genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.276.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92763456--92763553	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
92764004--92764033	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
92785493--92785599	43	2.5	43	83	3	126	26	14	25	33	1.95
92788317--92788492	46	3.8	45	78	11	187	21	20	28	29	1.98
92788313--92788484	93	1.8	93	91	2	283	20	20	29	28	1.98
92792208--92792353	38	3.8	38	82	5	168	34	27	19	18	1.95
92809390--92809424	17	2.1	17	94	0	61	22	0	37	40	1.55
92814748--92814863	43	2.7	42	85	7	137	25	15	26	31	1.96
92820208--92820246	19	2.0	20	90	5	62	33	0	17	48	1.48
92828489--92828527	19	2.0	20	85	5	53	35	2	20	41	1.66
92835688--92835845	49	3.3	48	75	10	151	25	26	18	29	1.98
92835687--92835890	93	2.2	92	83	9	243	25	27	19	27	1.99
92835765--92836029	92	2.8	93	80	10	240	22	28	20	29	1.98
92835851--92836029	46	3.8	46	85	2	234	21	29	20	29	1.98
92835855--92836029	92	1.9	94	87	3	264	21	29	20	29	1.98
92840717--92840827	42	2.6	42	86	0	141	29	27	17	26	1.97
92840627--92840791	90	1.8	90	84	5	226	25	27	19	27	1.99
92843248--92843289	20	2.1	20	86	0	57	50	2	2	45	1.27
92843846--92843891	24	1.9	24	90	0	74	36	2	4	56	1.31
92845050--92845080	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
92849160--92849327	43	4.0	42	80	7	178	23	17	27	32	1.96
92849173--92849319	43	3.5	42	83	3	179	23	17	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92854167--92854218	20	2.6	19	88	8	77	42	17	13	26	1.86
92856016--92856053	18	2.1	18	90	0	58	13	50	23	13	1.76
92859065--92859120	20	2.8	20	81	8	69	62	1	0	35	1.06
92860738--92860777	20	2.0	21	85	5	55	60	0	0	40	0.97
92868372--92868544	83	2.1	83	94	0	301	30	7	25	36	1.83
92874642--92874817	46	3.8	45	77	12	196	28	28	19	22	1.98
92874650--92874821	93	1.8	93	91	2	283	27	29	20	22	1.98
92875790--92875943	81	1.9	81	94	2	274	29	18	16	34	1.94
92883848--92883941	47	2.0	47	97	0	179	53	7	15	23	1.68
92884084--92884121	3	12.7	3	94	0	67	31	31	0	36	1.58
92886036--92886099	20	3.2	19	71	8	56	67	0	1	31	1.00
92891951--92891995	21	2.1	21	84	15	58	46	13	6	33	1.69
92899317--92899537	40	5.6	41	85	8	298	24	22	26	26	2.00
92899765--92899806	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
92901073--92901756	342	2.0	342	100	0	1368	28	24	15	31	1.96
92944214--92944289	38	2.0	38	92	0	125	25	1	36	36	1.64
92960176--92960445	47	5.8	48	77	9	222	22	29	19	28	1.98
92967584--92967620	19	1.9	19	88	0	56	48	10	5	35	1.61
92968205--92968269	33	2.0	33	85	11	89	32	12	24	30	1.92
92968058--92968275	105	2.1	101	79	5	231	32	14	24	28	1.94
92974955--92975067	42	2.7	42	81	0	118	26	28	17	27	1.98
92975043--92975168	48	2.6	49	82	2	139	29	28	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92977277--92977485	47	4.3	47	71	9	152	33	23	15	28	1.95
92979087--92979153	9	7.4	9	70	17	50	29	1	1	67	1.09
92979087--92979159	18	3.9	18	75	8	67	31	2	2	63	1.23
92979460--92979499	19	2.1	19	85	4	53	32	2	5	60	1.32
92980350--92980379	15	2.0	15	100	0	60	26	13	0	60	1.34
92981134--92981164	12	2.6	12	89	0	53	90	0	9	0	0.46
92982052--92982100	12	4.2	12	89	5	66	0	22	16	61	1.34
92982060--92982102	6	7.2	6	97	0	59	0	27	16	55	1.41
92983515--92983604	36	2.5	36	100	0	180	36	25	20	17	1.94
92987957--92988060	27	3.9	27	83	5	147	37	16	17	28	1.91
92988067--92988166	27	3.7	26	83	10	112	18	15	24	43	1.87
92988051--92988166	54	2.1	54	81	6	128	18	15	21	43	1.87
92997409--92997633	40	5.6	40	85	2	290	23	27	24	25	2.00
92997373--92997633	80	3.3	80	83	3	303	24	26	23	25	2.00
93011680--93011727	24	2.0	24	91	0	78	6	22	18	52	1.68
93022455--93022627	46	3.7	46	81	10	217	22	21	27	28	1.99
93022451--93022622	93	1.8	93	94	0	308	22	21	27	27	1.99
