genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7786888--7787061	86	2.0	86	96	0	321	47	5	8	38	1.57
7787646--7787682	9	4.1	9	92	0	65	29	0	13	56	1.37
7787734--7787766	9	3.7	9	91	0	57	39	24	12	24	1.89
7787734--7787768	18	1.9	18	100	0	70	37	22	11	28	1.89
7788301--7788530	115	2.0	115	96	0	424	31	27	14	26	1.95
7789840--7789885	21	2.2	20	92	3	74	32	30	10	26	1.90
7792596--7792780	39	4.7	39	95	0	298	30	27	21	20	1.98
7793852--7793914	32	2.0	32	96	0	117	30	25	9	34	1.88
7793853--7793930	32	2.6	30	86	10	88	30	24	10	34	1.89
7800671--7800777	39	2.7	39	97	0	196	28	26	22	22	1.99
7816748--7816886	19	7.7	18	65	26	64	48	4	2	45	1.34
7822532--7822595	32	2.0	32	93	0	110	37	28	10	23	1.89
7827151--7827300	48	3.1	47	80	3	174	26	24	19	30	1.98
7831149--7831178	12	2.5	12	94	0	51	23	30	0	46	1.52
7833059--7833089	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
7837908--7837945	15	2.7	14	84	8	51	57	5	0	36	1.21
7839051--7839122	33	2.3	33	83	7	96	16	36	23	23	1.94
7840850--7840911	27	2.3	27	91	0	97	20	22	32	24	1.98
7840949--7841234	54	5.3	53	79	6	308	39	20	8	31	1.83
7840949--7841234	27	10.7	27	79	5	276	39	20	8	31	1.83
7841225--7841710	27	18.0	27	85	1	571	38	17	19	24	1.93
7841026--7841260	108	2.2	108	86	2	321	40	20	9	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7842137--7842201	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
7842288--7842359	18	4.3	18	74	16	82	20	18	11	50	1.77
7842288--7842359	6	11.8	6	78	8	74	20	18	11	50	1.77
7842350--7842383	18	1.9	18	88	5	52	23	11	11	52	1.70
7844357--7844582	80	2.8	81	81	2	240	38	19	8	32	1.82
7844336--7844529	53	3.6	54	81	4	216	40	20	8	30	1.83
7844336--7844593	27	9.6	27	76	7	195	39	20	8	31	1.83
7844585--7845077	27	18.3	27	82	1	540	37	19	19	23	1.94
7844585--7845077	108	4.6	108	91	1	693	37	19	19	23	1.94
7845522--7845586	22	3.0	22	80	8	78	20	26	23	30	1.98
7848007--7848094	26	3.4	26	85	4	106	17	22	20	39	1.92
7848022--7848094	27	2.8	26	87	4	101	19	24	19	36	1.94
7848212--7848297	6	14.0	6	70	13	59	20	19	11	47	1.81
7848215--7848278	25	2.6	25	89	0	92	20	21	12	45	1.84
7848287--7848320	18	1.9	18	88	5	52	20	11	14	52	1.73
7851609--7851670	20	3.2	19	73	13	54	48	4	1	45	1.33
7852030--7852054	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
7865400--7865457	30	2.0	30	86	3	82	44	12	8	34	1.72
7873962--7874011	26	1.9	26	83	0	64	32	18	10	40	1.83
7873988--7874037	26	1.9	26	83	0	64	40	14	10	36	1.79
7903886--7904030	43	3.4	43	80	13	165	24	17	24	33	1.97
7911343--7911513	42	4.0	42	73	13	134	23	17	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7921945--7921997	13	4.1	13	80	0	70	26	7	28	37	1.83
7931058--7931110	13	4.1	13	80	0	70	26	7	28	37	1.83
7933232--7933394	28	5.9	27	75	6	148	32	23	9	34	1.88
7933231--7933405	82	2.1	83	86	1	235	30	22	10	36	1.89
7939951--7940004	27	2.0	27	100	0	108	33	22	22	22	1.97
7947356--7947392	18	2.1	18	100	0	74	27	35	10	27	1.90
7947360--7947397	18	2.1	18	90	0	58	31	31	13	23	1.93
7949794--7949859	25	2.6	25	78	0	78	25	10	27	36	1.89
7951165--7951348	40	4.6	40	82	6	221	26	23	26	23	2.00
7951165--7951348	80	2.3	80	86	3	246	26	23	26	23	2.00
7951611--7951654	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
7959386--7959569	40	4.6	40	84	6	239	25	23	26	24	2.00
7959386--7959569	80	2.3	80	88	3	264	25	23	26	24	2.00
7966747--7966897	42	3.6	42	77	5	135	31	16	23	28	1.96
7972076--7972486	47	8.7	47	93	0	635	32	9	28	28	1.88
7974318--7974466	40	3.7	39	85	3	199	22	20	30	26	1.98
