genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20415665--20415794	47	2.8	47	77	13	133	23	30	19	27	1.98
20424492--20424582	45	2.0	45	97	0	173	57	4	12	26	1.54
20424781--20424834	11	4.7	11	78	17	56	74	0	9	16	1.07
20424779--20424834	17	3.3	17	85	7	69	75	0	8	16	1.05
20424794--20424832	6	6.5	6	90	0	51	76	0	7	15	0.99
20432193--20432223	15	2.1	15	93	0	53	51	25	3	19	1.62
20432641--20432796	86	1.8	84	81	10	192	30	27	17	24	1.98
20436263--20436524	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
20444000--20444172	46	3.7	46	81	8	163	22	28	19	30	1.98
20446283--20446342	6	10.3	6	80	12	63	78	3	3	15	1.01
20446262--20446335	22	3.4	21	82	10	87	78	2	4	14	1.01
20446262--20446342	23	3.7	22	79	8	85	77	3	3	14	1.04
20446578--20447740	605	1.9	605	94	0	2040	28	20	23	27	1.99
20449616--20449810	48	4.1	48	88	1	266	33	27	16	21	1.95
20449992--20450165	95	1.8	94	93	1	303	32	22	12	32	1.91
20451986--20452110	48	2.7	47	86	7	166	31	22	24	21	1.98
20451986--20452206	94	2.3	94	83	4	257	31	20	25	22	1.98
20452150--20452343	49	4.1	49	70	16	147	28	20	25	25	1.99
20455981--20456050	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
20455981--20456078	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
20471512--20471541	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
20473807--20473983	48	3.7	48	90	1	266	35	25	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20473796--20473985	96	2.0	95	91	5	312	34	26	17	21	1.95
20476329--20476499	43	4.0	43	79	8	161	33	24	14	26	1.94
20477149--20477196	24	2.0	24	95	0	87	35	16	8	39	1.79
20481257--20481360	52	2.0	52	98	0	199	54	6	25	13	1.63
20481258--20481383	52	2.4	52	88	5	159	53	5	25	15	1.64
20489933--20489957	3	8.3	3	100	0	50	68	32	0	0	0.90
20492245--20492474	109	2.1	109	92	3	383	28	30	21	19	1.97
20503637--20503707	33	2.2	33	92	0	115	36	29	4	29	1.76
20506556--20506682	47	2.7	47	91	0	191	33	29	15	21	1.94
20514187--20514312	47	2.7	47	83	2	155	31	29	16	22	1.96
20518715--20518870	42	3.7	42	83	1	195	30	15	25	28	1.96
20518707--20518870	85	1.9	84	83	1	211	31	15	25	28	1.96
20524710--20524776	34	2.0	34	85	5	91	41	28	1	28	1.65
20525407--20525555	43	3.5	43	74	13	128	29	27	18	24	1.98
20538023--20538174	27	5.6	27	91	2	232	30	28	14	26	1.95
20538023--20538174	55	2.8	54	89	2	232	30	28	14	26	1.95
20538023--20538174	82	1.9	82	91	0	250	30	28	14	26	1.95
20543646--20543737	47	2.0	47	97	0	175	20	20	17	41	1.91
20555034--20555089	24	2.3	24	81	9	60	71	5	5	17	1.24
20555080--20555123	15	2.9	15	87	12	56	72	0	2	25	0.96
20555054--20555129	19	3.9	19	75	16	66	72	1	5	21	1.12
20560873--20561059	48	3.9	48	87	0	257	19	14	30	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20560972--20561047	24	3.2	24	63	20	59	18	15	31	34	1.92
20560873--20561048	96	1.8	96	91	0	289	19	15	30	35	1.92
20561821--20561850	15	2.1	15	93	6	53	20	0	26	53	1.46
20564891--20564930	20	2.0	20	85	0	53	32	5	0	62	1.17
20567282--20567323	21	2.0	21	100	0	84	47	9	9	33	1.68
20570508--20570586	39	2.0	39	97	0	149	44	15	8	31	1.77
20570511--20570573	19	3.3	19	67	20	58	44	17	9	28	1.80
20572074--20572105	15	2.1	15	94	0	55	12	25	50	12	1.75
20575179--20575395	40	5.5	40	88	2	269	22	23	28	25	1.99
20583365--20583418	26	2.1	25	83	10	65	64	0	27	7	1.20
20604475--20604635	46	3.5	45	77	12	148	31	18	27	22	1.97
20606896--20607192	39	7.6	39	87	1	371	23	20	25	30	1.99
20609763--20609813	27	1.9	26	84	4	66	23	13	17	45	1.84
20612754--20613010	39	6.6	39	91	0	397	22	20	27	29	1.99
20612754--20613050	78	3.8	78	89	2	418	21	20	26	30	1.98
20612754--20613050	39	7.6	39	90	1	373	21	20	26	30	1.98
20633276--20633639	46	7.7	50	73	13	193	28	17	28	25	1.98
