genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2511322--2511410	9	10.5	8	77	12	63	82	2	13	2	0.87
2511309--2511385	27	3.0	25	83	14	95	87	5	5	2	0.75
2511309--2511385	18	4.4	17	77	12	75	87	5	5	2	0.75
2511312--2511410	25	3.9	25	80	9	85	81	4	12	2	0.91
2511309--2511385	1	77.0	1	73	0	64	87	5	5	2	0.75
2511349--2511410	8	7.3	9	78	12	69	80	0	19	0	0.71
2512277--2513244	206	4.7	206	93	0	1528	30	18	21	29	1.97
2513207--2513289	43	1.9	44	85	2	114	33	16	24	25	1.96
2514838--2514906	26	2.7	27	78	13	74	37	1	1	59	1.15
2514896--2514970	23	3.0	24	78	20	75	30	5	4	60	1.38
2514874--2515030	26	6.5	24	71	21	73	33	5	1	58	1.33
2514915--2514997	26	3.4	24	76	15	80	31	7	1	60	1.32
2519061--2519113	27	2.0	27	88	7	81	32	26	24	16	1.97
2519692--2519812	41	3.0	41	86	0	179	33	28	15	22	1.95
2520061--2520119	27	2.2	27	87	0	82	35	15	16	32	1.90
2520069--2520418	27	13.0	26	79	7	240	31	10	18	40	1.84
2520069--2520418	54	6.5	54	77	6	291	31	10	18	40	1.84
2523088--2523147	27	2.2	27	82	5	68	33	23	23	20	1.97
2523836--2523861	11	2.4	11	100	0	52	34	0	15	50	1.45
2524779--2524959	40	4.6	40	89	3	260	26	26	22	24	2.00
2526858--2527021	41	4.0	41	91	1	258	27	30	20	21	1.98
2527269--2527323	27	2.0	27	85	0	74	32	12	18	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2527281--2527621	27	12.6	27	78	8	196	31	10	18	39	1.85
2527371--2527682	27	11.6	27	77	8	122	31	13	17	37	1.88
2527530--2527685	54	2.9	52	80	7	152	32	16	17	33	1.92
2529849--2529918	26	2.6	27	84	4	79	31	7	22	38	1.81
2529862--2529918	26	2.1	27	90	3	89	33	8	19	38	1.82
2529907--2529983	27	2.9	27	92	0	118	28	23	15	32	1.95
2532830--2532942	23	4.8	24	72	10	92	37	17	18	26	1.93
2532887--2532949	23	2.7	23	75	4	65	36	22	17	23	1.95
2548091--2548262	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
2548084--2548259	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
2553898--2553940	19	2.3	19	84	8	52	46	9	0	44	1.35
2556425--2556550	27	4.7	27	68	5	76	33	19	17	29	1.95
2567644--2567701	25	2.4	24	83	11	66	39	22	17	20	1.92
2578619--2578675	29	2.0	29	86	6	80	47	0	3	49	1.18
2579751--2579828	36	2.2	35	86	6	104	53	1	0	44	1.08
2579745--2579823	30	2.6	30	84	7	90	51	1	0	46	1.08
2585090--2585131	14	2.9	15	79	13	52	40	2	19	38	1.64
2585270--2585423	43	3.6	43	75	8	154	25	18	28	27	1.98
2595794--2595835	14	2.9	15	79	13	52	40	2	19	38	1.64
2595974--2596127	43	3.6	43	72	11	138	22	16	30	30	1.96
2595974--2596095	41	2.9	43	76	12	137	22	16	30	31	1.96
2599157--2600141	27	36.6	27	73	9	598	39	21	9	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2599237--2600061	108	7.7	108	83	4	929	39	21	9	29	1.86
2602229--2602443	27	8.0	27	85	2	270	35	19	21	23	1.96
2602232--2602433	81	2.5	81	89	1	316	36	20	20	22	1.95
2602629--2602698	25	2.8	25	93	4	115	28	24	21	25	1.99
2604917--2605530	27	22.7	27	77	4	522	40	21	8	29	1.83
2604917--2605530	81	7.6	81	80	4	589	40	21	8	29	1.83
2605486--2605700	27	8.0	27	85	1	234	34	19	20	25	1.96
2605521--2605704	54	3.4	54	90	0	271	34	17	22	24	1.96
2605509--2605700	81	2.4	81	85	0	258	34	18	22	24	1.96
2615089--2615244	43	3.7	42	84	2	197	27	16	26	30	1.96
2615087--2615246	86	1.9	85	89	3	250	26	15	26	30	1.96
2621402--2621427	11	2.4	11	100	0	52	15	0	0	84	0.62
2628580--2628630	13	3.9	13	97	0	93	17	39	27	15	1.90
2646826--2646943	43	2.7	43	79	7	132	30	25	17	26	1.97
2652663--2652888	50	4.5	50	80	9	212	25	15	26	32	1.96
2652659--2652888	101	2.3	99	84	4	275	25	16	26	31	1.96
2652987--2653038	25	2.0	26	81	11	61	40	1	21	36	1.64
