genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66714348--66714401	28	2.0	25	82	10	63	38	12	14	33	1.85
66717311--66717337	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
66730905--66730942	2	19.0	2	100	0	76	50	50	0	0	1.00
66733492--66733535	19	2.3	19	100	0	88	36	18	9	36	1.82
66732662--66733502	5	168.2	5	100	0	1682	39	20	0	39	1.52
66743053--66743126	36	2.0	36	84	10	96	54	1	4	40	1.28
66743228--66743259	14	2.2	15	94	5	57	46	6	3	43	1.44
66743366--66743395	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
66752057--66752110	27	2.0	27	96	0	99	44	16	14	24	1.85
66758820--66758870	21	2.6	20	82	14	54	70	3	0	25	1.04
66759169--66759207	17	2.3	17	86	0	60	17	0	5	76	0.96
66759920--66759969	22	2.3	21	83	10	57	14	34	24	28	1.93
66759920--66759979	21	2.8	22	80	10	61	13	35	25	26	1.93
66769033--66769394	46	7.8	46	72	15	289	29	30	19	20	1.97
66769041--66769397	93	3.8	93	97	0	651	29	30	19	21	1.97
66769087--66769342	47	5.5	47	73	15	253	28	30	19	20	1.97
66771590--66771623	14	2.4	14	100	0	68	38	26	14	20	1.91
66772780--66772991	46	4.6	46	80	5	198	21	30	20	27	1.98
66778771--66778831	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
66783812--66783836	9	2.8	9	100	0	50	24	12	0	64	1.27
66787207--66787255	15	3.0	17	77	22	52	65	6	0	28	1.16
66790648--66790700	20	2.7	19	80	5	61	28	3	5	62	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66790689--66790741	10	5.7	10	81	18	62	28	3	0	67	1.07
66790695--66790741	18	2.6	18	100	0	94	27	4	0	68	1.08
66793031--66793080	26	2.0	25	88	4	73	66	8	6	20	1.40
66793586--66793683	19	5.2	19	88	7	146	34	16	10	38	1.82
66793586--66793677	36	2.4	36	91	7	139	34	15	10	39	1.82
66793806--66793834	7	4.3	7	95	4	51	13	0	0	86	0.58
66794798--66795373	168	3.5	162	84	5	666	31	15	19	33	1.93
66794798--66795373	54	10.6	55	70	16	341	31	15	19	33	1.93
66798688--66798943	131	2.0	131	90	4	410	35	20	18	26	1.95
66800033--66800527	130	3.8	130	86	2	384	35	17	18	28	1.94
66800099--66800543	130	3.4	130	89	0	602	35	18	18	27	1.95
66801108--66801155	17	2.6	18	90	9	71	62	4	8	25	1.41
66803986--66804576	44	13.4	43	65	9	244	29	24	16	29	1.97
66803986--66804623	87	7.3	86	66	9	230	29	23	17	29	1.97
66804083--66804536	45	10.3	45	64	12	197	28	23	17	29	1.97
66803500--66804671	132	8.9	132	95	0	1796	28	24	17	29	1.97
66816508--66816905	130	3.1	129	87	1	562	37	18	15	28	1.92
66817457--66817504	17	2.6	18	83	12	62	62	6	8	22	1.46
66817472--66817510	17	2.4	17	95	4	71	69	10	5	15	1.34
66820770--66820796	7	3.9	7	100	0	54	85	0	14	0	0.61
66821313--66821362	21	2.2	23	82	10	59	58	2	14	26	1.47
66821355--66821570	27	8.5	26	64	19	82	58	1	14	25	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66821424--66821480	21	2.6	23	75	13	66	57	0	15	26	1.38
66821366--66821475	49	2.3	48	81	10	118	58	1	14	25	1.47
66821333--66821572	76	3.2	75	80	9	233	58	1	14	25	1.45
66821489--66821529	17	2.5	17	80	15	50	60	0	12	26	1.31
66821666--66821732	22	3.1	21	71	14	55	65	0	8	25	1.21
66821689--66821727	18	2.2	18	90	9	62	69	0	5	25	1.09
66821721--66821796	16	4.8	15	82	12	73	60	0	18	21	1.36
66821720--66821796	21	3.7	20	78	13	75	61	0	18	20	1.35
66821720--66821785	11	6.2	11	77	5	73	60	0	18	21	1.36
66822071--66822121	18	3.0	17	83	8	68	66	0	7	25	1.18
66822101--66822225	14	9.2	13	71	25	68	68	0	8	22	1.16
66822118--66822143	11	2.4	11	100	0	52	69	0	7	23	1.14
66822117--66822170	12	4.3	12	78	17	65	72	0	5	22	1.05
66822102--66822180	27	3.0	27	85	10	110	70	0	7	21	1.11
66822092--66822170	38	2.0	40	88	11	119	69	0	7	22	1.13
66822101--66822253	38	4.1	38	67	20	92	68	0	8	22	1.16
66822105--66822235	24	5.6	24	73	20	93	67	0	9	22	1.18
