genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27460736--27460944	33	5.8	32	71	20	112	20	18	27	33	1.96
27460657--27460942	75	3.8	75	92	1	425	22	17	27	33	1.96
27470159--27470389	102	2.3	102	93	1	401	19	18	29	32	1.96
27471511--27471615	38	2.9	36	85	10	135	62	0	2	34	1.10
27471511--27471564	11	4.9	11	73	8	56	59	0	1	38	1.08
27473604--27473653	18	2.8	17	73	8	55	42	0	4	54	1.19
27474985--27475030	22	2.1	22	100	0	92	21	23	0	54	1.45
27476944--27476999	24	2.3	24	90	0	94	16	3	35	44	1.65
27481706--27481749	18	2.5	17	78	7	61	61	0	4	34	1.16
27500838--27501002	90	1.8	90	98	0	321	32	10	27	28	1.91
27509676--27509920	120	2.1	118	87	4	350	25	20	27	26	1.99
27509623--27509887	40	6.7	40	90	4	367	24	21	27	26	1.99
27518689--27518747	30	2.0	30	83	12	77	28	27	15	28	1.96
27518653--27518782	66	2.0	66	80	6	147	31	26	13	29	1.93
27526063--27526090	10	2.8	10	100	0	56	53	17	10	17	1.72
27534413--27534451	21	1.9	21	89	5	62	69	0	2	28	1.02
27534633--27534679	10	5.0	10	77	15	55	31	0	0	68	0.90
27534630--27534674	17	2.6	17	93	6	74	26	0	0	73	0.84
27548318--27548628	155	2.0	155	99	0	613	36	8	4	50	1.55
27552146--27552391	44	5.6	42	75	8	192	28	22	20	28	1.99
27552146--27552400	88	2.9	89	84	2	361	28	21	20	29	1.98
27552299--27552749	182	2.5	180	81	6	493	29	22	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27552270--27552727	181	2.5	179	80	6	487	29	22	16	31	1.96
27557381--27557438	22	2.7	21	84	7	80	32	3	18	44	1.67
27557391--27557435	23	2.0	22	91	4	72	31	4	17	46	1.68
27560426--27560478	27	2.0	27	96	0	97	47	16	18	16	1.83
27562555--27562656	22	4.6	22	72	8	91	33	3	19	43	1.70
27562549--27562636	44	2.0	44	97	0	167	35	4	19	40	1.72
27566455--27566618	43	3.8	43	87	4	224	29	31	17	21	1.97
27566455--27566615	86	1.9	86	89	5	254	28	31	18	22	1.97
27566814--27566873	18	3.4	18	64	13	52	40	10	6	43	1.64
27567085--27567115	15	2.1	15	93	0	53	38	16	22	22	1.92
27570857--27570881	13	1.9	13	100	0	50	32	8	4	56	1.47
27571344--27571407	21	3.0	21	81	6	67	34	40	0	25	1.56
27571489--27571518	7	4.3	7	100	0	60	26	60	0	13	1.34
27572124--27572408	41	7.0	41	88	0	408	29	28	22	19	1.98
27572456--27572577	40	3.1	39	83	4	147	22	20	21	36	1.96
27573292--27573334	20	2.2	20	86	0	59	44	2	0	53	1.13
27573562--27573600	18	2.2	18	86	4	53	38	10	12	38	1.78
27573402--27574019	171	3.6	171	95	0	1069	41	14	12	31	1.83
27573728--27573771	18	2.5	18	81	3	54	40	9	13	36	1.76
27573899--27573942	18	2.5	18	81	3	54	40	9	13	36	1.76
27576582--27576624	20	2.2	20	86	0	59	44	2	0	53	1.13
27576847--27576890	18	2.5	18	81	3	54	40	9	13	36	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27576692--27577139	171	2.6	170	92	2	738	41	14	12	31	1.84
27577018--27577061	18	2.5	18	81	3	54	40	6	13	38	1.71
27580164--27580360	98	2.0	98	94	0	349	38	23	9	28	1.86
27581788--27581845	22	2.7	21	76	10	53	41	17	3	37	1.66
27581824--27581925	19	4.8	19	74	21	87	34	17	10	37	1.85
27581839--27581887	14	3.4	14	73	15	55	34	18	10	36	1.85
27581897--27581992	47	2.0	47	100	0	192	34	20	8	36	1.83
27582201--27582985	132	5.9	132	94	0	1347	30	23	18	27	1.98
27582439--27582909	44	10.7	45	64	15	162	28	23	18	28	1.98
27585522--27585575	27	2.0	27	100	0	108	25	11	14	48	1.77
27588270--27588466	98	2.0	98	97	0	376	37	24	9	27	1.87
27589325--27589385	25	2.5	25	82	12	74	59	6	1	32	1.33
27589901--27589958	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
27594986--27595736	44	16.7	44	69	10	320	28	21	18	31	1.97
27595200--27595684	182	2.7	182	81	4	534	28	22	17	30	1.97
27603473--27603515	20	2.2	20	86	0	59	44	2	0	53	1.13
27603738--27603781	18	2.5	18	81	3	54	40	9	13	36	1.76
