genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  255  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85794836--85794875	20	2.0	21	90	5	64	40	5	0	55	1.22
85799237--85799280	21	2.1	21	95	0	79	27	25	13	34	1.93
85801854--85801891	12	3.2	12	81	7	51	26	2	0	71	1.00
85807239--85807286	20	2.4	19	77	16	53	27	0	0	72	0.84
85810334--85810450	62	1.9	62	92	0	198	34	6	28	30	1.83
85811998--85812128	50	2.6	50	83	5	160	25	28	18	27	1.98
85817305--85817528	40	5.6	40	87	3	274	25	29	22	22	1.99
85817305--85817489	79	2.3	80	89	0	273	25	28	22	22	1.99
85817305--85817529	79	2.8	78	84	6	258	25	28	22	23	1.99
85823079--85823252	48	3.6	46	84	7	163	24	27	19	28	1.98
85823123--85823299	48	3.8	48	82	5	213	23	27	20	28	1.99
85825318--85825405	30	2.9	30	89	0	131	13	30	34	21	1.92
85826684--85826815	50	2.6	51	85	3	185	34	15	12	37	1.86
85828334--85828465	50	2.6	52	83	6	180	37	12	15	34	1.85
85832885--85832935	20	2.6	20	90	3	86	58	0	15	25	1.37
85835701--85835819	50	2.3	52	88	5	172	33	16	12	36	1.87
85853914--85853956	21	2.0	21	100	0	86	32	4	13	48	1.63
85857920--85857987	16	4.0	17	70	12	59	45	20	1	32	1.60
85857910--85857982	35	2.1	35	97	0	137	47	20	1	30	1.58
85857928--85857987	17	3.5	17	69	13	59	45	21	1	31	1.62
85859341--85859419	42	1.9	42	86	2	115	34	26	13	25	1.94
85859341--85859525	41	4.6	40	78	8	169	33	27	14	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85859344--85859529	40	4.6	40	79	6	178	33	26	14	25	1.94
85859335--85859529	81	2.4	82	80	7	218	33	26	14	25	1.94
85859725--85859781	30	1.9	30	96	3	107	57	5	0	36	1.21
85863343--85863517	87	2.0	87	100	0	350	39	16	16	28	1.89
85863589--85863644	27	2.1	27	100	0	112	37	21	10	30	1.87
85864494--85864607	57	2.0	57	84	0	147	30	28	21	19	1.97
85872159--85872206	22	2.2	22	85	3	62	31	4	2	62	1.26
85874374--85874411	2	19.5	2	83	5	51	47	2	2	47	1.30
85874237--85874594	181	2.0	179	94	1	626	31	22	15	31	1.94
85874555--85874632	2	39.5	2	81	2	86	43	2	5	48	1.38
85882957--85882998	19	2.2	19	86	0	57	23	28	16	30	1.96
85890813--85890838	13	2.0	13	100	0	52	38	30	7	23	1.83
85902971--85904156	597	2.0	583	83	5	1470	34	17	13	34	1.89
85905526--85905605	40	2.0	40	100	0	160	37	20	7	35	1.81
85911434--85911472	16	2.4	16	91	4	60	58	15	0	25	1.37
85914807--85914883	38	2.0	38	92	0	127	19	15	23	41	1.89
85915682--85915720	13	3.0	13	84	0	60	25	41	28	5	1.77
85927569--85927633	21	3.3	21	66	16	57	50	4	10	33	1.58
85928231--85928270	18	2.2	18	86	8	55	10	0	22	67	1.20
85928303--85928336	16	2.3	15	90	10	52	55	11	2	29	1.50
85928479--85928539	29	2.1	30	96	3	115	40	9	22	26	1.85
85928762--85928855	47	2.0	47	97	0	179	47	17	10	24	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85929808--85929895	47	2.0	45	86	8	126	57	15	19	6	1.60
85930802--85930854	26	2.0	26	100	0	106	47	11	3	37	1.58
85932152--85932309	80	2.0	78	88	4	237	37	13	9	39	1.77
85934626--85934657	12	2.7	12	100	0	64	18	18	31	31	1.95
85935825--85935868	22	2.0	22	100	0	88	22	18	18	40	1.91
85940345--85940379	17	2.1	17	88	0	52	60	2	0	37	1.12
85945798--85945865	34	2.0	34	94	0	118	55	1	16	26	1.49
85953307--85953362	28	2.0	28	100	0	112	21	25	21	32	1.98
85955291--85955335	22	2.0	23	82	4	56	68	4	2	24	1.19
85956247--85956297	26	2.0	26	84	7	68	35	0	1	62	1.06
85956897--85956936	21	1.9	21	85	10	55	50	0	0	50	1.00
85957159--85957236	27	2.9	27	80	0	93	29	25	21	23	1.99
85957235--85957283	18	2.6	19	80	6	73	63	0	0	36	0.95
85957981--85958031	15	3.5	15	79	15	70	35	0	0	64	0.94
85958007--85958044	20	1.9	20	89	10	60	34	0	0	65	0.93
85958143--85958212	34	2.1	34	91	0	113	52	0	4	42	1.20
