genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21136483--21136571	38	2.2	40	90	5	137	39	1	6	52	1.35
21136632--21136674	16	2.8	15	80	16	52	60	4	0	34	1.17
21141252--21141292	21	2.0	21	100	0	82	39	17	9	34	1.82
21143494--21143522	13	2.1	14	93	6	51	58	6	6	27	1.50
21145481--21145581	51	2.0	50	92	0	157	26	19	11	40	1.86
21145830--21145940	55	2.0	55	98	0	213	48	10	12	27	1.74
21149829--21149858	4	7.8	4	92	7	53	0	23	0	76	0.78
21151281--21151467	93	2.0	93	91	2	304	35	15	16	32	1.90
21153257--21153286	12	2.4	13	94	5	53	63	6	0	30	1.20
21154326--21154389	33	1.9	33	87	6	94	18	28	34	18	1.95
21155393--21155422	15	1.9	16	93	6	53	56	3	0	40	1.16
21155772--21155824	17	3.1	17	83	8	63	24	0	11	64	1.26
21155784--21155827	18	2.6	16	89	10	61	27	0	9	63	1.24
21156487--21156522	15	2.4	15	86	13	56	33	0	0	66	0.92
21156488--21156523	16	2.3	15	85	4	54	30	0	0	69	0.89
21156859--21156991	2	66.5	2	100	0	266	0	50	0	49	1.00
21159662--21159707	8	5.1	9	82	12	51	43	0	0	56	0.99
21160373--21160409	15	2.5	15	95	0	65	32	13	18	35	1.90
21169042--21169067	6	4.3	6	100	0	52	34	0	34	30	1.58
21171360--21171445	26	3.2	27	80	13	90	29	6	11	52	1.64
21171397--21171446	26	1.9	26	100	0	100	24	8	16	52	1.70
21178821--21179072	46	5.5	44	73	12	170	25	28	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21188331--21188361	6	5.2	6	92	0	53	80	3	0	16	0.83
21191668--21191731	25	2.6	25	95	2	112	60	4	6	28	1.41
21191971--21192330	48	7.6	48	78	3	397	28	15	29	27	1.96
21191971--21192330	96	3.8	96	85	3	514	28	15	29	27	1.96
21198695--21198787	44	2.1	44	80	13	111	39	2	20	37	1.65
21203325--21203565	97	2.4	98	84	6	313	24	18	22	34	1.96
21203387--21203574	52	3.7	52	70	16	153	29	19	21	29	1.97
21203376--21203581	50	4.1	51	70	14	153	27	17	19	35	1.94
21204098--21204144	16	2.9	17	84	12	71	40	6	25	27	1.80
21204372--21204452	32	2.5	32	78	11	78	54	2	1	41	1.21
21204297--21204418	55	2.2	55	85	5	167	53	2	0	44	1.14
21207326--21207351	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
21208461--21208780	47	6.8	47	76	11	271	27	18	29	25	1.98
21208461--21208778	94	3.4	92	79	9	304	27	18	28	25	1.98
21209818--21209862	19	2.4	19	100	0	90	17	33	42	6	1.76
21216080--21216347	47	5.7	46	74	13	163	27	19	27	25	1.99
21216080--21216297	94	2.4	91	80	8	228	27	19	27	25	1.99
21216267--21216396	49	2.7	49	85	5	158	30	18	26	24	1.98
21218548--21218648	52	1.9	51	86	11	143	31	7	32	27	1.86
21221367--21221397	3	10.0	3	93	6	53	0	35	0	64	0.94
21225014--21225091	39	2.0	39	100	0	156	35	25	5	33	1.78
21227124--21227327	42	4.7	43	73	12	175	31	25	16	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21227120--21227327	90	2.4	84	80	8	231	31	25	15	27	1.96
21233232--21233266	14	2.5	14	90	0	52	20	5	28	45	1.73
21234730--21234897	86	2.0	86	95	0	300	32	11	14	41	1.82
21236654--21236719	21	3.2	21	64	20	57	34	28	4	31	1.78
21236638--21236719	41	2.0	41	100	0	164	36	26	4	31	1.78
21241137--21241339	100	2.0	100	99	0	397	38	19	3	37	1.71
21249945--21249999	27	2.0	27	100	0	110	40	16	10	32	1.83
21252391--21252544	74	2.1	73	93	1	263	54	3	24	18	1.58
21254950--21255124	46	3.8	46	76	10	167	28	29	20	21	1.98
21254959--21255129	93	1.8	93	88	0	261	26	29	21	22	1.99
21262231--21262264	17	1.9	18	94	5	61	17	35	29	17	1.93
21262371--21262401	12	2.6	12	89	0	53	25	45	22	6	1.76
21266521--21266545	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
21282013--21282080	33	2.0	34	83	8	86	35	10	17	36	1.84
21283978--21284066	25	3.2	28	68	19	78	41	20	1	37	1.60
21288324--21288368	23	2.0	22	86	0	54	24	22	28	22	1.98
21290019--21290088	23	3.0	23	80	2	77	44	15	10	30	1.79
