genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.270.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90739281--90739671	25	15.6	25	100	0	782	23	15	27	32	1.95
90741764--90741870	28	3.8	28	87	0	133	34	12	24	28	1.91
90741764--90741870	56	1.9	56	86	0	151	34	12	24	28	1.91
90741982--90742110	44	3.0	43	81	10	138	26	19	28	25	1.99
90742043--90742190	40	3.6	41	73	5	138	27	18	29	24	1.98
90746107--90746300	21	9.2	21	73	9	126	44	16	21	17	1.86
90746183--90746317	21	6.4	21	75	10	87	44	16	22	17	1.86
90746189--90746313	42	3.0	42	82	2	144	44	16	22	16	1.87
90748430--90748491	30	2.1	29	90	3	97	25	3	11	59	1.46
90749330--90749366	19	1.9	19	94	0	65	29	21	0	48	1.50
90753456--90753493	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
90754267--90754326	30	2.0	30	87	6	86	31	25	6	36	1.82
90760569--90760655	44	2.0	44	97	0	165	34	14	17	33	1.91
90761118--90761284	46	3.6	46	77	13	164	30	27	19	22	1.98
90761119--90761289	93	1.8	93	89	2	272	30	27	20	21	1.98
90761708--90761768	30	2.0	30	90	0	95	31	24	8	36	1.85
90763787--90763819	8	4.1	8	85	14	50	48	12	27	12	1.76
90763790--90763825	16	2.3	16	95	4	65	55	11	22	11	1.66
90771471--90771542	35	2.1	35	100	0	144	26	27	8	37	1.85
90771506--90771929	48	9.1	48	87	8	624	31	27	6	34	1.82
90771424--90771590	83	2.0	83	91	2	273	29	27	7	35	1.83
90771612--90771689	37	2.1	37	97	0	147	30	26	7	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90775564--90775889	40	8.1	40	89	2	476	25	27	20	25	1.99
90777376--90777665	48	6.0	48	89	2	422	31	27	5	35	1.81
90777376--90777665	144	2.0	144	93	0	490	31	27	5	35	1.81
90777771--90777868	49	2.0	49	95	0	178	47	16	9	26	1.76
90780880--90780957	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
90780910--90781237	174	1.9	174	96	0	611	30	14	24	30	1.95
90783686--90783724	19	2.1	19	100	0	78	48	5	10	35	1.59
90786183--90786228	24	1.9	24	86	8	67	45	15	13	26	1.82
90786276--90786335	27	2.2	27	84	0	75	25	18	15	41	1.89
90789114--90789158	20	2.3	19	85	7	63	75	2	0	22	0.91
90792629--90792952	56	5.8	56	91	2	499	33	25	13	26	1.94
90792602--90792987	168	2.3	168	85	1	524	33	25	14	26	1.94
90792934--90793028	43	2.2	43	90	0	145	31	26	16	25	1.97
90804548--90804811	46	5.7	45	72	15	180	28	28	20	22	1.98
90804555--90804806	93	2.7	93	88	0	378	28	28	19	22	1.98
90804609--90804768	47	3.4	47	74	14	168	26	28	20	23	1.99
90808310--90808386	27	2.8	26	81	9	91	41	20	22	15	1.90
90808363--90808408	23	2.0	24	86	4	67	36	17	23	21	1.94
90809834--90809880	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
90814354--90814378	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
90814360--90814437	28	2.7	29	76	11	72	32	5	3	58	1.38
90818496--90818610	45	2.6	45	94	1	196	26	26	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90826246--90826340	47	2.0	47	100	0	190	42	16	12	28	1.85
90826740--90826867	45	2.9	44	86	4	170	25	28	21	24	1.99
90827366--90827396	16	1.9	16	93	0	53	80	6	0	12	0.89
90828691--90828742	19	2.6	21	84	9	72	28	7	1	61	1.34
90828653--90828716	25	2.5	25	85	7	76	32	4	1	60	1.26
90828691--90828802	17	6.7	17	70	17	67	30	5	0	63	1.23
90828707--90828802	30	3.0	30	77	19	106	31	5	0	63	1.16
90828754--90828846	26	3.6	26	67	17	68	34	1	2	62	1.14
90828735--90828793	14	4.1	14	73	25	52	32	3	0	64	1.10
90828992--90829043	21	2.6	20	72	6	52	30	5	1	61	1.30
90835767--90835934	40	4.2	40	85	5	216	25	23	27	23	2.00
90839661--90839706	18	2.5	19	82	10	60	19	15	30	34	1.93
90840489--90840638	41	3.7	41	85	1	221	20	23	28	28	1.99
90850993--90851406	222	1.9	222	98	0	810	42	7	19	29	1.79
90851584--90851856	41	6.7	41	91	0	431	20	21	28	30	1.98
90857201--90857253	19	2.6	21	82	14	67	28	5	1	64	1.27
90857163--90857226	24	2.5	25	85	7	76	32	3	1	62	1.20
90857214--90857294	17	4.8	17	71	11	60	30	6	0	62	1.19