20637133--20637165	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
20637446--20637473	5	5.6	5	100	0	56	21	0	0	78	0.75
20642557--20642637	19	4.3	19	77	13	78	13	6	1	79	0.99
20642560--20642632	13	5.8	13	76	14	64	12	5	1	80	0.93
20642557--20642631	32	2.4	32	84	6	91	13	5	1	80	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20642557--20642609	7	8.0	7	83	12	60	15	3	0	81	0.83
20642560--20642637	6	12.5	6	82	10	77	12	6	1	79	0.98
20645398--20645573	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
20645394--20645565	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
20648528--20648596	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
20648519--20648598	30	2.7	30	82	7	99	11	17	15	56	1.67
20650528--20650651	47	2.6	48	78	19	145	21	19	29	29	1.98
20652862--20652894	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
20661418--20661550	47	2.8	47	96	0	239	24	16	27	30	1.97
20663861--20663906	22	2.1	22	87	0	65	39	21	15	23	1.92
20666056--20666178	47	2.7	46	85	8	144	21	21	29	27	1.99
20671100--20671282	40	4.6	39	82	6	188	24	20	27	27	1.99
20671136--20671317	79	2.3	80	80	3	199	25	20	27	26	1.99
20678902--20679150	124	2.0	124	99	0	489	30	16	25	27	1.97
20679074--20679254	40	4.6	40	83	6	136	25	21	27	25	1.99
20679127--20679254	40	3.2	39	87	3	175	25	21	28	25	1.99
20685059--20685149	45	2.0	45	93	0	155	35	5	19	39	1.75
20685276--20685355	20	3.6	21	70	22	56	20	18	32	28	1.96
20686033--20686109	39	2.0	39	94	0	136	38	18	18	24	1.92
20688938--20688972	13	2.7	13	90	0	52	14	25	28	31	1.95
20699295--20699392	35	2.8	35	81	6	108	22	19	25	32	1.97
20706407--20706517	35	3.2	33	77	12	107	23	15	27	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20707212--20707257	20	2.3	20	80	0	56	41	6	6	45	1.56
20718042--20718066	12	2.1	12	100	0	50	32	0	16	52	1.44
20720962--20721034	27	2.8	27	79	10	89	23	23	16	36	1.94
20725466--20725651	47	4.0	47	90	2	259	33	11	30	25	1.91
20725813--20725921	37	2.9	37	89	2	157	26	20	27	25	1.99
20729659--20729853	107	1.8	107	83	4	259	29	14	27	28	1.96
20735892--20735938	21	2.3	21	92	3	78	31	12	25	29	1.93
20738510--20738570	30	2.0	30	87	6	88	32	24	6	36	1.81
20745449--20745604	84	1.9	82	91	2	258	18	19	26	35	1.95
20745446--20745627	84	2.2	83	86	6	253	19	19	25	35	1.96
20745449--20745606	41	3.8	41	90	3	253	18	18	26	35	1.95
20748205--20748305	40	2.5	40	91	0	157	32	28	16	21	1.96
20763664--20763852	56	3.4	56	89	0	279	32	26	14	25	1.95
20763798--20764152	43	8.3	43	78	9	341	31	24	17	25	1.97
20763861--20764093	127	1.8	127	82	10	298	29	25	18	27	1.98
20765769--20765978	55	3.9	55	81	6	250	23	25	17	33	1.96
20773228--20773258	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
20773225--20773264	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
20774307--20774336	15	1.9	16	93	6	53	36	20	0	43	1.52
20774394--20774507	42	2.7	42	76	4	113	25	28	20	26	1.99
20776972--20777076	42	2.5	42	77	10	106	26	20	26	26	1.99
20777141--20777170	15	1.9	16	93	6	53	43	0	20	36	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20778228--20778436	108	1.9	108	82	8	264	24	22	17	34	1.96
20778228--20778443	55	4.0	53	74	11	170	24	22	17	35	1.95
20799906--20799930	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
20811471--20811507	19	1.9	19	100	0	74	43	8	10	37	1.69
20821517--20821563	23	1.9	23	83	12	58	29	46	0	23	1.52
20822108--20822178	31	2.3	31	90	0	106	19	38	21	21	1.94
20822433--20822496	26	2.6	25	76	18	71	64	0	3	32	1.10
20823727--20823753	2	13.5	2	100	0	54	0	0	51	48	1.00
20824043--20824100	14	3.6	16	76	19	66	70	0	1	27	0.97
20824055--20824104	18	2.5	21	75	21	61	70	0	2	28	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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