21300356--21300409	20	2.6	21	80	14	67	59	0	1	38	1.08
21300359--21300417	19	3.0	20	80	11	70	55	0	1	42	1.09
21306333--21306555	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
21306487--21306564	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
21308902--21308945	2	22.0	2	95	0	79	0	47	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21312623--21312777	42	3.6	44	77	8	167	31	25	17	25	1.97
21316649--21316785	54	2.6	53	88	5	179	30	24	12	32	1.92
21316669--21316786	54	2.2	53	89	7	193	29	24	11	33	1.91
21316669--21316774	27	4.0	27	93	3	180	32	25	12	30	1.92
21323370--21323411	15	2.8	15	88	0	66	52	14	16	16	1.75
21326665--21326965	38	7.2	38	73	18	242	30	24	14	29	1.95
21326672--21327053	85	4.4	85	88	6	548	29	23	15	31	1.95
21326795--21327053	48	5.7	47	82	8	302	30	22	15	31	1.95
21329942--21329985	8	5.5	8	88	0	70	59	0	0	40	0.98
21330058--21330089	13	2.4	14	85	15	50	78	0	21	0	0.76
21330058--21330089	6	4.9	7	88	11	50	78	0	21	0	0.76
21330689--21330719	15	2.1	15	94	5	55	54	0	16	29	1.42
21341632--21341805	40	4.4	40	87	6	223	22	22	28	25	1.99
21348548--21348581	13	2.6	14	86	13	54	17	0	0	82	0.67
21349726--21349943	40	5.5	40	86	5	275	22	23	28	25	1.99
21356906--21356936	11	2.8	11	95	0	53	16	9	6	67	1.39
21358959--21359078	56	2.1	56	96	1	222	35	8	6	49	1.59
21362327--21362387	25	2.4	25	83	0	77	40	16	14	27	1.88
21366983--21367012	15	2.0	15	93	0	51	16	0	6	76	0.99
21367068--21367108	22	1.9	22	90	5	66	0	14	9	75	1.04
21367753--21367792	21	1.9	21	89	0	62	10	40	30	20	1.85
21369978--21370121	40	3.6	40	78	13	154	24	27	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21370527--21370702	88	2.0	88	98	0	343	27	22	13	36	1.92
21374385--21374491	54	2.0	54	94	0	187	20	28	16	34	1.95
21377981--21378242	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
21381971--21382038	29	2.3	30	79	7	75	23	0	5	70	1.09
21382399--21382436	20	1.9	20	89	10	60	15	39	28	15	1.89
21384985--21385315	48	6.9	48	94	2	567	32	7	30	29	1.86
21385493--21385568	37	2.1	37	87	0	107	23	18	31	26	1.97
21386951--21387012	22	2.9	21	78	4	70	9	37	29	24	1.87
21386991--21387043	19	2.6	21	76	11	65	16	33	26	22	1.96
21388225--21388375	75	2.0	75	98	0	293	30	7	15	46	1.73
21389735--21389814	15	5.3	14	71	24	56	21	1	6	71	1.15
21389751--21389797	22	2.1	22	84	7	60	25	0	6	68	1.13
21390528--21390580	21	2.5	21	81	0	61	15	35	22	26	1.93
21391017--21391185	92	1.8	92	90	0	275	22	20	20	36	1.96
21393331--21393410	15	5.3	14	71	24	56	21	1	6	71	1.15
21393347--21393393	22	2.1	22	84	7	60	25	0	6	68	1.13
21394124--21394176	21	2.5	21	81	0	61	15	35	22	26	1.93
21394613--21394781	92	1.8	92	90	0	275	22	20	20	36	1.96
21397644--21397709	33	2.0	33	96	0	123	37	12	7	42	1.71
21399056--21399099	15	2.8	17	76	16	58	40	0	11	47	1.39
21399107--21399151	23	2.0	23	90	0	72	46	11	6	35	1.66
21404032--21404063	14	2.4	13	94	5	55	46	0	6	46	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21407675--21407942	48	5.6	48	75	7	204	22	28	20	28	1.98
21407668--21407942	94	2.9	96	81	3	295	22	29	20	27	1.98
21411555--21411680	44	2.9	43	76	12	107	34	22	16	26	1.95
21415757--21415783	8	3.4	8	100	0	54	88	0	0	11	0.50
21416243--21416369	64	2.0	64	95	0	227	37	3	25	33	1.72
21427131--21427179	20	2.5	19	83	9	71	38	4	0	57	1.18
21443040--21443217	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
21443061--21443216	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
21443040--21443242	82	2.5	83	78	11	229	30	28	14	26	1.95
21443040--21443242	27	7.4	25	76	17	124	30	28	14	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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