genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8987554--8987924	81	4.6	81	90	1	559	36	17	20	25	1.94
8988173--8988223	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
8988343--8988535	6	31.3	6	70	16	92	19	18	12	48	1.80
8988343--8988410	25	2.7	25	83	0	91	19	20	14	45	1.85
8988369--8988440	19	3.9	19	80	12	87	18	22	15	44	1.86
8988344--8988535	62	3.1	62	80	2	217	19	18	13	48	1.80
8990644--8990820	40	4.4	40	88	3	225	22	24	28	24	1.99
8991109--8991297	96	2.0	96	97	0	360	23	18	17	40	1.91
8997307--8997504	100	2.0	100	100	0	396	33	13	20	32	1.92
9004931--9005093	40	4.1	40	89	3	222	22	23	29	24	1.99
9008220--9008308	21	4.1	22	74	11	85	15	24	22	37	1.93
9009341--9009384	21	2.1	21	82	0	52	34	15	45	4	1.67
9022575--9022669	37	2.6	37	89	0	136	30	30	16	22	1.96
9022670--9022880	114	1.9	114	100	0	422	33	24	7	35	1.83
9022977--9023218	47	5.1	47	85	4	331	26	30	11	31	1.92
9022977--9023218	98	2.5	96	89	2	353	26	30	11	31	1.92
9025398--9025748	85	4.1	86	99	0	679	26	27	8	37	1.85
9025398--9025748	171	2.1	171	98	1	677	26	27	8	37	1.85
9026491--9026548	25	2.7	19	73	26	62	51	15	8	24	1.71
9029332--9029537	40	5.2	40	80	2	218	27	27	21	23	1.99
9032990--9033119	66	1.9	68	85	7	183	33	16	30	20	1.94
9039760--9039884	39	3.2	39	80	2	117	36	29	16	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9050061--9050119	15	3.8	15	76	10	57	32	22	6	38	1.80
9050733--9050762	13	2.3	13	100	0	60	53	26	0	20	1.46
9054940--9055002	26	2.4	26	83	0	81	17	15	26	39	1.90
9054989--9055088	29	3.5	29	79	2	103	27	15	25	33	1.95
9055089--9055142	28	1.9	28	88	0	81	33	14	27	24	1.94
9061061--9061104	20	2.1	21	87	4	63	43	15	13	27	1.85
9066786--9067652	40	21.7	40	99	0	1673	22	20	25	31	1.98
9071876--9072187	47	6.6	46	74	9	231	22	30	20	26	1.98
9090144--9090181	18	2.1	18	100	0	76	47	0	21	31	1.51
9091152--9091354	55	3.8	54	79	1	201	37	18	24	19	1.94
9091162--9091357	53	3.6	53	80	2	140	36	17	25	20	1.95
9112720--9112943	40	5.7	40	86	7	273	24	22	27	25	2.00
9112720--9112943	79	2.8	80	85	8	287	24	22	27	25	2.00
9112773--9112976	79	2.6	79	84	5	227	25	21	27	25	1.99
9120604--9120656	26	2.0	26	82	7	63	71	1	0	26	0.96
9129985--9130154	56	3.0	56	99	0	331	50	11	11	27	1.73
9134819--9134946	48	2.7	48	85	0	148	25	21	25	26	2.00
9136208--9136253	23	2.0	23	91	0	74	39	17	23	19	1.92
9147292--9147332	21	2.0	21	90	0	64	43	0	19	36	1.51
9147859--9147908	24	2.1	24	100	0	100	16	28	24	32	1.96
9147917--9147962	24	1.9	24	90	0	74	23	19	15	41	1.89
9149906--9150042	40	3.4	39	77	12	143	28	29	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9153922--9154097	46	3.8	46	76	12	189	28	27	21	22	1.99
9153931--9154101	93	1.8	93	92	0	288	28	27	22	22	1.99
9159596--9159645	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
9163431--9163602	46	3.7	45	78	10	186	21	19	28	30	1.98
9163428--9163598	93	1.8	93	92	0	288	21	19	29	29	1.98
9163667--9163888	111	2.0	111	97	0	417	34	11	25	29	1.90
9168425--9168514	45	2.0	45	91	0	144	37	17	26	17	1.93
9168804--9168919	58	2.0	58	87	0	169	31	14	24	30	1.95
9170222--9170490	46	5.7	45	73	16	167	26	16	29	26	1.97
9170364--9170488	47	2.6	47	85	7	146	25	17	29	27	1.98
9173613--9173768	41	3.6	43	88	9	169	25	28	17	28	1.97
9173605--9173862	46	5.7	44	78	14	188	24	28	18	28	1.98
9179851--9180038	72	2.6	72	85	5	227	24	19	26	29	1.98
9186765--9186938	72	2.4	72	84	3	208	25	17	26	30	1.97
9189884--9189936	27	2.0	26	96	3	97	52	1	0	45	1.11
9190047--9190104	25	2.3	25	81	0	62	41	5	1	51	1.34