7974437--7974488	23	2.3	23	93	0	86	25	21	28	25	1.99
7974410--7974529	63	1.9	63	94	0	213	22	20	30	25	1.98
7974460--7974612	40	3.8	40	90	4	238	20	22	30	25	1.98
7974357--7974569	103	2.1	103	86	3	295	23	21	30	25	1.99
7974323--7974593	143	1.9	143	92	1	454	22	21	31	25	1.98
7974464--7974612	80	1.9	79	94	1	262	20	23	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7974470--7974629	80	2.0	79	84	4	207	24	22	28	24	1.99
7979060--7979116	29	2.0	29	82	6	71	12	29	28	29	1.93
7979142--7979303	83	2.0	83	92	0	270	31	24	18	25	1.98
7979151--7979324	83	2.1	83	87	0	249	29	22	21	25	1.99
7980583--7980657	29	2.6	29	71	0	69	36	18	10	34	1.86
7983080--7983224	47	3.1	47	83	0	182	26	31	11	31	1.91
7987601--7987653	22	2.5	23	82	11	60	35	0	30	33	1.58
7988668--7988710	23	1.9	23	90	4	70	62	11	2	23	1.40
7994520--7994632	42	2.6	42	76	13	97	23	15	25	34	1.95
7995158--7995211	23	2.3	23	79	17	58	18	1	25	53	1.54
8002610--8003614	93	10.8	93	98	0	1922	29	30	17	22	1.97
8011221--8011337	55	2.1	55	80	3	128	18	26	28	26	1.98
8021284--8021386	49	2.1	50	81	5	120	22	10	27	39	1.87
8021303--8021386	25	3.4	25	75	9	82	22	10	27	39	1.87
8021347--8021395	25	2.0	24	84	4	62	22	10	24	42	1.84
8025441--8025759	49	6.6	49	81	7	275	23	30	18	27	1.98
8027098--8027270	43	4.0	43	81	3	195	25	16	26	31	1.97
8029847--8030159	94	3.4	91	78	8	294	27	19	29	23	1.99
8029896--8030201	47	6.5	46	73	12	171	27	19	28	24	1.99
8034909--8035227	47	6.8	45	73	14	213	27	19	29	23	1.98
8034908--8035227	94	3.4	93	79	8	344	27	19	29	23	1.98
8034908--8035218	139	2.2	140	81	6	369	27	19	28	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8038463--8038551	46	1.9	46	97	0	169	33	10	29	26	1.89
8041863--8041891	14	2.0	15	93	6	51	31	0	20	48	1.50
8042970--8043143	43	4.0	43	83	0	204	27	17	24	31	1.97
8043313--8043356	18	2.3	18	84	7	52	50	2	13	34	1.55
8058152--8058185	11	3.0	11	86	4	50	20	0	2	76	0.92
8058209--8058247	19	2.0	20	95	5	71	17	0	10	71	1.12
8058209--8058273	19	2.9	23	84	13	66	24	0	9	66	1.21
8062901--8063078	27	6.6	27	82	3	196	27	15	28	29	1.96
8062902--8063057	82	1.9	81	89	1	240	27	15	28	28	1.96
8062898--8063078	82	2.2	81	84	1	236	27	15	27	29	1.96
8072562--8072640	39	2.0	39	95	0	140	32	3	18	44	1.68
8078176--8078305	49	2.6	50	81	4	156	26	29	15	28	1.96
8084161--8084218	30	1.9	30	85	0	80	29	24	6	39	1.81
8092663--8092696	17	2.0	17	100	0	68	41	17	17	23	1.90
8097857--8097921	32	2.0	32	100	0	130	44	15	3	36	1.62
8099414--8099454	19	2.2	19	100	0	82	31	4	17	46	1.69
8107277--8107460	49	3.8	50	77	5	162	27	30	17	23	1.97
8130615--8130644	12	2.4	13	94	5	53	33	3	0	63	1.11
8136513--8136540	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
8140575--8140680	42	2.5	42	80	7	124	13	32	25	29	1.93
8145351--8145476	45	2.8	46	89	4	186	26	27	23	21	1.99
8145474--8145613	38	3.7	38	86	2	174	33	24	20	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8145898--8146032	43	3.1	43	82	6	164	28	28	16	25	1.97
8151937--8151987	26	1.9	27	84	4	68	78	9	1	9	1.04
8153744--8153775	16	2.0	16	100	0	64	31	0	6	62	1.20
8163596--8163867	90	3.0	90	99	0	535	31	15	4	48	1.64
8167808--8167842	17	2.0	18	88	5	54	17	37	25	20	1.94
8168632--8168717	44	2.0	44	90	4	138	31	18	13	36	1.90
8177659--8177798	35	4.0	35	78	7	131	28	1	35	35	1.66
8177673--8177803	70	1.9	70	85	3	183	27	1	35	35	1.66
8180198--8180268	21	3.2	21	64	24	56	36	26	14	22	1.92
8180469--8180500	16	2.0	16	93	0	55	56	0	3	40	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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