66822190--66822251	21	3.1	21	75	15	60	64	0	9	25	1.24
66825938--66826256	45	7.1	45	81	5	304	26	26	14	32	1.95
66825938--66826184	89	2.7	91	83	3	302	24	27	14	33	1.94
66826196--66826617	234	1.8	234	91	2	695	24	22	18	33	1.97
66826196--66826646	78	5.8	77	86	4	627	25	22	18	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66835454--66835632	47	3.8	49	80	13	205	29	27	21	21	1.99
66835462--66835632	94	1.8	93	92	1	288	28	28	21	21	1.99
66836052--66836111	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
66841514--66841589	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
66841550--66841621	19	3.9	19	85	10	114	34	15	11	38	1.83
66841846--66842233	56	6.9	56	74	15	309	31	19	15	33	1.93
66842070--66842233	58	2.9	57	86	5	224	32	17	15	34	1.91
66841821--66842159	112	3.0	110	82	7	407	31	20	15	33	1.93
66843570--66843705	67	2.0	67	98	0	263	36	13	12	37	1.82
66843655--66843906	129	2.0	129	98	0	486	32	15	14	36	1.89
66852420--66852679	46	5.6	46	85	1	288	40	11	24	22	1.88
66857359--66857669	87	3.6	87	88	0	471	23	21	24	30	1.99
66865065--66865113	9	5.3	9	82	2	53	55	8	4	32	1.48
66865584--66865618	11	3.1	12	88	12	56	48	0	51	0	1.00
66866634--66866671	19	2.0	19	94	0	67	65	13	0	21	1.26
66873072--66873366	3	99.3	3	69	10	160	28	5	5	60	1.42
66873654--66873690	18	2.1	18	85	14	51	32	13	0	54	1.40
66881673--66881845	86	2.0	86	100	0	346	37	9	15	38	1.79
66882589--66882630	9	4.7	9	82	8	50	83	0	9	7	0.81
66882589--66882630	18	2.3	18	91	0	66	83	0	9	7	0.81
66883799--66883836	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
66887462--66887502	20	2.0	20	100	0	82	24	19	19	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66896078--66897978	44	44.4	44	78	9	1877	29	18	29	22	1.97
66896604--66897978	84	16.2	84	90	5	1921	28	18	30	22	1.97
66898270--66898314	8	5.5	8	85	12	56	84	0	6	8	0.78
66899497--66899535	19	2.1	19	95	0	69	33	17	10	38	1.84
66906692--66906717	4	6.5	4	100	0	52	26	0	23	50	1.50
66909615--66909660	6	7.7	6	90	9	76	2	47	0	50	1.13
66912649--66912690	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
66914002--66914063	30	2.1	30	96	0	115	27	17	11	43	1.83
66915425--66915450	10	2.6	10	100	0	52	65	0	0	34	0.93
66916485--66916528	18	2.4	18	100	0	88	20	18	34	27	1.96
66919778--66919814	17	2.1	18	90	5	58	56	0	0	43	0.99
66923189--66923217	13	2.2	13	100	0	58	13	17	13	55	1.70
66925577--66925818	38	6.3	38	84	4	315	23	23	25	28	2.00
66925578--66925780	78	2.6	78	99	0	397	23	24	25	27	2.00
66925577--66925819	116	2.1	117	85	4	323	23	23	25	27	2.00
66925811--66925922	43	2.6	43	88	0	170	11	23	32	33	1.90
66925811--66925935	43	2.9	43	86	0	169	13	22	32	32	1.93
66927500--66927603	48	2.2	48	81	6	113	30	22	29	17	1.96
66929077--66929105	13	2.2	13	100	0	58	13	17	13	55	1.70
66931465--66931628	38	4.3	38	82	3	193	23	20	26	29	1.99
66931621--66931718	43	2.3	43	89	0	142	12	22	31	33	1.91
66931654--66931745	43	2.1	43	83	0	112	16	22	31	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66937015--66937472	46	10.0	46	96	1	848	26	30	23	19	1.98
66937026--66937097	20	3.3	20	65	20	54	27	33	22	16	1.95
66943866--66943979	59	1.9	59	100	0	228	40	21	8	29	1.83
66949426--66949460	15	2.3	15	100	0	70	48	22	22	5	1.72
66962773--66962823	3	17.0	3	91	0	84	64	1	1	31	1.15
66968945--66968988	23	1.9	23	90	9	72	50	0	2	47	1.13
66972907--66972998	47	2.0	46	93	4	159	51	5	16	27	1.66
66973570--66973621	29	1.9	27	85	14	72	53	5	11	28	1.60
66976327--66976352	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
66981120--66981491	185	2.0	187	87	2	534	27	21	15	36	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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