genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57560327--57560744	27	15.7	27	81	8	385	32	9	19	39	1.83
57563562--57563625	27	2.4	28	81	7	78	25	18	17	39	1.92
57575715--57576100	53	7.2	52	82	5	391	33	10	18	38	1.85
57575703--57576122	27	15.7	27	81	7	439	33	10	18	37	1.85
57586219--57586396	27	6.6	27	79	6	155	28	28	16	26	1.97
57606459--57606736	50	5.5	50	76	6	231	26	16	25	30	1.97
57606463--57606751	49	5.8	50	75	5	235	26	16	25	31	1.97
57606459--57606690	100	2.3	101	82	5	265	27	17	25	30	1.97
57610654--57610695	21	2.0	21	100	0	84	33	9	23	33	1.87
57612528--57612594	33	2.0	33	91	0	107	35	26	23	13	1.92
57613451--57613694	50	4.9	48	74	10	195	25	17	27	29	1.98
57613455--57613636	101	1.8	101	86	0	265	27	17	25	29	1.98
57613450--57613731	150	1.9	151	84	0	377	25	16	28	29	1.97
57615682--57615716	18	2.0	18	94	5	63	11	20	45	22	1.82
57619345--57619435	42	2.1	42	87	4	128	36	24	16	23	1.94
57619324--57619473	43	3.5	43	80	5	142	31	25	18	24	1.98
57621230--57621345	58	2.0	58	94	0	205	43	12	13	31	1.81
57622186--57622289	36	2.9	35	88	2	145	43	14	16	25	1.86
57622204--57622301	35	2.9	32	84	10	85	43	14	16	25	1.85
57625079--57625442	40	9.1	40	95	0	602	30	19	27	22	1.98
57636579--57636611	16	2.1	16	100	0	66	48	27	6	18	1.71
57637832--57637882	16	3.2	16	88	0	75	56	23	15	3	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57637832--57637882	8	6.4	8	83	0	66	56	23	15	3	1.56
57637832--57637882	24	2.1	24	92	0	84	56	23	15	3	1.56
57637989--57638024	9	3.9	9	96	3	63	33	11	36	19	1.87
57637989--57638024	19	1.9	18	94	5	63	33	11	36	19	1.87
57638107--57638221	29	4.0	29	82	5	135	29	13	30	26	1.94
57642284--57642318	16	2.2	16	89	0	52	60	20	17	2	1.49
57642530--57642648	29	4.2	29	75	6	109	29	15	28	26	1.96
57645463--57645492	8	3.8	8	95	0	51	50	33	3	13	1.58
57646714--57646748	8	4.4	8	85	0	52	51	20	22	5	1.68
57646959--57647014	29	2.0	28	85	3	76	30	8	28	32	1.88
57660559--57660599	20	2.0	20	100	0	82	21	19	14	43	1.87
57663537--57663666	40	3.3	39	85	3	170	23	21	28	26	1.99
57663537--57663701	79	2.1	79	80	2	179	25	21	28	24	1.99
57676108--57676330	40	5.6	40	86	3	254	26	20	27	26	1.99
57679766--57679806	6	6.7	6	88	2	55	46	12	19	21	1.82
57679763--57679806	18	2.4	19	80	3	63	47	11	18	22	1.80
57679786--57679887	45	2.3	45	82	3	134	41	14	18	25	1.89
57680927--57680968	20	2.2	19	87	12	59	54	4	0	40	1.21
57693807--57693846	15	2.6	16	84	4	55	30	10	2	57	1.45
57707131--57707231	52	1.9	52	97	0	193	34	26	16	21	1.95
57707606--57707785	40	4.5	40	80	10	199	26	27	21	24	1.99
57707606--57707785	79	2.2	80	80	8	206	26	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57715436--57715536	39	2.5	40	90	1	159	25	28	19	25	1.99
57720036--57720156	9	13.4	9	70	14	63	37	0	15	46	1.52
57720036--57720143	47	2.4	43	82	11	153	36	0	15	47	1.52
57720053--57720146	47	2.0	47	95	0	170	37	1	14	46	1.52
57720428--57720678	104	2.4	105	90	2	409	54	3	5	36	1.41
57724062--57724224	74	2.2	74	84	2	202	31	18	21	28	1.97
57725724--57725782	29	2.0	29	96	0	109	42	6	22	28	1.79
57725905--57725941	12	2.9	13	88	8	58	29	0	0	70	0.88
57726119--57726171	11	4.8	11	73	0	52	64	7	9	18	1.47
57726113--57726171	22	2.7	22	72	0	55	64	8	8	18	1.46
57726573--57726598	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
57727416--57727445	15	1.9	16	93	6	53	50	0	0	50	1.00
57727418--57727456	13	3.0	13	80	0	51	61	0	0	38	0.96
57728335--57728383	24	2.0	25	88	4	73	22	12	8	57	1.61
57729389--57729434	22	2.1	23	88	8	69	30	0	8	60	1.26
57732468--57733338	95	9.2	95	97	0	1579	43	13	22	20	1.87
57733975--57734124	40	3.8	40	86	8	193	25	22	25	27	2.00
57733979--57734143	80	2.1	79	86	6	226	24	22	27	26	2.00