9190062--9190104	16	2.6	16	85	3	50	39	0	2	58	1.11
9198752--9198800	19	2.6	19	96	0	89	51	4	18	26	1.64
9199520--9199614	46	2.1	46	89	0	145	62	10	4	23	1.45
9209992--9210186	97	2.0	98	94	1	347	37	17	6	38	1.75
9210295--9210474	90	2.0	90	97	0	342	31	22	7	38	1.82
9213657--9213696	21	2.1	19	86	13	55	25	30	37	7	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9214860--9214974	46	2.5	46	81	8	117	26	29	14	28	1.95
9229060--9229126	28	2.4	28	89	0	107	16	35	22	25	1.94
9234955--9235117	24	6.7	24	70	12	91	32	29	12	25	1.93
9242994--9243041	25	1.9	25	100	0	96	25	29	8	37	1.85
9247691--9247724	11	3.2	11	83	8	52	35	20	11	32	1.89
9247682--9247724	21	2.0	21	95	0	77	37	18	11	32	1.87
9247761--9247811	25	2.0	25	88	0	75	27	19	23	29	1.98
9255539--9255596	21	2.8	21	94	0	98	34	18	17	29	1.94
9255538--9255591	11	5.1	11	86	8	85	29	18	18	33	1.95
9255633--9255681	25	2.0	25	88	8	73	28	16	22	32	1.95
9263403--9263505	37	2.8	37	92	2	172	22	32	21	24	1.98
9263675--9263885	48	4.5	48	92	3	329	28	30	8	32	1.86
9263675--9263885	93	2.2	95	88	2	327	28	30	8	32	1.86
9263867--9263904	20	1.9	20	100	0	76	18	31	15	34	1.92
9263719--9264115	161	2.5	162	89	2	609	27	29	9	33	1.88
9263819--9263952	68	2.0	68	92	0	223	25	29	11	33	1.92
9263884--9264044	48	3.4	48	95	0	286	27	27	8	36	1.86
9264024--9264063	19	2.1	19	90	0	62	20	35	12	32	1.90
9263976--9264179	67	3.0	67	89	0	327	26	29	9	33	1.89
9264098--9264135	20	1.9	20	100	0	76	18	31	15	34	1.92
9263980--9264184	68	3.0	68	89	0	331	26	30	9	33	1.89
9270289--9270338	23	2.0	26	81	11	61	22	26	10	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9282700--9282734	17	2.1	17	100	0	70	71	5	11	11	1.30
9293334--9293541	53	3.9	52	79	5	209	38	19	10	30	1.86
9293313--9293539	80	2.8	80	84	5	257	39	19	10	29	1.86
9293313--9293543	27	8.7	27	79	6	211	38	20	10	29	1.86
9293527--9293919	27	14.6	27	83	3	409	37	18	18	25	1.93
9293337--9293542	107	1.9	108	84	3	256	39	20	10	30	1.85
9293527--9293908	81	4.7	79	84	5	462	37	17	18	25	1.93
9294502--9294582	27	3.0	27	80	8	94	18	23	20	37	1.94
9294663--9294773	31	3.6	31	92	0	186	19	15	16	48	1.81
9294663--9294787	6	20.3	6	70	16	87	20	15	16	48	1.81
9296730--9297040	27	11.7	26	73	9	164	39	19	11	28	1.87
9296730--9296956	80	2.8	80	84	5	266	40	18	10	30	1.84
9296725--9296960	27	8.9	27	75	4	167	39	19	9	30	1.84
9296944--9297326	27	14.3	27	82	1	437	37	18	19	25	1.94
9297611--9297659	20	2.5	20	72	0	53	12	16	30	40	1.85
9297682--9297733	22	2.4	22	80	0	59	21	25	21	32	1.98
9297891--9297971	27	3.0	27	80	8	94	19	22	20	37	1.95
9298091--9298201	31	3.6	31	87	0	159	23	15	12	48	1.79
9298091--9298215	6	20.3	6	66	19	53	23	15	12	48	1.79
9303421--9303461	17	2.4	17	91	0	73	46	7	4	41	1.53
9305686--9305735	20	2.3	20	80	10	55	26	6	12	56	1.58
9306916--9306956	18	2.2	19	86	13	66	53	4	31	9	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9306921--9306956	18	2.0	18	100	0	72	50	5	33	11	1.61
9310084--9310209	45	2.9	44	76	9	114	30	27	18	23	1.98
9316253--9316366	59	1.9	59	98	0	219	28	10	28	32	1.90
9321574--9321615	19	2.2	19	100	0	84	30	9	35	23	1.87
9336278--9336341	33	1.9	33	96	0	119	42	4	10	42	1.61
9338255--9338452	39	5.1	39	94	0	333	24	23	29	22	1.99
9347684--9347905	94	2.3	94	81	7	236	29	17	29	23	1.97
9359477--9359526	23	2.2	23	86	13	68	42	18	14	26	1.87
9359577--9359686	27	4.1	25	81	6	76	30	14	20	35	1.92
9359614--9359911	27	11.1	27	87	1	411	37	16	14	30	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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