genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6752807--6752859	20	2.8	20	83	11	58	28	1	3	66	1.20
6752844--6752938	36	2.6	37	74	14	97	38	3	2	55	1.27
6757320--6757513	47	4.1	47	87	0	262	32	10	28	28	1.90
6757483--6758438	48	19.8	48	94	3	1609	36	6	25	31	1.81
6758588--6758659	37	1.9	37	88	5	110	20	18	31	29	1.96
6765246--6765288	21	2.0	21	86	9	59	39	6	2	51	1.42
6767822--6767876	27	2.1	25	80	6	56	30	10	29	25	1.89
6770446--6770470	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
6779133--6779231	35	2.8	34	80	6	117	31	9	17	42	1.80
6792076--6792298	39	5.7	40	86	7	273	25	22	27	24	2.00
6792076--6792298	79	2.8	81	85	8	282	25	22	27	24	2.00
6792076--6792331	79	3.3	79	82	9	224	26	21	27	24	1.99
6793702--6793871	24	7.1	24	87	0	243	27	21	21	30	1.98
6793922--6793987	20	3.3	20	93	0	114	31	21	12	34	1.90
6793922--6793976	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
6794024--6794071	25	1.9	25	95	0	87	31	18	25	25	1.98
6801849--6802018	24	7.1	24	93	0	270	27	21	21	29	1.99
6802069--6802134	20	3.3	20	89	0	105	31	21	10	36	1.87
6805524--6805598	12	6.1	12	76	6	78	40	0	0	60	0.97
6805524--6805598	37	2.0	37	94	0	132	40	0	0	60	0.97
6805524--6805598	25	3.0	24	82	3	78	40	0	0	60	0.97
6811956--6812046	47	2.0	46	93	2	155	39	26	15	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6818928--6818986	20	3.0	20	80	11	68	38	5	0	55	1.22
6818972--6819088	62	1.9	59	86	5	162	41	4	3	50	1.38
6821582--6821639	18	3.2	18	73	9	64	67	3	1	27	1.17
6822270--6822314	23	2.0	23	100	0	90	53	0	8	37	1.32
6828947--6828986	21	2.0	20	85	5	53	27	0	7	65	1.20
6829017--6829056	18	2.2	18	86	8	55	67	0	0	32	0.91
6830015--6830064	24	2.0	25	84	3	66	32	4	4	60	1.34
6829984--6830096	54	2.1	54	89	0	172	31	3	3	61	1.30
6831890--6832251	47	7.7	46	74	11	247	27	19	29	24	1.98
6832070--6832253	49	3.8	50	75	15	152	27	19	28	25	1.98
6834782--6834859	40	2.0	40	89	0	120	25	19	26	28	1.99
6839762--6839974	46	4.6	45	75	11	130	27	18	26	27	1.98
6841734--6841758	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
6856847--6857022	46	3.8	46	79	10	205	21	20	28	29	1.98
6856844--6857013	93	1.8	93	94	0	304	21	21	28	28	1.99
6861729--6861883	39	4.0	39	89	5	233	25	29	23	21	1.99
6867492--6867919	39	11.0	39	99	0	820	24	30	24	20	1.99
6873528--6873604	39	2.0	39	92	0	127	27	29	22	20	1.98
6877661--6877878	40	5.5	40	86	3	273	26	28	22	23	1.99
6881939--6882010	37	1.9	37	91	0	117	27	29	19	23	1.98
6882154--6882288	46	2.9	46	77	7	123	25	30	9	34	1.88
6882225--6882314	47	1.9	47	88	0	135	26	32	10	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6889285--6889488	40	5.1	40	88	4	272	25	28	24	22	1.99
6891383--6891785	43	9.4	43	87	5	561	28	16	25	30	1.96
6891785--6891831	23	2.0	23	95	0	85	25	6	25	42	1.78
6895991--6896023	16	2.0	17	88	5	50	42	3	27	27	1.70
6898172--6898446	43	6.4	43	78	7	283	29	15	24	30	1.95
6898164--6898375	85	2.5	85	91	0	334	28	15	24	31	1.96
6898172--6898438	128	2.1	127	83	2	338	29	15	24	30	1.95
6898165--6898446	85	3.3	84	83	4	327	29	15	24	30	1.95
6903119--6903163	21	2.2	20	88	7	65	20	24	35	20	1.96
6904415--6904465	27	1.9	26	84	11	68	21	5	1	70	1.18
6911018--6911198	27	6.8	27	75	7	138	37	18	15	28	1.92
6913358--6913420	24	2.6	25	87	5	85	33	30	15	20	1.94
6915250--6915279	14	2.1	14	100	0	60	46	26	6	20	1.75
6918000--6918067	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
6917889--6918216	174	1.9	174	98	0	629	30	25	14	29	1.95
6918169--6918247	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
