34	2.0	34	94	0	118	20	11	26	41	1.87
24294391--24294448	8	6.9	8	74	18	55	32	1	5	60	1.29
24295776--24295875	49	2.0	49	94	0	173	37	27	4	32	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284