genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22674360--22674390	3	10.3	3	100	0	62	32	0	32	35	1.58
22674676--22674706	16	2.0	15	93	6	53	0	9	0	90	0.46
22674676--22674705	10	2.9	10	95	5	51	0	10	0	90	0.47
22677997--22678038	4	10.0	4	80	19	50	26	0	2	71	0.98
22680871--22680972	21	4.9	21	85	0	141	48	18	20	12	1.81
22680871--22680972	42	2.4	42	91	0	159	48	18	20	12	1.81
22682819--22682846	9	3.1	9	100	0	56	21	10	0	67	1.20
22685123--22685300	67	2.7	65	81	8	175	22	31	15	30	1.95
22688765--22688942	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
22688786--22688941	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
22692613--22692666	27	2.0	27	100	0	108	44	7	22	25	1.79
22694727--22694832	42	2.5	41	86	6	151	30	18	15	35	1.92
22699158--22699188	12	2.6	12	94	0	53	29	45	0	25	1.54
22699214--22699352	33	4.2	33	77	8	104	24	38	4	32	1.75
22707658--22707959	27	11.2	27	86	5	389	35	17	20	26	1.95
22708351--22708412	22	2.8	22	85	7	81	22	25	20	30	1.98
22708571--22708674	27	3.9	27	83	5	129	18	21	21	39	1.93
22708795--22708836	6	6.8	6	79	15	50	16	21	14	47	1.82
22718372--22718404	6	5.5	6	100	0	66	45	36	0	18	1.49
22718893--22718963	15	4.3	16	72	22	58	30	0	4	64	1.12
22718893--22718963	17	4.3	17	72	22	62	30	0	4	64	1.12
22725789--22725896	26	4.2	25	89	7	162	32	7	23	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22725789--22725896	52	2.1	52	92	0	180	32	7	23	37	1.82
22725980--22726081	50	2.0	50	96	0	186	34	12	21	31	1.91
22727436--22727488	26	2.0	26	85	7	72	39	22	11	26	1.88
22729643--22729679	12	3.1	12	92	0	56	78	0	8	13	0.96
22729979--22730034	21	2.5	24	83	13	75	17	7	28	46	1.75
22730091--22730261	40	4.3	39	88	3	234	32	22	21	23	1.98
22730299--22730593	40	7.6	39	68	11	174	28	22	21	27	1.99
22730299--22730400	39	2.6	39	85	3	132	28	23	20	27	1.99
22730178--22730559	153	2.6	145	86	3	521	29	22	21	26	1.99
22730299--22730701	193	2.1	195	86	4	557	28	21	21	29	1.98
22730993--22731026	18	1.9	18	88	5	52	50	2	2	44	1.32
22731534--22731570	18	2.1	18	89	0	56	10	37	2	48	1.52
22731608--22731642	18	1.9	18	88	0	52	11	31	0	57	1.34
22731860--22731988	64	2.1	62	84	5	163	22	8	10	58	1.59
22732386--22732429	21	2.1	21	95	0	79	25	25	11	38	1.89
22734487--22734540	26	2.1	26	100	0	108	53	3	7	35	1.47
22735742--22735843	23	4.4	23	92	0	168	36	1	19	42	1.63
22736325--22736623	43	7.0	42	79	3	253	23	15	27	33	1.95
22736328--22736552	85	2.7	84	79	3	236	21	14	28	34	1.93
22736474--22736640	86	1.9	86	82	2	210	24	18	24	32	1.97
22740930--22740967	18	2.2	18	86	9	53	57	0	26	15	1.38
22740925--22741053	43	3.0	43	93	0	204	51	1	22	24	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22741028--22741066	18	2.1	19	90	4	62	53	0	20	25	1.45
22744009--22744043	18	2.0	18	88	5	54	65	2	2	28	1.21
22744183--22744403	23	9.2	23	76	13	173	57	5	4	33	1.42
22744500--22744538	18	2.2	18	95	0	69	64	0	0	35	0.94
22755041--22755080	21	1.9	21	84	0	53	2	22	2	72	1.09
22757292--22757442	17	9.4	16	71	11	96	31	4	1	62	1.24
22757295--22757383	29	2.8	31	77	12	83	32	2	1	64	1.13
22757316--22757391	24	3.2	24	77	17	86	31	3	0	64	1.12
22757292--22757435	48	3.0	47	77	13	136	31	4	0	63	1.20
22759002--22759063	28	2.2	28	82	5	72	29	14	14	41	1.85
22762273--22762331	29	2.0	31	90	6	95	42	1	8	47	1.44
22766244--22766313	32	2.2	32	97	0	131	22	25	20	31	1.98
22767622--22768457	52	16.1	52	99	0	1654	34	7	23	34	1.83
22769943--22769995	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
22781355--22781384	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
22783302--22783430	43	3.0	43	85	1	170	26	20	29	23	1.99
22788541--22788596	20	2.8	20	97	0	103	57	8	0	33	1.30
