genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75905180--75905242	20	3.2	20	79	4	74	69	0	30	0	0.88
75905198--75905242	10	4.5	10	85	0	63	66	0	33	0	0.92
75906131--75906221	41	2.1	43	84	9	116	26	12	24	37	1.90
75910694--75910781	44	2.0	44	95	0	158	20	15	27	36	1.93
75910914--75910966	23	2.5	22	76	11	56	45	7	16	30	1.75
75936242--75936330	21	4.1	23	81	10	107	37	22	20	20	1.95
75936244--75936330	44	2.0	41	84	6	111	36	22	20	19	1.95
75937702--75937764	31	2.0	32	84	9	85	46	4	0	49	1.23
75937744--75937797	18	2.9	19	78	10	67	44	7	0	48	1.31
75937974--75938010	19	1.9	20	88	5	58	35	8	5	51	1.55
75941183--75941232	24	2.1	24	96	0	91	30	8	16	46	1.75
75943725--75943776	20	2.8	18	76	21	54	51	5	1	40	1.37
75945658--75945714	30	1.9	30	85	0	78	28	33	26	12	1.92
75950353--75950391	16	2.6	15	88	11	62	0	28	0	71	0.86
75952095--75952136	18	2.4	18	92	4	68	19	4	0	76	0.96
75952107--75952136	6	5.0	6	91	0	51	16	3	0	80	0.85
75952107--75952143	18	2.1	18	89	0	56	21	5	0	72	1.04
75960427--75960465	19	2.1	19	85	9	53	43	10	10	35	1.73
75960576--75960615	4	10.0	4	84	10	55	72	0	27	0	0.85
75960585--75960628	21	2.2	20	91	4	70	75	0	25	0	0.81
75961642--75961666	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
75961965--75962079	18	6.3	18	75	4	106	33	8	16	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75963908--75963943	13	2.8	13	100	0	72	13	22	30	33	1.93
75974884--75974954	6	11.5	6	81	11	63	76	5	4	14	1.13
75974905--75974954	23	2.2	23	85	0	64	80	4	4	12	1.00
75975176--75975282	8	13.0	8	81	4	52	71	0	3	23	1.07
75975178--75975258	38	2.1	38	82	8	94	70	1	3	24	1.11
75975202--75975284	16	5.4	16	75	13	77	71	0	2	26	0.99
75988010--75988074	25	2.6	25	78	7	69	30	16	20	32	1.95
75991614--75992774	47	24.5	47	97	0	2054	30	8	31	29	1.87
76001700--76001836	49	2.8	49	87	3	188	29	29	10	30	1.90
76019823--76019873	27	2.0	25	84	7	66	56	3	1	37	1.29
76019964--76019996	13	2.4	14	90	10	50	42	3	0	54	1.15
76020162--76020205	22	2.0	23	81	4	54	45	4	9	40	1.56
76024318--76024350	17	1.9	17	93	0	57	27	12	9	51	1.69
76030572--76030612	3	13.7	3	94	0	64	34	26	0	39	1.57
76031324--76031351	14	2.0	14	100	0	56	42	28	0	28	1.56
76036393--76036431	15	2.6	15	95	0	69	17	23	35	23	1.95
76037288--76037449	13	12.3	13	70	15	93	34	16	2	46	1.61
76037316--76037447	27	4.9	27	70	19	107	34	16	2	46	1.60
76037286--76037431	40	3.7	40	89	6	201	34	17	2	45	1.63
76041551--76041599	21	2.3	21	86	6	64	20	28	28	22	1.98
76042203--76042242	13	3.0	13	85	7	53	75	0	0	25	0.81
76045888--76046204	40	7.9	40	95	0	562	25	20	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76050022--76050154	57	2.3	57	82	0	149	45	13	11	30	1.78
76051575--76051614	18	2.2	18	86	8	55	45	0	0	55	0.99
76051732--76051769	20	1.9	20	89	10	60	55	15	10	18	1.68
76053471--76053531	24	2.4	26	75	8	63	45	1	0	52	1.10
76055739--76055768	14	2.1	14	100	0	60	20	0	0	80	0.72
76067908--76068326	44	9.6	43	69	12	191	36	21	21	20	1.95
76067907--76068384	86	5.5	86	81	5	385	35	20	22	20	1.96
76068158--76068326	43	3.8	43	73	9	144	38	22	19	19	1.93
76068816--76068856	15	2.9	15	85	7	50	60	36	0	2	1.10
76076719--76076805	38	2.3	38	81	15	99	68	3	2	25	1.16
76076756--76076822	13	5.4	12	72	22	50	71	0	2	25	1.00
76076765--76076826	24	2.5	25	82	15	76	70	0	3	25	1.02
76077065--76077113	20	2.4	21	83	13	66	63	0	6	30	1.19
76079786--76079956	93	1.8	93	93	0	297	28	27	21	22	1.99
76079781--76079953	46	3.7	46	78	10	199	29	26	21	22	1.99
76079907--76080161	125	2.0	125	94	1	449	26	28	16	29	1.97
76091130--76091249	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
76092378--76092560	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