93030357--93030417	30	2.0	30	100	0	122	39	3	26	31	1.72
93056066--93056686	309	2.0	309	94	0	1091	27	19	29	23	1.98
93066438--93066578	46	3.1	43	73	16	124	29	28	19	22	1.98
93069123--93069292	40	4.3	40	85	0	207	24	30	21	23	1.99
93079947--93080083	39	3.5	39	84	0	184	29	21	24	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93086813--93086934	46	2.6	47	84	5	147	26	22	14	36	1.93
93089021--93089118	24	4.0	24	89	1	142	35	6	37	20	1.78
93106034--93106088	26	2.1	26	86	0	74	23	12	23	40	1.89
93110875--93110988	27	4.2	26	85	5	129	37	17	21	23	1.94
93116931--93117041	40	2.8	40	97	0	195	29	26	21	22	1.99
93116862--93117041	80	2.3	80	80	2	193	29	26	20	23	1.99
93125928--93126119	40	4.8	40	88	1	190	27	28	20	23	1.99
93125927--93126118	80	2.4	80	83	3	226	28	28	20	22	1.99
93134836--93135043	54	3.9	54	85	4	267	35	17	24	22	1.95
93134844--93135042	108	1.8	109	91	1	328	35	18	24	22	1.96
93144133--93144315	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
93144112--93144315	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
93146993--93147027	17	2.1	17	89	5	54	77	14	0	8	0.99
93148541--93148717	40	4.4	40	85	4	234	25	27	22	23	2.00
93152925--93153119	46	4.3	46	84	3	225	19	19	15	45	1.85
93152925--93153258	45	7.4	45	77	5	273	19	17	16	45	1.85
93152998--93153251	135	1.9	135	82	6	327	18	17	18	45	1.86
93160030--93160130	28	3.6	29	79	14	111	28	29	14	26	1.95
93160202--93160235	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
93167095--93167145	16	3.1	16	86	11	59	76	9	7	5	1.15
93170435--93170572	39	3.5	39	84	0	186	46	21	3	28	1.68
93176145--93176175	16	1.9	16	100	0	62	25	19	3	51	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93176531--93176593	31	2.0	31	96	0	117	28	23	19	28	1.98
93181900--93181989	42	2.1	42	81	0	99	20	26	26	26	1.99
93183697--93183795	48	2.0	49	84	3	128	33	23	16	27	1.95
93183837--93183929	48	1.9	48	88	0	141	30	25	18	25	1.98
93203780--93203858	34	2.3	34	82	6	88	32	20	21	25	1.97
93228270--93228501	27	8.6	27	87	2	304	29	28	15	26	1.96
93228270--93228501	109	2.1	108	86	2	313	29	28	15	26	1.96
93236611--93236706	27	3.6	27	91	0	147	31	28	13	27	1.94
93236610--93236731	54	2.2	55	85	2	165	31	29	13	25	1.93
93239012--93239050	6	6.3	6	84	3	51	69	0	28	2	1.02
93240546--93240624	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
93240743--93241153	47	8.7	47	97	0	750	29	30	8	32	1.86
93242292--93242333	18	2.3	18	100	0	84	42	19	4	33	1.72
93242930--93242954	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
93246105--93246206	51	2.0	51	96	0	186	48	16	19	15	1.82
93246485--93246590	53	2.0	53	96	0	194	41	28	7	22	1.81
93246723--93246801	29	2.7	29	84	5	97	27	34	15	22	1.94
93246783--93246879	40	2.3	41	87	7	142	26	39	15	18	1.91
93251383--93251439	20	2.9	19	74	12	53	47	15	0	36	1.46
93252684--93252802	45	2.7	44	84	7	145	34	27	15	22	1.94
93253446--93253493	25	1.9	25	82	0	60	58	10	4	27	1.49
93255333--93255435	30	3.4	30	77	5	118	30	24	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93258413--93258592	47	3.8	46	77	10	166	27	19	31	22	1.98
93259695--93259735	22	1.9	22	90	5	66	9	41	29	19	1.83
93263880--93263958	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
93264079--93264189	47	2.4	47	84	0	141	27	31	9	31	1.89
93268680--93268729	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
93270657--93270698	10	4.2	10	79	11	50	21	7	4	66	1.35
93271870--93271948	41	1.9	41	84	0	104	32	25	21	20	1.97
93279613--93279658	16	2.6	18	76	16	51	50	0	10	39	1.38
93280296--93280332	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
93280383--93280415	9	3.7	9	91	0	57	39	24	12	24	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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