genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68126782--68126925	72	2.0	72	83	5	184	25	17	20	36	1.94
68126903--68126949	14	3.5	13	77	13	51	23	14	4	57	1.55
68126743--68127109	174	2.1	172	81	7	420	25	16	18	40	1.90
68129251--68129295	20	2.2	20	84	4	54	42	13	8	35	1.75
68129260--68129299	20	2.0	20	95	0	71	37	15	10	37	1.80
68129468--68129527	30	2.0	30	90	0	93	30	25	6	38	1.81
68131287--68131313	7	3.9	7	100	0	54	0	70	0	29	0.88
68131781--68131847	3	23.0	3	76	8	59	31	2	2	62	1.25
68131915--68132010	30	3.1	30	67	19	88	26	11	6	56	1.58
68131997--68132065	31	2.2	31	79	5	77	27	5	4	62	1.37
68132262--68132314	20	2.6	21	87	3	72	32	0	5	62	1.19
68132571--68132637	27	2.4	28	82	9	84	31	11	5	50	1.63
68132571--68132649	27	3.1	25	78	10	81	31	12	5	50	1.62
68133555--68133648	25	3.6	27	77	8	72	32	7	4	55	1.47
68133585--68133656	25	2.9	25	79	4	74	34	8	5	51	1.55
68142769--68142810	3	13.7	3	80	14	50	66	0	2	30	1.04
68142782--68142824	23	2.0	21	86	9	59	65	2	6	25	1.30
68142954--68143008	18	3.2	18	72	10	53	58	1	3	36	1.26
68143671--68143717	23	2.0	23	84	8	60	17	4	6	72	1.22
68145367--68145400	16	2.1	16	89	10	52	67	0	11	20	1.21
68145119--68145473	87	4.0	88	80	7	371	39	14	15	30	1.88
68145120--68145454	177	1.9	172	83	7	426	37	15	15	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68145417--68145696	75	3.8	74	87	7	365	35	19	16	29	1.93
68145417--68145696	148	1.9	148	83	8	372	35	19	16	29	1.93
68145614--68145784	88	1.9	87	89	4	263	38	18	15	27	1.91
68145702--68145838	73	1.9	72	87	1	202	32	21	15	30	1.94
68157805--68157852	18	2.7	18	78	15	55	50	2	10	37	1.49
68174098--68174260	30	5.4	30	89	0	227	24	3	46	25	1.69
68175052--68175277	75	3.0	73	85	5	310	33	21	16	27	1.95
68175283--68175310	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
68175201--68175368	92	1.8	91	88	6	259	34	20	17	27	1.95
68175331--68175439	54	2.0	55	89	1	166	38	19	13	28	1.90
68175518--68176388	73	11.4	74	78	10	578	33	21	16	28	1.95
68175332--68175643	128	2.4	128	84	5	416	36	20	15	27	1.93
68175518--68176390	238	3.8	237	90	4	1302	32	21	16	28	1.95
68175957--68176390	146	3.0	146	93	1	701	32	21	17	29	1.96
68177257--68177319	33	1.9	33	100	0	126	3	17	19	60	1.49
68186067--68186805	395	1.9	393	84	6	1010	31	29	18	20	1.96
68187177--68187330	79	1.9	79	97	0	290	27	24	14	33	1.95
68188489--68188563	37	2.0	37	100	0	150	13	33	24	29	1.93
68193035--68193077	3	14.0	3	81	13	52	34	0	2	62	1.08
68193035--68193077	15	2.8	15	92	3	68	34	0	2	62	1.08
68193035--68193083	15	3.3	14	86	11	62	32	0	4	63	1.13
68193451--68193502	27	1.9	27	84	7	70	28	11	5	53	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68200527--68200639	30	3.8	29	86	5	145	26	3	44	25	1.70
68200527--68200640	60	1.9	60	87	0	165	26	3	44	25	1.70
68215533--68215691	79	2.0	79	96	0	291	40	9	10	38	1.72
68217216--68217243	14	2.0	14	100	0	56	71	7	0	21	1.09
68219636--68219705	16	4.4	16	90	0	104	37	4	25	32	1.76
68219946--68219978	17	1.9	17	93	0	57	60	0	0	39	0.97
68225448--68225481	17	1.9	18	94	5	61	14	32	41	11	1.82
68225445--68225489	18	2.6	17	85	3	63	13	26	46	13	1.80
68228767--68228804	15	2.5	16	87	8	53	78	7	0	13	0.94
68230466--68230506	5	7.8	5	97	2	64	75	0	0	24	0.80
68231370--68231440	30	2.4	30	87	0	97	11	26	39	22	1.88
68234207--68234260	23	2.3	23	93	0	90	24	25	7	42	1.80
68236798--68237009	40	5.3	40	85	5	270	25	23	25	25	2.00
68238811--68238888	38	2.1	38	100	0	156	33	12	23	30	1.92
68240435--68240482	19	2.5	19	100	0	96	33	14	22	29	1.94
68241752--68241782	15	2.1	15	100	0	62	6	19	19	54	1.65
68255932--68256008	7	11.0	7	69	5	57	37	41	0	20	1.53
