genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79246192--79246293	54	1.9	53	86	6	143	17	23	21	37	1.94
79246453--79246549	6	15.8	6	73	16	74	20	18	14	46	1.84
79246430--79246532	31	3.3	31	91	1	152	19	17	13	49	1.79
79246443--79246565	31	4.0	31	84	3	151	20	17	13	47	1.81
79248435--79248487	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
79249971--79250035	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
79251503--79251616	27	4.2	27	88	2	149	41	19	8	30	1.82
79251612--79252112	27	18.6	27	89	0	723	34	21	20	23	1.97
79252557--79252621	22	3.0	22	75	8	69	21	23	21	33	1.97
79252780--79252881	27	3.8	27	83	5	125	17	23	21	37	1.94
79252780--79252881	54	1.9	53	86	6	143	17	23	21	37	1.94
79253041--79253137	6	15.8	6	73	16	74	20	18	14	46	1.84
79253018--79253120	31	3.3	31	91	1	152	19	17	13	49	1.79
79253031--79253153	31	4.0	31	84	3	151	20	17	13	47	1.81
79255023--79255075	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
79256559--79256623	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
79258091--79258204	27	4.2	27	88	2	149	41	19	8	30	1.82
79258200--79258258	27	2.2	27	90	0	91	35	20	18	25	1.95
79264719--79264783	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
79266252--79266379	27	4.7	27	84	0	139	38	21	10	30	1.86
79266361--79266905	27	20.3	27	86	0	734	33	21	20	24	1.97
79267336--79267400	22	3.0	22	78	13	62	20	24	21	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79267559--79267660	27	3.8	27	87	5	134	18	23	22	35	1.96
79267808--79267865	19	3.4	19	67	30	58	18	15	17	48	1.82
79267797--79267907	6	17.8	6	70	17	75	19	17	13	49	1.79
79267797--79267907	31	3.5	31	90	1	150	19	17	13	49	1.79
79274001--79274193	5	38.6	5	100	0	386	40	0	0	59	0.97
79276179--79276216	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
79276445--79276612	46	3.6	45	76	12	162	29	27	19	22	1.98
79276446--79276616	93	1.8	93	89	0	270	29	28	19	22	1.98
79279383--79279409	14	1.9	14	100	0	54	7	0	14	77	0.97
79284439--79284664	40	5.7	40	87	4	271	26	22	26	25	2.00
79284492--79284697	80	2.6	79	81	9	206	28	20	26	24	1.99
79289934--79290202	47	5.8	46	80	13	243	23	30	19	27	1.98
79289933--79290204	94	2.9	93	80	12	299	23	30	19	27	1.98
79289934--79290199	140	1.9	140	82	11	339	22	30	19	27	1.98
79290913--79290937	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
79291153--79291528	188	2.0	188	97	0	716	31	22	10	34	1.89
79293417--79293459	17	2.5	17	96	0	77	23	39	23	13	1.90
79296212--79296326	41	2.9	38	74	6	106	23	20	26	29	1.98
79296637--79296695	26	2.3	25	80	8	66	52	3	18	25	1.61
79299860--79300037	27	6.6	27	83	3	196	26	15	28	29	1.96
79299861--79300016	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
79299857--79300037	82	2.2	81	83	2	229	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79317665--79317731	34	1.9	35	84	3	91	46	7	8	37	1.64
79325952--79326008	22	2.5	24	74	11	64	61	7	0	31	1.23
79335703--79335970	40	6.7	40	93	0	446	22	26	20	31	1.98
79337076--79337492	209	2.0	209	99	0	816	38	22	9	29	1.85
79340915--79341720	403	2.0	403	98	0	1540	25	28	17	28	1.98
79344499--79344622	61	2.0	62	90	3	196	42	20	11	25	1.85
79344700--79344879	90	2.0	90	98	1	353	28	20	17	33	1.95
79344964--79345146	40	4.6	39	83	4	188	27	27	20	25	1.99
79348036--79348217	40	4.6	40	90	2	278	22	22	26	28	1.99
79353797--79353965	9	18.9	9	77	9	150	32	1	20	46	1.58
79353836--79353965	35	3.6	35	80	11	136	32	0	21	45	1.57
79356901--79356941	19	2.2	19	90	0	64	39	0	36	24	1.56
79357248--79357463	73	2.9	75	69	12	183	32	21	17	28	1.96
79357996--79358081	22	3.8	23	77	10	63	25	1	25	47	1.59
79358090--79358172	14	5.9	14	71	10	53	22	2	33	40	1.67
