genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71967835--71968005	93	1.8	93	91	0	279	22	21	28	28	1.99
71967932--71968067	48	2.9	48	92	2	222	16	22	33	27	1.96
71970985--71971040	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
71972543--71972643	50	2.0	50	98	0	193	29	21	25	22	1.99
71973488--71974399	46	19.8	46	96	2	1663	23	19	26	30	1.98
71977233--71977267	16	2.1	17	89	5	54	37	0	17	45	1.48
71998550--71998729	35	5.1	35	78	2	182	42	19	8	29	1.81
72004704--72004783	42	1.9	42	84	2	108	27	17	25	30	1.97
72010889--72010991	33	3.1	33	94	0	179	27	19	18	34	1.95
72011692--72011838	42	3.5	42	79	2	134	25	19	25	29	1.99
72011909--72011938	15	1.9	16	93	6	53	46	0	16	36	1.47
72028417--72028527	27	4.2	26	79	5	114	18	22	20	38	1.93
72028417--72028536	54	2.2	53	83	1	150	18	24	20	36	1.95
72033218--72033277	29	2.1	29	90	0	93	31	16	31	20	1.95
72036330--72036403	27	2.7	26	79	8	76	22	24	16	36	1.94
72036363--72036440	27	3.0	25	83	9	93	16	25	17	39	1.91
72050034--72050107	36	2.1	36	100	0	148	21	20	21	36	1.95
72054950--72055104	27	5.8	26	76	13	136	38	22	10	27	1.88
72054950--72055102	54	2.9	54	82	4	193	38	22	10	28	1.87
72054950--72055104	81	1.9	80	79	8	172	38	22	10	27	1.88
72055120--72055180	27	2.3	26	88	8	95	29	22	4	42	1.75
72055417--72055510	31	3.0	31	82	4	100	20	24	19	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72055650--72055737	6	14.3	6	73	17	74	18	17	15	48	1.81
72055653--72055723	25	2.8	25	83	12	85	16	18	16	47	1.82
72055650--72055728	31	2.5	31	91	0	122	17	17	15	49	1.80
72058833--72059073	51	4.7	51	73	4	216	26	26	15	31	1.96
72058840--72059073	102	2.3	102	80	1	254	26	26	14	31	1.95
72067543--72067765	79	2.8	78	81	9	256	25	27	21	25	2.00
72067543--72067765	39	5.7	40	85	8	257	25	27	21	25	2.00
72077157--72077481	47	6.9	47	98	0	605	31	7	30	31	1.84
72077157--72077814	141	4.8	141	74	17	671	31	7	30	30	1.85
72077447--72077512	31	2.1	31	100	0	132	28	12	33	25	1.92
72077398--72077559	78	2.1	78	96	0	297	30	9	31	28	1.89
72077257--72077700	219	2.0	219	96	0	807	31	7	30	30	1.85
72077476--72077814	47	7.2	47	94	0	561	31	7	30	29	1.85
72077210--72077747	266	2.0	266	96	0	995	31	7	30	30	1.85
72077935--72078011	37	2.1	37	90	0	118	22	19	32	25	1.97
72080549--72080600	26	2.0	26	100	0	104	30	23	19	26	1.98
72086756--72086930	46	3.8	46	84	3	235	22	19	24	33	1.97
72089852--72089920	15	4.6	15	79	0	75	13	17	11	57	1.64
72089843--72089930	30	3.0	30	78	8	90	11	17	14	56	1.66
72089852--72089931	15	5.4	14	77	4	61	11	17	12	58	1.62
72092315--72092536	46	4.8	46	84	7	279	22	19	28	29	1.98
72092315--72092531	93	2.4	91	83	6	267	22	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72127220--72127321	51	2.0	51	86	3	143	36	15	20	27	1.93
72133838--72134039	38	5.3	38	84	4	244	21	20	25	32	1.97
72133838--72134039	78	2.6	76	80	6	226	21	20	25	32	1.97
72142719--72142874	43	3.6	43	79	3	143	34	24	13	27	1.93
72148019--72148080	28	2.2	28	85	2	79	29	14	27	29	1.95
72150272--72150339	33	2.1	33	94	0	118	33	17	25	23	1.96
72152513--72152627	29	4.0	28	83	6	115	27	14	28	28	1.95
72156196--72156435	50	4.8	49	86	2	255	26	17	27	29	1.98
72189117--72189258	43	3.3	43	77	5	153	33	25	14	26	1.94
72190786--72190883	27	3.5	28	87	2	126	32	27	13	26	1.93
72213963--72214011	14	3.4	14	73	15	55	4	12	2	81	0.91
72213959--72213996	19	2.0	19	100	0	76	10	10	5	73	1.23
72214888--72214920	17	1.9	17	88	11	50	54	12	9	24	1.66
72215356--72215382	14	1.9	14	100	0	54	70	0	7	22	1.12
72228845--72229003	68	2.4	64	78	11	167	27	27	15	29	1.96
72229658--72229718	30	2.0	30	83	0	77	32	22	4	39	1.76
72244866--72245008	72	2.0	72	95	0	259	37	20	8	33	1.83
72254143--72254321	40	4.5	40	80	6	195	24	22	28	24	1.99