22794021--22794076	23	2.4	24	85	5	71	19	14	21	44	1.86
22795930--22795957	8	3.5	8	100	0	56	35	28	0	35	1.58
22796425--22796511	44	2.0	44	100	0	174	42	25	2	29	1.67
22797035--22797072	18	2.1	18	85	9	51	39	7	2	50	1.46
22797991--22798029	20	1.9	21	89	5	62	64	10	0	25	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22798072--22798109	16	2.4	16	82	8	51	63	2	0	34	1.09
22802003--22802046	22	2.0	22	100	0	88	36	13	9	40	1.76
22803879--22803913	17	1.9	19	88	11	56	51	0	20	28	1.47
22811607--22811962	40	8.9	40	84	8	474	24	28	24	23	2.00
22811607--22811958	80	4.4	80	96	1	627	24	28	24	23	2.00
22811607--22811958	120	2.9	120	91	0	571	24	28	24	23	2.00
22823216--22823279	21	3.0	21	79	2	74	17	32	6	43	1.74
22839913--22840004	42	2.2	42	90	0	139	36	22	11	28	1.90
22840149--22840246	26	3.8	26	93	1	153	25	23	24	26	2.00
22841049--22841132	27	3.1	27	82	3	107	22	25	20	32	1.98
22841171--22841516	27	12.8	27	76	4	257	30	9	20	39	1.84
22841282--22841516	81	2.9	81	88	0	337	29	8	21	41	1.81
22841508--22841638	27	4.9	27	89	0	199	38	9	22	28	1.86
22843805--22843863	23	2.6	23	86	5	75	11	11	23	52	1.71
22850598--22850627	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
22850837--22851116	50	5.6	50	75	6	235	31	24	16	27	1.96
22850839--22851115	151	1.8	149	84	5	378	31	24	16	28	1.96
22861935--22861991	28	2.1	27	83	3	69	33	29	15	21	1.94
22862349--22862408	27	2.2	27	85	5	77	26	20	15	38	1.91
22869361--22869427	34	2.0	34	82	5	82	25	17	25	31	1.97
22883518--22883560	21	2.0	21	100	0	86	25	0	27	46	1.53
22887433--22887458	8	3.2	8	100	0	52	88	0	11	0	0.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22893200--22893243	6	7.3	6	80	10	54	6	15	0	77	0.97
22893217--22893274	17	3.4	18	68	20	52	13	24	0	62	1.32
22893222--22893290	33	2.2	33	84	10	90	15	27	0	56	1.40
22893763--22893810	17	2.8	17	90	3	78	37	12	14	35	1.84
22893790--22893846	21	2.7	23	78	10	59	36	5	15	42	1.70
22900597--22900637	21	2.0	21	90	4	66	75	0	21	2	0.92
22901611--22901953	44	7.8	44	79	8	358	30	15	26	27	1.96
22901611--22902043	219	2.0	219	90	0	679	29	15	26	28	1.96
22901918--22902565	87	7.4	87	94	0	1046	26	13	27	33	1.93
22903144--22903209	18	3.7	18	91	4	107	36	12	15	36	1.84
22903141--22903209	17	3.8	19	88	11	117	37	11	14	36	1.83
22903141--22903232	17	4.7	22	84	13	73	36	9	15	38	1.80
22907815--22907908	19	4.8	18	69	23	73	50	11	2	36	1.51
22912882--22913007	62	2.0	61	85	10	168	54	5	14	25	1.61
22914579--22914623	20	2.2	21	88	4	65	26	8	22	42	1.83
22915162--22915338	52	3.5	50	83	6	214	30	14	26	28	1.95
22915162--22915338	51	3.5	50	85	6	223	30	14	26	28	1.95
22919549--22919587	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
22919605--22919692	44	2.0	44	95	0	158	23	29	4	42	1.74
22921246--22921271	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
22922682--22922730	17	2.8	18	75	6	55	40	18	12	28	1.86
22922890--22923016	57	2.2	58	84	2	157	41	16	19	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22925543--22925653	39	2.8	39	93	0	186	28	19	24	27	1.99
22925543--22925674	39	3.4	39	89	2	185	31	18	24	25	1.98
22925667--22925843	39	4.5	39	91	1	273	19	23	28	28	1.98
22925543--22925843	78	3.8	78	81	6	236	24	21	26	27	1.99
22929170--22929215	23	2.0	23	100	0	92	34	13	21	30	1.91
22930387--22930445	30	2.0	30	83	3	75	37	10	20	32	1.86
22938550--22938656	53	2.0	53	100	0	214	26	15	22	35	1.94
22944376--22944473	27	3.5	28	87	5	119	31	29	13	25	1.93
22945735--22945772	18	2.1	18	100	0	76	26	21	18	34	1.96
22950126--22950302	67	2.7	67	86	4	252	30	15	32	21	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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