57743740--57743839	27	3.8	26	87	7	130	37	20	24	19	1.94
57744005--57744069	22	3.0	22	80	8	78	30	23	26	20	1.98
57744484--57744618	27	5.0	27	86	0	189	26	19	17	37	1.93
57744457--57744618	54	3.0	52	77	8	173	26	19	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57744457--57744618	81	2.0	81	86	4	229	26	19	17	36	1.94
57752205--57752304	27	3.8	26	87	7	130	37	20	24	19	1.94
57752470--57752534	22	3.0	22	80	8	78	30	23	26	20	1.98
57752949--57753083	27	5.0	27	86	0	189	26	19	17	37	1.93
57752922--57753083	54	3.0	52	77	8	173	26	19	17	36	1.94
57752922--57753083	81	2.0	81	86	4	229	26	19	17	36	1.94
57760088--57760265	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
57760089--57760244	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
57760085--57760265	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
57761621--57761671	26	2.0	26	96	0	93	31	25	25	17	1.97
57763021--57763060	20	2.0	20	90	0	62	35	12	27	25	1.92
57770057--57770130	34	2.2	34	95	0	130	27	22	22	27	2.00
57774024--57774221	27	7.3	27	84	2	245	28	24	8	38	1.84
57774024--57774221	81	2.4	81	88	1	290	28	24	8	38	1.84
57774253--57774392	27	5.2	27	80	3	165	42	22	5	29	1.77
57774253--57774425	54	3.2	55	79	6	185	41	21	6	30	1.79
57774464--57774527	27	2.4	27	86	5	85	37	17	23	21	1.94
57775132--57775179	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
57775215--57775281	20	3.3	20	89	4	100	40	10	17	31	1.84
57775331--57775466	52	2.7	51	90	5	206	29	21	22	27	1.99
57775331--57775430	26	3.9	26	93	1	175	27	22	23	28	1.99
57775326--57775453	26	5.0	26	88	1	170	27	23	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57775600--57775692	42	2.2	42	90	0	141	29	13	20	36	1.91
57775714--57775823	31	3.5	31	88	0	166	31	16	23	28	1.96
57777253--57777459	56	3.7	56	84	0	252	36	23	12	28	1.91
57777253--57777464	112	1.9	111	87	0	307	36	23	11	28	1.90
57783420--57783626	56	3.7	56	86	1	272	34	24	14	26	1.94
57783420--57783631	112	1.9	111	89	2	327	34	24	14	26	1.93
57787934--57787996	29	2.2	29	94	5	110	25	17	23	33	1.96
57794660--57794744	40	2.2	40	84	2	109	28	31	22	17	1.97
57794815--57794922	47	2.3	47	87	7	150	28	30	8	32	1.87
57797475--57797515	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
57809441--57809612	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
57809388--57809610	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
57809468--57809645	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
57816974--57817048	22	3.3	22	67	17	62	30	14	30	24	1.95
57816569--57817206	47	13.5	47	95	2	1026	31	11	28	29	1.92
57817210--57817346	46	3.0	46	86	2	186	33	9	30	26	1.88
57831310--57831338	6	4.8	6	100	0	58	34	17	17	31	1.93
57832704--57832743	20	2.0	20	85	9	55	42	5	0	52	1.23
57844354--57844575	50	4.4	50	71	4	178	30	27	17	25	1.97
57850601--57850817	105	2.1	105	86	3	303	19	23	32	25	1.97
57856861--57856927	21	3.0	21	70	14	55	53	23	4	17	1.62
57856861--57856893	10	3.1	11	86	8	50	51	27	3	18	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57857982--57858108	43	3.0	43	80	8	125	32	25	17	25	1.97
57862028--57862289	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
57872309--57872353	16	2.8	16	93	6	74	46	24	20	8	1.78
57872581--57872684	28	3.7	28	84	2	129	25	16	31	25	1.96
57876209--57876389	40	4.6	40	88	2	260	21	27	24	27	1.99
57892632--57892664	12	2.8	12	95	0	57	6	48	18	27	1.71
57900881--57900923	23	1.9	22	86	13	61	23	11	4	60	1.50
57906868--57906919	21	2.5	21	96	0	95	34	11	5	48	1.63
57910816--57910938	42	2.9	42	83	7	142	31	26	17	23	1.97
57910816--57910933	43	2.8	42	84	5	148	31	27	17	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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