79358099--79358170	21	3.5	20	78	16	83	20	2	33	43	1.67
79360877--79361087	41	5.2	41	77	7	178	27	20	20	32	1.97
79360918--79361087	82	2.1	81	84	5	218	26	21	20	31	1.98
79362980--79363012	16	1.9	18	88	11	52	48	30	3	18	1.63
79363235--79363273	20	1.9	21	89	5	62	35	23	0	41	1.55
79376615--79376660	11	4.1	11	88	5	65	54	6	2	36	1.39
79376615--79376660	23	2.0	22	87	4	65	54	6	2	36	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79376891--79376979	20	4.7	19	70	14	69	26	0	7	65	1.20
79376860--79376977	56	2.1	56	92	1	193	24	0	11	62	1.34
79379899--79379949	23	2.3	22	86	13	77	66	3	0	29	1.09
79395691--79396123	82	5.3	81	85	3	521	44	12	12	31	1.78
79396824--79396870	16	2.9	17	78	9	53	57	10	6	25	1.56
79397831--79397875	20	2.2	20	80	0	54	42	20	11	26	1.85
79402208--79402318	27	4.1	26	91	4	150	35	22	22	19	1.96
79410132--79410245	27	4.2	27	81	9	126	35	20	22	21	1.96
79416871--79417022	27	5.6	27	92	3	223	30	28	14	26	1.95
79416871--79417047	55	3.2	55	89	0	255	31	29	14	25	1.94
79420248--79420277	16	1.9	16	93	6	53	36	13	6	43	1.70
79431217--79431281	19	3.8	17	76	17	62	35	0	3	61	1.12
79431220--79431283	25	2.7	24	86	11	80	35	0	3	60	1.12
79431217--79431283	5	14.2	5	79	17	72	35	0	2	61	1.12
79431438--79431561	61	2.0	61	95	0	221	64	6	22	6	1.40
79437677--79437840	40	4.1	40	88	1	222	23	24	27	25	2.00
79449583--79449747	87	1.9	88	92	1	278	59	6	6	27	1.47
79451338--79451420	38	2.2	39	95	4	152	50	3	31	14	1.60
79452109--79452191	41	2.0	41	92	0	139	18	18	21	42	1.90
79454864--79454894	5	6.2	5	100	0	62	58	0	0	41	0.98
79470017--79470083	34	2.0	33	88	8	100	25	23	19	31	1.98
79470035--79470100	34	1.9	34	84	0	87	27	22	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79486227--79486464	49	4.8	49	84	2	287	26	17	26	29	1.98
79486225--79486464	99	2.4	100	83	2	313	26	17	26	29	1.98
79488074--79488107	14	2.4	14	90	5	50	47	20	2	29	1.65
79488070--79488107	15	2.6	15	87	4	60	47	18	5	28	1.70
79491693--79491784	44	2.1	44	82	8	107	28	26	16	29	1.97
79494220--79494332	29	4.0	30	77	8	112	25	30	13	30	1.94
79496692--79496716	12	2.1	12	100	0	50	40	28	8	24	1.83
79497975--79498058	41	2.0	42	88	6	127	39	15	25	20	1.91
79504776--79504835	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
79512225--79512284	30	2.0	30	83	0	75	31	23	6	38	1.81
79517431--79517484	26	2.1	26	100	0	108	35	35	7	22	1.82
79528083--79528160	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
79528219--79528643	213	2.0	213	99	0	841	30	10	25	32	1.90
79531494--79531525	3	10.7	3	100	0	64	0	65	0	34	0.93
79535690--79535756	35	1.9	35	84	0	89	7	19	32	40	1.79
79536624--79536668	22	2.0	23	82	4	56	35	2	20	42	1.64
79540396--79540495	53	1.9	52	83	6	130	40	0	8	52	1.31
79540845--79540885	21	1.9	22	90	5	66	53	0	7	39	1.29
79540953--79540986	16	2.1	16	88	0	50	50	0	2	47	1.16
79543085--79543143	17	3.4	17	83	4	73	55	0	15	28	1.40
79545140--79545188	13	3.7	13	78	10	55	40	0	6	53	1.26
79545898--79545948	21	2.5	20	87	6	75	50	11	1	35	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79546016--79546041	5	5.2	5	100	0	52	57	0	0	42	0.98
79546856--79546892	19	2.1	18	90	10	58	59	0	0	40	0.97
79546859--79546905	24	2.0	24	83	8	60	61	0	0	38	0.96
79547306--79547345	21	2.0	21	85	9	57	35	0	2	62	1.09
79547525--79547560	12	3.0	12	87	0	54	33	13	22	30	1.93
79549170--79549219	18	2.8	18	78	6	57	38	18	4	40	1.69
79552792--79552821	14	2.1	14	100	0	60	46	10	36	6	1.64
79557006--79557226	48	4.6	48	85	2	291	26	20	25	27	1.99
79563153--79563470	48	6.7	47	75	14	226	25	29	17	27	1.97
79563150--79563513	47	7.7	47	74	14	272	25	29	17	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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