72254196--72254360	79	2.1	79	80	6	183	25	20	28	25	1.99
72268299--72268359	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
72271434--72271527	34	2.8	32	79	7	89	26	22	22	28	1.99
72271434--72271527	33	2.8	34	81	1	100	26	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72280674--72280740	6	11.5	6	87	6	102	80	0	1	17	0.79
72288128--72288163	19	1.9	19	88	5	56	41	16	0	41	1.48
72288455--72288515	30	2.0	30	83	0	77	32	22	4	39	1.76
72289687--72289719	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
72290233--72290258	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
72297723--72297790	29	2.3	29	80	5	75	27	27	13	30	1.94
72297612--72298113	174	2.9	174	96	0	932	31	24	14	30	1.94
72297897--72297964	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
72298066--72298144	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
72300676--72300701	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
72302324--72302356	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
72305169--72305272	5	20.2	5	76	16	81	76	0	5	17	0.97
72321218--72321373	43	3.6	43	83	4	181	24	26	19	30	1.98
72325002--72325129	43	3.0	43	84	8	138	22	17	28	32	1.96
72330307--72330419	43	2.7	43	82	12	119	30	25	20	23	1.99
72332950--72332978	14	2.0	15	93	6	51	48	34	3	13	1.60
72339622--72339849	83	2.8	83	89	2	356	25	28	22	23	1.99
72339622--72339849	40	5.5	42	81	11	276	25	28	22	23	1.99
72347290--72347466	40	4.4	40	83	9	225	24	28	23	22	1.99
72347290--72347466	83	2.2	80	90	4	275	24	28	23	22	1.99
72358665--72358713	14	3.4	14	72	10	53	44	12	8	34	1.71
72370080--72370259	45	3.7	47	87	8	206	23	16	29	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72370110--72370182	22	3.3	22	68	24	71	20	15	32	31	1.93
72370035--72370302	48	5.5	49	84	6	242	25	17	27	29	1.97
72375297--72375394	45	2.2	45	90	3	155	36	24	13	25	1.92
72375316--72375391	21	3.5	21	68	16	64	38	26	13	22	1.91
72378856--72379044	38	4.9	38	79	8	159	32	23	20	22	1.98
72378856--72379044	76	2.5	77	79	4	193	32	23	20	22	1.98
72381263--72381349	45	1.9	45	85	0	120	36	21	12	28	1.90
72387802--72387914	43	2.7	42	84	5	147	28	19	24	27	1.99
72394625--72394734	43	2.6	43	85	2	132	30	25	17	27	1.97
72395558--72395586	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
72403927--72404034	43	2.5	43	87	1	155	25	20	25	28	1.99
72404511--72404792	41	6.9	41	88	1	352	34	21	23	20	1.96
72404847--72404897	16	3.2	16	76	17	61	49	37	0	13	1.43
72404847--72404896	17	3.0	17	81	18	61	50	36	0	14	1.43
72405160--72405215	17	3.5	15	75	13	58	48	32	0	19	1.49
72405165--72405216	16	3.1	18	83	10	65	48	30	0	21	1.51
72405377--72405420	15	3.0	15	86	3	54	25	2	25	47	1.63
72405370--72405416	14	3.3	14	82	5	58	27	2	21	48	1.61
72405833--72405877	19	2.3	20	92	3	74	68	2	4	24	1.19
72405864--72405897	6	5.3	6	89	10	50	76	0	0	23	0.79
72405871--72405895	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
72406130--72406160	6	5.2	6	92	0	53	0	51	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72408332--72408384	22	2.4	23	81	12	67	30	5	20	43	1.75
72410139--72410411	43	6.4	43	84	3	284	24	15	28	31	1.96
72415615--72415737	28	4.4	28	88	2	167	33	27	12	26	1.92
72418713--72418800	45	2.0	45	90	0	140	21	22	28	27	1.99
72418957--72418994	20	1.9	20	88	0	58	42	5	18	34	1.73
72421838--72422096	68	3.9	64	76	11	213	30	16	29	23	1.96
72421903--72422520	309	2.0	310	96	0	1139	29	15	28	26	1.96
72430192--72430353	45	3.7	44	83	6	186	24	22	25	26	2.00
72433879--72433927	18	2.8	18	81	3	55	16	36	26	20	1.93
72434995--72435019	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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