85958143--85958188	18	2.8	16	84	12	65	54	0	0	45	0.99
85961632--85961751	58	2.1	58	92	3	197	25	11	30	31	1.91
85967310--85967351	22	1.9	22	90	0	66	76	7	16	0	1.00
85970127--85970166	21	1.9	21	84	0	53	27	32	17	22	1.96
85970684--85970716	11	2.9	12	86	13	52	84	0	15	0	0.61
85971671--85971700	12	2.5	12	94	0	51	43	6	6	43	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85974519--85974619	28	3.7	27	79	13	100	37	10	22	28	1.88
85974577--85974639	27	2.3	26	78	7	72	38	11	23	26	1.89
85977347--85977440	46	2.0	46	89	0	143	42	5	14	37	1.69
85978455--85978523	35	2.0	34	86	11	95	49	7	5	37	1.55
85979273--85979341	34	2.0	34	97	0	129	50	14	21	13	1.76
85983171--85983283	23	4.8	24	84	5	124	19	22	20	38	1.94
85983170--85983296	47	2.7	48	79	7	136	22	21	19	37	1.95
85983168--85983296	23	5.5	23	82	6	118	22	20	19	37	1.95
85990365--85990415	19	2.8	18	69	16	50	58	15	0	25	1.37
85996889--85997035	43	3.4	43	77	10	142	32	24	17	25	1.96
85999519--85999548	12	2.5	12	94	0	51	26	23	43	6	1.78
86001397--86001439	19	2.3	19	84	8	52	34	25	18	20	1.96
86027206--86027248	10	4.2	10	81	3	50	30	2	20	46	1.63
86029865--86029907	17	2.4	18	80	11	52	55	13	0	30	1.39
86031736--86031775	21	1.9	21	94	0	71	20	15	27	37	1.92
86034246--86034422	27	6.5	26	81	6	158	25	16	28	29	1.97
86034246--86034401	82	1.9	81	85	3	215	25	16	28	28	1.97
86034242--86034422	82	2.2	81	81	2	211	25	16	28	29	1.97
86038117--86038226	40	2.8	39	83	4	123	30	20	30	18	1.96
86043563--86043680	45	2.7	46	82	6	163	26	18	28	26	1.98
86043950--86044147	38	5.2	38	84	3	204	22	22	25	29	1.99
86044200--86044298	44	2.2	44	82	7	112	26	22	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86046341--86046399	27	2.2	27	84	0	73	49	18	10	22	1.77
86046433--86046492	22	2.7	23	79	7	70	38	21	18	21	1.94
86046843--86047066	27	8.3	27	86	2	288	32	12	14	40	1.83
86046843--86047066	81	2.8	81	90	0	349	32	12	14	40	1.83
86047971--86048008	19	2.0	19	94	0	67	34	10	34	21	1.87
86057834--86057897	29	2.2	29	94	2	110	35	6	12	45	1.67
86071640--86071672	17	1.9	17	93	0	57	24	18	24	33	1.97
86076168--86076529	46	7.8	46	78	12	391	22	20	28	29	1.98
86076164--86076521	93	3.8	93	97	0	662	22	20	28	28	1.99
86079873--86080051	40	4.5	40	82	2	225	34	17	28	20	1.95
86079954--86080015	20	3.1	20	61	0	52	29	12	35	22	1.91
86082314--86082461	52	2.9	51	93	4	246	27	14	30	28	1.95
86090434--86090569	54	2.5	54	87	0	209	30	27	19	22	1.98
86098287--86098416	54	2.4	54	89	3	199	31	23	20	25	1.98
86108413--86108453	19	2.1	20	86	4	57	34	7	7	51	1.58
86111626--86111883	43	6.0	43	95	0	455	30	33	25	10	1.90
86111848--86111910	27	2.3	27	94	0	108	34	33	25	6	1.81
86111763--86111978	112	1.9	113	95	0	389	31	33	25	9	1.87
86111806--86111953	70	2.1	69	94	1	260	32	34	25	8	1.85
86111875--86111978	43	2.4	43	95	0	181	31	31	26	9	1.89
86111971--86112079	38	2.8	38	85	2	128	26	27	23	22	1.99
86122285--86122347	33	1.9	33	90	0	99	25	26	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86145313--86145464	27	5.6	27	91	2	232	30	28	14	26	1.95
86145313--86145464	55	2.8	54	89	2	232	30	28	14	26	1.95
86145313--86145464	82	1.9	82	91	0	250	30	28	14	26	1.95
86151792--86151847	27	2.1	27	86	6	78	25	14	21	39	1.91
86153259--86153445	96	1.9	96	91	2	304	27	16	28	27	1.97
86153270--86153448	48	3.7	48	76	8	202	28	17	28	25	1.97
86155904--86155966	16	4.1	15	79	6	72	41	7	25	25	1.82
86156178--86156302	57	2.2	57	80	11	132	53	4	0	41	1.25
86162020--86162312	122	2.4	122	85	0	390	28	25	13	32	1.94
86162020--86162312	61	4.8	61	80	2	275	28	25	13	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284