68256051--68256135	21	3.9	21	76	11	89	44	25	1	28	1.61
68256035--68256128	46	2.0	46	95	0	170	42	25	2	29	1.67
68256046--68256143	7	13.4	7	72	8	52	46	24	1	27	1.59
68256301--68256518	41	5.4	41	92	0	332	16	25	24	33	1.95
68256573--68256598	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68259172--68259766	220	2.7	219	91	0	949	33	18	21	26	1.96
68259707--68259923	78	2.8	78	90	0	344	31	20	22	25	1.98
68259863--68260134	90	3.0	92	70	12	247	33	18	22	26	1.96
68259947--68260055	45	2.5	45	77	5	107	35	14	22	27	1.93
68259444--68260574	556	2.0	556	94	0	1958	32	18	22	26	1.96
68260263--68260479	78	2.8	78	88	0	317	31	18	23	26	1.97
68260419--68260692	45	6.1	45	78	8	252	32	14	27	25	1.95
68260493--68260692	89	2.2	90	86	3	287	33	15	28	23	1.94
68260419--68260675	134	1.9	136	83	7	335	31	15	27	26	1.96
68260857--68261192	166	2.0	168	91	5	543	38	19	15	25	1.91
68261500--68261534	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
68261268--68261833	285	2.0	284	95	1	1026	25	15	12	46	1.80
68261784--68261818	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
68261822--68261926	52	2.0	52	98	0	201	30	13	4	51	1.61
68267248--68267281	16	2.0	16	88	11	50	76	0	0	23	0.79
68267674--68267715	23	1.9	23	85	9	61	42	14	11	30	1.81
68267901--68267933	12	2.8	12	100	0	66	36	9	6	48	1.60
68271127--68271175	15	3.5	15	72	16	50	12	57	0	30	1.36
68271810--68271890	41	2.0	40	97	0	144	50	12	16	19	1.76
68272345--68272449	7	14.7	7	71	13	63	39	40	0	20	1.53
68272345--68272446	36	2.8	36	82	8	102	37	41	0	21	1.54
68272508--68272742	41	5.8	41	91	0	312	18	25	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68272545--68272784	81	3.0	81	85	4	252	20	24	22	32	1.97
68272917--68272958	20	2.0	21	90	4	68	50	7	9	33	1.62
68277065--68277092	13	2.2	13	100	0	56	39	14	10	35	1.81
68279752--68279933	40	4.6	40	88	0	265	13	13	28	45	1.81
68285329--68285373	20	2.2	20	84	0	54	35	13	2	48	1.54
68290730--68290870	69	2.0	69	97	0	264	24	22	28	24	2.00
68292391--68292600	40	5.1	40	80	11	228	21	23	28	26	1.99
68292440--68292598	86	1.8	86	97	0	300	23	23	26	27	2.00
68300355--68300558	40	5.1	40	87	4	270	21	23	27	26	1.99
68306521--68306567	20	2.5	18	83	10	58	72	6	8	12	1.27
68311126--68311250	49	2.6	48	82	6	146	22	28	21	28	1.99
68313519--68313555	11	3.2	12	92	7	60	43	0	27	29	1.55
68315009--68315067	27	2.2	27	84	0	73	44	16	13	25	1.85
68315415--68315494	22	3.6	22	74	0	79	22	23	18	35	1.96
68315415--68315520	44	2.4	44	85	0	140	22	20	18	37	1.94
68321968--68322097	66	1.9	67	84	10	174	33	16	30	20	1.94
68337877--68338032	53	3.0	53	87	2	217	31	23	14	30	1.95
68348614--68348659	25	1.9	24	82	8	58	36	4	8	50	1.53
68350468--68350508	14	2.9	15	82	7	50	80	0	9	9	0.91
68351127--68351160	17	1.9	18	88	5	52	58	5	5	29	1.45
68351540--68352042	96	5.3	96	84	2	469	35	13	21	28	1.92
68351686--68351855	45	3.7	45	70	13	130	34	13	22	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68351540--68352045	95	5.3	95	84	2	450	36	13	21	28	1.92
68351612--68352025	191	2.2	191	81	2	474	36	13	21	28	1.92
68351897--68352045	50	3.2	44	66	18	122	40	13	19	26	1.89
68366356--68366423	18	3.8	18	74	14	68	39	16	2	41	1.63
68371655--68371704	13	3.2	16	70	18	52	48	0	0	52	1.00
68371658--68371722	31	2.2	30	86	10	89	44	0	0	55	0.99
68372294--68372331	14	2.7	15	88	11	55	36	5	5	52	1.47
68377245--68377294	21	2.4	21	83	3	66	52	0	2	46	1.12
68377317--68377446	20	6.7	20	65	12	56	59	1	7	31	1.35
68380007--68380035	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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