genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.168.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56412281--56412360	42	1.9	42	92	0	133	30	13	22	33	1.93
56417687--56417744	29	2.0	30	93	3	100	29	18	27	24	1.98
56418069--56418288	46	4.7	46	74	13	175	26	20	28	24	1.99
56418068--56418339	94	2.9	94	80	10	265	27	20	28	24	1.99
56418166--56418335	47	3.6	46	85	7	184	27	18	29	24	1.98
56418063--56418337	140	2.0	141	80	10	314	27	19	28	24	1.99
56423550--56423766	46	4.6	46	79	6	213	27	19	29	23	1.98
56423543--56423814	94	2.9	94	81	8	279	26	19	30	23	1.98
56423550--56423814	47	5.7	46	77	12	215	27	20	29	23	1.98
56423550--56423814	140	1.9	141	82	6	342	27	20	29	23	1.98
56428144--56428263	39	3.1	39	92	0	204	20	24	30	25	1.98
56432571--56432697	47	2.8	43	79	12	139	26	21	30	21	1.98
56432571--56432740	91	1.8	93	85	6	238	27	20	29	22	1.98
56432889--56432954	31	2.1	31	97	0	123	27	6	27	39	1.80
56437115--56437147	17	1.9	17	100	0	66	24	0	6	69	1.10
56437194--56437238	19	2.4	19	85	7	56	33	0	8	57	1.30
56444156--56444276	22	5.2	22	62	21	59	24	29	11	33	1.91
56444128--56444337	47	4.4	47	89	4	305	26	30	9	34	1.87
56444149--56444331	96	1.9	94	92	2	303	26	30	10	32	1.90
56451467--56451587	43	2.8	44	83	3	149	33	30	15	20	1.94
56451482--56451587	42	2.5	42	83	4	124	33	30	16	19	1.95
56458765--56458790	10	2.6	10	100	0	52	0	38	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56462356--56462428	28	2.6	29	86	2	103	30	32	13	23	1.93
56462356--56462446	29	3.2	28	84	6	105	28	31	15	24	1.95
56462669--56462699	16	1.9	16	93	0	53	9	29	19	41	1.83
56466241--56466331	29	3.2	29	89	6	125	28	32	15	23	1.95
56466554--56466584	16	1.9	16	93	0	53	16	22	12	48	1.80
56470140--56470204	29	2.3	29	89	2	96	29	33	15	21	1.94
56470132--56470205	28	2.6	28	84	2	103	29	32	14	22	1.94
56471218--56471256	5	7.8	5	94	0	69	79	17	2	0	0.84
56472409--56472581	90	1.9	90	85	2	240	38	15	19	26	1.92
56472713--56473057	171	2.0	173	89	2	534	37	10	13	39	1.78
56473622--56473658	10	3.7	10	92	7	58	59	16	2	21	1.49
56475431--56475482	21	2.5	21	87	6	70	38	19	3	38	1.70
56488564--56488608	23	2.0	23	91	4	74	40	17	4	37	1.70
56488551--56488608	22	2.6	22	84	12	75	41	18	3	36	1.68
56488580--56488630	19	2.9	17	83	11	66	35	17	9	37	1.83
56488564--56488621	19	2.8	20	84	10	64	39	17	6	36	1.76
56502640--56502827	94	2.0	94	95	0	340	32	14	16	35	1.90
56505800--56505983	49	3.8	49	80	6	203	22	29	20	27	1.99
56505808--56506121	94	3.3	94	79	6	274	24	28	18	28	1.98
56505808--56506121	46	6.6	46	75	7	238	24	28	18	28	1.98
56510781--56510826	23	2.0	24	82	4	58	54	26	2	17	1.54
56511387--56511517	44	3.0	41	82	10	138	35	23	18	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56512606--56512632	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
56515505--56515678	49	3.6	48	75	9	147	28	18	28	24	1.98
56518805--56519117	49	6.6	48	74	10	193	23	27	20	28	1.99
56518952--56519120	48	3.6	47	83	4	225	23	27	20	29	1.98
56525279--56525335	20	2.8	20	89	0	78	21	29	0	49	1.50
56526766--56526815	26	1.9	26	87	0	73	46	14	24	16	1.83
56528259--56528308	26	1.9	26	95	0	91	48	2	0	50	1.12
56528259--56528308	9	5.8	9	74	9	50	48	2	0	50	1.12
56534789--56534825	19	1.9	19	94	0	65	35	0	18	45	1.50
56535037--56535212	41	4.3	41	91	0	280	29	19	27	23	1.98
56535037--56535206	82	2.1	82	98	0	331	29	18	28	23	1.98
56542476--56542604	41	3.1	41	93	0	231	29	17	28	24	1.97
56543408--56543472	33	2.0	33	100	0	130	30	3	20	46	1.66
56555599--56555674	29	2.6	29	100	0	152	31	26	13	28	1.93
56555962--56556277	157	2.0	157	100	0	632	33	19	16	30	1.94
56562681--56562718	18	2.1	18	90	0	58	50	5	10	34	1.59
56562871--56563065	55	3.6	53	76	4	149	20	23	18	38	1.93