76092379--76092562	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
76092431--76092595	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
76103050--76103081	16	2.0	16	93	0	55	53	6	6	34	1.51
76106077--76106191	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76106077--76106191	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
76114352--76114379	13	2.2	13	100	0	56	53	0	7	39	1.28
76133534--76133586	26	2.0	26	96	0	97	24	11	20	43	1.85
76139903--76140059	79	2.0	79	97	0	296	21	19	22	36	1.95
76146879--76146978	50	2.0	50	100	0	200	34	16	24	26	1.95
76148288--76148453	43	3.9	43	81	5	185	25	15	26	31	1.96
76150336--76150381	19	2.5	19	85	3	58	45	10	8	34	1.70
76151822--76151869	25	1.9	25	86	0	69	31	12	25	31	1.92
76157621--76157685	25	2.5	26	82	9	80	30	15	23	30	1.95
76157621--76157689	26	2.7	26	84	8	88	31	15	23	28	1.95
76160236--76160305	28	2.5	28	79	9	88	25	30	17	27	1.97
76160310--76160386	40	1.9	40	83	0	100	33	25	16	23	1.96
76166118--76166291	39	4.5	39	90	1	233	45	22	4	28	1.70
76166176--76166287	22	5.5	22	75	21	109	46	23	2	27	1.66
76166160--76166265	17	5.7	17	74	21	79	46	23	1	28	1.63
76166175--76166274	19	5.2	19	73	21	100	46	23	2	29	1.63
76166539--76166878	167	2.0	167	90	0	536	35	21	11	31	1.89
76168334--76168387	21	2.6	21	85	8	76	33	22	14	29	1.94
76170944--76171894	39	24.3	39	98	0	1807	25	22	28	23	2.00
76172842--76173214	187	2.0	187	97	0	701	30	18	22	28	1.97
76173491--76173589	50	2.0	50	97	0	189	41	15	19	24	1.89
76174275--76174483	105	2.0	105	99	0	409	19	24	22	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76182923--76183055	66	2.0	67	97	2	250	28	21	24	25	1.99
76183766--76183807	22	1.9	23	90	9	70	35	23	2	38	1.68
76190152--76190272	39	3.1	39	91	1	181	24	26	19	28	1.99
76191540--76191581	22	1.9	23	90	9	70	35	23	2	38	1.68
76200323--76200442	39	3.1	39	90	0	177	24	26	20	29	1.99
76217032--76217064	17	2.0	17	88	5	50	33	21	0	45	1.52
76217535--76217586	21	2.5	20	81	9	59	36	7	25	30	1.84
76219120--76219152	17	1.9	17	100	0	66	36	0	21	42	1.53
76236227--76236258	16	2.0	16	93	0	55	43	0	3	53	1.16
76240908--76240952	18	2.5	18	81	0	54	28	37	13	20	1.90
76241115--76241160	18	2.6	17	83	10	56	36	23	8	30	1.85
76241143--76241202	21	2.9	21	82	0	75	36	20	5	38	1.74
76248136--76248160	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
76258518--76258568	4	12.8	4	100	0	102	0	23	0	76	0.79
76259051--76259103	22	2.5	22	88	11	83	20	30	1	47	1.61
76259053--76259103	11	4.5	11	85	9	68	21	31	1	45	1.63
76260952--76260994	18	2.4	18	88	0	59	20	25	6	46	1.76
76264319--76264378	30	2.0	31	93	3	104	43	13	8	35	1.74
76271218--76271419	25	8.2	25	67	17	91	35	21	25	17	1.95
76271236--76271378	73	2.0	73	80	5	164	32	22	27	16	1.96
76272889--76272937	21	2.3	22	80	16	59	48	2	0	48	1.12
76273960--76274005	16	2.8	17	77	9	51	56	2	2	39	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76274537--76274561	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77
76276222--76276264	18	2.4	19	80	11	54	65	0	0	34	0.93
76276354--76276445	42	2.2	42	96	0	166	23	30	35	9	1.87
76277853--76277877	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
76291993--76293023	169	6.1	169	97	0	1895	30	21	20	27	1.98
76294098--76294130	15	2.1	16	88	11	50	36	6	3	54	1.41
76294096--76294130	17	2.1	17	94	0	61	37	5	2	54	1.39
76296051--76296244	25	8.3	24	71	16	149	39	0	13	47	1.43
76296041--76296242	69	2.9	69	97	0	377	38	0	12	48	1.42
76296239--76296275	9	4.2	9	96	3	67	29	0	10	59	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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