6920178--6920429	48	5.4	48	79	10	261	27	23	23	25	2.00
6920178--6920353	95	1.9	95	87	0	262	27	23	23	25	2.00
6921746--6921817	34	2.1	36	89	5	112	40	25	1	33	1.64
6921780--6922010	30	7.7	29	67	18	107	41	17	2	38	1.63
6921789--6921854	34	1.9	34	84	6	89	39	19	3	37	1.67
6921937--6921986	22	2.3	22	89	0	73	38	20	0	42	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6921867--6922036	87	2.0	87	93	0	295	42	15	2	39	1.59
6921873--6922073	87	2.3	87	86	0	267	44	16	1	36	1.60
6922047--6922114	21	3.1	21	80	4	73	39	16	0	44	1.48
6922107--6922156	22	2.3	22	89	3	75	52	18	2	28	1.56
6922141--6922188	22	2.2	22	85	3	62	41	16	0	41	1.48
6922227--6922293	22	2.8	24	80	11	75	43	20	1	34	1.61
6922337--6922410	35	2.1	35	82	5	85	47	24	1	27	1.60
6922765--6922794	16	1.9	15	93	6	51	63	0	3	33	1.11
6922781--6922822	21	2.0	21	85	0	57	59	2	2	35	1.23
6932731--6932795	28	2.3	29	84	7	80	29	16	13	40	1.88
6942104--6942272	46	3.7	46	75	13	184	29	27	20	23	1.98
6942109--6942279	93	1.8	93	92	0	288	28	27	21	22	1.99
6944542--6944576	18	1.9	18	88	11	54	54	2	14	28	1.54
6947054--6947091	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
6954230--6954267	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
6954492--6954661	46	3.7	46	75	12	168	31	27	17	23	1.97
6962265--6962330	33	2.0	33	88	5	98	24	28	22	24	1.99
6962294--6962353	28	2.2	27	82	8	68	23	28	28	20	1.99
6962520--6962572	27	2.0	27	88	0	79	33	20	24	20	1.97
6962715--6962934	27	8.1	27	88	1	305	25	21	20	32	1.97
6964861--6964938	27	2.9	27	88	0	93	29	11	19	39	1.87
6964931--6965303	27	13.9	27	82	5	398	31	9	20	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6964892--6965307	81	5.2	81	77	9	363	31	9	20	38	1.85
6965628--6965775	28	5.3	28	87	0	215	27	33	15	22	1.95
6971898--6971967	34	2.1	33	97	2	131	28	25	28	15	1.96
6978684--6978794	27	4.1	27	86	7	147	35	21	24	18	1.96
6980227--6980327	24	4.2	24	90	0	157	19	40	4	34	1.74
6986607--6986706	27	3.7	26	80	6	110	36	16	25	23	1.94
6986607--6986712	54	2.0	53	84	1	140	35	16	24	22	1.95
6986634--6986716	27	3.1	28	77	19	95	34	19	25	20	1.96
6988149--6988249	24	4.2	24	87	0	139	20	38	4	35	1.75
6992824--6992974	42	3.5	43	76	9	148	24	17	25	31	1.97
6994985--6995167	40	4.6	40	82	8	214	24	21	28	26	1.99
6995017--6995190	79	2.2	78	81	10	201	26	20	26	26	1.99
7012731--7012769	18	2.2	18	100	0	78	56	15	5	23	1.59
7016667--7016746	40	2.0	40	97	0	151	20	18	2	58	1.50
7017867--7017892	13	2.0	13	100	0	52	46	23	7	23	1.78
7026417--7026528	40	2.8	38	81	10	127	25	29	23	22	1.99
7036469--7036549	16	4.8	16	78	14	58	18	2	3	75	1.07
7036473--7036549	6	13.5	6	72	15	65	18	2	3	75	1.07
7036470--7036551	28	2.9	28	74	17	80	19	2	3	74	1.08
7042062--7042237	46	3.8	46	77	12	198	20	21	28	29	1.98
7042058--7042230	93	1.9	93	93	0	301	20	21	29	28	1.98
7047799--7047904	39	2.9	38	87	6	139	56	7	8	27	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7051372--7051645	122	2.3	120	89	1	431	24	28	21	24	1.99
7051373--7051646	40	6.8	41	89	5	371	24	28	21	24	1.99
7060436--7060478	23	1.9	22	85	4	59	74	16	4	4	1.16
7072001--7072170	93	1.8	93	89	2	270	28	27	21	22	1.99
7071996--7072165	46	3.7	45	77	13	184	28	27	21	22	1.99
7079560--7079730	93	1.8	93	91	2	281	30	28	19	21	1.98
7079555--7079727	46	3.7	46	75	14	185	31	27	19	21	1.98
7081602--7081627	12	2.2	12	100	0	52	15	26	0	57	1.38
7089812--7089907	46	2.1	46	100	0	192	54	2	10	33	1.46
7095734--7095780	24	2.0	24	100	0	94	12	29	12	44	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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