2657888--2657912	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
2658630--2658947	47	6.7	46	71	13	204	27	19	29	23	1.99
2658630--2658806	94	1.9	93	82	8	225	24	20	31	24	1.98
2661677--2661728	27	1.9	27	92	0	86	44	13	19	23	1.86
2663287--2663373	43	2.0	43	97	0	165	40	4	17	37	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2665719--2665756	19	2.0	19	89	0	58	63	0	0	36	0.95
2676647--2676688	21	2.0	21	100	0	84	52	14	0	33	1.42
2676660--2676692	13	2.5	13	85	14	50	54	15	0	30	1.41
2681914--2682098	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
2681895--2682098	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
2683772--2683812	20	2.0	20	90	0	64	24	34	24	17	1.96
2683830--2683993	43	3.8	43	78	7	147	27	26	20	26	1.99
2683830--2683993	86	1.9	86	80	5	188	27	26	20	26	1.99
2691569--2691696	41	3.1	40	82	4	139	36	16	25	21	1.94
2720255--2720282	6	4.7	6	100	0	56	67	0	17	14	1.22
2726237--2726290	16	3.4	16	76	19	67	33	14	16	35	1.90
2734946--2734988	15	2.9	15	92	0	68	16	13	13	55	1.69
2740195--2740273	37	2.2	37	95	2	142	32	10	12	44	1.76
2742751--2742829	31	2.5	31	93	0	140	26	26	17	29	1.98
2742853--2742944	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
2744002--2744344	27	12.7	27	75	6	268	30	8	20	40	1.82
2744004--2744319	105	3.0	105	88	4	420	30	8	20	40	1.83
2744009--2744344	54	6.2	54	76	8	308	30	8	19	40	1.82
2744336--2744513	27	6.6	27	85	6	191	43	8	19	28	1.81
2744338--2744513	54	3.3	54	82	3	221	43	9	19	28	1.81
2744525--2744596	27	2.6	27	80	6	74	36	9	15	38	1.80
2749099--2749140	22	1.9	22	85	9	59	47	14	0	38	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2772041--2772079	10	3.8	10	90	6	60	33	15	17	33	1.92
2772040--2772079	21	1.9	21	94	0	71	35	15	17	32	1.91
2777144--2777178	18	1.9	18	88	0	52	40	17	22	20	1.92
2777523--2777790	27	9.9	27	82	1	286	41	19	14	24	1.89
2777523--2777772	109	2.3	107	82	3	295	42	20	14	23	1.89
2783863--2783948	19	4.5	19	75	7	75	41	20	6	30	1.79
2784132--2784187	24	2.4	23	77	11	60	41	17	25	16	1.89
2784144--2784194	24	2.1	24	85	0	66	43	15	21	19	1.88
2787441--2787465	13	1.9	13	100	0	50	32	0	20	48	1.50
2791470--2791550	41	2.0	41	83	7	103	29	13	27	29	1.94
2805647--2805675	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
2808362--2808477	58	2.0	58	100	0	232	43	10	18	27	1.83
2814810--2814922	60	1.9	59	87	5	156	27	27	19	25	1.99
2814810--2814961	60	2.5	59	78	11	150	29	25	19	26	1.98
2824857--2824910	27	2.0	27	100	0	108	18	33	3	44	1.67
2826351--2826394	21	2.2	20	88	8	63	15	34	34	15	1.90
2826358--2826402	21	2.1	21	95	0	81	15	28	35	20	1.93
2831295--2831408	44	2.6	44	77	9	117	28	18	24	28	1.98
2833041--2833075	16	2.1	17	89	5	54	42	11	2	42	1.55
2834559--2834717	86	1.9	84	87	9	232	45	5	1	47	1.37
2834715--2834748	16	2.1	16	88	5	50	52	0	0	47	1.00
2834724--2834784	19	3.0	20	76	11	63	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2834929--2835108	59	3.1	58	79	8	179	22	16	13	48	1.80
2837012--2837135	59	2.1	58	83	5	160	49	9	12	29	1.72
2839358--2839457	50	2.0	50	100	0	200	38	16	20	26	1.92
2846882--2846906	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
2850737--2850889	56	2.8	56	82	8	163	20	18	32	28	1.96
2852312--2852388	23	3.5	23	72	13	81	20	31	29	18	1.96
2855623--2855870	107	2.3	107	80	1	273	33	25	15	26	1.95
2864363--2864396	6	5.7	6	85	0	50	47	17	20	14	1.83
2864380--2864472	39	2.4	39	81	0	114	39	18	19	22	1.92
2865523--2865559	17	2.1	17	90	10	56	16	5	2	75	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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