90857190--90857333	7	23.8	6	66	22	54	30	3	1	64	1.18
90857307--90857353	18	2.6	18	80	6	51	27	0	6	65	1.16
90857497--90857553	21	2.9	20	72	10	55	31	5	1	61	1.28
90858796--90858885	30	3.1	29	75	7	83	35	18	17	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90859621--90859670	20	2.5	20	78	12	57	10	30	20	40	1.85
90860757--90860817	27	2.3	27	82	0	77	37	22	8	31	1.84
90860990--90861845	285	3.0	285	99	0	1667	26	18	27	27	1.98
90862095--90862146	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
90862185--90862244	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
90871684--90871709	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
90874885--90875004	55	2.2	55	82	5	136	21	26	30	21	1.99
90879694--90880006	27	11.6	27	75	5	175	32	9	19	38	1.84
90879682--90879979	54	5.5	52	76	6	193	31	9	19	39	1.84
90879784--90879979	81	2.4	81	88	2	279	30	8	21	39	1.84
90892598--90892797	46	4.3	47	78	7	169	24	19	20	36	1.95
90892723--90892812	23	3.9	23	92	4	137	26	22	16	34	1.95
90893136--90893205	34	2.1	34	100	0	140	31	17	17	34	1.93
90893151--90893208	17	3.4	17	68	17	57	32	18	15	32	1.93
90895290--90895327	20	1.9	20	88	0	58	28	10	13	47	1.76
90898109--90898267	79	2.0	78	92	1	264	34	27	5	33	1.79
90902720--90902864	29	5.1	29	72	13	104	25	33	13	27	1.94
90902717--90902856	57	2.5	57	79	9	160	26	32	14	26	1.94
90905179--90905284	43	2.5	42	86	6	149	33	26	15	24	1.95
90905190--90905284	43	2.2	43	94	0	163	35	25	15	23	1.94
90910845--90911066	48	4.6	47	78	10	191	29	30	15	25	1.96
90910891--90911072	48	3.8	48	81	4	242	29	29	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90918440--90918561	6	19.8	6	70	14	70	48	11	18	21	1.79
90918440--90918561	37	3.4	36	76	15	128	48	11	18	21	1.79
90918452--90918561	31	3.4	31	79	7	103	47	11	19	21	1.81
90918738--90919043	67	4.6	67	97	0	558	30	21	29	19	1.97
90918844--90918894	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
90918911--90918961	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
90918978--90919028	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
90919263--90919502	27	8.9	27	88	0	291	40	6	21	30	1.79
90919263--90919502	81	3.0	81	85	1	338	40	6	21	30	1.79
90919516--90919574	27	2.2	27	90	0	91	30	22	15	32	1.94
90921460--90921637	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
90921461--90921616	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
90921457--90921637	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
90927607--90927721	57	2.0	57	91	3	187	32	20	25	21	1.98
90928296--90928373	39	2.0	39	97	0	147	21	32	20	25	1.98
90929139--90929306	85	2.0	85	95	0	300	35	10	22	30	1.88
90929869--90930046	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
90929870--90930025	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
90929866--90930046	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
90929951--90930057	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
90933136--90933312	40	4.4	40	79	7	191	25	27	22	24	1.99
90933136--90933312	80	2.2	79	85	6	225	25	27	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90942541--90942573	17	1.9	17	93	0	57	9	21	0	69	1.15
90943653--90943768	28	4.2	28	83	2	146	19	23	21	35	1.96
90949642--90949818	46	3.8	46	73	8	126	20	27	22	29	1.98
90951565--90951602	19	2.0	20	85	15	53	39	0	21	39	1.53
90958752--90959634	93	9.5	93	99	0	1757	23	20	27	28	1.99
90967495--90967541	22	2.0	23	84	8	60	59	6	12	21	1.55
90969416--90969440	13	1.9	13	100	0	50	8	32	36	24	1.84
90983997--90984179	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
90993844--90994066	27	8.3	27	82	2	241	26	20	18	34	1.95
90993852--90994066	81	2.7	80	83	2	268	26	21	18	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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