27603583--27604203	171	3.6	171	95	1	1104	41	13	13	31	1.83
27603909--27603952	18	2.5	18	81	3	54	40	9	13	36	1.76
27604080--27604123	18	2.5	18	81	3	54	40	9	13	36	1.76
27611551--27611603	28	1.9	28	88	3	81	24	16	7	50	1.71
27611552--27611617	28	2.4	28	82	7	73	27	18	7	46	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27612238--27612314	22	3.4	22	67	19	68	36	25	2	35	1.70
27612225--27612319	46	2.1	46	100	0	190	41	23	2	33	1.66
27619127--27619269	41	3.5	40	86	5	173	27	23	16	32	1.96
27621047--27621086	18	2.2	18	90	0	62	52	15	12	20	1.74
27621047--27621078	6	5.3	6	100	0	64	50	15	15	18	1.79
27621436--27621472	18	2.1	18	94	0	65	24	13	21	40	1.89
27622741--27622782	19	2.3	18	84	12	50	38	28	19	14	1.90
27625011--27625063	23	2.2	24	81	18	67	18	5	45	30	1.73
27627257--27627285	14	2.0	15	93	6	51	17	0	0	82	0.66
27643786--27643966	66	2.7	66	82	4	213	34	25	11	28	1.90
27644777--27644842	25	2.6	25	97	0	123	40	9	13	36	1.76
27648866--27648907	21	2.0	22	85	4	59	21	40	14	23	1.90
27656495--27656616	58	2.1	58	92	0	199	40	21	9	28	1.85
27659152--27659187	6	6.3	6	87	12	58	13	36	30	19	1.91
27659157--27659187	16	1.9	16	100	0	62	12	35	32	19	1.90
27659816--27659840	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
27681266--27681325	25	2.3	26	83	8	70	60	1	5	33	1.29
27681469--27681510	14	3.1	14	86	6	61	78	4	0	16	0.91
27684026--27684070	18	2.5	18	79	13	56	20	28	2	48	1.61
27684729--27684768	3	13.3	3	94	0	71	32	2	0	65	1.06
27688278--27688891	9	68.7	9	83	3	769	33	1	16	48	1.54
27688306--27688891	36	16.3	36	91	2	926	33	1	16	48	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27692740--27692774	14	2.4	15	90	4	54	42	37	0	20	1.52
27693546--27693630	21	4.0	20	72	11	53	45	31	1	21	1.59
27693554--27693633	14	5.6	14	70	14	56	47	31	0	21	1.51
27693707--27693916	115	1.8	115	80	4	253	26	23	18	30	1.98
27693890--27694341	189	2.4	188	78	5	430	26	23	18	31	1.97
27694262--27694543	112	2.5	112	79	5	327	25	24	19	31	1.98
27696848--27696923	40	1.9	40	86	5	109	27	25	30	17	1.97
27697003--27697281	41	6.8	41	77	6	244	16	23	25	34	1.96
27697002--27697264	123	2.1	123	81	6	302	15	23	25	35	1.94
27697775--27697812	15	2.5	15	86	0	58	21	0	42	36	1.53
27697748--27697815	15	4.9	14	74	13	52	23	0	35	41	1.55
27698771--27698795	13	1.9	13	100	0	50	24	0	52	24	1.48
27698749--27698833	28	2.9	29	78	16	86	24	1	44	29	1.61
27698758--27698826	15	4.7	14	76	20	54	26	1	43	28	1.63
27698727--27698849	14	8.5	15	69	12	78	23	0	42	33	1.60
27701688--27701766	22	3.8	22	71	21	64	46	12	2	37	1.55
27701691--27701779	18	4.8	18	71	14	74	47	12	2	38	1.54
27701806--27702029	121	1.9	121	91	1	369	39	8	7	44	1.62
27702001--27702056	27	2.1	27	100	0	112	41	7	3	48	1.48
27701880--27702258	148	2.6	148	98	0	731	39	8	6	44	1.61
27701820--27702066	121	2.0	120	80	10	272	40	8	5	45	1.57
27702149--27702204	27	2.1	27	100	0	112	41	7	3	48	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27702263--27702305	16	2.7	16	92	0	68	51	18	0	30	1.47
27702354--27702688	25	13.4	25	79	2	325	45	18	2	33	1.61
27702279--27702691	59	6.9	59	70	12	168	46	18	2	33	1.61
27702474--27702879	9	48.6	9	67	17	225	45	19	1	32	1.62
27702354--27702768	50	8.4	50	75	6	319	45	18	2	33	1.62
27702666--27702799	25	5.3	25	74	7	117	44	21	2	31	1.64
27702556--27702877	118	2.8	118	83	5	389	45	20	1	31	1.62
27708279--27708443	66	2.5	66	81	5	174	41	18	26	13	1.88
27708430--27708528	42	2.4	42	85	0	126	38	17	39	5	1.71
27708430--27708528	21	4.7	21	80	0	99	38	17	39	5	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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