Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  277  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93280383--93280417
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1.9
18
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0
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1.07
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0
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3.0
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60
0
0
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0
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0
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20
1.95
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2.0
31
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20
28
23
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4.9
48
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28
21
1.98
93312465--93312700
96
2.5
96
81
5
246
29
20
28
21
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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3.8
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29
20
21
1.98
93316934--93317105
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1.8
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93
0
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30
20
20
1.98
93316931--93317120
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4.1
46
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160
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29
20
21
1.98
93322957--93323223
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48
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3
250
28
19
28
23
1.98
93322966--93323232
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2.8
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82
3
335
29
19
28
22
1.98
93324287--93324316
12
2.4
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20
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2.7
43
80
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120
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15
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1.94
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2.2
619
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0
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5.8
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20
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22
26
24
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2.1
26
85
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12
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40
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33
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2.0
37
91
0
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30
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48
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2.2
49
90
6
166
8
57
1
32
1.40
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1
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18
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0
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0
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20
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0
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39
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3
347
19
22
28
29
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93430079--93430263
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92
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0
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1.85
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100
0
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0
0
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52
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0
26
1.01
93448134--93448210
19
4.4
17
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22
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31
3
2
62
1.27
93448106--93448219
53
2.1
54
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1
203
33
2
2
61
1.24
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20
1.9
20
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58
40
0
8
51
1.32
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5.0
46
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1
278
40
15
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20
1.90
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2.3
92
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0
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15
23
19
1.90
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7
4.6
7
92
0
55
31
0
12
56
1.37
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2.9
14
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34
0
12
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1.38
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2.3
18
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0
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21
28
7
42
1.79
93457539--93457583
18
2.5
17
75
10
54
55
0
11
33
1.35
93457714--93457846
3
45.0
3
81
3
153
62
0
4
32
1.21
93457926--93457962
8
4.2
9
93
6
51
81
0
2
16
0.81
93457929--93457960
14
2.1
16
88
11
50
81
0
3
15
0.82
93457993--93458045
12
4.4
11
84
13
52
67
1
3
26
1.17
93460083--93460473
126
3.1
126
86
1
543
30
14
15
38
1.88
93460995--93461042
19
2.4
20
82
6
62
62
0
4
33
1.14
93462220--93462326
33
3.2
33
97
0
205
19
17
21
41
1.91
93464098--93464342
124
2.0
125
91
4
406
34
12
18
34
1.89
93468435--93468619
18
10.3
18
73
13
148
37
14
11
37
1.82
93468441--93468619
72
2.5
73
83
5
231
37
14
11
35
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93468783--93469020
45
5.3
45
89
1
334
40
19
19
20
1.91
93469746--93469797
6
8.8
6
85
12
72
34
15
0
50
1.45
93469770--93469851
21
3.8
21
71
18
53
43
18
0
37
1.50
93472308--93472357
17
2.7
20
78
18
70
10
0
44
46
1.37
93476947--93476996
17
2.7
20
78
18
70
10
0
44
46
1.37
93483494--93483551
3
19.7
3
77
22
61
70
1
0
27
0.97
93483490--93483545
10
5.8
9
80
19
51
71
1
0
26
0.96
93491564--93491588
11
2.3
11
100
0
50
92
0
0
8
0.40
93495701--93495785
42
2.0
42
97
0
161
28
9
27
35
1.88
93496265--93496307
17
2.6
16
78
10
50
23
0
4
72
1.04
93520583--93520622
9
4.3
9
84
6
53
67
2
2
27
1.16
93521935--93521974
19
2.0
19
85
9
53
50
2
0
47
1.14
93538125--93538154
6
5.0
6
100
0
60
50
16
0
33
1.46
93541131--93541175
3
14.7
3
83
4
54
60
4
35
0
1.17
93546313--93546350
17
2.2
18
86
9
53
39
7
0
52
1.31
93546896--93546934
20
2.0
20
90
10
62
38
10
2
48
1.51
93547367--93547426
31
1.9
32
86
3
86
53
3
6
36
1.44
93547369--93547443
29
2.5
30
80
6
80
54
2
5
37
1.37
93548067--93548093
3
9.0
3
100
0
54
66
0
0
33
0.92
93556670--93556719
26
1.9
26
84
8
66
36
14
6
44
1.69
93556849--93556885
10
3.6
10
96
3
65
29
0
8
62
1.24
93556846--93556894
20
2.3
23
82
13
68
34
0
6
59
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93556849--93556894
22
2.2
20
84
7
56
32
0
6
60
1.22
93558901--93558949
21
2.3
22
83
13
66
30
6
8
55
1.54
93558938--93559365
17
24.0
18
69
18
107
44
10
11
32
1.76
93558947--93558998
16
3.2
16
86
2
68
48
11
13
26
1.77
93559135--93559181
25
2.0
23
87
8
67
36
8
6
48
1.59
93559159--93559374
17
12.1
17
72
9
119
44
11
12
31
1.78
93559198--93559251
16
3.2
16
75
14
56
42
9
12
35
1.75
93559319--93559374
18
3.1
19
76
7
62
41
14
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33
1.80
93559369--93559419
18
2.9
17
77
8
57
47
7
9
35
1.66
93559904--93559960
26
2.2
26
93
0
96
7
29
42
21
1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
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          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284