56572261--56572466	53	3.8	54	76	4	202	20	23	18	37	1.94
56577891--56578128	95	2.4	99	80	6	254	25	29	16	28	1.97
56577891--56578128	50	4.9	50	80	5	245	25	29	16	28	1.97
56583462--56583559	27	3.6	27	87	0	133	40	19	8	31	1.81
56583462--56583575	54	2.1	54	82	6	133	41	19	7	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56583462--56583614	27	5.7	27	75	9	107	39	20	9	30	1.83
56583512--56583614	54	1.9	54	80	7	120	39	19	9	31	1.84
56583462--56583670	27	7.7	26	73	12	73	38	19	9	33	1.83
56583655--56583897	27	9.0	27	88	0	326	35	19	21	23	1.96
56583655--56583897	81	3.0	81	90	0	371	35	19	21	23	1.96
56584351--56584501	57	2.6	57	78	12	166	31	19	19	29	1.96
56585821--56585995	46	3.8	46	96	0	314	20	21	29	29	1.98
56596018--56596193	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
56596015--56596186	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
56598323--56598548	125	1.8	124	82	8	289	22	24	30	23	1.99
56602301--56602475	93	1.9	93	90	0	278	28	29	21	21	1.98
56602294--56602469	46	3.8	45	77	7	174	28	28	21	21	1.98
56602345--56602488	46	3.1	44	72	21	125	29	29	20	21	1.98
56610305--56610561	48	5.2	48	90	3	352	32	25	5	36	1.80
56610305--56610561	100	2.6	101	84	7	307	32	25	5	36	1.80
56613922--56614002	40	2.0	40	92	0	135	25	30	22	20	1.98
56637021--56637060	21	1.9	21	89	0	62	37	17	2	42	1.63
56639955--56639993	20	2.0	20	89	0	60	51	2	10	35	1.50
56645274--56645408	46	3.1	44	82	12	161	28	19	28	23	1.98
56649183--56649224	15	2.8	16	75	24	54	16	7	14	61	1.53
56649168--56649224	30	1.9	30	85	7	80	15	7	15	61	1.54
56651840--56652016	46	3.9	44	76	10	171	26	20	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56666329--56666848	27	19.3	27	85	0	664	34	19	20	25	1.96
56667131--56667177	20	2.3	20	96	0	85	4	23	36	36	1.75
56667196--56667253	22	2.6	22	88	0	80	17	24	22	36	1.95
56667339--56667399	32	1.9	32	83	6	79	24	19	21	34	1.96
56669344--56669472	40	3.2	40	82	7	154	26	27	21	24	1.99
56671911--56671935	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
56673812--56673890	25	3.3	25	69	16	85	35	3	29	31	1.75
56673790--56673940	47	3.2	47	93	0	266	33	7	30	28	1.84
56680973--56681077	52	2.0	52	96	0	192	26	27	22	22	1.99
56681034--56681241	40	5.2	40	82	7	253	26	27	21	24	1.99
56681030--56681241	79	2.7	78	80	10	241	26	27	20	25	1.99
56693392--56693426	18	1.9	18	88	11	54	34	0	17	48	1.47
56701118--56701181	25	2.6	25	80	2	67	40	15	15	28	1.88
56717681--56717982	39	7.7	39	85	0	433	18	18	31	31	1.95
56717689--56717978	78	3.7	78	99	0	571	18	18	32	30	1.95
56724962--56725112	42	3.6	42	81	3	169	29	23	15	30	1.96
56731613--56731677	32	2.0	32	96	0	121	26	21	24	27	1.99
56733346--56733519	46	3.7	47	80	7	194	30	20	27	21	1.98
56738409--56738592	40	4.6	41	80	12	199	25	22	27	25	2.00
56738409--56738592	79	2.3	81	81	11	213	25	22	27	25	2.00
56738465--56738625	79	2.0	79	81	9	186	26	20	27	25	1.99
56741829--56742001	87	2.0	87	95	0	310	28	16	27	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56742268--56742377	56	2.0	56	94	0	193	29	22	22	25	1.99
56742605--56742770	84	2.0	84	95	0	296	27	14	27	31	1.95
56742819--56743213	196	2.0	197	97	0	756	31	21	22	24	1.98
56743953--56744110	82	1.9	81	98	1	307	28	13	25	31	1.94
56744338--56744508	85	2.0	85	95	2	308	29	24	20	25	1.99
56744773--56744933	81	2.0	81	97	0	304	34	16	26	21	1.95
56746411--56746633	39	5.7	40	85	8	266	25	22	27	24	2.00
56746411--56746633	79	2.8	81	84	9	282	25	22	27	24	2.00
56746411--56746666	79	3.3	79	81	10	217	26	21	27	24	1.99
56749646--56749674	11	2.6	11	100	0	58	37	20	6	34	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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